银杏叶中抗抑郁活性成分的虚拟筛选

银杏叶是传统中药之一,具有抗抑郁的药理作用,但具体的活性成分和作用靶点尚不明确,本文利用分子对接软件Discovery Studio2.5中的Ligandfit模块,以55个已知的银杏叶有效成分作为配体分别与治疗抑郁症相关的药物靶点进行分子对接,并对对接结果打分,做一致性评价。对接结果结果显示:55个银杏叶化学成分中(+)-catechin,Sesamin和Dibutyl phthalate与抗抑郁相关靶点MAO-A和histamine H1 receptor结合的活性较高。虚拟筛选结果可以为银杏叶抗抑郁的物质基础和分子机制研究提供参考。     

生物制药应融合五大新技术

与计算机技术融合 在药物分子设计、分子结构优化等方面，应用计算机分子模拟技术和理论化学计算方法研究药物的作用机理，进而采用计算机辅助药物设计方法设计新的高效、低毒药物分子，极大地提高了科研速度与成功率．在有效化学成分的发现过程中，应用计算机辅助筛选新技术、已知结构模拟技术、立体结构对接技术、分子量能量计算、分子相互作用力预测等手段，寻找能与特定药物作用靶点有效结合的分子结构作为研究对象，使科研工作的针对性大大提高。     

ppar-α激动剂的虚拟筛选研究

通过虚拟筛选分子对接技术,利用sc-PDB数据库得到蛋白靶点的5类共晶结构。采用vina程序,基于建立的小分子数据库,分别对5类共晶结构进行对接计算。通过重对接过程,计算rmsd(均方根偏差值)来评估利用vina程序是否适用于该体系,通过构建诱饵化合物以及小分子与蛋白的相互作用分析来验证了模型的可靠程度。最终,利用该模型分别对5个靶点进行虚拟筛选,得到了效果较为理想的7个动剂分子,分析了分子和靶点蛋白的作用模式。     

用分子对接研究肟类及苯丙素衍生物抗乙肝病毒机理

慢性乙型肝炎由感染乙肝病毒(HBV)引起,是中国的重大健康问题之一。在乙肝病毒复制过程中,乙肝病毒聚合酶、核衣壳蛋白和HBx蛋白有重要作用。以这三个蛋白为靶点,以肟类和苯丙素衍生物为配体,通过分子对接得出其结合自由能,并同实验值进行对比。结果显示,以HBx蛋白为靶点的对接值同HBsAg的实验值能够较好吻合,二者变化趋势一致,且对接值和实验值之间的均方差最小。这表明肟类和苯丙素衍生物可能是通过抑制HBx蛋白起到抗乙肝病毒作用。     

网络药理学在中医药研究领域的应用进展

网络药理学是一门新学科,它是利用分子对接技术从生物学网络的角度阐释药物与靶点之间的相互作用规律及机理,是具有系统预测、动态分析等特点的研究手段,与传统中医系统治疗与辨证论治的观点相符合。本文对网络药理学近几年在中医药领域的应用进展,即从预测筛选中药靶标及活性成分、探索中药药理及配伍作用机制、中药重定位这几个方面展开综述,为科研人员应用网络药理学的技术方法研究中药提供思路及文献基础。     

霉酚酸钠和吗替麦考酚酯与人血清蛋白相互作用机制的比较研究

利用荧光光谱法和分子对接比较研究了新型免疫抑制剂霉酚酸的两个前药吗替麦考酚酯和霉酚酸钠与人血清蛋白(HSA)相互作用。结果表明,两种药物与HSA之间以1∶1结合形成复合物,猝灭机制均为静态猝灭。不同温度下荧光猝灭实验计算了结合参数,结果显示两种药物对HSA均有猝灭,且霉酚酸钠猝灭更为显著。三维和同步荧光结果表明两个药物单体的加入均对HSA的构象产生了影响。分子对接结果显示配体和蛋白间有氢键生成,结合热力学结果说明药物与HSA之间的相互作用力主要是氢键和范德华力,且霉酚酸钠的结合能力更强。综上结果表明霉酚酸钠能更好的结合HSA,从而在体内运转和代谢的更快。相关研究工作不仅从分子层面阐明了两种药物单体与蛋白的结合机制,而且可为免疫抑制剂类药物的临床用药选择提供一定的理论依据。     

基于网络药理学及分子对接研究盐酸小檗碱治疗特异性皮炎的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索盐酸小檗碱活性化合物证明其对抗特异性皮炎的机制。方法：使用SwissTargetPrediction和GeneCards数据库检索对应目标的基因，由Cytoscape软件构建化合物-靶标网络，筛选出药物-疾病的共同基因靶点作为研究靶点，将共同基因靶点导入STRING网络平台，获得蛋白质-蛋白质相互作用关系。盐酸小檗碱的核心靶点通过Metascape基因功能分析网站进行基因本体（GO）和KEGG信号通路生物富集分析。最后，采用Autodock、Pymol软件对筛选出来起到关键作用的靶点与盐酸小檗碱成分进行分子对接。结果：化合物-靶点网络主要包含99个对应靶点。GO生物富集分析得到1512个生物学过程、138个细胞组成、174个分子功能，KEGG中有5个主要信号通路。分子对接结果表明，盐酸小檗碱与ICAM1抗体具有较高的亲和力。结论：盐酸小檗碱中的可能通过与ICAM1抗体等多种靶点调控多种信号通路，可能对特异性皮炎发挥治疗作用。     

蛋白质与配体相互作用机制研究方法进展

蛋白质与配体间的相互作用在医药、食品领域中意义重大，综述了光谱法、等温滴定量热法和分子对接在讨论溶液中的蛋白质与配体作用机制中的应用，其中光谱法可以推测蛋白质与配体间弱相互作用和蛋白质的构型变化，等温滴定量热法能够分析蛋白质和配体间的结合常数和结合位点数以及热力学参数，分子对接对于上述两种方法起到了补充和佐证的作用。这些方法为后续进一步考察蛋白质与小分子之间结合作用提供了多种方法支持。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肝颗粒治疗慢性肝炎的作用机制

目的：利用网络药理学分子对接技术探讨清肝颗粒治疗慢性肝炎的作用机制。方法：首先利用TCMSP数据库收集清肝颗粒的中的化学成分以及靶点，利用OB、DL筛选候选活性化合物成分，然后通过CTD数据库、TTD数据库筛选出慢性肝炎相关的靶点；通过DAVID数据库对靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。运用Cytoscape3.6.1构建化合物-靶点、靶点-通路网络图；慢性肝炎通路整合与分析，最后通过AutoDock软件对主要活性成分及核心作用靶点进行分子对接验证。结果：检索得到清肝颗粒的化合物成分487个、靶点466个；筛选得到候选活性成分101个、慢性肝炎相关靶点115个，GO富集分析得到GOCC、GOMF、GOBP条目(p≤0.05)分别46、49、207个；KEGG通路富集筛选得到相关的通路23条，涉及钙信号通路、非酒精性脂肪肝、T细胞受体信号通路等。构建“慢性肝炎通路”,揭示了清肝颗粒在通路水平上协同发挥治疗慢性肝炎的效果，分子对接结果显示潜在的活性成分与核心靶点PTGS2、PPARG和NOS2均有较好的结合。结论：该研究通过运用网络药理学的研究方法发现清肝颗粒治疗慢性肝炎具有多成分、...     

新型四氢异喹啉类AChE抑制剂的虚拟筛选

通过考察GOLD对已知的TcAChE复合物中配体的结合构象的重现性,评价了其对AChE体系的分子对接的可靠性。运用分子设计方法,虚拟筛选了一系列具有不同碳链长度和取代基的四氢异喹啉类化合物(延胡索类生物碱corydaline开环衍生物),并分析了得分较高的配体分子与受体蛋白的相互结合作用。