蛋白质折叠的计算机模拟研究进展

蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Gō模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应用.     

基于弹性网络模型的蛋白质结构-功能关系

蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中得到了广泛应用.简要介绍了ENM的基本原理及其在蛋白质结构-功能关系中的应用,主要包括蛋白质功能性运动分析和关键位点识别等.     

基于弹性网络模型的细胞色素c折叠核的识别研究

来自细菌的细胞色素c与来自马的细胞色素c具有很高的序列和结构相似性,但是二者的折叠/去折叠路径及折叠核的位置具有很大的差异,导致这种差异的原因目前并不清楚。本文采用迭代的高斯网络方法研究了上述两个蛋白的去折叠过程,并成功识别出两个体系的折叠核位置,与实验很好地吻合。结果表明,两个体系拓扑结构的差异是导致二者折叠特征和折叠核位置不同的主要原因。