| 基于隐马尔科夫模型的基因识别系统设计与实现 |
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| 引用本文： | 刘青,严向东.基于隐马尔科夫模型的基因识别系统设计与实现[J].计算机工程与应用,2003,39(24):69-71. |
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| 作者姓名： | 刘青 严向东 |
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| 作者单位： | 华中科技大学计算机学院计算机应用系,武汉,430074 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金重大研究计划项目资助(编号:90203011) |
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| 摘 要： | 随着基因组研究的发展,利用机器学习方法进行基因识别被广泛使用,这些方法包括神经网络算法、基于规则的方法、决策树、概率推理等。文章描述了一种基于隐马尔科夫模型的基因识别系统,介绍了EM训练算法和Viterbi序列分析算法,该系统运用Burset&Guigo的公共数据集进行测试,核苷识别的Sn和Sp两个参数分别可以达到68%和88%,外显子识别的Sn和Sp参数达到60%和63%。
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| 关 键 词： | 隐马尔科夫模型 基因识别 EM算法 Viterbi算法 |
| 文章编号： | 1002-8331-(2003)24-0069-03 |
| 修稿时间： | 2003年4月1日 |
Design and Realization of Genes Recognizing System Based on Hidden Markov Model |
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| Liu Qing Yan Xiangdong.Design and Realization of Genes Recognizing System Based on Hidden Markov Model[J].Computer Engineering and Applications,2003,39(24):69-71. |
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| Authors: | Liu Qing Yan Xiangdong |
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| Abstract: | As the development of the Genome Project,gene recognizing systems use many machine learning techniques,including neural network algorithms ,dynamic programming,rule-based method,decision trees and probabilistic reasoning.This paper describes a precise probabilistic method for modeling sequences of DNA:Hidden Markov Model.A practical program based on the above model is developed,and a good result is acquired by testing the data set of Burset&Guigo. |
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| Keywords: | Hidden Markov Model Gene Finding EM algorithm Viterbi algorithm |
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