| nPME对GROMACS软件并行计算性能的影响分析 |
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| 引用本文： | 寇大治,左光宏. nPME对GROMACS软件并行计算性能的影响分析[J]. 计算机应用与软件, 2014, 0(10) |
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| 作者姓名： | 寇大治 左光宏 |
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| 作者单位： | 1. 上海超级计算中心 上海201203
2. 复旦大学物理系理论生命研究中心 上海200433 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划项目(2012AA 01A308)；上海市科委项目(1201H116400)。 |
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| 摘 要： | 在分子动力学并行计算的过程中,正确地处理好并行规模与PME(Particle-Mesh Ewald)方法的任务分配,对于提高分子动力学的并行效率具有非常重要的影响。以常用的分子动力学软件Gromacs[1-3]为例,利用上海超级计算中心"魔方"超级计算平台,就不同并行规模与不同PME任务分配方式下的计算性能进行测试。发现并行能在一定的范围内显著的提高Gromacs的计算效率,但是当并行规模超过一定值后,计算效率反而下降。另一方面,当并行规模较小时,不设置PME专属节点的计算效率较高;但当并行规模较大时,合理的设置PME专属节点,能显著地提高计算的效率。这一结果能对从事分子动力学模拟的研究人员合理分配并行资源提供帮助。
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| 关 键 词： | 并行计算 分子动力学 Gromacs PME |
ANALYSING IMPACT OF nPME ON PARALLEL COMPUTING PERFORMANCE OF GROMACS |
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| Kou Dazhi,Zuo Guanghong. ANALYSING IMPACT OF nPME ON PARALLEL COMPUTING PERFORMANCE OF GROMACS[J]. Computer Applications and Software, 2014, 0(10) |
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| Authors: | Kou Dazhi Zuo Guanghong |
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| Keywords: | Parallel computing Molecular dynamics Gromacs Particle-Mesh Ewald(PME) |
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