藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成分析

基于高通量测序技术对西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮细菌和真菌菌群的多样性及群落组成进行分析。结果表明,不同品种葡萄果实表皮微生物群落多样性差异明显,‘夏黑’葡萄果实表皮微生物丰富度和多样性指数最高,‘火焰无核’葡萄果实表皮最低。优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、SJA-15、劳尔氏菌属（Ralstonia）、异样根瘤菌属（Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）和阿菲波菌属（Afipia）,优势真菌属主要为球腔菌属（Mycosphaerella）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和枝顶孢属（Acremonium）。结果显示,不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成及相对丰度差异明显,说明葡萄品种影响葡萄果实表皮微生物群落结构组成。     

耕作方式对山地烟田烤烟根际土壤真菌群落结构的影响

  目的  探究深耕、深松措施对山地烟田土壤真菌群落结构的影响。  方法  采用大田试验, 设置常规旋耕20 cm（RT20, 对照）、深耕30 cm（DT30）、深松30 cm（ST30）和深松40 cm（ST40）4个处理, 利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析了不同耕作处理下旺长期烤烟根际土壤真菌群落结构的变化情况。  结果  （1）与RT20相比, DT30、ST30和ST40处理中根际土壤真菌OTU丰度分别提升了9.19%、13.11%和6.32%, 其中DT30、ST30处理所特有的OTUs数分别是RT20的1.30倍和1.18倍; （2）不同深耕和深松处理后根际土壤真菌群落丰富度和多样性均有所增加, 其中DT30、ST30和ST40处理的Shannon指数与对照相比分别提升了8.23%、7.46%和4.63%, Chao1指数分别提升了8.27%、13.39%和4.26%;（3）在门、属和种水平上不同耕作处理优势菌群及相对丰度均有显著差异, 与RT20相比, DT30、ST30和ST40处理中镰刀菌属（Fusarium）真菌相对丰度分别降低了25.34%、14.53%和18.41%, 茎点霉属（Phoma）相对丰度分别降低34.96%、31.17%和33.33%;另外, 青霉属（Penicillium）和紫霉属（Purpureocillium）等有益真菌相对丰度较RT20均表现出增加趋势。  结论  深耕和深松措施促进了微生物群落结构的重建, 有利于提升烤烟根际土壤真菌群落多样性, 并在一定程度降低潜在土传病原真菌的相对丰度, 促进有益土壤微生物生长, 从而对山地烟田烤烟根际土壤微环境有一定改善作用。      

烤烟根腐病对烟株根际土壤真菌群落结构的影响

为从微生物生态学角度探求烤烟根腐病的发生原因并为其防控提供理论依据,利用Illumina MiSeq高通量测序分析了烟草根腐病发病和健康植株根际土壤真菌群落结构的差异,结果表明,烤烟根腐病发生对烤烟根际土壤真菌的丰富度有显著影响,其中健康和患病烟株根际土壤样品中真菌OTU数分别为904个和647个,健康烟株真菌OTU总数为患病烟株的1.40倍,特有OTUs数是患病烟株的2.59倍;患病烟株根际土壤真菌群落多样性水平显著低于健康烟株土壤,患病烟株根际土壤的Shannon、ACE和Chao1指数分别较健康植株降低了29.81%、40.12%和40.61%;同时,患病烟株与健康烟株根际土壤真菌群落的优势物种显著不同,患病烟株根际土壤中烤烟根腐病病原菌茄镰刀菌（F.solani）相对丰度较健康烟株根际土壤增加了303.45%,为健康烟株的4.03倍,且棘孢木霉（Trichoderma asperellum）和青霉菌（Penicillium raperi）的相对丰度亦较健康烟株分别增加了17.62%和50.46%。烟草植株根际土壤中真菌群落结构改变及物种多样性降低是烤烟根腐病发生的重要特征。研究可为该病害的早期预防或生态调控提供科学依据。     

复合液体肥对‘夏黑’葡萄园土壤微生物多样性的影响

为探究液体肥对葡萄根际土壤微生物多样性的影响，采用IlluminaMiseq高通量测序技术，分析了施用液体肥后‘夏黑’葡萄根际土壤微生物群落的情况。结果表明：与常规施肥相比，施用液体肥后显著提高了‘夏黑’葡萄根际土壤中微生物的丰度和多样性；土壤细菌OTU归类到36门97纲230目359科700属，葡萄根际土壤中门水平上的变形菌门、放线菌门、绿弯菌门、拟杆菌门、芽单胞菌门、Atescibacteria丰度比常规肥处理分别增加了9.53、0.87、0.12、1.99、0.61、1.12个百分点；葡萄根际土壤中属水平上的鞘氨醇单胞菌属、芽单胞菌属、RB41、Candidatus Udaeobacter、黄色杆菌科及其两个优势菌属相对丰度分别增加了2.28、0.22、0.46、0.22、0.51、0.11、0.10个百分点。施用液体肥后，土壤真菌OTU归类到7门25纲145目145科277属，葡萄根际土壤中毛葡孢属、镰刀菌属、短柄菌属、Gibellulopsis、盘菌属的相对丰度比常规肥处理分别增加了8.08、2.70、1.50、1.24、0.62个百分点。综合分析，施用复合液体肥改变了葡萄根...     

浓香型白酒生产区土壤微生物群落结构的季节性变化

采用高通量测序技术对浓香型白酒生产车间外的土壤微生物季节性变化趋势及主要影响因子进行分析,并与酿酒相关微生物进行比对。结果表明,土壤微生物群落结构和多样性有显著的季节性变化,冬季土壤微生物总数量显著高于夏季,季节对细菌的影响大于真菌。细菌优势菌群不同季节相对丰度占比无显著性差异（P＞0.05）,真菌优势菌群子囊菌门（Ascomycota）呈极显著性差异（P＜0.01）。通过冗余分析（RDA）,pH和有机碳分别是影响细菌和真菌群落结构变化的主要环境因子,解释率分别为12.7%、7.6%。此外,土壤中发现有酿酒微生物的存在,细菌共有11个菌属,真菌共有18个菌属,瘤胃球菌属（Ruminococcus）和芽孢杆菌属（Bacillus）是优势细菌菌群,镰刀菌属（Fusarium）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢菌属（Cladosporium）则是优势真菌菌群。     

高通量测序分析不同采集保存温度下甘南牧区牦牛酸奶真菌多样性

采用Illumina NovaSeq 高通量测序技术,对4种不同采集保存温度条件下采集自甘南牧区牦牛酸奶扩增真菌ITS2区序列进行测序,进行OTU聚类、Alpha多样性和Beta多样性等分析,比较不同采集保存温度下样品的真菌群落结构和多样性。结果表明,甘肃甘南牧区牦牛酸奶真菌主要为子囊菌门（Ascomycota）,其丰度占总数的82.09%～99.25%;真菌菌属中酵母菌属（Saccharomyces）丰度占总数23.98%～63.49%,克鲁维酵母菌属（Kluyveromyces）丰度占总数16.08%～31.89%,毕赤酵母属（Pichia）丰度占总数3.39%～35.21%,为样品中的优势菌属。4种不同采集保存温度条件下采集甘南牧区牦牛酸奶样品真菌多样性分析比较后无显著差异,各分类水平下,不同组别菌群组成基本相同,各菌群在不同组别中只是占比不同。各分类水平真菌群落组成基本相同,仅组成比例不同。     

分子生物技术在果汁鉴伪中应用的研究现状

为探究传统发酵牦牛酸奶及奶酪中细菌群落结构的多样性,采用Illumina Miseq高通量测序对西藏林芝传统自然发酵牦牛酸奶（sn）和酪乳（nl）样品进行细菌群落结构分析。结果表明,酪乳和酸奶样品总计测得有效序列条数分别为（58 455±1 145）条和（57 068±1 263）条,共产生（63±2）个和（25±3）个操作分类单元（OTUs）。酪乳样品的α多样性指较高,具有较高的细菌群落多样性;酸奶和酪乳样品细菌的优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）,其相对丰度分别为（99.80±3.47）%和（50.76±2.13）%;酸奶样品的优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（相对丰度为（74.32±1.23）%）,酪乳样品的优势属为乳球菌属（Lactococcus）（相对丰度为（48.44±2.13）%）;酸奶和酪乳样品在属水平的热图分析表明两个样品的细菌群落结构具有差异性和相似性。     

不同品种大麦表皮微生物研究

为明确不同品种大麦表皮微生物群落结构的差异，采用Illumina Miseq高通量测序技术解析不同品种大麦表皮细菌和真菌群落多样性。结果表明，甘啤6号大麦表皮细菌和真菌多样性显著高于汾麦30和大麦3018。在细菌属水平，甘啤6号相对丰度较高的依次是假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）、泛菌属（Pantoea）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、类芽孢菌属（Paenibacillus）等。汾麦30和大麦3018中，相对丰度较高的依次是Pantoea、Pseudomonas和一类未鉴定的菌属。在真菌属水平上，甘啤6号相对丰度较高的依次是类型孢子菌属（Tylospora）、横梗霉属（Lichtheimia）、维希尼克氏酵母菌属（Vishniacozyma）、线黑粉酵母属（Filobasidium）等。汾麦30中担子菌门（Basidiomycota）一类未鉴定的属为优势属；大麦3018中复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）为优势菌属。该研究揭示了不同品种大麦表皮微生物群落结构的差异，为清香型白酒制曲原料大麦的选择和质量把控提供了理论依据。     

解淀粉芽孢杆菌施用方式对烟株根际土壤真菌群落的影响

通过大田试验和ITS扩增子测序技术,研究了解淀粉芽孢杆菌不同施用方式[兑水灌根（DS）、拌土围根（BT）、米糠+拌土围根（MK+BT）]对烟株根际土壤真菌群落的影响,旨在为解淀粉芽孢杆菌的科学施用提供理论基础。结果表明,BT和MK+BT均可显著提高烟株根际土壤真菌群落OTU数量及Sobs、Shannon、Chao1指数,对烟株根际土壤真菌群落结构具有显著影响,提高了土壤中子囊菌门和担子菌门的相对丰度,促使土壤中毛壳属（Chaetomium）、木霉属（Trichoderma）和赤霉菌属（Gibberella）等一些有益微生物比例上升。综合来看,在改善根际土壤真菌群落的作用中,MK+BT > BT > DS。     

Microbial diversity analysis of vineyards in the Xinjiang region using high‐throughput sequencing

The microbial diversity of soil, grape leaves and grape fruits from three wine‐growing areas in Xinjiang, China were analysed using high‐throughput sequencing. Results show that five fungal phyla and 237 fungal genera, as well as eight bacterial phyla and 314 bacterial genera were detected in 27 samples. For both fungi and bacteria, the microbial diversity was most complex in the soil, followed by grape leaves and fruit. In the soil samples, Ascomycota, Sordariales, Tetracladium and Geomyces were the dominant fungal genus, while Arthrobacter, Kaistobacter and Skermanella were the dominant bacterial genus. With regard grape leaves and fruit, Aureobasidium, Cryptococcus, Aspergillus and Pleosporaceae were the dominant fungal genus, while Pseudomonas, Sphingomonas and Adhaeribacter were the dominant bacterial genus. Different geographical locations were associated with differences in microbial diversity. The complex microflora of vineyards provides a basis for further microbial screening and its potential utilization in different regions. © 2018 The Institute of Brewing & Distilling     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

新疆吐鲁番坎儿井饮用水中微生物多样性分析

目的：了解新疆坎儿井微生物菌群特征。方法：采集新疆吐鲁番4种不同坎儿井饮用水，利用Illlumina-Hiseq高通量测序技术对其进行测序，Majiorbio生信云平台进行微生物群落结构多样性分析。结果：质控后细菌有效序列为446 700条、真菌有效序列为407 376条，基于97%一致性共得到2 586个OTUs。门水平上，变形菌门（Proteobacteria）为4个样品共同优势的细菌门；在属水平上，阿木尔坎儿井（样品A）、奥吾提坎儿井（样品T）共同优势菌属为嗜氢菌属（Hydrogenophaga），占比分别为34.31%，57.66%；沙依坎儿井（样品S）优势菌属为曲杆菌属（Curvibacter），占比36.33%；米依木阿吉坎儿井（样品M）优势菌属为不可鉴定的丝毛单胞菌属（unclassified_f_Comamonadaceae），占比34.84%。真菌的子囊菌门（Ascomycota）为4个样品中共同优势菌门；样品S、M、T优势菌属为油壶菌属（Olpidium），分别占比15.77%，31.84%，16.38%。样品A优势菌属为不可鉴定的真菌属（Unclassified_k_fungi），占比27.68%。结论：4种样品在细菌和真菌门、属、种水平上有共同点的同时也有差异；虽然真菌多样性比细菌高，但物种所占丰富度较小。     

烟草成熟期土壤细菌群落结构及多样性

为研究烟草成熟期(下部叶采收期) 根际及非根际土壤细菌群落结构和多样性,利用PCR-DGGE 技术对攀枝花市盐边县主要烟区采集的5 个烟草根际土样和5 个非根际土样进行分析。结果表明,非根际与根际土壤细菌群落结构差异显著,非根际土壤的细菌多样性甚至超越根际, 表明烟草成熟期根际效应没有显现,并且有减弱甚至负向效应出现,这可能与烟草成熟期根系分泌物的影响有关。条带克隆测序表明,根际土壤中优势细菌的群落结构更为丰富,而非根际土壤中则相对较弱。Steroidobacter菌是烟田土壤中的优势细菌;硝化螺菌属(Nitrospira) 细菌、Rhizobiales 目下未定类细菌等为烟草根际土壤中优势细菌;放线菌目(Actinomycetales) 未定类放线菌和Chitinophagaceae 科未定类细菌为非根际土壤中优势细菌。研究证明成熟期的烟草根际效应出现一定程度减弱。      

应用Illumina高通量测序技术分析3 种酒曲中微生物多样性

为了解贵州花溪（酒曲A）、盘州（酒曲B）、安顺（酒曲C）3 个地区的酒曲中微生物群落组成和多样性,运用高通量测序技术对酒曲中的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS1区进行测序,比较不同地区酒曲中微生物群落结构差异。测定不同地区酒曲的基本理化指标,与酒曲主要细菌种群进行相关性分析。结果显示,细菌获得129 510 条有效序列,1 030 个OTU;真菌获得60 945 条有效序列,19 个OTU。细菌的多样性分析表明,酒曲B中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲C,酒曲A和酒曲C的细菌群落结构更为接近。真菌的多样性分析表明,酒曲C中Shannon指数明显低于酒曲A和酒曲B,酒曲A和酒曲B的真菌群落结构更为接近。在门水平上,酒曲A的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为接合菌门（Zygomycota）;酒曲B的优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,优势真菌门为接合菌门;酒曲C的优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,酒曲A优势细菌属为红球菌属（Rhodococcus）,酒曲C和酒曲B的优势细菌属均为芽孢杆菌属（Bacillus）;酒曲A和酒曲B的优势真菌属为米根霉属（Rhizopus）,而酒曲C的优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）。不同地方来源的酒曲中的微生物组成及多样性在属和门水平上有明显差异;酒曲理化指标与酒曲细菌种群结构具有一定相关性。     

基于高通量测序技术对6种黄酒酒曲中微生物多样性的研究

本研究以6种黄酒酒曲为原料,利用高通量测序技术,研究酒曲中细菌和真菌的微生物群落结构及其多样性。结果显示,大米红曲（JQ1）、小米红曲（JQ2）的细菌群落结构及真菌群落结构都相似;麦曲（JQ3）、中药曲（JQ4）、酒药（JQ6）的细菌群落结构接近;JQ3、JQ4、黄酒曲（JQ5）的真菌群落结构接近。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）是JQ2、JQ3、JQ4、JQ6优势细菌门;JQ1、JQ5优势细菌门为变形杆菌门（Proteobacteria）。6种酒曲的优势真菌门是子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上,乳酸杆菌属（Lactobacillus）是JQ1优势细菌属;双歧杆菌属（Bifidobacterium）是JQ2优势细菌属;JQ3、JQ5优势细菌属为未培养叶绿体细菌属（uncultured_bacterium_o_Chloroplast）;枝芽孢菌属（Virgibacillus）仅为JQ4优势细菌属;葡萄球菌属（Staphylococcus）是JQ6优势细菌属。JQ1优势真菌属为塞伯林德纳氏酵母属（Cyberlindnera）,JQ2优势真菌属为红曲霉属（Monascus）,JQ3、JQ5优势真菌属为曲霉菌属（Aspergillus）;JQ4优势真菌属是耐干霉菌属（Xeromyces）,米根霉属（Rhizopus）是JQ6优势真菌属。综上,6种酒曲的微生物群落结构在门和属水平上都有较大差异,本文为后续红谷黄酒酒曲的筛选提供了理论参考。     

不同品种葡萄表皮真菌菌群的多样性分析

采用高通量测序技术对‘黑提’、‘玫瑰香’、‘阳光玫瑰’、‘红提’四种葡萄表皮真菌菌群多样性进行分析,3个门比较四种葡萄表皮真菌的多样性及差异。结果表明,四种葡萄表皮真菌群落多样性及丰富度存在差异,‘红提’表皮真菌群落多样性及丰富度均最高。真菌主要分布在子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）、接合菌门（Zygomycota）,威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）、镰刀菌属（Fusarium）、毕赤酵母属（Pichia）等6个属中。不同品种葡萄表皮真菌优势菌群在门水平差异相对较小,但在属水平差异较大,其中‘黑提’中的威克汉姆酵母菌属和毕赤酵母属的相对丰度远高于其他品种。相关性分析结果表明,威克汉姆酵母与毕赤酵母属明显呈正相关,且它们都与镰刀菌属呈负相关;而小画线壳属、古根菌属和镰刀菌属这三种属之间呈现明显的正相关。