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基因序列分析软件Hmmpfam的可扩展并行性能优化   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
基于MPI(message passing interface)平台实现了HMMER软件包核心程序之一Hmmpfam的大规模并行计算.该版本针对原PVM(parallel virtual machine)并行版本在并行规模扩大后,master易成为通信瓶颈的问题,对通信结构进行了优化,提出了一种新的三层通信结构,在序列和HMM模型的两个层次上实现了并行化,并分别提供了有效的负载平衡策略,同时优化了I/O性能,在700多台处理机上达到95%的效率.  相似文献
2.
用MATLAB生物信息学工具箱分析人类线粒体基因序列   总被引:2,自引:0,他引:2  
利用MATLAB生物信息学工具箱搜索人类线粒体及其核苷酸序列的相关信息,查看其整个核苷酸序列的内容,对核苷酸和密码子成分进行统计。结果表明:用Matlab进行生物信息学方面的研究比用常规的生物信息学软件更具有方便性和灵活性。  相似文献
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