水牛乳中可培养乳酸菌多样性分析

采用传统分离培养方法,从三品杂交生水牛奶混合样品中,分离出105株乳酸菌,通过形态、生理生化、API细菌鉴定系统及16S rDNA基因序列分析方法对各菌株属种进行鉴定。16S rRNA序列分析结果显示,105株菌共分为5个属8个种,呈现较为丰富的乳酸菌多样性,具体数量分布为乳酸乳球菌21株,植物乳杆菌19株,格氏乳球菌17株,乳明串珠菌13株,食窦魏斯氏菌11株,肠膜明串珠菌8株,类肠膜魏斯氏菌6株,嗜热链球菌5株,糊精乳杆菌5株。由此可知,水牛乳中可培养乳酸菌优势菌群的主次关系为：乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）＞植物乳杆菌（Lactobacillus plantaru）＞格氏乳球菌（Lactococcus garvieae）＞乳明串珠菌（Leuconostoc lactis）＞食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）,此为后续开发水牛乳中优势乳酸菌资源提供了良好的理论基础。     

基于纯培养方法和PacBio三代测序技术研究蒙古国传统酸马奶中乳酸菌多样性

通过纯培养方法结合PacBio三代测序技术对采自蒙古国的12份传统酸马奶中的乳酸菌多样性进行研究。应用传统的纯培养技术从12份传统酸马奶样品中分离出62株乳酸菌,通过16S rRNA基因序列分析和系统进化关系研究,62株乳酸菌被鉴定为5个属,6个种,分别是:25株瑞士乳杆菌、20株植物乳杆菌、7株产马乳酒乳杆菌、5株屎肠球菌、3株嗜热链球菌和2株粪肠球菌。采用PacBio SMRT测序技术研究其中8份样品中乳酸菌的多样性,宏基因组测序得到的优势菌为乳酸菌,同时也检测到一些痕量的其它种属细菌。共检测到5个乳酸菌的属,分别是:乳杆菌属、乳球菌属、链球菌属、明串珠菌属和肠球菌属,20个乳酸菌的种,即:瑞士乳杆菌、乳酸乳球菌、副乳链球菌、棉子糖乳球菌、肠膜阴串珠球菌和产马乳酒乳杆菌。宏基因组测序相对含量表明:蒙古国酸马奶样品中乳酸菌优势属为乳杆菌属(95.56%),优势种为瑞士乳杆菌(94.64%),纯培养方法和宏基因组三代测序方法都表明瑞士乳杆菌为蒙古国传统酸马奶中的优势菌种。宏基因组测序技术除检测到纯培养获得的菌株外,还获得14个低丰度乳酸菌,如棉籽糖乳球菌、肠膜明串珠球菌和开菲尔乳杆菌等,这些菌在酸马奶中含量较少。通过PacBio SMRT测序技术可以全面了解酸马奶中乳酸菌的多样性,为通过纯培养方法获得低丰度乳酸菌提供指导。     

麻竹笋腌制过程中细菌群落动态变化分析

为了解麻竹笋腌制发酵过程中细菌群落的微生态演变情况,采用细菌16S r DNA的V3可变区的PCRDGGE技术监测6%Na Cl腌制麻竹笋的细菌群落组成和优势菌群的动态变化。经发酵液中细菌基因组DNA提取、巢式PCR、二次DGGE、切胶回收、测序及序列比对,共得到10条明显条带,分别鉴定为绿色气球菌、乳球菌属、食窦魏斯氏菌、魏斯氏菌属、噬甲基菌属、嗜盐嗜碱菌属、未培养细菌、乳球菌属、乳酸乳球菌、厌氧芽孢杆菌属和芽孢杆菌属。其中,发酵前3 d优势菌为绿色气球菌,7 d后优势菌为食窦魏斯氏菌和乳酸乳球菌。     

低盐泡菜乳酸菌群落演变及其优势菌群的探讨

以低盐泡菜为研究对象,动态跟踪发酵过程中的乳酸菌总量、群落结构和动态变化,结果显示:乳酸菌快速生长并启动泡菜发酵。采用可培养方法,从中分离得到乳酸菌共计245株。采用16S r RNA测序结合RAPD、种特异性PCR、RFLP、API50CHL等方法,鉴定出泡菜中的乳酸菌包括5个属,10个种。发酵前期(0 d和1 d)分离到最多的乳酸菌是乳酸乳球菌和食窦魏斯氏菌,而发酵中、后期(3 d后)分离到的主要乳酸菌是戊糖乳杆菌,发酵中、后期戊糖乳杆菌的丰度在90%以上,结合可培养与免培养(定量PCR)定量结果以及分离到的乳酸菌在模拟泡菜水中生长性能,低盐泡菜发酵前期的主要优势菌群是乳酸乳球菌和食窦魏斯氏菌,发酵中、后期的主要优势菌群是戊糖乳杆菌。由于发酵前期泡菜水适合所有乳酸菌生长,因此该阶段的优势菌群很大程度上取决于发酵起始原料中的微生物群落构成,发酵中、后期分离得到的乳酸菌具有更好的酸耐受性。     

怀集黄菜发酵微生物群落与理化品质相关性分析

怀集黄菜是肇庆怀集的一种特色发酵萝卜叶菜,仍采用步骤繁琐、耗时长的传统发酵工艺。为改进怀集黄菜传统工艺和提高产品质量,揭示自然发酵黄菜的微生物群落结构以挖掘其菌种资源,论文选取了当地四种具有代表性的自然发酵黄菜,采用扩增子测序分析其微生物多样性,并通过冗余分析、Spearman相关性分析确定影响黄菜品质的关键微生物,为黄菜的产业化提供理论指导。结果表明,自然发酵黄菜具有丰富的微生物多样性,主要细菌属包括乳杆菌属、魏斯氏菌属、片球菌属、甲基杆菌属、假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属和Allorthizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobiu,丰度最高的主要菌种为植物乳杆菌植物亚种（Lactobacillus plantarum subsp. plantarum）、消化乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）、食窦魏斯氏菌（Weissellacibaria）、乳酸片球菌（Pediococcusacidilactic）、莫氏土壤杆菌（Agrobacterium larrymoorei）、人参皂苷乳杆菌（Lactobacillus ginsenosidimutans）和偶氮假单胞菌（Pseudomonas azotoformans）。盐度、pH值、水分活度、总酸是影响黄菜细菌群落组成的主要因素,乳杆菌属、片球菌属、魏斯氏菌属为促进黄菜品质的关键菌属,种水平则体现在植物乳杆菌植物亚种、乳酸片球菌、食窦魏斯氏菌对促进黄菜酸味、色泽和质构的保持作用。研究结果表征了自然发酵黄菜的微生物群落结构和主导菌属与品质之间的关系,有助于实现黄菜发酵过程的品质控制。     

基于纯培养和高通量测序技术解析仙桃地区鲊菜细菌多样性

为解析湖北省仙桃地区鲊菜中细菌多样性,该研究在采用纯培养技术对乳酸菌菌株进行分离鉴定的基础上,进一步使用Illumina MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。纯培养结果发现,分离到的44株乳酸菌隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳球菌属（Lactococcus）,其中植物乳杆菌（L. plantarum）和戊糖乳杆菌（L. pentosus）分别占总分离株含量的40.91%和34.09%。Illumina MiSeq高通量测序结果显示,鲊菜中优势细菌属主要包括乳酸杆菌属、明串珠菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属（Pseudomonas）和肠杆菌属（Enterobacter）,其平均相对含量分别为85.03%、3.31%、1.68%、1.50%和1.05%。由此可见,仙桃地区鲊菜中乳酸菌具有较高的多样性,且以植物乳杆菌和戊糖乳杆菌为主。     

恩施市3种泡辣椒样品中细菌多样性研究

以恩施市3种泡辣椒为研究对象,使用MiSeq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术相结合的手段对样品中细菌群落的结构进行解析,并采用传统微生物培养方法及分子生物学技术对其中的乳酸菌进行分离和鉴定。结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为泡辣椒中的优势细菌门,其平均相对含量分别为85.70%、12.59%;乳酸杆菌属(Lactobacillus)为优势细菌属,其平均相对含量达67.37%。通过传统微生物培养方法共分离鉴定出14株乳酸菌,其中7株为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),2株为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),3株为屎肠球菌(Enterococcus faecium),2株为香肠乳杆菌(Lactobacillus farciminis)。结果表明,泡辣椒中的优势乳酸菌为植物乳杆菌。     

海南黎族发酵海产品中微生物多样性分析

基于传统微生物纯培养技术及16S rRNA基因序列分析,对采自海南各黎族自治县的24份发酵海产品(虾酱、蟹酱、鱼酱)进行微生物多样性分析。结果表明,共分离、鉴定出5个属,20个种,180株菌。在属水平上,乳杆菌属含量(89.4%)最高,为样品中的优势菌属,其次是片球菌属(3.9%),葡萄球菌属(3.3%),肠球菌属(1.7%),魏斯氏菌属(1.7%)。在种水平上,植物乳杆菌(44.7%)和发酵乳杆菌含量(33.5%)较高,为样品的优势菌种。以菌株分离鉴定结果为依据,通过16S rRNA V3-V4高通量测序,从宏基因组角度分析9个发酵海产样品微生物的群落结构。分析结果表明,在属水平上,乳杆菌属(18.5%)、片球菌属(9.91%)、魏斯氏菌属(9.53%)、半乳糖产己酸菌属(8.37%)、芽孢杆菌(4.17%)等丰度较高。微生物群落差异性最大的是蟹酱与鱼酱。本研究揭示了海南发酵海产品中微生物多样性和微生物群落结构的丰富度,为热带有益微生物资源的开发利用奠定了基础。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析梅干菜中细菌多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达60.70%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、四联球菌属（Tetragenococcus）和棒状杆菌属（Corynebacterium）,其平均相对含量分别为60.50%、8.69%、2.86%、1.73%、1.28%、1.07%、1.03%、1.00%。采用传统培养方法从梅干菜分离出5种共12株乳酸菌,经分子生物学鉴定分别为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）,副干酪乳杆菌副干酪亚种（Lactobacillus paracasei subsp. paracasei）、食品乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和融合魏斯氏菌（Weissella confusa）。恩施地区梅干菜中的细菌主要以乳酸菌为主,且乳酸杆菌多样性较高。     

冬瓜生腌过程细菌种群变化及其品质相关性

采用16S rDNA基因克隆文库的方法,对生腌冬瓜腌制体系的微生物多样性、优势种群及其相关品质变化过程进行分析。结果表明:冬瓜生腌开始时优势细菌为肠杆菌属、乳球菌属和魏斯氏菌属;早期阶段优势菌为戊糖片球菌;腌制30 d时优势菌属变成了肠杆菌属和片球菌属;在腌制中后期微生物组成基本稳定,其中片球菌属、魏斯氏菌属和枝芽孢杆菌属为优势菌属。冬瓜生腌制过程中pH值和亚硝酸盐质量分数下降,最低值分别为3.7和0.5 mg/kg,盐度稳定在7.0左右,细菌总数和乳酸菌总数由下降至最后稳定的过程,腌制中后期乳酸菌总数稳定在1.0×107 cfu/mL左右。冬瓜生腌过程检测到的乳球菌、片球菌和枝芽孢杆菌等菌属对维持腌冬瓜质量具有重要意义。     

Technological characterization of the natural lactic acid bacteria of artisanal Turkish White Pickled cheese

The aim of this study was to characterize the lactic acid bacteria (LAB) isolated from White Pickled cheeses produced with traditional methods; and to improve the quality of cheesemaking with a selection of bacterial cultures from artisanal White cheeses. LAB were isolated and identified from 30 White Pickled cheese samples collected from various cities in Turkey. Also, the numbers of several microbial groups (total aerobic mesophilic bacteria, LAB, enterococci, coliforms, moulds and yeasts) of cheese samples were enumerated. Lactobacilli, lactococci and enterococci were the most abundant microbial groups. The numbers of Enterococcus and Lactobacillus isolates were higher than those of the other LAB. Enterococcus faecalis (24.43%), Enterococcus faecium (17.61%) and Lactobacillus fermentum (19.88%) isolates were the most frequently isolated species. Lactococcus strains showed the highest acidifying activity, followed by Enterococcus and Lactobacillus strains. Proteolytic activity of Enterococcus faecalis strains was higher than that of the other enterococci species, except Enterococcus avium strains. Within lactobacilli strains, the highest mean proteolytic activity was that of Lactobacillus bifermentans, Lactobacillus brevis and Lactobacillus casei strains.     

Diversity of lactic acid bacteria population in ripened Parmigiano Reggiano cheese

The diversity of dominant lactic acid bacteria population in 12 months ripened Parmigiano Reggiano cheeses was investigated by a polyphasic approach including culture-dependent and independent methods. Traditional plating, isolation of LAB and identification by 16S rDNA analysis showed that strains belonging to Lactobacillus casei group were the most frequently isolated. Lactobacillus helveticus, Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis, Lactobacillus parabuchneri, and Lactobacillus buchneri species were detected with lower frequency. PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) applied to DNA extracted directly from cheese samples and sequencing of rDNA amplicons confirmed the complex microbiological pattern of LAB in ripened Parmigiano Reggiano cheeses, with the significant exception of the Lactobacillus fermentum species, which dominated in several samples, but was not detected by cultivation. The present combination of different approaches can effectively describe the lactic acid bacteria population of Parmigiano Reggiano cheese in advanced stages of ripening, giving useful information for elucidating the role of LAB in determining the final cheese quality.     

内蒙古传统发酵乳制品中乳酸菌的分离及其耐药性研究

以内蒙古通辽地区自制的奶豆腐和酸性奶油（乌日莫）为材料,采用稀释涂布法从中分离乳酸菌,通过分子生物学技术对其进行菌种鉴定,并对其耐药性进行研究。结果表明,共分离纯化得到80株乳酸菌,经鉴定,归属于13个种,分别为短乳杆菌（Lactobacillus brevis）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）、乳酸片球菌（Lactobacillus acidilacticii）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）、瑞士乳杆菌（Lactobacillus helveticus）、屎肠球菌（Enterococcus faecium）、戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）、副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）、食二酸乳杆菌（Lactobacillus digitalis）、奥塔基乳杆菌（Lactobacillus ottaki）、耐久肠球菌（Enterococcus durans）、植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、开菲尔乳杆菌（Lactobacillus kefir）,表现出高的生物多样性。80株乳酸菌对萘啶酸的耐药率为100%;对链霉素、环丙沙星、万古霉素的耐药率较高,分别为95.00%、80.00%、72.50%;对利福平和四环素的耐药率中等,分别为51.25%,45.00%;对红霉素、氯霉素的耐药率较低,分别为26.25%、23.75%。此外,76株（95%）的乳酸菌还具有多重耐药性。     

Isolation of lactic acid bacteria from Lighvan cheese, a semihard cheese made from raw sheep milk in Iran

The lactic acid bacteria contributing to Lighvan cheese ripening during the different stages of production were investigated. Isolated strains from different culture media were identified phenotypically to species and subspecies level. In total, 413 strains were isolated from raw milk, 1-day-old cheese and fully ripened cheese. The most abundant species belonged to Enterococcus faecium (87 isolates), Lactococcus lactis ssp. lactis (68 isolates), Enterococcus faecalis (55 isolates) and Lactobacillus plantarum (48 isolates). E. faecium, Lc. lactis and Lb. plantarum were the predominantly isolated strains from ripened cheese. Therefore, they may contribute considerably to the aroma and flavour development of Lighvan cheese.     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上，进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明，从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus），鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium），占所有分离株的86.05%，其中L. plantarum占所有分离株的60.74%，为优势菌种。测序结果显示，鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas），其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%，其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见，秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源，但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。     

新疆新源县酸马奶细菌菌群分析

通过对新疆那拉提高海拔草原自然发酵变酸后的传统酸马奶采用Illumina MiSeq平台高通量测序和生物信息学分析,检测酸马奶中可培养和不可培养的细菌菌群组成;同时利用MRS培养基分离纯化获得可培养乳酸菌,对菌株进行形态学、生理生化特征及分子生物学鉴定。结果表明,高通量测序后根据操作分类单元（OTU）划分水平,显示出酸马奶的细菌菌群结构丰富,但菌群多样性较低,其中厚壁菌门（Firmicutes）为酸马奶中的优势菌门,占所有菌群的85.78%;乳杆菌属（Lactobacillus）为酸马奶中的优势菌属,占所有菌群的84%。通过传统乳酸菌培养分离出菌株MN-Is,经鉴定为乳杆菌属（Lactobacillus）。     

内蒙古酸马奶中乳酸菌多样性的研究

采用16S rRNA基因全序列测定和聚类分析技术,对酸马奶中的乳酸菌进行了准确鉴定并构建了乳酸菌的系统发育树.然后对乳酸菌菌群进行了多样性分析,结果显示,酸马奶中的优势乳酸菌分别为:Lactobacillus plantarum(10%),Lactobacillus brevis(8%),Lactobacillus casei(7.8%),Enterococcus faecium(17%),Enterococcus faecalis(14%),Lactococcuslactis(19%),Lactobacillus acidlophilus(5%),Lactobacillus paracasei(2%),Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus(4%),Lactobacillus helveticus(4%),Enterococcus durans(4%),Leuconostoc mesenteroides (4%),Leuconostoc garlicum(1%),Streptococcus thermophilus(1%).     

摩洛哥发酵橄榄汁中乳酸菌的分离鉴定及其多样性研究

为了分离、保藏自然发酵食品中乳酸菌资源,丰富自然发酵食品中乳酸菌多样性信息,本文采用纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对采集自摩洛哥的2份自然发酵橄榄汁中的乳酸菌进行分离鉴定和多样性研究。结果表明:2份样品中共分离鉴定出52株乳酸菌,分属于3个属、4个种,其中乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）为摩洛哥卡萨布兰卡地区发酵橄榄汁中的优势菌种,占总分离株的42.31%,同时还分离到植物乳杆菌和肠球菌;利用PacBio SMRT16S rRNA测序技术,将橄榄汁中的细菌归为5个门、40个属和80个种,优势菌种同样为Lactococcus lactis,其次还检测到干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。     

瑞士乳杆菌对契达干酪成熟期间品质的影响

干酪的成熟是形成干酪特有的组织状态、质地和风味的关键工序。将分离自内蒙古传统乳制品中的瑞士乳杆菌SMN2-1作为非发酵性乳酸菌添加到契达干酪的生产中,通过检测其成熟过程中理化指标、气味变化和质构特性等指标,分析了瑞士乳杆菌对契达干酪成熟的影响。结果显示:在90 d的成熟期内,两组干酪的蛋白质、脂肪、水分和盐分含量之间差异不显著(p>0.05),但添加瑞士乳杆菌SMN2-1的干酪成熟第90 d的气味明显改变,内聚性、弹性和咀嚼性等物性指标均高于对照,因此添加瑞士乳杆菌SMN2-1可以有效促进蛋白质分解和干酪的成熟,同时改善干酪的风味和质地。