调控一代谢网络的集成建模与分析方法研究

转录调控网络和代谢网络分别刻画了细胞新陈代谢过程的不同阶段,两个阶段相互作用,影响细胞的生命活动.调控-代谢网络的集成建模是生物网络建模的一个重要方向,通过集成调控-代谢网络可以对整个反应体系而不是单单对代谢网络进行考察,能够获得关于代谢和细胞功能的更全面认识,不仅有助于解释生命现象,同时对于代谢工程和合理选择药物靶标也有很大的意义.随着大规模高通量实验技术的发展,基因组、生物化学和生理学等各方面的信息海量涌现,为重构基因组规模的系统生物学模型提供了可能.介绍了国内外关于转录-调控网络的集成建模和分析方法,并简要评述了目前的研究现状以及可能的发展方向.     

代谢网络结构与功能的复杂网络分析

细胞的新陈代谢过程可以抽象地描述成交互的复杂网络,越来越多的证据表明这种描述和分析有助于理解代谢网络的结构和功能.本文首先对高质量金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)代谢网络数据进行整理,构建了该网络中的所有代谢反应列表.随后用代谢物图(即节点表示代谢物,连线表示代谢反应)来表示这些反应,形成的...     

基于通用学习网络的预估控制

利用通用学习网络具有所有节点互连，任意两节点之间可以有多重连接，且连接允许有任意延迟时间的特点，对典型非线性、大滞后系统进行了辨识．结合PID控制器对pH中和过程实现了高精度的预估控制．通过与传统的Smith预估控制的比较，证明该网络能有效地应用于大滞后系统，利用该网络进行系统辨识是对未知对象模型控制的一种有效新方法．     

基于人工代谢系统的物流管理

本文提出了一种人工代谢算法。通过对算法的模型和相关参数进行定义,阐述了基于人工代谢系统在物流调度中的应用实例。文中给出了一个供应链的拓扑结构图,运用人工代谢算法的原理对物流配送和逆向物流的过程进行了讨论,并对该配送网络进行了相关性能的分析。通过调节相关参数,给出了相应的物流优化配送路径。通过对物流网络的分析表明：在人工代谢算法下,物流网络的配送效率得到了较大提高。网络负荷的均衡性得到了很大改善。     

网络组件间协调效用机制研究

网络间的协调效用对于网络的安全以及高效性的意义都很大,网络组件有时候是不能表现出协同机制的,所以研究网络组件之间的协同是有必要的,该文对网络组件之间的协同机制进行了研究,通过协同响应模型和过程设计实现网络组件之间的协调.     

人工代谢系统综述*

从生物体新陈代谢规律出发,通过分析催化酶与各类代谢调节模式的关系建立起人工代谢系统模型。该系统能实现模式识别、故障诊断、多目标优化等功能。利用新陈代谢机理建立人工代谢方程。通过对平衡因子、抑制因子等代谢算子的调节来改变代谢物浓度,提高代谢率,从而实现新陈代谢网络的物质流量均衡和网络节点通畅,达到有效地实现各类功能优化的目的。对人工代谢系统的基础理论和典型应用进行了阐述,指出了进一步研究的方向。     

网络信息系统的集成及一种矩阵式菜单的实现

一个单位或一个系统进行计算机信息网络管理,最理想是一开始就对所有子系统进行统一规划、统一设计,这样系统可靠性高,用户界面风格统一,便于用户操作使用,及信息流的互相利用,提高信息资源的利用率。但是,各个单位计算机应用发展一般都要经历从单机发展到网络多用户的过程,特别是单机应用时间     

COBRA框架在转录调控、转录翻译和信号传导网络上的应用研究

转录调控、转录翻译和信号传导网络等生化网络分别刻画不同的生物过程,描述细胞的不同生命活动。对这些生化网络进行计算机建模与分析,不仅可以获得细胞生长各阶段更加全面的认识,同时对药物靶点的确定和代谢工程的发展也有着深远的影响。基于约束的重构和分析方法COBRA是一套完整的对生化网络进行建模和分析的框架。它已被广泛应用于全基因组规模代谢网络的研究中,同时在应用过程中也发展出了许多极具价值的分析方法。近年来,COBRA框架也被陆续应用到其它生化网络中。主要介绍COBRA框架在转录调控、转录翻译和信号传导网络中的建模和分析方面的应用,并且简要评述COBRA框架的研究现状及可能的发展方向。     

消息传递与分层解码在视频描述中的应用

本文针对已有视频描述方法中提取的特征难以捕获视频中对象之间的相互联系,以及解码过程中难以充分利用特征重构视频信息的现状,提出一种结合消息传递网络和分层解码器的视频描述系统。首先,利用卷积神经网络和对象检测器提取视频的二维特征、三维特征以及对象特征;然后,使用消息传递网络来更新对象特征,添加对象之间的联系信息;接着,利用时空注意力模块将所有特征进行融合得到视频整体特征;最后,利用分层解码器解码整体特征来获得视频的描述。实验结果显示,该系统能够准确生成对视频内容的描述,并且生成的描述更能体现出对象之间的联系。     

不让网络端口任人摆布

俗话说"知己知彼,百战不殆",如果能够通透系统中所有网络端口的安全连接状态,那么我们就能对网络应用的安全性进行有效控制,确保系统始终能够安全、稳定运行。在上网冲浪的过程中,我们经常要和网络端口打交道。网络端口对上网连接的重要性不言而喻,任何网络应用都要借助特定的网络端口,才能正常进行。但是,您上网冲浪这么长时间了,对网络端口有过关注吗?我们现在的网络应用需求五花八门,可能是简单访问网页内容,可能是远程控制管理,也有可能是网络下载或其他需求,不同的需     

基于集群的代谢网络计算平台研究

在生物代谢网络研究中,为提供面向多用户的高性能计算服务,开发了基于Linux计算机集群的代谢网络模拟Web计算平台.该平台以集群为密集计算后台,以重建心肌细胞能量代谢网络为算例,采用集中式任务调度模型、加权结合轮询法的负载平衡技术以及消息传递接口并行编程模型,实现了对多用户并发任务的处理.通过实例应用和调度监控,验证了该平台在代谢网络模拟中的可用性,以及集群服务器并行处理多任务的有效性.     

一种新的度量生物复杂网络模块性的方法

在生命科学领域,生物网络的概念也被大量引入,用以系统地表示复杂的生物过程。模块性是很多复杂网络都具有的特征,因此生物网络模块性的研究成为系统生物学一个重要的研究方向。为了更加深入地了解生物系统的组成和机理,本文提出了一种度量网络模块性的新方法,并将该序列指标应用于酵母转录因子调控网络和多个物种的代谢网络,结果发现酵母转录因子调控网络并不具有模块性而代谢网络具有显著的模块性。在应用中,代谢网络的功能模块度与平均聚类系数的相关性还说明我们的指标比平均聚类系数更适合刻画网络的功能模块性。另外,该指标的提出使得各种不同物种网络模块性的比较或者各种不同模块划分(或识别)方法的评价成为可能。     

Context-aware inference in ubiquitous residential environments

Residential ubiquitous computing environments have focused on interconnecting environmental controls using a home network and the management of sensor data rather than a context-aware inference. Building upon previous research, this paper proposes a novel sensor-based context-aware system with a focus on three inference processes: rule, inference and pattern driven. Using pattern data derived from five families for a working week and establishing rules and inferences, the proposed context-aware system is demonstrated using electrical lighting as an example. The processes to develop an intelligent house are described so as to ameliorate personalized services in response to inhabitants’ needs.     

The journey of graph kernels through two decades

In the real world all events are connected. There is a hidden network of dependencies that governs behavior of natural processes. Without much argument it can be said that, of all the known data-structures, graphs are naturally suitable to model such information. But to learn to use graph data structure is a tedious job as most operations on graphs are computationally expensive, so exploring fast machine learning techniques for graph data has been an active area of research and a family of algorithms called kernel based approaches has been famous among researchers of the machine learning domain. With the help of support vector machines, kernel based methods work very well for learning with Gaussian processes. In this survey we will explore various kernels that operate on graph representations. Starting from the basics of kernel based learning we will travel through the history of graph kernels from its first appearance to discussion of current state of the art techniques in practice.     

基于复杂网络理论的产甲烷常温菌和嗜热菌的代谢网络的拓扑与模块化的研究

近几年,复杂网络的研究正成为广泛关注的热点,代谢网络是复杂网络的一个例子。本文以产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(M.acetivorans)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(M.kandleri)的代谢网络为对象,从拓扑参数以及模块化两方面进行比较研究。结果表明:M.acetivorans与M.kandleri的代谢网络均具有较高的模块化结构。同时发现它们模块化后的代谢网络中的Hub模块均属于氨基酸代谢和碳水化合物代谢,表明这些网络模块均具有一定的功能意义。最后将Hub模块与最紧密的k-核心网络相比较,发现它们节点完全相同,此结果表明代谢网络的最紧密k-核心网络部分也是不同网络比较的重要因素。     

一种可视化代谢网络建模工具

针对现有代谢网络建模工具在分析方法和模型描述方面的不足,基于Cytoscape插件开发一种可视化代谢网络建模工具,定义通用的支持FBA和^13C—MFA模型的代谢网络描述语言,实现图形用户界面下的代谢网络建模功能。应用结果表明,该工具能较好解决现有建模软件面临的问题。     

一种基于包排队方式的网络路径可用带宽探测方法

对IP网络路径带宽的探测是目前网络研究领域的一个热点。本文提出了一种针对端到端的网络、基于包排队方式的双向双步长网络路径可用带宽的探测方法。该探测方法由时延监视和UDP发送两个进程组成，基于包的排队时延来获取路径的可用带宽，并通过采用双向双步长的方法来递增或递减UDP包的发送速率。所提出的探测方法可以明显减少探测次数和运行时间，从而降低探测带来的开销。实验结果显示，所设计的方法和技术是可行的和有效的。     

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This paper designs and implements a multimedia network classroom monitoring system. Controller running on teacher computer generates legal process list periodically and broadcasts it to the network. The agent running on the students computer kills all non teaching related processes through processes compare algorithm. It creates special threads to monitor the network connection, so that it can be capable of classroom management and offline control. The solution is implemented and applied in the teaching practice. It is proved from both theory and practice that it is scientific, reliable and practical.