Ⅰ型新德里金属β内酰胺酶的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法分析Ⅰ型新德里金属β内酰胺酶(New Delhi metallo-β-lactamase 1,NDM1)的基本性质,并与常见的β内酰胺类抗生素进行分子对接,在理论上研究NDM1对β内酰胺类抗生素和抑制剂的水解活性。方法应用EMBOSS 6.3.1.1软件包的程序分析NDM1的基本性质,并分别利用SWISS-MODEL同源建模和PHYRE 2.0折叠识别法构建NDM1的空间结构,再运用Arguslab 4.0软件的dock模块进行β内酰胺类抗生素与NDM1分子对接。结果 NDM1共270个氨基酸残基,理论等电点为6.3,包含1个跨膜区,α螺旋占27%,β折叠占34.5%;与抗生素对接能量由低到高依次为氨苄西林、头孢拉啶、阿莫西林、头孢唑林、甲氧西林、美罗培南、亚胺培南、氨曲南、克拉维酸。结论NDM1对氨苄西林催化效率最高,对氨曲南催化效率最低,克拉维酸对NDM1无抑制作用。