支持向量回归预测蛋白质残基的B因子

蛋白质分子的柔性在各种生物进程中如酶催化、蛋白质分子绑定和识别等发挥着重要的作用。研究蛋白质分子柔性有助于更好地理解蛋白质的功能,研究证明从X射线晶体衍射结构而来的B因子能够较好的衡量蛋白质分子的柔性。从蛋白质序列出发,以保守信息、预测的二级结构、预测的相对溶剂可及性和氨基酸4种物理化学性质作为特征向量,利用支持向量回归方法对蛋白质的B因子进行预测。考察了邻近残基的影响,采用滑动窗口方法对所有特征变量进行了处理。通过对位置特异得分矩阵的平滑窗口处理,提高了预测精度。以皮尔逊相关系数为算法评价指标,最终得到独立测试集的皮尔逊相关系数为0.56,表明该方法有效提高预测精度。