时序微阵列数据中的同步和异步共调控基因聚类

基因的共调控可分为同步和异步两种.文中提出了一种新的聚类模型Reg-Cluster,将具有相同编码的同步和异步共调控基因聚集到同一个共调控基因类中.在此基础上,提出了一种有效的聚类算法FBLD,采用先宽度优先、后深度优先的搜索策略,并结合高效的削减规则,挖掘得到所有符合条件的最大Reg-Cluster.聚类结果中包含了详细而完备的共调控信息,有助于基因调控网的研究.算法可扩展用于三维基因-样本-时间微阵列数据集的分析.FBLD算法已经应用到真实和人造微阵列数据集中,其结果被提交到Gene Ontology,实验结果证明了算法的高效性和有效性.     

基于三支决策的多视图低秩稀疏子空间聚类算法

多视图子空间聚类是一种从子空间中学习所有视图共享的统一表示, 挖掘数据潜在聚类结构的方法. 作为一种处理高维数据的聚类方法, 子空间聚类是多视图聚类领域的研究热点之一. 多视图低秩稀疏子空间聚类是一种结合了低秩表示和稀疏约束的子空间聚类方法. 该算法在构造亲和矩阵过程中, 利用低秩稀疏约束同时捕捉了数据的全局结构和局部结构, 优化了子空间聚类的性能. 三支决策是一种基于粗糙集模型的决策思想, 常被应用于聚类算法来反映聚类过程中对象与类簇之间的不确定性关系. 本文基于三支决策的思想, 设计了一种投票制度作为决策依据, 将其与多视图稀疏子空间聚类组成一个统一框架, 从而形成一种新的算法. 在多个人工数据集和真实数据集上的实验表明, 该算法可提高多视图聚类的准确性.     

一种基于数据流的软子空间聚类算法

针对高维数据的聚类研究表明,样本在不同数据簇往往与某些特定的数据特征子集相对应.因此,子空间聚类技术越来越受到关注.然而,现有的软子空间聚类算法都是基于批处理技术的聚类算法,不能很好地应用于高维数据流或大规模数据的聚类研究中.为此,利用模糊可扩展聚类框架,与熵加权软子空间聚类算法相结合,提出了一种有效的熵加权流数据软子空间聚类算法——EWSSC(entropy-weighting streaming subspace clustering).该算法不仅保留了传统软子空间聚类算法的特性,而且利用了模糊可扩展聚类策略,将软子空间聚类算法应用于流数据的聚类分析中.实验结果表明,EWSSC 算法对于高维数据流可以得到与批处理软子空间聚类方法近似一致的实验结果.     

基于时空图的移动对象聚集模式挖掘方法

移动对象聚集模式是指由移动对象参与的一组群体事件,通常用来预测交通系统中出现的异常现象.然而由于海量移动轨迹数据的产生,已有的研究方法难以准确、高效地挖掘特定的聚集模式.为此,提出一种基于时空图的移动对象聚集模式挖掘方法.该方法首先通过改进的空间聚类算法(DBScan)分析轨迹数据,从而获得移动对象聚类;然后,利用时空图模型代替单独存储轨迹数据的方式,用于实时观测移动对象聚类的时空变化特征.最后提出基于最大完全子图查找的聚集检索算法及其改进算法,用于查找满足时空约束的最大完全子图.基于真实大规模轨迹数据集上的实验结果表明,所提出的方法在移动对象聚集模式挖掘的准确性和高效性方面优于其他方法.     

非负子空间聚类指导下的非负矩阵分解

非负矩阵分解作为一种有效的数据表示方法被广泛应用于模式识别和机器学习领域。为了得到原始数据紧致有效的低维数据表示,无监督非负矩阵分解方法在特征降维的过程中通常需要同时发掘数据内部隐含的几何结构信息。通过合理建模数据样本间的相似性关系而构建的相似度图,通常被用来捕获数据样本的空间分布结构信息。子空间聚类可以有效发掘数据内部的子空间结构信息,其获得的自表达系数矩阵可用于构建相似度图。该文提出了一种非负子空间聚类算法来发掘数据的子空间结构信息,同时利用该信息指导非负矩阵分解,从而得到原始数据有效的非负低维表示。同时,该文还提出了一种有效的迭代求解方法来求解非负子空间聚类问题。在两个图像数据集上的聚类实验结果表明,利用数据的子空间结构信息可以有效改善非负矩阵分解的性能。     

融入无监督度量学习的稀疏子空间聚类模型

子空间聚类任务中的无标记数据具有维度高、数据分布分散等特点,传统方法对数据预处理未进行详细地针对化设计且大多使用欧氏距离度量数据间的相似性,使聚类性能提升受限.因此,本文提出融入无监督度量学习的稀疏子空间聚类模型,该算法将距离度量与子空间聚类联合到同一框架,设计由两步组成的聚类过程.该方法对原始数据进行度量学习并重构了稀疏子空间聚类模型,使数据预处理不再是一个单独的步骤,最大限度地将输入的无标记数据之间相似度提高,有效提升了子空间聚类性能、加强了模型泛化能力.我们在真实公开数据集上进行实验测试,实验结果表明该方法优于现有的子空间聚类算法,具有良好的聚类性能.     

一种采用Hilbert曲线网格划分聚类算法

Hilbert曲线能够线性填充数据空间,将数据空间分割成大小相等的网格,从而将位于网格中的点映射到线性空间中.本文利用Hilbert曲线的数据聚类性质,提出一种基于Hilbert曲线网格划分聚类算法,详细叙述算法的执行过程,并给出每一步的理论依据.算法首先以网格为单位合并出面积较小的聚集,然后将小聚集经过若干次合并形成较大聚集,最终使得聚集最优.实验结果表明该算法的执行时间少于经典聚类算法k-means和基于网格聚类算法CLIQUE.     

基于深度自编码的多视图子空间聚类网络

传统子空间浅层聚类模型对于多视图和非线性数据的聚类性能不佳。为此,提出一种基于深度自编码器的多视图子空间聚类网络模型,通过在深度自编码器中引入子空间聚类中的“自我表示”特性以及加权稀疏表示,提升了多视图子空间聚类算法的学习能力。推导的深度自编码多视图子空间聚类算法能够聚类具有复杂结构的数据点。通过多视图数据集验证了提出算法的有效性。结果表明,该方法能够有效地挖掘数据固有的多样性聚类结构,并利用多个视图之间互补信息,在性能上与现有方法相比有较大的提升。     

基于成对约束的SubKMeans聚类数确定算法

随着数据维度的增加,传统聚类算法会出现聚类性能差的现象.SubKMeans是一种功能强大的子空间聚类算法,旨在为K-Means类算法搜索出一个最佳子空间,降低高维度影响,但是该算法需要用户事先指定聚类数目K值,而在实际使用中有时无法给出准确的K值.针对这一问题,引入成对约束,将成对约束与轮廓系数进行结合,提出了一种基于成对约束的SubKMeans聚类数确定算法.改进后的轮廓系数能够更加准确的评价聚类性能,从而实现K值确定,实验结果证明该方法的有效性.     

基于差分演化算法的软子空间聚类

软子空间聚类算法的性能主要取决于其目标函数和搜索策略.文中提出了一种基于差分演化算法的软子空间聚类算法DESC.首先,设计了一个结合模糊加权类内相似性和界约束权值矩阵的新目标函数.然后,提出了新的隶属度计算方法.最后,引入了一种有效的全局搜索算法——复合差分演化算法,并运用该算法优化新目标函数和搜索子空间中的聚类.实验表明,新目标函数和复合差分演化算法的引入有效地提高了软子空间聚类算法的性能,新算法较已有软子空间聚类算法有明显优势.