进出口食品中不同血清型沙门氏菌PFGE和MLST分型比较研究

目的通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究。结果两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048。MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333。结论 在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST则适合于不同沙门氏菌血清型间的分型。MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面更胜一筹。     

腹泻患儿粪便中沙门菌的血清型、药敏分析及脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的 研究2019年北京市朝阳区0-10岁腹泻患儿粪便中分离出的沙门菌的血清型、PFGE分子分型研究及耐药特点。方法 对分离自腹泻患儿病例的47株沙门菌进行血清分型,采用微量肉汤稀释法进行27种抗生素的药敏实验;采用PFGE脉冲场凝胶电泳进行指纹图谱分型研究。结果 47株沙门分为9种血清型,优势血清型两种,分别为肠炎沙门菌23株占48.94%,鼠伤寒沙门菌14株占29.79%。47株沙门菌对磺胺异恶唑耐药率(57.45%)最高,其次为氨苄西林(48.94%)和链霉素(48.94%)。23株肠炎沙门菌可分成8个PFGE指纹图谱,15株鼠伤寒沙门菌可分成14个PFGE指纹图谱。结论 北京市朝阳区0-10岁儿童食源性沙门菌血清主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌,各血清型的耐药性有所不同,PFGE指纹图谱呈多样性。     

广东、广西、福建省和上海市零售鸡肉源沙门氏菌的血清型和基因型

目的:研究399株分离于广东(130株)、广西(105株)、福建省(82株)和上海市(82株)零售鸡肉中沙门氏菌的血清型和基因型,为确保食品安全提供数据支撑。方法:使用沙门氏菌诊断血清,WHO推荐的玻片凝集法鉴定沙门氏菌的血清型;使用美国疾病预防控制中心推荐的脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法检测沙门氏菌的 DNA 酶切图谱,BioNumerics 软件分析电泳结果,确定沙门氏菌的基因型。结果:从399株沙门氏菌中共检出47种血清型,以肠炎沙门氏菌(17.04%)、鼠伤寒沙门氏菌(16.04%)、印第安纳沙门氏菌(14.04%)、汤卜逊沙门氏菌(9.02%)、阿贡纳沙门氏菌(7.52%)和罗森沙门氏菌(3.76%)较常见,检出率较低的血清型有德尔卑沙门氏菌、婴儿沙门氏菌、杜塞尔多夫沙门氏菌、爱丁堡沙门氏菌、贝尔维沙门氏菌、肯塔基沙门氏菌、波尔沙门氏菌等。分离于广东省的菌株以鼠伤寒沙门氏菌(20.00%)最为常见,广西省(18.10%)和福建省(29.27%)均以肠炎沙门氏菌最为常见,上海市以印第安纳沙门氏菌最为流行(26.83%)。使用XbaⅠ酶切、PFGE分型后,源自同一省市、不同样品、同一血清型的沙门氏菌显示出较高的同源性,源自不同省、市、不同样品、血清型相同的菌株分型后显示出基因型多样性。结论:广东、广西、福建省和上海市零售鸡肉中沙门氏菌的血清型具有多样性,PFGE基因型表现为地域间的多样性和同一地区的较高同源性。     

2011~2018年红河州食品中沙门氏菌血清分型及脉冲场凝胶电泳分型研究

目的 了解红河州2011~2018年食品中沙门氏菌血清型分布及分子分型特征, 初步建立沙门氏菌脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)分型的数据库。方法 使用全自动微生物鉴定系统对收集的49株沙门氏菌进行鉴定, 依据沙门氏菌White-Kauffmann-LeMinor抗原表用沙门氏菌属诊断血清确定血清型, 参照国家食源性疾病分子溯源网络(TraNet)的沙门氏菌PFGE分子分型法进行基因分型, 用Bionumerics(7.6)软件聚类分析。结果 49株沙门氏菌属于B、C、D、E和G群5个群25个血清型; 伦敦沙门氏菌是主要血清型, 占24.5%(12/49); 49株沙门氏菌分成了42个PFGE带型(P001-P042), 其中P038型包含8株菌, 其余各型分别只包含1株菌。结论 红河州食品中沙门氏菌具有不同血清型及PFGE型别, 相同血清型菌株PFGE型别聚集成簇。     

四重荧光定量PCR法鉴定肠炎、鼠伤寒以及伤寒沙门氏菌

目的建立四重荧光定量PCR体系鉴定肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌以及伤寒沙门氏菌。方法针对沙门氏菌属特异性ompC基因、肠炎沙门氏菌sdf基因、鼠伤寒沙门氏菌STM4495和伤寒沙门氏菌STY2021序列设计引物和TaqMan探针,建立多重荧光定量PCR体系,进行特异性与敏感性研究。结果 28株不同血清型的沙门氏菌均扩增出ompC基因,其他13株非沙门氏菌均未出现ompC的非特异性扩增。sdf、STM4495、STY2021的探针和引物分别特异性扩增出肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌以及伤寒沙门氏菌,而25株其他血清型沙门氏菌以及13株非沙门氏菌均未见扩增曲线。敏感性试验显示,该体系的最低检测限分别为48 pg/mL(ompC)、560 pg/mL(sdf)、530 pg/mL(STM4495)、35 pg/mL(STY2021)。结论该方法特异好、灵敏高、能够快速检测沙门氏菌并鉴定肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌以及伤寒沙门氏菌。     

天津地区鸡源沙门氏菌的基因分型研究

目的 研究并评估几种分子分型方法对亲缘关系相近沙门氏菌的分辨能力。方法 针对2015-2016年从天津市大型市场和超市中分离的106株沙门氏菌及其全基因组测序结果,分析了沙门氏菌的血清型、STs,并通过PFGE、cgMLST以及一种基于59个基因的分型方法对沙门氏菌进行分子分型研究。结果 106株沙门氏菌共分为8种血清型(肠炎沙门氏菌(n=94)、印第安纳沙门氏菌(n=4)、肯塔基沙门氏菌(n=2)、哈达尔沙门氏菌(n=2)、汤普森沙门氏菌(n=1)、鼠伤寒沙门氏菌(n=1)、田纳西沙门氏菌(n=1)和阿哥纳沙门氏菌(n=1))和8个ST型;PFGE分型方法将沙门氏菌分为7个集群,cgMLST分为8个集群,59个基因的分型方法将亲缘关系相近的分离株分为9个集群。结论 血清型分析表明肠炎沙门氏菌为这些沙门氏菌中的优势亚型,并与ST型结果一致;PFGE显示7个集群中包含一个优势集群,多为肠炎亚型;cgMLST具有最高的分辨率,将106株沙门氏菌分为8个集群;建立的基于59个基因的分子分型方法将沙门氏菌分为9个集群,分型结果表明此方法可以满足对亲缘关系相近沙门氏菌的分型研究。     

温州市食品中沙门菌污染状况及特征分析

目的了解温州市食品中沙门菌的污染状况,分析分离的沙门菌血清型分布、耐药性及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特征。方法依据GB 4789.4—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》进行菌株分离鉴定及血清学分型,采用微量肉汤稀释法进行药敏试验,PFGE法进行分子分型。结果 6类食品2 039份样品中,37份样品检出沙门菌,检出率为1.8%,其中生禽肉和生畜肉检出率较高,分别为6.9%(20/290)和3.4%(10/290)。37株沙门菌分属16种血清型,居前三位分别为鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌和肠炎沙门菌。81.1%(30/37)的菌株对17种抗生素产生不同程度的耐药,呈现24种耐药谱,多重耐药率为56.8%(21/37)。PFGE图谱分为31种PFGE带型,呈多态性。结论沙门菌在温州市食品中存在一定的污染率,耐药情况形式严峻,PFGE图谱的聚集性与沙门菌的血清型有一定的联系,与耐药谱之间的关联性并不明确。     

沙门氏菌血清型快速PCR鉴定方法的建立

通过传统玻片凝集试验对78株沙门氏菌进行血清型检测,结果将这些沙门氏菌分成以鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌为主的21种血清型,其中沙门氏菌SJTUF10023证实为自凝菌,无法鉴定血清型。利用MLST可以较精确地预测、区分不同血清型菌株,聚类的各个分支与血清型基本呈对应关系(96.2%,75/78),其中有3株沙门氏菌(1株阿贡纳、1株阿伯丁和1株斯坦利)聚类结果与血清型不一致。根据O抗原(rfb基因簇)、H1抗原(fli C基因)和H_2抗原(flj B基因)分别设计引物进行PCR反应,并与测序相结合,对78株沙门氏菌进行血清型测定,结果仅1株伤寒沙门氏菌的H_2抗原出现假阳性结果,准确度达98.7%(77/78),且编号为SJTUF10023的自凝菌被鉴定为鼠伤寒沙门氏菌,说明该方法能够准确、快速检测沙门氏菌血清型,有望在沙门氏菌血清型鉴定中成为替代传统血清分型的方法。     

2015—2020年宜宾市肉类食品沙门菌血清型及分子分型研究

目的 研究宜宾市肉类食品中沙门菌分离株的血清型和分子分型特征,分析沙门菌污染的危险因素。方法 收集2015—2020年宜宾市辖区(县)肉类食品沙门菌分离株29株,进行血清型鉴定和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型分析,并就地域、物种来源和售卖方式对沙门菌血清群检出构成比的影响进行多因素Logistic回归分析。结果 29株沙门菌分离株共检出14种血清型(分属4个群),主要优势血清型为鼠伤寒沙门菌、吉韦沙门菌和肠炎沙门菌。聚类分析显示PFGE分子分型为18种带型。肠炎沙门菌带型相似度100%,来自同一传染链;吉韦沙门菌有2种带型,鼠伤寒沙门菌有4种带型,相似度较差;多因素Logistic分析显示,影响D群沙门菌检出的主要危险因素为地域分布(OR=1.053,P<0.05);影响E群沙门菌检出的主要危险因素为物种来源(OR=3.887,P<0.05)和地域分布(OR=1.227,P<0.05)。结论 监管部门应从家禽养殖地地域来源和肉类物种来源两个方面加强宜宾市肉类食品安全监督。     

安宁市食品从业人员携带沙门氏菌血清型分布特征及耐药性分析

目的 了解云南省安宁市2016~2018年食品从业人员门氏菌的血清型分布状况与耐药性情况。 方法 选取2016~2018年食品从业人员肛拭标本60533份进行血清学分型鉴定试验和药物敏感性试验。 结果 共检出沙门菌186株, 总检出率为0.307%。沙门菌经生化和血清学鉴定分43个血清型, 其中最常见的血清型依次为鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌和伦敦沙门氏菌。在13种抗生素中, 对11种抗生素产生不同程度的耐药性。结论 食品从业人员携带的沙门菌种类多, 血清型呈多样性的趋势, 且耐药形势严峻, 需加强从业人员的健康体检管理。     

市售活鸡和腹泻患者中非伤寒沙门菌分子特征和耐药性研究

分析市售活鸡及腹泻患者中非伤寒沙门菌的分子特征的相似性及耐药性,预防沙门菌的感染流行。方法 收集2012年1月—2013年10月从1 054份腹泻患者粪便样品及440份农贸市场的活鸡肛拭子中分离出的非伤寒沙门菌株93株,进行血清分型,对常见的非伤寒沙门菌采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型、Bionumerisc v4.0进行聚类分析、纸片扩散法(K-B法)进行药物敏感性试验。结果 1 054份腹泻样品中共检出非伤寒沙门菌88株,分离率为8.35%,分为25种血清型,肠炎沙门菌居多。其中0～2岁的婴幼儿检出率较高,占52.27%(46/88)。PFGE结果:16株肠炎沙门菌分成14个PFGE型、12株斯坦利沙门菌分成11个PFGE型、14株鼠伤寒沙门菌分成14个PFGE型、6株德尔卑沙门菌分成5个PFGE型;对菌株间的相似性进行比较发现两个100%同源的肠炎沙门菌PFGE型,其他菌株的分子特征的相似性不大,鸡源菌株与人源菌株的分子特征相似性不大;对12种抗菌药物的耐药率在50%以下,不同的血清型耐药率各不相同,耐药较严重的为德尔卑沙门菌。440份活体鸡肛拭子分离出的非伤寒沙门菌5株,分离率为1.14%,共分得4种血清型,其中姆班达卡沙门菌病人中未检出。结论 该地区由非伤寒沙门菌引起腹泻的感染率高,尤以婴幼儿多见,患者与鸡未发现有同一克隆株,对常用抗生素有很好的敏感性。     

中国食源性鼠伤寒沙门菌株耐药谱及PFGE分型研究

目的了解掌握中国食品中鼠伤寒沙门菌的耐药状况，并对2002—2005年国家食源性疾病监测网分离的23株鼠伤寒沙门菌进行耐药性监测及PFGE分型研究。方法利用血清学方法对2002—2005年食源性疾病监测网分离的沙门菌进行分型，并运用CLSI（Clinical and Laboratory Standards Institute）推荐的纸片法对鼠伤寒沙门菌株进行耐药性检测。采用脉冲场凝胶电泳法（PFGE）进行PFGE分型。结果发现15株多重耐药鼠伤寒沙门菌，其中耐4～5种抗生素的6株（40％），耐6～9种抗生素的5株（33．3％），耐10种抗生素的4株（26．7％）；可分为16个PFGE型。其中5个PFGE型的菌株数超过1株。结论我国食源性鼠伤寒沙门菌分离株的多重耐药性严重，PFGE分型方法对鼠伤寒沙门菌的分型能力较好，同一PFGE型菌株的耐药谱非常接近。     

DiversiLab系统沙门氏菌分子分型评价

目的：评价DiversiLab(DVL)系统对沙门氏菌(SA)的分型能力。方法：用rep-PCR技术为原理的DVL系统对进出口食品中分离的44株SA进行分子分型,并与脉冲场凝胶电泳(PFGE)结果比较,探讨DVL对SA的种群分类能力和分辨率。结果：44株SA经rep-PCR分型分成22个群,分离自不同国家、不同食品中的相同血清型SA分布在同一个群,而且菌株之间相似性非常高。在rep-PCR结果中分在同一个群中的SA,在PFGE结果中除SA2和SA15外,其他菌株之间相关性较低。结论：DVL在SA的种群的分类能力上优于PFGE,但分辨率低于PFGE。     

云南省肠炎沙门菌及德尔卑沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型及耐药性研究

目的 了解云南省沙门菌患者中分离最多的肠炎沙门菌及食品中分离最多的德尔卑沙门菌脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis, PFGE)分子分型及耐药状况。方法 参照中国细菌性传染病分子分型实验室监测网络Pulse Net China的沙门菌PFGE分子分型方法进行分子分型。分析耐药板最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration, MIC)值, 根据美国临床实验室标准化协会(Clinical and Laboratory Standard Institute, CLSI)的相应标准获得S、I、R结果。结果 56株肠炎沙门菌呈11种PFGE带型, 有4种优势带型, 对氨苄舒的耐药率最高, 为57.14%, 对亚胺培南最敏感。27株德尔卑沙门菌呈25种PFGE带型, 对复合磺胺的耐药率最高, 为64.29%, 对亚胺培南最敏感。结论 肠炎沙门菌分子分型有明显的优势带型, 本地区肠炎沙门菌对氨苄舒的耐药率最高。德尔卑沙门菌分子分型呈多样分布, 复方磺胺是本地区德尔脾沙门菌最耐药抗生素。2种沙门菌都对亚胺培南最敏感。     

Development of a multilocus variable-number of tandem repeat typing method for Listeria monocytogenes serotype 4b strains

Listeria monocytogenes serotype 4b strains have been identified as the causative agent in many human listeriosis epidemics as well as in a considerable number of sporadic cases. Due to the genetic homogeneity of serotype 4b isolates, development of rapid subtyping methods with high discriminatory power for serotype 4b isolates is required to allow for improved outbreak detection and source tracking. In this study, multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) was developed and used to characterize 60 serotype 4b isolates from various sources. All isolates were also characterized by automated EcoRI ribotyping, single enzyme pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) with ApaI, and a multilocus sequence typing (MLST) scheme targeting six virulence and virulence-associated genes. Discriminatory power of MLVA (as determined by Simpson Index of Discrimination) was higher than the discriminatory power of any of the other three methods. MLVA markers targeted were found to be stable and did not change when three isolates were passaged daily for 70 days. Cluster analyses of MLVA, PFGE and MLST consistently grouped the same isolates into three major clusters, each of which includes one of the three major L. monocytogenes epidemic clones (i.e., ECI, ECIa and ECII). We conclude that the MLVA method described here (i) provides for more discriminatory subtyping of L. monocytogenes serotype 4b strains than the other three methods, (ii) identifies three major groups within the serotype 4b, which are consistent with the groups identified by other subtyping methods, and (iii) is easy to interpret. Use of MLVA may thus be recommended for subtyping of serotype 4b isolates, including as a secondary more discriminatory subtyping method that could be used after initial isolate characterization by PFGE or ribotyping.     

2016年河南省市售生禽肉中沙门菌血清分型和分子分型研究

目的 了解河南省市售生禽肉中沙门菌污染状况,并对分离株进行血清型和分子分型研究,为河南省食源性疾病溯源数据库提供基础数据。方法 沙门菌检测及血清分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型分析参照国家食品及食源性疾病监测网工作手册。结果 165份生禽肉样品中检出41株沙门菌,分属13个血清型,优势血清型是科瓦利斯沙门菌、肯塔基沙门菌、鼠伤寒沙门菌及达布沙门菌。经Xba I酶切,获得30种带型,每种带型包括1～5株菌株,相似度为47.5%～100%。部分不同血清型沙门菌PFGE型相似。结论 河南省市售生禽肉沙门菌污染严重,沙门菌血清型和基因型呈现多样化,基因型有一定的地区聚集性。