基于局部结构交互的RNA假结预测

基于RNA局部结构间的交互作用,提出一种含假结的RNA二级结构预测新方法LIFold。对给定的RNA序列,首先通过能量计算得到不含假结的能量最优结构,然后应用局部结构交互配对生成假结茎区,在已得到的最优结构基础上构建含假结的能量计算模型,最后通过优化算法得到含假结的RNA二级结构。应用该方法基于HotKnots测试数据的敏感性和阳性预测值(PPV)分别达到84%和80%,基于PseudoBase数据库测试数据的敏感性和阳性预测值分别达到78%和73%,与HotKnots、ILM、PknotsRG、IPknot及FlexStem等知名软件相比较,准确率均有所提高。     

RNA二级结构预测SVMs模型研究

扩展NSSEL标签,对RNA分子中的stem-loop结构和伪结结构进行标记.将RNA分子序列中的碱基编码输入,经过支持向量机(support vector machines,SVMs)模型计算输出相应的结构标记.该模型经过训练后,待预测的RNA分子序列可得到对应的结构标识序列,这些标识序列可通过特定算法,唯一构建包括伪结在内的二级结构.实验结果表明,该算法在可接受的预测精度范围内具有较低的计算复杂度,克服了传统算法计算时间过长,无法在有限时间内得到有效结果的缺点.     

包括假结的RNA二级结构茎区组合预测新算法

提出了RNA茎区组合最优能的概念,给出了RNA茎区相容定义,利用相容矩阵与迭代矩阵以求出具有全局最大最优能的RNA茎区组合,建立了一种能够预测带假结的RNA二级结构的新方法。通过选取PseudoBase中的RNA序列,将预测得到的RNA二级结构与数据库上提供的RNA二级结构进行比较,同时用pknotsRG软件运行同样的数据与本方法得到的RNA二级结构进行比较,NGF-L2和NGF-H1的最好的敏感性、特异性均达到100%。试验结果与分析数据表明,本方法可靠、有效,具有较高的准确率,可以预测假结结构,尤其是tRNA类型的序列执行起来速度较快。     

基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法

针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法，提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法，利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNA phe、PSTV、poliovirus mutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析，表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量，同样取得了不错的效果.     

基于动态规划RNA二级结构的比较

从RNA的二级结构描述着手,建立基于向量的RNA二级结构树的描述方法,并以该种描述方法为基础,应用动态规划算法,以高致病性的H5N1病毒的NA片段为例,对RNA二级结构进行树状比较。比较结果发现,在时间复杂性上,该方法优于利用最小自由能的方法,并且致病性越强,该结构的相似性越高,对生物实验具有指导意义。     

基于禁忌遗传算法的RNA二级结构预测

生物RNA二级结构预测是生物信息学领域的一个重要研究问题.近来,研究人员提出应用元启发式算法来预测RNA二级结构.该文提出基于禁忌遗传算法的RNA二级结构预测方法(TGARNA),给出茎区相容性检测改进方法,保留最长茎区构造茎区相容个体,以改善种群性能；同时将禁忌搜索融入遗传操作以防止近亲繁殖,保持种群多样性.仿真实验...     

一种新的RNA二级结构的三维图形表示

用图形法表示生物分子序列是生物信息学的一个重要研究课题,其中RNA二级结构以廖波提出的三维图形表示法应用比较广泛。在该算法的基础上,对二级结构中的自由基进行进一步划分,划分为假结内自由基和假结外自由基,并以此为基础提出了一种新的RNA二级结构三维图形表示法。将此表示法应用在随机抽取的5种含有假结的RNA分子上,可以有效地计算出它们之间的相似度。     

基于最小自由能的DNA编码设计算法

为了提高DNA计算的有效性和可靠性,提出了一种启发式的全局搜索DNA编码算法.算法生成一组等长的DNA序列,这组DNA序列满足统一的解链温度约束和最小自由能约束.通过枚举所有可能的DNA杂交的二级结构,根据Nearest-Neighbors热力学模型计算出这些组合结构的最小自由能,可极大地提高DNA序列自由能的计算精度.该算法比传统基于汉明距离的DNA编码算法设计的DNA序列具有更好的稳定性和可靠性.     

基于交通流量预测的动态最优路径规划研究

针对传统算法仅适用静态路况的缺点,提出基于交通流量预测的动态最优路径规划方法.通过建立道路运营网络模型,计算流量碰撞概率和道路拥堵概率,重新定义路段的权值并改进了传统算法,实现了动态路况下的最优路径规划,并对传统算法与改进算法进行仿真实验,得到3种实验结果.结果表明,改进算法在交通高峰期得到的最优路径所需行驶时间比传统算法得到的最优路径行驶时间减少16%～23%,有效提高了交通调度效率.     

基于快速动态时间规划的模糊聚类算法

为快速准确地计算时间序列数据相似度,引入快速动态时间规划距离(fast dynamic time warping,FDTW),提出了基于FDTW的模糊C均值算法和模糊C中心点聚类算法。FDTW通过对数据序列进行拉伸和压缩匹配时间序列数据,只要形状相同,即使发生时间位移也可以准确识别,同时解决了传统DTW计算效率较低的问题。试验结果表明,提出的算法仍能保证聚类的精度。     

解动态约束规划问题的差分进化算法

动态约束规划问题求解的困难在于如何处理问题的约束及时间(环境)变量.本文给出了求解一类定义在自然数集上的动态约束规划问题的差分进化算法,该方法借助于问题的约束条件设计了一种新的适应度函数及选择算子、同时给出了一种带一维不精确局部搜索的变异算子极大地增强了群体的多样性、提高了算法跳出局部最优的能力.数值试验表明,该算法性能稳定性较好,收敛速度较快,全局搜索能力较强,其对动态非线性约束规划问题求解是有效的.     

三菱PLC数值处理算法及程序实现

为提高PLC数值处理程序的设计效率,依据计算机表达式求值原理,提出PLC数值处理的算法.设计三菱PLC模块化程序SFC图结构,运用变址寄存器技术,实现处理过程自动寻址,设计循环分析判定方式,完成了数值处理模块程序,并指出了算法编程实现的要点.该程序能简化算式编程,易于以此为基础二次开发,实现可重复调用的浮点数计算,简化PLC过程控制中应用自编算法的编程难度.     

高层建筑结构振动控制的一种瞬态最优控制算法

提出了一种适用于高层建筑结构振动控制的瞬态最优控制算法。该算法以求一个时变的二次型性能指标的最小值为目标，采用Ｎｅｗｍａｒｋ法求解最优控制力和结构的响应，使每一瞬时的性能指标取最小值。文中详细地分析了该算法，给出了编程方法和框图。     

基于移峰填谷的排水泵站优化调度研究

采用改进的动态规划算法对定速泵排水泵站的优化调度问题进行求解,考虑了峰谷分时电价制度对电费的影响,以一座配有两台定速泵的排水泵站为例,首先建立了该泵站的物理模型和动态规划模型,然后构造了改进动态规划算法并详细分析了该算法的主要思想和求解算法时的编程思路,最后计算出了双泵控制下的最优启停控制序列和优化结果,并将该结果与传...     

基于遗传算法与动态规划法的工艺过程优化

针对制造系统中的工艺过程优化问题,提出一种基于遗传算法和动态规划法的综合优化模型。该模型将工艺过程的优化分解为两个并行层次-工序层和工艺路线层。用改进的遗传算法求解工序层中的工艺参数优化问题,同时利用动态规划法实现工艺路线层次的优化。将两个层次优化方法有机结合,在局部优化的基础上进行整体优化,从而实现整个工艺过程的优化。通过实例证明了该优化模型求解的可行性和有效性。     

基于遗传算法的潜艇隐蔽航路规划

将潜艇隐蔽航路规划为多目标规划问题，提出一种基于遗传算法的搜索算法，它对航路的邻域进行由粗到细的搜索，能实现全局最优和改善搜索效率，信真结果表明进后的遗传算法虽然计算时间较长，但收敛性能和解的精度明显高于动态规划和模拟退火等算法。     

最值吸收算法解决矩阵连乘次序问题

通过分析矩阵序列乘法的特点,找到了一种新的算法一最小维数边界吸收算法,并将此算法分别与穷举搜索算法、动态规划算法的时间复杂度及空间复杂度进行分析比较．可以看出,动态规划算法的时间复杂度为O（n^3）,空间复杂度为O（n^2）,而本算法的时间复杂度和空间复杂度均为O（n）,并且不需要额外的空间开销．