| HIV-1 gp41蛋白与其抑制剂NB-2的结合模式 |
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| 引用本文： | 王存新, 丛肖静, 孔韧, 谭建军, 陈慰祖. HIV-1 gp41蛋白与其抑制剂NB-2的结合模式[J]. 北京工业大学学报, 2010, 36(8): 1118-1123. |
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| 作者姓名： | 王存新 丛肖静 孔韧 谭建军 陈慰祖 |
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| 作者单位： | 1.北京工业大学 生命科学与生物工程学院, 北京 100124 |
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| 基金项目： | 国家"九七三"计划资助项目，国家自然科学基金资助项目，北京市自然科学基金资助项目，博士科研启动基金资助项目 |
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| 摘 要： | 为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些新化合物的结合模式和能力.从分子对接结果得到2种主要的NB-2与gp41的结合模式.分子动力学模拟和自由能计算结果表明,结合模式1优于模式2,所以模式1是比较合理的结合模式.从结合模式1出发设计了103个新的化合物,这些化合物具有已知gp41抑制剂所没有的结构特征且大部分化合物比NB-2与gp41的结合自由能低.得到的结合模式合理解释了NB-2与gp41的相互作用.
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| 关 键 词： | HIV-1gp41 抑制剂 结合模式 分子模拟 从头药物设计 |
| 收稿时间： | 2008-12-10 |
Binding Mode of HIV-1 Gp41 With Its Inhibitor NB-2 |
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| WANG Cun-xin, CONG Xiao-jing, KONG Ren, TAN Jian-jun, CHEN Wei-zu. Binding Mode of HIV-1 Gp41 With Its Inhibitor NB-2[J]. Journal of Beijing University of Technology, 2010, 36(8): 1118-1123. |
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| Authors: | WANG Cun-xin CONG Xiao-jing KONG Ren TAN Jian-jun CHEN Wei-zu |
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| Affiliation: | 1.College of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology, Beijing 100124, China |
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| Abstract: | To rationally design inhibitors targeting at HIV-1 transmembrane protein-gp41,molecular docking,molecular dynamic(MD) simulation and free energy calculation are adopted to explore the binding mode between gp41 and its inhibitor NB-2. A de novo drug design method inhibitors of gp41,and two main binding modes between NB-2 and gp41 are attained by molecular docking. The results obtained with MD simulation and binding energy calculation indicate that Mode 1 is superior to another and is proposed to be the ratio... |
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| Keywords: | HIV-1 gp41 |
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