一种新的迭代渐进多序列比对算法

该文提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。该算法先用渐进方法进行多序列比对,然后通过迭代策略,利用上一轮多序列比对结果修正指导树,产生新一轮比对。重复这一过程,直到指导树不再发生变化或满足事先设定的迭代次数为止。以比对数据库BAliBASE中多蛋白质家族1idy为例,对IPMSA算法和ClustalW算法进行的比较研究表明,该算法能更有效地比对分歧较大的序列,并改进其系统发育树。     

基于渐进蚁群算法的DNA多序列比对

DNA多序列比对是生物信息学中的最重要的任务之一。本文针对多序列比对的特点,提出一种渐进蚁群算法,即将渐进比对算法和蚁群算法相结合。在渐进蚁群算法中,既能克服蚁群算法易于陷入局部最优解、收敛速度慢的特点,又能充分发挥渐进比对算法的优点。     

一种多序列比对分治算法DCA-ClustalW

多序列比对是生物信息学研究中最基本的一项内容,多序列比对的精确算法是一个NP-hard问题,一般研究者都侧重于设计多序列比对近似算法,最有代表性的近似算法是ClustalW;分而治之是一种重要的算法设计思想,它将复杂问题分割成更简单的子问题来解决,能有效提高算法效率。本文设计了一个DCA-ClustalW算法,对多序列比对问题,同时考虑从纵向和横向两个方面将复杂问题分割成简单易解的子问题,在BaliBase基准数据集上测试表明,该算法是可行的。     

桌面网格计算平台在多序列比对算法中的运用

提出了一种多序列比对ClustalW算法并行化处理的新方法ParaClustalW,该方法使用桌面网格计算平台作为高性能编程环境和运行平台.分析了多序列比对算法在桌面网格平台上的任务划分方式、并行化策略和实现技术.ParaClustalW策略考虑到序列的数目与序列的长度等因素,实现任务划分的均衡性.经实验证明,Para...     

渐进方法结合蚁群算法求解多序列比对问题

在所有多重序列比对算法中,渐进比对方法由于简单的算法和高效的计算在生物信息学中得到了广泛的应用。但是渐进方法最大的缺点是在早期阶段形成的错误不能在后期的计算中纠正过来。针对这个问题,我们设计了ProAnt比对算法,即渐进方法和蚁群算法相结合来求解多重序列比对问题。首先,对输入的多个序列进行预处理,用蚁群算法和概率一致性更新计算出所有字符对在最终比对中出现的概率,称为“后验概率”,计算后验概率是为了预防早期错误的发生。然后我们将后验概率作为字符对之间的匹配得分,用渐进方法得到最终的比对结果。用BAliBASE数据库对算法进行测试,实验结果显示,该算法能够在保持合理的运算时间的前提下显著改善渐进比对方法的正确性。     

基于改进的蚁群算法的多序列比对

该文将蚁群算法进行了改进,将其应用于多序列比对,只根据信息素的强度对序列比对进行信息素强度的局部和全局动态更新,在避免了多序列比对容易陷入局部最优解的前提下,提高了收敛速度。同时,本算法应用在多序列比对中的最大优势是减少了传统算法在多序列比对问题中的生成系统树的步骤,减少了多序列比对过程的复杂度,在没有降低比对结果精确度的同时,提高了比对效率。     

多序列比对问题的粒子群优化算法求解

文章提出了一新的算法,利用粒子群优化算法求解多序列比对的问题,这是粒子群优化算法在生物信息学方面的一个新的应用。文章从粒子群算法的原理和多序列比对问题模型入手,来提出怎样改造粒子群优化算法使其可以解决多序列比对问题,最后给出利用粒子群优化算法求解多序列比对的算法,及其测试结果。     

带变异算子粒子群算法在多序列比对中的应用

多序列比对(Multiple Sequence Alignment)是进行生物序列分析的最基本任务之一。在对已有的多序列比对算法进行对比分析的基础上,提出了一种新的多序列比对优化算法—带变异算子粒子群多序列比对算法。带变异算子的粒子群算法提高了原有算法跳出局部收敛的能力,将其应用于多序列比对问题中,提高了已有的基于粒子群算法的多序列比对方法的性能,拓展了粒子群算法在多序列比对研究领域中的应用。实验证明,带变异算子粒子群多序列比对算法是有效、可行的。     

基于遗传算法与星比对的多序列比对混合算法

多序列比对(MSA)是一个典型的NP完全问题，星比对是一种有效的多序列比对算法。文章针对MSA问题提出了将遗传算法与星比对算法结合在一起的混合算法，该算法充分发挥了遗传算法和星比对算法的优越性，可提高求解MSA问题的计算精度和计算速度，整个算法模拟了自然界进化的周期性，较好的解决了群体的多样性和收敛深度的矛盾。实验表明，该算法是有效的。     

生物多序列比对的并行算法

多序列比对是生物信息学中的基本问题。由于生物序列数据库的快速增长,即使优秀的串行算法已不能满足实际的需要。研究了Gusfield提出的星型比对模型的串行算法,进行了空间和时间上的改进,基于cluster结构的菜并行机提出了一种并行算法,并对大量基因数据进行了测试,结果表明对于大规模的多序列比对,算法能达到较高的加速比。     

IT-Business Alignment: A Two-Level Analysis

Abstract

In this paper, we identify processes associated with “Tactical IT-Business Alignment”, illustrate four types of alignment states resulting from “strategic” and “tactical” alignment levels, and propose alignment-related managerial actions appropriate for each type. Our results are based on about 45 hours of interviews with about 30 senior, middle and junior managers from IS and other functions, and from company records, in an investigation of four organizations.     

Aligning Non-Overlapping Sequences

This paper shows how two image sequences that have no spatial overlap between their fields of view can be aligned both in time and in space. Such alignment is possible when the two cameras are attached closely together and are moved jointly in space. The common motion induces similar changes over time within the two sequences. This correlated temporal behavior, is used to recover the spatial and temporal transformations between the two sequences. The requirement of consistent appearance in standard image alignment techniques is therefore replaced by consistent temporal behavior, which is often easier to satisfy.This approach to alignment can be used not only for aligning non-overlapping sequences, but also for handling other cases that are inherently difficult for standard image alignment techniques. We demonstrate applications of this approach to three real-world problems: (i) alignment of non-overlapping sequences for generating wide-screen movies, (ii) alignment of images (sequences) obtained at significantly different zooms, for surveillance applications, and, (iii) multi-sensor image alignment for multi-sensor fusion.     

两序列比对算法与软件研究进展

两序列比对是一种基本序列分析方法,广泛用于序列之间的相似性分析和数据库同源性搜索。现今,用于两序列的软件有上百种,它们应用不同的算法或针对不同的序列类型,在比对速度和比对质量等方面也有很大的差异。根据要比对的序列情况以及要达到的目的选择合适的比对软件是非常有必要的。对现有两序列比对的算法和常用软件进行归类和比较,为研究人员了解现今序列比对情况,筛选合适的比对算法和软件提供参考。     

多序列比对软件T-Coffee的并行化设计与实现

T-Coffee是广泛用于核酸或氨基酸的多序列比对工具.它通过生成基本信息库,扩展库,生成指导树,渐近式比对四个阶段来完成多序列的比对.分析了T-Coffee串行算法及其复杂度,并提出了基于SMP机的并行化版本.目标是使其充分并行化,实验结果表明它明显的提高了性能,并得到了很好的相对加速比.     

汉英篇章结构平行语料库的对齐标注评估

汉英篇章结构平行语料库是为汉英翻译文本标注对齐篇章结构信息的语料库,对齐标注是其核心工作,基本原则是“结构对齐、关系对齐”。该文基于所开发的对齐标注平台,进行人工对齐标注实验,提出切分对齐、结构对齐、关系对齐、连接词对齐、关系角色与中心对齐等对齐标注任务的评估方法,并给出评估分析。实验表明,对齐标注是构建汉英篇章结构平行语料库的合理、有效工作方式。     

材料试验机同轴度检测方法及影响因素分析

材料试验机同轴度是影响其试验力传递效率的重要指标。各级计量部门按照检定规程规定的方法开展对试验机同轴度指标的周期性检测工作，而检测过程中存在多方面因素会影响结果的准确性从而影响其合格性判定结果。当前试验机同轴度检测所依据的检定规程中给出了多种检测方法，多种方法的差异性、适用性和可比性也往往会引起疑惑。通过比较分析，对几个相关标准文件规定的几种同轴度检测方法进行了适用性阐述，通过算法对比和仿真分析得出引伸计式同轴度测量方法和应变计式同轴度测量方法的差异，并从安装定位、初始拉力、夹持长度等方面，对影响检测结果的几个因素进行分析探讨，为完善同轴度检测操作方法，提升数据的准确性和可比性提供参考依据。     

基于统计和词典方法相结合的韩汉双语语料库名词短语对齐

韩汉双语语料库短语对齐对于基于实例的韩汉机器翻译系统具有重要意义,该文从韩国语名词短语结构特点出发,在基于统计和基于词典的词对齐方法进行试验分析的基础上,提出了基于词对齐位置信息的韩汉双语语料库名词短语对齐方法。该方法通过基于统计的方法获得词对齐位置信息,在此基础上利用基于词典方法的相似度计算进行词对齐校正;根据以上结果,该文通过韩国语名词短语左右边界规则抽取名词短语及其汉语译文,利用关联度度量方法进行过滤,实现名词短语对齐。实验结果表明,在较大规模语料库情况下,该方法取得了较好的短语对齐结果。     

Parametric optimization of sequence alignment

Theoptimal alignment or theweighted minimum edit distance between two DNA or amino acid sequences for a given set of weights is computed by classical dynamic programming techniques, and is widely used in molecular biology. However, in DNA and amino acid sequences there is considerable disagreement about how to weight matches, mismatches, insertions/deletions (indels or spaces), and gaps.Parametric sequence alignment is the problem of computing the optimal-valued alignment between two sequences as afunction of variable weights for matches, mismatches, spaces, and gaps. The goal is to partition the parameter space into regions (which are necessarily convex) such that in each region one alignment is optimal throughout and such that the regions are maximal for this property. In this paper we are primarily concerned with the structure of this convex decomposition, and secondarily with the complexity of computing the decomposition. The most striking results are the following: For the special case where only matches, mismatches, and spaces are counted, and where spaces are counted throughout the alignment, we show that the decomposition is surprisingly simple: all regions are infinite; there are at most n^2/3 regions; the lines that bound the regions are all of the form =c + (c + 0.5); and the entire decomposition can be found inO(knm) time, wherek is the actual number of regions, andn相似文献   

Information Assurance and Corporate Strategy: A Delphi Study of Choices,Challenges, and Developments for the Future

In this article, we identified processes associated with strengthening the alignment between information assurance, information systems and corporate strategies so that organizations could more effectively address legal and regulatory challenges. Our results are based on data gathered from 43 preliminary interviews and a subsequent Delphi exercise. The Delphi panel rated these processes in terms of desirability and feasibility. After three rounds a consensus of opinion was achieved. The results of the Delphi together with some practical implications are presented.     

一种改进型全局最小熵ISAR距离对准算法

在研究全局最小熵距离对准算法的基础上,结合了亚距离单元对准方法,并通过分析回波相关性对原算法的影响,提出了一种改进型全局最小熵算法。该算法可分为距离像分块对准和亚距离单元对准两部分。本文通过对回波相关性的分析,利用距离像分块对准改善了原算法距离对准的准确性;并通过亚距离单元对准提高了原算法距离对准的精度。实测数据处理结果表明,改进型算法具有较高的距离对准精度,从而提高了成像质量。