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蛋白质序列中的多重分形分析
引用本文:郑婷婷,毛军军,宋杰,程家兴.蛋白质序列中的多重分形分析[J].计算机工程与应用,2007,43(20):46-48.
作者姓名:郑婷婷  毛军军  宋杰  程家兴
作者单位:安徽大学,计算智能与信号处理教育部重点实验室,合肥,230039;安徽大学,数学与计算科学学院,合肥,230039;安徽大学,计算智能与信号处理教育部重点实验室,合肥,230039
基金项目:国家自然科学基金 , 安徽省自然科学基金 , 安徽省高校省级自然科学研究基金 , 安徽大学校科研和教改项目
摘    要:采用多重分形谱对蛋白质序列进行分析。按照SCOP分类法,从PDB中选取三条同属于类的分维相近的蛋白质序列,利用多重分形分别对蛋白质空间距离以及序列中氨基酸的极性、体积的复杂性进行比较。实验结果表明,多重分形的奇异谱函数比简单的分形维数能提供更多的信息,克服了分形维数相同情况下,精细结构无法区分的困难,分析结果能够更加准确地描述个体之间的差异。

关 键 词:蛋白质  分形  分维  多重分形谱
文章编号:1002-8331(2007)20-0046-03
修稿时间:2007-01

Multifractal analyses of protein sequences
ZHENG Ting-ting,MAO Jun-jun,Song Jie,CHENG Jia-xing.Multifractal analyses of protein sequences[J].Computer Engineering and Applications,2007,43(20):46-48.
Authors:ZHENG Ting-ting  MAO Jun-jun  Song Jie  CHENG Jia-xing
Affiliation:1.Key Lab of Intelligent Computing & Signal Processing,Anhui University,Hefei 230039,China 2.School of Mathematics and Computational Science,Anhui University,Hefei 230039,China
Abstract:Protein sequences are analyzed with the multifractal method.We chose three amino acid sequences from PDB based on SCOP,which all belonged to and had similar fractal dimensions.From the point of view of multifractal,the complexity of the distance of protein and the polar and volume of amino acid sequences are compared.The results of experiments show that multifractal spectrum function is effective which reflecte the difference with protein individual and better than single fractal in identifying structure character fine information,which is difficultly solved when the fractal dimensions are nearly same.
Keywords:protein  fractal  fractal dimension  multi-fractal spectrum
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