| 基于关系相似性的蛋白质交互作用识别 |
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| 引用本文： | 王宇伟,牛耘. 基于关系相似性的蛋白质交互作用识别[J]. 计算机技术与发展, 2015, 0(2) |
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| 作者姓名： | 王宇伟 牛耘 |
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| 作者单位： | 南京航空航天大学 计算机科学与技术学院,江苏 南京,210016 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目 |
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| 摘 要： | 针对目前蛋白质提取方法仅以单句信息为依据的不足，文中提出了以相似性为框架基于大规模文本的蛋白质交互关系识别方法。首先通过搜索医学文献数据库建立蛋白质对的签名档，然后提取签名档中的重要特征建立蛋白质对的向量空间模型，最后通过K近邻分类方法判断蛋白质对的交互关系。实验比较了向量空间模型下不同的距离度量策略对分类效果的影响，得出了比较合理的衡量相似性的函数。结果表明基于大规模文本采用基于余弦距离度量相似性的近邻方法识别蛋白质交互关系取得了较高且均衡的精确度和召回率，并且此方法直接利用了已有的交互信息，从而免除了额外的人工标注负担。
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| 关 键 词： | 关系相似性 蛋白质交互 空间向量模型 K近邻分类 |
Identification of Protein-protein Interaction Based on Relational Similarity |
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| WANG Yu-wei,NIU Yun. Identification of Protein-protein Interaction Based on Relational Similarity[J]. Computer Technology and Development, 2015, 0(2) |
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| Authors: | WANG Yu-wei NIU Yun |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | relational similarity protein-protein interaction vector space model K nearest neighbor classification |
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