基于序列模式挖掘的基因剪接位点 |
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引用本文: | 孙永山 赵海峰汤振宇 李旦马猛陈荣. 基于序列模式挖掘的基因剪接位点[J]. 数据采集与处理, 2016, 31(5): 1010-1019 |
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作者姓名: | 孙永山 赵海峰汤振宇 李旦马猛陈荣 |
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作者单位: | 1.安徽大学计算机科学技术学院,合肥,230601;2.西奈山伊坎医学院遗传学与基因组学系,纽约,10029 |
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摘 要: | 剪接是基因表达过程中连接转录和翻译的中枢步骤,是一个高度调控的过程。剪接位点是基因剪接过程中的核心调控元件。本文通过挖掘剪接位点序列中蕴含的序列特征,提出了一个基于序列模式挖掘的基因剪接位点序列打分模型。通过该模型,实现对剪接位点序列信号强度的定量度量。实验结果表明,该模型可有效分类真假剪接位点序列,分类效果优于最大信息熵模型,模型具有良好的鲁棒性,并且可有效识别致病剪接位点序列突变。
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关 键 词: | 剪接位点;序列模式;最大信息熵模型;致病突变 |
Gene Splice Sites Based on Sequential Pattern Mining |
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Affiliation: | 1.School of Computer Science and Technology, Anhui University, Hefei, 230601, China;2.Department of Genetics and Genomic Science, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, 10029, USA |
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Abstract: | |
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Keywords: | splice sites sequential pattern maximum entropy model pathogenic mutation |
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