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| FM-index分块并行算法及其实现 | |
| 引用本文： | 李开士,张云泉,李玉成.FM-index分块并行算法及其实现[J].计算机工程,2008,34(8):53-55. |
| 作者姓名： | 李开士 张云泉 李玉成 |
| 作者单位： | 1. 中国科学院研究生院,北京,100080;中国科学院软件研究所并行计算实验室,北京,100080;中国科学院计算机科学国家重点实验室,北京,100080 2. 中国科学院软件研究所并行计算实验室,北京,100080;中国科学院计算机科学国家重点实验室,北京,100080 3. 中国科学院软件研究所并行计算实验室,北京,100080 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金 , 国家自然科学基金 , 国家重点基础研究发展计划(973计划) , 国家高技术研究发展计划(863计划) , 中国科学院与审计署合作研究基金 |
| 摘 要： | 在查询海量数据时，有压缩和索引两种方法来提高速度，。该文结合这两种方法提出了压缩查询的方法。FM-index是一种自索引的全文查询算法，。这种算法存在内存占用过大的问题，并且对于复杂的查询效率也不理想，。该文于是提出了分块FM-index算法，,并在分块的基础上采用MPI对该分块算法进行了并行化，。成功地解决了内存占用过多的问题，并达到了较好的并行效率。 |
| 关 键 词： | 压缩 自索引 FM-index算法 分块 并行 |
| 文章编号： | 1000-3428(2008)08-0053-02 |
| 修稿时间： | 2007年4月30日 |
Parallelization of Blocked FM-index Algorithm and Its Implementation |
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| LI Kai-shi,ZHANG Yun-quan,LI Yu-cheng.Parallelization of Blocked FM-index Algorithm and Its Implementation[J].Computer Engineering,2008,34(8):53-55. | |
| Authors: | LI Kai-shi ZHANG Yun-quan LI Yu-cheng |
| Affiliation: | (1. Graduate University ofSchool ,of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100080; 2 . Lab. of Parallel Computing, Institute of Software, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100080; 3. State Key Laboratory of Computer Sciences, Chinese Academy of SciencesCAS, Beijing 100080) |
| Abstract: | When dealing with massive volume data,there are two ways to achieve high performance:one is to compress and the other one is to build index.Combining these two methods,compressed query is proposed.FM-index is such a compressed self-index algorithm used for full-text query.The algorithm occupies a large amount of main memory and is unable to handle complex query efficiently.To deal with these problems,this paper proposes a blocked version FM-index algorithm and parallelizes it using MPI.The blocked algorithm... |
| Keywords: | compression self-index FM-index blocking parallelization |
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