频繁子图挖掘算法gSpan的设计与实现

由于大部分图挖掘算法都需要利用频繁子图,频繁子图挖掘逐渐成为了数据挖掘领域中的热点研究内容。目前,很多高效的频繁子图挖掘算法已经被提出。其中,gSpan算法是目前公认的最好的频繁子图挖掘算法。然而,在化合物数据集上,还可以利用化合物的特殊结构进一步优化gSpan算法的性能。文献利用了化合物分子结构的对称性和原子类型分布的不均衡性,提出了一些新的优化策略,进一步改进了gSpan的性能。鉴于gSpan算法在图挖掘领域乃至整个数据挖掘领域的重要性,设计并实现gSpan算法。同时,采用文献[4]中的优化策略,进一步提高gSpan算法在化合物数据集上的运行效率。     

基于化合物库测试的gSpan算法

gSpan算法是一种基于频繁图的数据挖掘算法。该算法基于无候选人产生的频繁子图,采用深度优先搜索策略挖掘频繁连接子图。由于其设计结构具有连续性以及无候选人产生,算法的性能得以提高,在执行速度上可以达到前人算法如FSG算法的15~100倍。基于化合物库Chemical-340测试发现,该算法能够以卓越性能有效挖掘频繁子图。该算法可以应用在搜索具有相同子结构的化合物研究中,对相关领域研究发展具有重要意义。     

基于化合物库测试的gSpan算法

gSpan算法是一种基于频繁图的数据挖掘算法。该算法基于无候选人产生的频繁子图，采用深度优先搜索策略挖掘频繁连接子图。由于其设计结构具有连续性以及无候选人产生，算法的性能得以提高，在执行速度上可以达到前人算法如FSG算法的15～100倍。基于化合物库Chemical_340测试发现，该算法能够以卓越性能有效挖掘频繁子图。该算法可以应用在搜索具有相同子结构的化合物研究中，对相关领域研究发展具有重要意义。     

FSM——基于子图同构和结构同构的频繁子图挖掘算法

图结构挖掘已成为当前数据挖掘的研究重点之一.在文本结构分析、生物信息处理以及网络结构分析等领域图结构挖掘都有着广泛应用.频繁子图的数量通常随图的大小呈指数增长,为此人们提出了很多的解决方法,如FSG,gSpan,Closeraph.通过引入子图同构和结构同构的概念,借助贪婪搜索算法和完全级别搜索算法的思想,结合图论和频繁项目集的挖掘算法,提出了一种新的频繁子图挖掘算法--FSM(frequent subgraph mining). FSM算法降低了寻找频繁子图的复杂度,提高了图结构挖掘的效率.     

一种基于Apriori思想的频繁子图发现算法

如今,关联规则技术应用在许多非传统领域,许多已有的频繁项集搜索方法已经不适用了。一种解决的方法就是用图的形式表示这些领域的事务,然后利用基于图论的数据挖掘技术发现频繁子图。本文提出了一种基于Aproiri思想的频繁子图发现算法SLAGM,它可以有效地挖掘简单图中的频繁子图。实验证明,该算法在性能上优于另一种子图挖掘算法AGM。     

基于路径的频繁子图挖掘算法研究

图挖掘是数据挖掘的一个重要研究方向,而图挖掘主要集中在图数据集内频繁子图的挖掘。频繁子图挖掘技术的关键是建立有效机制减少冗余候选子图,以便高效计算和处理所需的频繁子图。提出了一种基于路径的频繁子图挖掘算法,该算法首先找出所有频繁边从而挖掘出频繁单路径,然后通过组合、双射和操作扩展出较多的频繁路径,再通过连接操作产生所有频繁子图候选集。通过定理证明了该算法的正确性和完整性,从理论上分析了该算法时间复杂度低于现有的算法,最后进行了2个图数据集实验,在候选集产生的数量和时间性能2方面验证了算法的优越性。     

基于标准编码的频繁子图挖掘算法

频繁子图挖掘是图挖掘的一个重要研究课题.gSpan算法作为一种高效的子图挖掘算法具有较好的执行效率,它通过最右扩展生成频繁子图,但不能保证每次扩展得到的均为标准编码.针对此问题本文提出了一种改进的算法CSGM,它采用ADI++存储结构,能处理更大规模的图集,同时保证每次最右扩展均生成标准编码,既避免了对非标准编码图的支持度计算,也避免了对输入编码是否为标准编码的计算.在实际数据集上运行的实验结果表明它比原算法提高了挖掘效率.     

一种新的基于嵌入集的图分类方法

随着图数据收集技术在许多科学领域的发展,对图数据分类已成为机器学习和数据挖掘领域的重要课题.目前已经提出许多图分类方法.其中,一些图分类方法采用3步来构筑分类模型;一些图分类方法采用2步来构筑分类模型.这些方法在挖掘频繁子图或特征子图时,只考虑到子图的结构信息,而没有考虑到子图的嵌入信息.为此,在L-CCAM子图编码的基础上,提出了一种基于嵌入集的图分类方法.该方法采用基于类别信息的特征子图选择策略,不但考虑了子图的结构信息,而且在频繁子图挖掘过程中充分利用嵌入信息——嵌入集,通过一步即直接选择特征子图以及生成分类规则.实验结果表明:在对化合物数据分类时,在分类精度上该方法优于采用3步的图分类方法;在运行效率上该方法优于采用2步和3步的图数据分类方法.     

频繁闭合项目集的并行挖掘算法研究

频繁项目集挖掘因其在数据挖掘领域中的基础地位和广泛应用备受学术界和产业界的关注，用挖掘频繁闭合项目集代替挖掘频繁项目集是近年来提出的一个重要策略。不同于以往提出的挖掘所有频繁项目集的并行算法，本文针对频繁闭合项目集的特性及并行挖掘的特点，给出了共享存储器模型上(Shared Memory)基于频繁模式树(FP-tree)的挖掘频繁闭合项目集的并行算法(FCIPM)思想，提出了频繁闭合项目集直接判断法，性能分析表明所提技术对算法的性能提高起到了关键作用。     

基于磁盘存储1项集计数的增量FP＿GROWTH算法

随着数据集规模的不断增大,提高频繁项集的挖掘效率成为数据挖掘领域的研究重点。频繁项集的增量更新挖掘算法因其可以利用已挖掘发现的信息提高对新数据集的挖掘效率,成为重要的研究方向。但现有频繁项集增量更新算法大多基于APRIORI算法框架,性能提高有限。最近出现的建立在FP‐T REE等树形结构上的增量更新算法又往往存在树形结构调整困难、已发现频繁项集及树形结构保存效率较低等问题,算法性能有待进一步地提高。对此,通过分析增量挖掘过程中的关键信息,提出了一种基于磁盘存储1项集计数的增量FP＿GROWTH算法（IU＿FPGROWTH＿1COUNTING）。该算法无需保存临时树形结构及临时挖掘结果,可以在原数据集及支持度均发生变化时,减少FP＿GROWT H算法对数据集的扫描,提高频繁项集的挖掘效率。在生成以及真实数据集上进行了验证实验以及性能分析,结果表明IU＿FPGROWTH＿1COUNTING是一种有效的频繁项集增量更新挖掘算法。     

一种改进的闭图挖掘算法

频繁子图挖掘是各种图挖掘的基础和瓶颈,为了提高频繁子图挖掘算法的效率,在频繁闭图方法的基础上提出了一种新算法BPCG.首先使用了一种新结构表存储频繁子图集,从而不需扫描图集就可直接扩展最频繁邻接边及计算支持度阈值;然后算法又利用兄弟剪枝策略和删除局部频繁边,缩小搜索空间并减少不必要的操作.通过实验证明,算法优于其他子图挖掘算法.     

一种频繁子图挖掘算法

为减少频繁子图规范化检测的时间复杂度,对规范化邻接矩阵的相关性质进行分析。给出相关定理并证明其正确性,从而减少冗余候选子图的产生。在此基础上,提出一种频繁子图挖掘算法——FSM_CAM。实验结果证明,与现有频繁子图挖掘算法FSubGraphM相比,FSM_CAM算法的效率较高。     

利用MapReduce平台实现高效并行的频繁子图挖掘

频繁子图挖掘是数据挖掘领域的一个重要问题,并且有着广泛的应用。在Hadoop平台上实现了一种基于MapReduce的高效频繁子图挖掘算法Cloud-GFSG（cloud-global frequent subgraph）。该算法基于Apriori思想,在扩展边生成新的子图时,使用已经挖掘出的k-1阶的频繁子图生成k阶的频繁子图。同时,检查是否存在待扩展生成的子图,设定生成的频繁子图表示规则,保证了频繁子图信息的唯一性。较同类算法相比,该算法在挖掘频繁子图时更具通用性,并且在扩展边时避免产生大量的复制图,从而使得算法的正确性得以保证,且运行效率显著提高。     

加权最大频繁子图挖掘算法的研究

如何从大量的图中挖掘出令人感兴趣的子图模式已经成为数据挖掘领域研究的热点之一。传统的频繁子图挖掘方法对满足最小支持度阈值的子图同等对待,但在真实数据库中不同的子图往往具有不同的重要程度。为解决上述问题,提出了一种深度优先的挖掘加权最大频繁子图的新算法。首先给出了一种新的用于计算图的邻接矩阵规范编码的结点排序策略,大大降低了求图规范编码的复杂度,并可以加速子图规范编码匹配的速度。其次,给出了加权最大频繁子图的定义,不仅可以找出较为重要的最大频繁子图,而且可以使挖掘结果同样具有反单调性,从而可加速剪枝。实验结果表明,提出的算法不仅可以有效地减少挖掘结果的数量,而且具有较高的效率。     

基于图理论的频率子图挖掘算法在生物分子网络中的研究

基于大规模生物分子网络的信息挖掘是近年来生物信息学研究领域的一个重要研究课题,频率子图在生物分子网络中代表具有特定功能的稳定结构,基于频率子图的挖掘是生物信息学的一个重要研究方向,对分子网络中的频率子图挖掘算法进行研究,主要对三种经典频率子图挖掘算法（AGM、FSG、gSpan）进行详细的研究和比较,并对生物分子网络中频率子图挖掘存在的问题及解决这些问题的方法进行研究,其目的是为研究更高效的频率子图挖掘算法提供参考和借鉴。     

基于FSG的最大频繁子图挖掘算法*

图挖掘已成为数据挖掘领域研究的热点,然而挖掘全部频繁子图很困难且得到的频繁子图过多,影响结果的理解和应用。可通过挖掘最大频繁子图来解决挖掘结果数量巨大的问题,最大频繁子图挖掘得到的结果数量很少且不丢失信息,节省了空间和以后的分析工作。基于算法FSG提出了最大频繁子图挖掘算法FSG-MaxGraph;结合节点的度、标记及邻接列表来计算规范编码,提出两个定理来减少子图同构判断的次数,并应用改进后的决策树来计算支持度。实验证明,新算法解决了挖掘结果太多理解困难的问题,且提高了挖掘效率。