| 基于蛋白质进化配对的残基间距离约束挖掘方法 |
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| 引用本文： | 王彩霞,吕 强,李海鸥,罗 升.基于蛋白质进化配对的残基间距离约束挖掘方法[J].计算机科学,2015,42(7):262-264, 299. |
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| 作者姓名： | 王彩霞 吕 强 李海鸥 罗 升 |
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| 作者单位： | 苏州大学计算机科学与技术学院 苏州 215006,江苏省计算机信息处理技术重点实验室 苏州215006,苏州大学计算机科学与技术学院 苏州 215006,苏州大学计算机科学与技术学院 苏州 215006 |
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| 基金项目： | 本文受国家自然科学基金(61170125)资助 |
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| 摘 要： | 蛋白质的进化配对是指在进化过程中残基对之间形成的相对稳定的相互作用。基于已被发现的进化配对,采用机器学习的分类技术,将其转换成残基对之间的距离约束,从而将一种定性的残基对之间的相互作用挖掘为定量的距离约束,这为蛋白质的结构预测提供了新的指导。
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| 关 键 词： | 进化配对 距离约束 支持向量机 |
Mining Residues Distance Constraints from Protein Evolution Couplings by Classification |
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| WANG Cai-xi,LV Qiang,LI Hai-ou and LUO Sheng.Mining Residues Distance Constraints from Protein Evolution Couplings by Classification[J].Computer Science,2015,42(7):262-264, 299. |
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| Authors: | WANG Cai-xi LV Qiang LI Hai-ou and LUO Sheng |
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| Affiliation: | School of Computer Science and Technology,Soochow University,Suzhou 215006,China,Provincial Key Laboratory for Computer Information Processing Technology of Jiangsu,Suzhou 215006,China,School of Computer Science and Technology,Soochow University,Suzhou 215006,China and School of Computer Science and Technology,Soochow University,Suzhou 215006,China |
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| Abstract: | Protein evolution couplings refer to the relatively stable interactions between residues formed in the process of evolution.Based on the known evolution couplings,we adopted machine learning classification technique to convert evolution couplings into distance constraints,thus quantitative residues distance constraints are extracted from qualitative protein evolution couplings between residues,which can be used as a new guidance for the prediction of protein structure. |
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| Keywords: | Evolution coupling Distance constraint SVM |
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