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克氏锥虫唾液酸转移酶(TcTs)是恰加斯病的致病原,它具有由6个β片构成的桶状催化结构域。该催化结构域集中在酶N端的边缘。本文利用量子力学/分子力学(QM/MM)联用的模型研究了克氏锥虫唾液酸转移酶的催化机理。初始酶和底物复合物模型由蛋白质晶体数据库得到(PDB ID:lSOI)。其中QM部分在半经验模型中由AM1描述,在从头算模型中由B3LYP/6-3lG*描述。MM部分只取酶的N端结构域,并始终由AMBER力场来描述。QM部分与MM部分成键相互作用边界用pseudo-bond方法处理,将3个重要的氨基酸残基(Glu230,Asp59,Tyr342)的Cβ-Cβ键作为OM/MM模型中的pseudo-bond。由Nudged Elastic Band(NEB)路径优化方法得到的TcTs半经验的最低能量反应路径中,关键原子间距离沿最低能量路径的变化表明:反应开始后Glu230开始靠近Tyr342,当它们之间的氢键距离由2.9 A缩短为2.4 A时,Tyr342将质子转移给Glu230,增强了Tyr342酚氧负离子的碱性,更有利于Tyr342亲核进攻糖苷键。同时,Asp59作为酸,提供质子给糖苷键断裂后的离去基团。过程中,伴随着唾液酸的单糖糖环从扭曲的船式构象向松弛的椅式构象的转变,从而更有利于稳定生成的共价唾液酸-酶中间产物。对得到的半经验的最低能量反应路径再做B3LYP/6-31G*/MM模型下的优化,得到反应的能垒约为13.53 kcal/mol,说明该反应路径是合理的。研究结果与实验上通过突变的TcTsD59A推测的乒乓双置换酸碱催化的机理一致,是对实验结论的有力支持,为TcTs抑制剂的设计和结构修饰提供了理论参考,有助于预防和抗恰加斯病的新药物研发。 相似文献
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乙醚-甲醇-正丁醇多元系汽液平衡的热力学性质 总被引:1,自引:0,他引:1
用新型泵式沸点仪测定了在101.325 kPa下乙醚-甲醇、乙醚-正丁醇、甲醇-正丁醇3个二元系以及乙醚-甲醇-正丁醇三元系在不同液相组成时的沸点,并用间接法Tpx推算了3个二元系的汽相平衡组成y.3个二元体系活度系数分别用Wilson模型、NRTL模型、Margules模型和van Laar模型进行关联,用最小二乘法... 相似文献
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采用水热法制备了BaO-Nd2O3-TiO2(BNT)系纳米粉体。在KOH碱性溶液中,以TiCl4,BaCl2和Nd(NO3)3为反应物,先制备出BaO-Nd2O3-TiO2(BNT)凝胶前驱体,再经低温水热处理,得到BNT系纳米粉体。产物通过XRD、IR、TEM等手段进行测试分析,结果表明:该法获得的BNT系纳米粉体为立方相结构,稀土元素掺杂均匀,产物粒径小,分散度高。讨论了BNT系纳米粉体的形成机理,发现凝胶前驱体的存在有利于BNT系纳米粉体的成功制备。 相似文献
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以D2EHPA作为萃取剂,CCl4为溶剂萃取TiO(NO3)2水溶液后,以氨的水溶液和乙醇溶液反萃含钛的萃取有机相,通过优化控制相间传质动态微乳液过程,可以获得纳米TiO2的前驱体.采用SEM、XRD、Zeta电位仪等手段对TiO2进行表征.研究表明,降低氨水浓度和制备温度、提高乙醇助剂浓度、改变煅烧温度均对催化剂性能产生显著影响.氨水和氨水-乙醇反萃制备的纳米TiO2的最佳煅烧温度分别为350 ℃和450 ℃,氨水浓度以体积比为1∶5,制备温度为17.5 ℃,助剂浓度越高有利于生成更小的催化剂颗粒.以亚甲基蓝为特征模拟物,探讨了催化剂晶粒粒径和颗粒粒度及不同TiO2制备方式与光催化活性相互关系,表明采用氨水-乙醇反萃制备的TiO2光催化活性最高,60 min污染物去除率在85%以上. 相似文献
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