高通量实验技术发展现况及在贵金属研究中的应用分析

随着科技的发展材料基因组工程技术成为材料科学研究的热点,其中的高通量实验技术是其中最重要的三部分之一。针对该类技术,首先总结了各类高通量实验技术的基本原理、种类和方法;在此基础上针对贵金属研究领域的特点,分析了各种高通量实验技术在贵金属材料研究领域中的优缺点和存在的问题,以及贵金属高通量实验方法需要基本的主要特征;给出了适合贵金属研究的高通量实验方法以及改进之处,并对其发展方向进行了分析和讨论。     

脊髓灰质炎病毒减毒活疫苗中Ⅲ_2株全基因测序及序列分析

目的对脊髓灰质炎病毒减毒活疫苗中Ⅲ2株全基因进行测序,并与P3/Leon/37株和SabinⅢ株的全基因序列进行同源性比较。方法通过大片段克隆和小片段克隆两种方法,采用RT-PCR法扩增覆盖中Ⅲ2株基因组全长且互相重叠的4个大片段和8个小片段,基因组中间片段的PCR产物直接测序,基因组末端的片段先进行TA克隆再测序。分别将两种方法得到的c DNA片段进行拼接,并将所得全长c DNA序列与P3/Leon/37株和SabinⅢ株的全基因序列进行同源性比较。结果两种方法均能得到长度为7 432 bp的中Ⅲ2株全长c DNA序列,且碱基序列完全一致;中Ⅲ2株全基因序列与P3/Leon/37株和SabinⅢ株全基因序列的同源性均为99%;中Ⅲ2株与P3/Leon/37株的碱基序列差异共有19处(非编码区3处和编码区16处),编码区有6个基因突变导致氨基酸序列的改变;中Ⅲ2株和SabinⅢ株的碱基序列差异共有28处(非编码区13处和编码区15处),编码区有3个基因突变导致氨基酸序列的改变。结论中Ⅲ2减毒疫苗株全基因组c DNA序列为7 432 bp,与SabinⅢ株全基因序列的同源性为99%。     

狂犬病病毒CVS-11株全基因序列测定及分析

目的对狂犬病病毒标准攻击毒株CVS-11株进行全基因序列测定,并就主要抗原位点与我国现用狂犬病疫苗生产毒株进行比较,评价CVS-11株作为抗狂犬病病毒中和抗体检测毒株的适用性。方法将CVS-11全基因组RNA分成8段进行RT-PCR扩增,分别将产物克隆入pGEM-TEasy载体中,测定全序列;用DNAStar软件包中的相应软件对基因全序列进行分析,并与5株生产用狂犬病病毒(CTN-1、aG、FluryLEP、PM和PV)进行基因比对分析和主要抗原位点比较。结果 CVS-11株基因组全长11927bp,其结构基因排列与已知其他狂犬病病毒相同,但G和M基因的非编码区偏长。CVS-11株与我国现用疫苗株的序列同源性在84.3%～99.5%之间。以相对保守的N基因作进化树分析,CVS-11株与PM株同源性最高,与CTN-1和aG株的亲缘关系较其他疫苗株远。各毒株G蛋白抗原位点存在一定的氨基酸差异。结论 CVS-11株与我国现用疫苗株具有较高的同源性;CVS-11株与不同疫苗株G蛋白抗原位点的差异可能对不同疫苗免疫效果评价产生不同程度的影响。     

Solexa基因组测序技术在食源性蜡样芽胞杆菌基因组研究中的应用

本文拟通过对2株从酱油渣中分离获得的蜡样芽孢杆菌用DNA纯化试剂盒提取全基因组DNA,并用胶回收试剂盒纯化后,构建质量合格的测序文库并进行Solexa基因组重测序,获得基因组序列后对其测序质量进行评估,并对基因组信息进行分析,其中包括利用mapping分析研究2株菌相对于参考基因组的各自的变异基因,并找到其共有变异基因,并对共有变异基因进行COG注释、GO功能注释及KEGG生物学通路分析,通过对变异基因的这些分析,结合文献中其他对蜡样芽孢杆菌耐盐的研究,在基因功能分析的基础上找出决定其耐盐能力的关键基因,本研究共找到49个耐盐相关基因,这些基因很可能在菌株耐盐中起着关键作用。本研究探索其耐盐机制,为酱油渣的综合利用创造条件,同时进一步为微生物在食品发酵过程中的各种耐盐机制研究提供重要依据。     

巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组微卫星分布特征分析

对已公布在NCBI数据库中的巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组测序结果,使用MISA软件对巨魾全基因组中的微卫星进行筛选并分析其数量与分布特征. 在巨魾基因组570 806 968 bp序列中,共筛选出360 235个完整型微卫星,其长度为6 998 449 bp,占基因序列总长度的1.23%. 在6种完整型微卫星中,微卫星数量最多的是单碱基类型,约占总数的44.65%,其余碱基类型数量排序为二碱基(43.29%)、三碱基(6.12%)、四碱基(4.80%)、五碱基(1.02%)和六碱基(0.11%). 基因组中数量最多的前10种微卫星类别分别为:A、AC、AG、AT、AAT、C、ATAG、AAAT、ACT和ATC.     

中华家系1号基因组和转录组国家一级标准物质发布

日前,由中国计量测试学会和中国遗传学会主办的“基因组测试质量及计量标准交流会”在中国计量科学研究院召开。会议正式发布了中华基因组精标准计划(GSCG)首批国家一级标准物质——中华家系1号(同卵双胞胎家庭)人源B淋巴细胞系全基因组DNA序列和全转录组RNA标准物质。     

基于基因组挖掘技术的新型谷氨酸脱羧酶基因挖掘及表达鉴定

采用基因组挖掘技术,以来源于Lactobacillus brevis活性较高的谷氨酸脱羧酶(glutamate decarboxylase,GAD)LbGAD为探针,从乳酸菌(Lactococcus lactis、Lactobacillus senmaizukei)和肠球菌(Enterococcus sulfureus...     

水稻育种技术取得重大突破 新品种预计每亩增产100公斤

记者日前从科技部中国农村技术开发中心获悉,国家重点研发计划“七大农作物育种”重点专项“水稻全基因组选择与高产优质品种设计育种”成果围绕水稻理想株型与品质形成的分子机理这一重大科学问题取得了一系列关键突破。     

柠檬酸杆菌基因组多位点序列分型(in silico MLST)研究

对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silico MLST分析,并基于MLST分型构建遗传进化树,分析分离株的遗传进化关系。全基因组测序分析结果表明,柠檬酸杆菌的基因组大小介于4.771～5.477 Mb之间,平均为5.03 Mb;基因数量在4 591～5 334之间,平均为4 871个。16s rRNA分析结果表明,4株柠檬酸杆菌分离菌中有3株为布雷氏柠檬酸杆菌,1株为沃克曼氏柠檬酸杆菌。MLST分析结果表明,4株柠檬酸杆菌均是新的ST型。该研究分析了4株柠檬酸杆菌的基因组,基因组MLST分型分析表明4株分离菌均为新ST型,丰富了柠檬酸杆菌的菌种资源和遗传信息,为柠檬酸杆菌的防控、溯源奠定了基础。     

基于宏基因组测序技术解析市售强化酒曲微生物群落结构和功能特征

强化酒曲是酒厂提高酒曲性能和酒质水平的重要手段。该研究以两种不同类型的强化酒曲为研究对象,通过培养方法和宏基因组测序技术分别对其中的可培养微生物和菌群群落结构及功能进行解析。共从强化酒曲中分离得到15株酵母菌、3株细菌和2株霉菌。费比恩赛伯林德纳氏酵母和酿酒酵母是分离得到的主要微生物菌种。宏基因组学测序结果显示,不同类型强化酒曲微生物的差异主要体现在优势菌群相对丰度方面而非构成方面。具体而言,白酒曲拥有更高的酿酒酵母丰度,在功能方面白酒曲中的微生物具有潜在更强的增殖能力,有利于快速增加发酵体系中酿造微生物的丰度。而增香酒曲除了含较多的酿酒酵母外,还拥有众多与白酒风味物质产生相关的功能菌如米根霉、类肠膜魏斯氏菌、融合魏斯氏菌、蜡样芽孢杆菌等,在功能方面具有潜在更强的风味物质产生能力。此外,该研究还在强化酒曲中检测到了青霉菌、肺炎克雷伯菌等对白酒品质存在不利影响的微生物,预示着市售强化酒曲的质量存在进一步提升的空间。