基于网络药理学探讨黄连治疗痤疮的主要化学成分及作用机制

目的：运用网络药理学探讨黄连的主要化学活性成分，分析总结黄连在治疗痤疮疾病方面的作用机制。方法：利用TCMSP检索“黄连”(CoptidisRhizoma)的活性成分，并筛选出其活性成分所对应的作用靶点。运用GeneCards数据库平台检索与痤疮(Acne)相关作用靶点，构建“药物—疾病”共同靶点Venn图。利用Cytoscape3.9.1软件，绘制“药物活性成分-靶点-疾病”的网络调控图，借助String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络，获得PPI网络核心基因的邻接节点数目，再运用Cytoscape3.9.1对PPI网络进行拓扑分析，最终获取核心基因。通过R语言包clusterProfiler进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，预测黄连对痤疮的作用机制。结果：分析预测得到黄连有效成分17个，涉及350个作用靶点。确定痤疮靶点1649个，得到共同靶点基因76个，运用PPI分析确定TNF、IL6、PTGS2、NF-κB/P65、MAPK1、EGF等是治疗痤疮的核心靶点。富集分析GO条目535项(P<0.05),KEGG信号通路233条(P<0.05)，主要富集通路有AGE...     

基于网络药理学方法分析银黄制剂治疗外感性疾病的作用机制

目的：基于网络药理学方法，分析银黄制剂治疗肺、呼吸道炎症等外感性疾病的作用机制。方法：从TCMSP数据库获取银黄制剂活性成分、作用靶点；通过Gencards、OMIM、TTD数据库，以咽炎、扁桃体炎、支气管炎、肺炎检索相关疾病靶点，将药物与疾病的交集靶点导入String平台进行蛋白质相互作用分析，构建PPI网络；构建由Cytoscape3.8.2软件完成的“银黄制剂-活性成分-疾病有效靶点”网络图；最后通过Metascape平台进行基因本体(GO)功能和KEGG通路分析，分析其作用机制。结果：发现银黄制剂的222个有效活性成分和209个有效炎症靶点；其核心活性成分包括槲皮素、芹菜素、熊果酸、β-谷甾醇、木犀草素、汉黄芩素等；关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、CHRM1、DPP4、ADH1C等。GO功能和KEGG分析显示，与银黄制剂治疗肺及呼吸道炎症作用相关的生物过程(BP)条目339个，细胞组成(CC)条目100个，分子功能(MF)条目102个；KEGG相关信号通路225条(P<0.05)，其中乙型肝炎、丙型肝炎、P13K/Akt信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等与...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肝颗粒治疗慢性肝炎的作用机制

目的：利用网络药理学分子对接技术探讨清肝颗粒治疗慢性肝炎的作用机制。方法：首先利用TCMSP数据库收集清肝颗粒的中的化学成分以及靶点，利用OB、DL筛选候选活性化合物成分，然后通过CTD数据库、TTD数据库筛选出慢性肝炎相关的靶点；通过DAVID数据库对靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。运用Cytoscape3.6.1构建化合物-靶点、靶点-通路网络图；慢性肝炎通路整合与分析，最后通过AutoDock软件对主要活性成分及核心作用靶点进行分子对接验证。结果：检索得到清肝颗粒的化合物成分487个、靶点466个；筛选得到候选活性成分101个、慢性肝炎相关靶点115个，GO富集分析得到GOCC、GOMF、GOBP条目(p≤0.05)分别46、49、207个；KEGG通路富集筛选得到相关的通路23条，涉及钙信号通路、非酒精性脂肪肝、T细胞受体信号通路等。构建“慢性肝炎通路”,揭示了清肝颗粒在通路水平上协同发挥治疗慢性肝炎的效果，分子对接结果显示潜在的活性成分与核心靶点PTGS2、PPARG和NOS2均有较好的结合。结论：该研究通过运用网络药理学的研究方法发现清肝颗粒治疗慢性肝炎具有多成分、...     

基于网络药理学及分子对接研究盐酸小檗碱治疗特异性皮炎的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索盐酸小檗碱活性化合物证明其对抗特异性皮炎的机制。方法：使用SwissTargetPrediction和GeneCards数据库检索对应目标的基因，由Cytoscape软件构建化合物-靶标网络，筛选出药物-疾病的共同基因靶点作为研究靶点，将共同基因靶点导入STRING网络平台，获得蛋白质-蛋白质相互作用关系。盐酸小檗碱的核心靶点通过Metascape基因功能分析网站进行基因本体（GO）和KEGG信号通路生物富集分析。最后，采用Autodock、Pymol软件对筛选出来起到关键作用的靶点与盐酸小檗碱成分进行分子对接。结果：化合物-靶点网络主要包含99个对应靶点。GO生物富集分析得到1512个生物学过程、138个细胞组成、174个分子功能，KEGG中有5个主要信号通路。分子对接结果表明，盐酸小檗碱与ICAM1抗体具有较高的亲和力。结论：盐酸小檗碱中的可能通过与ICAM1抗体等多种靶点调控多种信号通路，可能对特异性皮炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨双黄连颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的可行性

目的:通过网络药理学方法探析双黄连颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分、靶点和信号通路,阐明其潜在分子机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台检索双黄连颗粒组成药材的活性成分和潜在靶点,GeneCards数据库中获取疾病靶点.使用Cytoscape构建中药-化合物-靶点信息网络.利用String构建蛋白质相互作用(PPI)网络,Metascape数据库进行富集分析.结果:筛选后得到双黄连颗粒活性成分68个,靶点253个.信息网络显示槲皮素、山柰酚、木犀草素等发挥关键作用.PPI分析可知双黄连颗粒主要通过AKT1、ALB、TP53等靶点发挥作用.KEGG通路富集到病毒相关通路、PI3K-Akt信号通路等.结论:双黄连颗粒作用于不同靶点、多条信号通路发挥抗病毒、抗炎等作用,实现对COVID-19的治疗作用.     

基于网络药理学及分子对接技术探寻“延胡索-赤芍”治疗盆腔炎的作用机理研究

目的：采用网络药理学及分子对接的方法,研究延胡索-赤芍治疗盆腔炎的潜在性靶点及数据信号通路。方法：依靠TCMSP平台查找延胡索-赤芍口服OB≥30%和DL≥0.18的活性成分及作用靶点。根据OMIM、GeneCards等数据库检索盆腔炎有关病症靶点,获得延胡索-赤芍中相关成分的靶点和盆腔炎靶基因。选用cytoscape3.7.1软件构建数据可视化的“药品-活性成份-靶点-疾病”关联网络结构图,然后进行GO和KEGG通路富集通路分析,进一步对筛选得到靶点较多的活性成分和靶点进行分子对接。结果：挑选获得70种潜在的药效成分,219个化学物质靶点,3954个盆腔炎有关靶基因。二者取交集后得到疾病和药物活性成份100个相同靶点。GO作用富集分析获得74个GO内容;KEGG通路富集分析挑选出140条数据信号通路。分子对接显示β-谷甾醇、豆固醇、狮足草碱和PTGS2、PTGS1、RXRA等靶点有较强亲和能力。结论：延胡索-赤芍可能是通过PTGS2、PTGS1、RXRA、OPRM等关键靶点发挥多成分-多靶点-多通路盆腔炎的治疗作用。     

基于网络药理学探究西洋参治疗2型糖尿病机制

检索TCMSP数据库获取西洋参活性成分,借助SwissTargetPrediction、Targetnet平台预测和筛选西洋参成分的作用靶点。通过TTD、DrugBank数据库获取T2DM相关靶点。利用String数据库和Cytoscape3.7.1构建其相互作用网络关系图。运用Metascape进行GO、KEGG富集分析。西洋参治疗T2DM的潜在活性成分有10个,与42个潜在靶点及MAPK级联反应调控、血糖稳态调控、葡萄糖跨膜运输等生物学过程有关。     

基于网络药理学探究银杏叶提取物治疗脑血管痉挛的作用机制

基于网络药理学方法预测银杏叶提取物治疗脑血管痉挛的潜在靶点及信号通路,阐述其作用机制。利用TCMSP平台筛选银杏叶中生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18的活性成分,GeneCards和Swiss Target Prediction数据库检索脑血管痉挛疾病相关蛋白靶点和活性成分的相关靶点,并用Venny平台获取活性成分与脑血管痉挛疾病之间的共有靶点,STRING数据库构建靶蛋白之间的相互作用网络图(PPI),进行GO生物功能模块分析、KEGG通路富集分析,并采用Cytoscape软件构建可视化的"活性成分-潜在靶点"网络图。从银杏叶中筛选出27个活性成分,脑血管疾病和活性成分共有82个靶点,银杏叶提取物治疗脑血管痉挛疾病涉及到EDNRA、APOB、EGFR、EGF、EDN1等多个靶点,以及HIF-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、类风湿性关节炎等相关通路。银杏叶提取物具有治疗脑血管痉挛疾病的功效可能是由多个活性成分作用于多个相关靶点,通过调节多个通路的共同结果。     

基于系统药理学和分子对接探讨葛根抗肿瘤作用机制

基于TCMSP数据库筛选葛根活性成分及相关靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库筛选肿瘤靶点,将葛根活性成分与肿瘤靶点映射;采用Cytoscape构建药物-成分-靶点-疾病关系图;应用STRING数据库筛选排名前5的靶点蛋白,与葛根活性成分进行分子对接;运用Bioconductor进行GO富集和KEGG通路富集分析。通过筛选得到16个葛根活性成分及104个相关靶点、8 352个肿瘤靶点,通过韦恩映射得到97个交集基因;靶点蛋白为EGFR、ESR1、IL6、NCOA1、VEGFA;通过前列腺癌、人巨细胞病毒感染、p53信号通路发挥抗肿瘤作用。初步揭示了葛根是以多成分、多靶点、多通路的复杂形式发挥其抗肿瘤作用,为新型抗肿瘤药物的开发提供了理论依据。     

逍遥散治疗盗汗的网络药理学作用机制探讨

目前关于药物对盗汗等传统中医疾病的作用机制研究较少,本文基于网络药理学探讨逍遥散治疗盗汗的分子机制。通过TCMSP、Drug Bank和Swiss Target Prediction数据库得到活性成分及对应靶点,利用Gene Carts和OMIM平台收集盗汗相关基因,分析化合物靶点与盗汗靶点交集,使用STRING分析蛋白互作网络,采用Cytoscape软件构建核心蛋白互作网络,最后对核心基因分别进行GO富集和KEGG通路分析。可得知逍遥散可能通过多成分、多靶点的作用方式干预了多条信号通路,从而达到治疗盗汗的疗效。     

基于网络药理学分析金英黄归汤治疗乳腺炎的作用机制

构建金英黄归汤干预乳腺炎的"中药-活性成分-靶点-炎症通路"网络关系,预测其治疗乳腺炎的靶点及机制。采用网络药理学方法,通过数据库收集金英黄归汤中化合物,以口服利用度(OB)和类药性(DL)作为限定条件筛选活性成分,收集其作用靶点,并应用Cytoscape软件拓补分析主要靶点,利用GeneCards等数据库获取乳腺炎疾病靶点,应用韦恩分析获取活性成分治疗乳腺炎的交集靶点;STRING数据库构建交集靶点之间的交互网络,利用DAVID数据库对作用的乳腺炎靶点进行GO和KEGG通路富集,最后构建"活性成分-靶点-炎症通路-疾病"网络。金英黄归汤中满足筛选条件的活性成分有62个,相对应的预测靶点有229个,主要靶点144个,乳腺炎疾病靶点有139个,金英黄归汤活性成分作用乳腺炎的靶点有23个,其通过调控Toll样受体(TLR)、TNF、NF-κB以及NOD样受体(NLRs)信号通路来治疗乳腺炎。金英黄归汤针对乳腺炎的药理作用是通过多成分、多靶点、多途径进行,这将为深入研究药效物质基础和作用机制提供理论指导。     

白术-白芍活性成分治疗肠易激综合征的网络药理学研究

基于网络药理学的方法预测白术-白芍中活性成分治疗肠易激综合征的作用靶点、信号通路、分子机制.检索TCMSP数据库查找白术、白芍活性成分及其作用靶点.检索OMIM、Genecard和Drugbank数据库富集疾病靶点并筛查交集靶点.采用String数据库与Cytoscape软件进行蛋白相互作用分析、靶点网络构建.通过Me...     

基于网络药理学和分子对接的高根二醇抗溃疡性结肠炎的作用机制研究

运用网络药理学研究方法,对高根二醇作用潜在靶点与机制进行整合与分析,探究高根二醇抗溃疡性结肠炎(UC)作用机制.利用PharmMapper、uniprot对筛选出高根二醇的224个作用靶点,利用OMlM、Genecards数据库检索并筛选出608个疾病作用靶点,整合筛选出高根二醇和溃疡性结肠炎的共同靶点48个.使用Cytoscape 3.7.2软件,构建"成分-靶点-疾病"网络图,再利用STRlNG、Cytoscape构建PPl网络,筛选出核心靶点,并进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析.根据网络药理学预测的靶点,选择EFGR、lGF1及lL2进行分子对接.本实验初步揭示出高根二醇可能通过抑制炎症反应、调节免疫功能的途径治疗UC.     

广藿香中活性化合物抗炎作用机制研究

目的对中药广藿香的活性化合物进行网络药理学研究,探索其抗炎作用的分子作用机制。方法通过TcmSP、TCM Database@Taiwan和PharmMapper等数据库筛选广藿香活性成分及其作用靶点,筛选结果与Therapeutic Target Database和DrugBank数据库中得到的炎症靶点相比较,总结筛选出广藿香活性成分抗炎作用的潜在靶点。采用Divide软件对靶点进行基因注释,利用Cytoscape软件构建广藿香抗炎多成分-多靶点-多通路作用网络并分析。结果网络分析表明广藿香17个活性成分作用于21个炎症靶点,涉及11条代谢通路,参与信号转导、蛋白水解和炎症反应等相关生物过程。结论广藿香抗炎作用体现了中药多成分-多靶点-多通路的作用特点,该研究为深入阐述广藿香抗炎作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学分析中药半夏的药理作用分子机制

基于网络药理学方法探讨中药半夏主要活性成分的药理活性,预测和分析其潜在的分子作用机制。首先使用TCMSP数据库筛选半夏的有效活性成分及作用靶点,并用Uniprot数据库将作用于人源靶点转成相应的基因名,而后运用STRING平台结合Cytoscape软件构建蛋白互作网络,再利用DAVID数据库进行GO生物学过程分析和KEGG信号通路富集分析,最后构建主要活性成分-靶点-通路可视化网络图。结果表明,半夏有12种主要有效成分作用于169个人源靶点,其中半夏的主要活性成分为黄芩素、β-谷甾醇、豆甾醇、松柏苷等。它们主要通过调控核心基因AKT1、FOS、JUN、TP53、VEGFA、MMP9、ESR1、CASP3、HSP90AA1、AR、PTGS2、RELA、PPARG、CYCS和PGR及关键基因PIK3CG、PRKACA、BCL2、ADRA1A,ADRA1B和ADRB2等靶点,经钙信号、激酶信号等途径,在治疗癌症、神经性疾病、内分泌代谢性疾病等方面发挥较强的作用。中药半夏具有多成分、多靶点、多途径的药理作用特点,为进一步对其药理药效作用机制的研究奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨莳萝子油脂抗肿瘤的生物活性

中药莳萝子油脂含有多种脂肪酸，本文旨基于网络药理学揭示抗肿瘤的关键基因，并基于分子对接技术识别并探讨莳萝子油脂中脂肪酸成分对肿瘤的作用机制，为其药效物质基础研究提供参考。本研究通过定性分析和筛选获得15个活性成分，结合SwissTargetPrediction数据库和TCMSP数据库预测靶点获得相关基因，疾病基因和成分靶点基因交集得到164个基因，用Cytoscope筛选出10个关键基因，通过David数据库导入微生信得到KEGG通路15条，GO分析条目45条。运用autodock分子对接技术发现莳萝子油脂中的4种活性成分与关键基因的结合能力较好。本实验揭示了肿瘤的关键基因，初步揭示莳萝子脂肪酸抗肿瘤的有效成分及潜在靶点。     

基于网络药理学的苦参黄酮防治糖尿病视网膜病机制研究

目的:运用网络药理学探讨苦参中黄酮成分防治糖尿病视网膜病的作用机制。方法:通过TCMSP、PharmMapper等数据库检索苦参黄酮成分并预测其作用靶点,根据类药性原则筛选出活性成分;从TTD等数据库检索糖尿病视网膜病的疾病靶点,将药物作用靶点与疾病靶点取交集得到共有靶点;对共有靶点进行蛋白互作网络分析和KEGG通路注释分析,利用Cytoscape软件构建"活性成分-靶点-通路"网络。结果:筛选得到苦参83个活性黄酮成分,涉及DR作用靶点131个。进一步富集分析发现苦参中黄酮成分主要调控AGE-RAGE信号通路、FoxO信号通路、胰岛素抵抗信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt信号通路、T细胞受体信号通路等166条显著相关通路。结论:网络药理学直观地展示了苦参中黄酮成分多靶点防治糖尿病视网膜病的作用特点,为进一步研究苦参抗糖尿病视网膜病的作用机制提供了科学依据。     

五子衍宗丸治疗多囊卵巢综合征的网络药理学探讨

目的：基于中药网络药理学方法探讨五子衍宗丸治疗多囊卵巢综合征(Polycystic ovary syndrome,PCOS)的潜在作用机制。方法：通过检索TCMSP中苍附导痰丸组成药物的成分数据,检索Disgenet、GeneCards、OMIM数据库中PCOS疾病相关靶点;利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白质相互作用网络进行构建,并提取交集网络以获得五子衍宗丸治疗PCOS的关键靶点;利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,得出五子衍宗丸治疗PCOS的作用机制。结论：五子衍宗丸治疗多囊卵巢综合征的主要成分可能是槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇等,涉及到的关键通路有癌症信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、化学致癌–受体激活通路、T白细胞介素-17信号通路等,与激素反应、对有机物的反应、细胞对脂质的反应、对外源性刺激的反应等多个生物学过程相关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨保元汤治疗冠心病和心力衰竭的作用机制

目的：利用网络药理学及分子对接技术，探索保元汤治疗冠心病和心力衰竭的作用机制。方法:通过数据库并结合文献检索汇总保元汤的成分信息；在数据库查询冠心病和心力衰竭相关靶点，利用String找出关键靶点；在Metascapehe进行KEGG通路和GO通路富集分析；用Autodock进行分子对接。结果:筛选出保元汤、冠心病、心力衰竭的作用靶点数分别为773、927、829，保元汤和冠心病共同基因、心力衰竭、冠心病与心衰的共同基因分别为161、111、99。GO分析结果，保元汤和冠心病涉及生物过程的基因群主要集中在激酶和细胞凋亡的正调控等；保元汤和心力衰竭涉及生物过程的基因群主要集中在腺体发育、血液循环等；保元汤和冠心病、心力衰竭涉及生物过程的基因群主要集中在血液循环、上皮细胞增殖等。KEGG通路富集分析，主要集中于HIF-1信号通路、Rap1信号通路等；保元汤和心力衰竭共同靶点主要集中于PI3K-AKT信号通路、Rap1信号通路等；保元汤和心力衰竭共同靶点主要集中于Ras信号通路、cGMP-PKG信号通路等；分子对接结果显示，异鼠李素与EGFR靶点具有较好的结合活性；山萘酚、菜豆异黄酮与ESR...     

基于网络药理学及分子对接探讨决明子对干眼的治疗机制

目的：采用网络药理学方法和分子对接技术探讨分析中药决明子治疗干眼的作用机制。方法：通过TCMSP、UniProt获得决明子有效成分、靶点，通过疾病数据库DrugBank、OMIM、GeneCards、Disgenet获得干眼的作用靶点。利用Venny 2.1.0将决明子-干眼靶点交集并绘制Venn图。使用String、Cytoscape构建蛋白互作网络图及“药物-成分-疾病-靶点”拓扑图。利用Metascape、KEGG数据库、Pathview对靶点进行GO功能、KEGG通路分析及信号通路注释、可视化处理。通过分子对接验证中药核心成分与关键作用靶点结合的可能性。结果：决明子通过14种有效成分，对TNF、TP53、ESR1、IL1B等17个干眼靶点发挥治疗作用，通过MAPK、p53等多个信号通路发挥抗炎、抗凋亡、抗氧化、激素调节等作用，进而起到治疗干眼的效果。分子对接显示成分与靶点结合性较好、构象稳定。结论：此研究体现了中药决明子治疗干眼“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，为进一步开展决明子在眼科方面的研究提供了新的思路和依据。