一株中度嗜盐菌的分离鉴定研究

为探索中度嗜盐菌在高盐有机工业废水处理中的应用,从山东省威海市路道口盐场晒盐池盐水中分离一株嗜盐菌株YS-1,对该菌株进行原子力显微镜观察、生理生化测定、全细胞脂肪酸分析及16S rDNA序列同源性分析. 研究表明,YS-1菌株16S rDNA序列与Halomonas sp.(AB167061)的亲缘关系最为接近,确定该菌株为盐单胞菌属(Halomonas sp. ),属中度嗜盐菌;在SBR反应器中对其进行强化高含盐有机废水处理试验,结果表明,菌株YS-1结合海底泥对含盐(NaCl)10%、CODCr为1 645 mg/L的高含盐模拟有机废水进行处理,经72 h CODCr去除率为84.56%,108 h CODCr去除率为96.23%. 该盐单胞菌具有强化高盐有机废水处理的潜在功能,通过分离筛选中度嗜盐菌强化高盐有机工业废水处理具有潜在可行性.     

一株中度嗜盐菌SL21合成Ectoine的研究

从大连市普兰店盐场盐池淤泥中筛选出一株中度嗜盐细菌SL 21,对其进行形态和分子生物学鉴定.运用16 S rDNA技术建立SL 21系统发育树.该菌株为革兰氏阴性细菌,短杆状,最适生长NaCl浓度是10%.以其16S rDNA序列相似性为基础构建了包括7种相关种属在内的系统发育树.结果表明,SL 21与Halomonas venusta的同源性达到99%以上,应归属于盐单胞菌属.研究了中度嗜盐菌SL21的渗透压补偿溶质(Ectoine)的生成及生成条件.用含2 mol.L-1NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下,培养48 h,诱导生成Ectoine为285.1 mg.L-1,其Ectoine生成的最适诱导温度是30℃,最适NaCl浓度是2 mol.L-1.     

一株咖啡因降解菌Paraburkholderia theasoli sp.nov.的多项分类鉴定

对一株从镇江茶园土壤中分离到的咖啡因降解菌CF2~T进行多项分类鉴定。通过16SrRNA基因序列同源性比对、脂肪酸组成、呼吸醌、DNA杂交等多个方面鉴定。结果表明,CF2~T为细菌,革兰氏阴性,接触酶阴性,氧化酶阴性,主要呼吸醌为Q-8。系统发育树分析结果表明,CF2~T属于Paraburkholderia属,相似度最高的菌株是Paraburkholderia fungorum LMG 16225T,为98.3%,与它的杂交值为56.3%。菌株CF2~T的生长温度为15～42℃,生长pH为4.0～8.0,耐盐浓度为0～2.0%。该菌株对庆大霉素、链霉素等多种抗生素敏感。DNA (G+C)摩尔分数为62.9%。     

高效产氢新菌种的分离鉴定与16S rDNA全序列

为快速确定分离细菌的分类地位和获得高效产氢细菌,从生物制氢反应器活性污泥中,分离到一株高效产氢细菌.分离菌株能利用糖蜜废水生产氢气.分离菌株Rennanqilyfl的16S rDNA碱基为1517 bp,登记注册号为AY332397.为革兰氏阳性,杆菌,菌体端生2根鞭毛,鞭毛较长,无芽孢.菌株R1为中温嗜中性偏酸产氢菌,最佳生长代时为7.8 h.最佳生长温度为38℃;最佳生长pH为4.5;严格厌氧.单位体积产氢量(YH2)为1902.8 ml/L,每克干细胞最大产氢速率(QH2)为12.9 mmol/(g·h).该菌株的16S rDNA序列在GenBank中比较得出的最为接近的种分别来自Clostridium等5个菌属,其中与纤维素梭状菌亲缘关系最近,16S rDNA同源性为91%,其他则为89%-90%.新分离菌株Rennanqilyfl是一个与其最近的梭状菌属各成员都不相同的新种,暂命名为生物制氢菌属Biohydrogenbacterium Gen.Nov.Sp.Nov.     

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌。以其16S rDNA序列相似性为基础构建系统发育树。结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%。耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质(Ec-toine)生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L。     

仿刺参体表微生物的菌相分析

采用3种培养基对大连仿刺参体表微生物进行分离,并通过细菌形态、生理生化特性和16SrD-NA分子生物学相结合的方法对分离纯化的细菌进行鉴定,从而了解大连仿刺参体表的菌群组成。结果表明,从仿刺参体表分离纯化了105株细菌,鉴定出10种不同的菌属分别为交替假单胞菌属(Pseud-oalteromonas)、希瓦氏菌属(Shewanella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、弧菌属(Vibrio)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),变形菌属(Proteobacterium)、Alteromonadacea、不动杆菌属(Acinetobacter)、解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloiquefaciens),腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus),其中交替假单胞菌属和弧菌属分别占分离菌株的23.8%和22.9%。     

一株Ectoine生成菌DL031的分离及特性研究

从大连普兰店盐场盐池土壤中分离到一株产渗透压补偿溶质Ectoine的菌株DL031,通过16SrDNA序列分析,菌株DL031与Halomonas marina相似性为99%.菌株DL031可在含有0～200 g/LNaCl培养基中生长,生长最适NaCl浓度为100 g/L.DL031菌株在含有NaCl的培养基中诱导能合成Ectoine;在含3 mol/L NaCl的培养基,30℃诱导培养48 h,Ectoine的合成量为98.8 mg/L.     

一株Ectoine生成菌DL031的分离及特性研究

从大连普兰店盐场盐池土壤中分离到一株产渗透压补偿溶质Ectoine的菌株DL031,通过16SrDNA序列分析,菌株DL031与Halomonas marina相似性为99%.菌株DL031可在含有0～200 g/LNaCl培养基中生长,生长最适NaCl浓度为100 g/L.DL031菌株在含有NaCl的培养基中诱导能合成Ectoine;在含3 mol/L NaCl的培养基,30℃诱导培养48 h,Ectoine的合成量为98.8 mg/L.     

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌.以其16S rDNA 序列相似性为基础构建系统发育树.结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%.耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质（Ectoine）生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30 ℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L.     

嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究

为了研究分析嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(BR)蛋白基因资源,分离纯化得到极端嗜盐古生菌AB3. 采用聚合酶链式反应(PCR)方法对其编码螺旋C至螺旋G的蛋白基因片断和16S rRNA基因进行了扩增,并测定了基因的核苷酸序列. 翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片断进行对比,AB3中的螺旋C至螺旋G蛋白与其他菌株差异显著.基于BR蛋白和16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,AB3是Natrinema属中的新成员. 菌株AB3的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号为AY277583.     

基于16SrRNA基因的戈登氏菌演化分析

探讨19种戈登氏菌共31株间16SrRNA基因演化关系。利用16SrRNA基因序列进行相似性分析和同源性比对,并运用Neighbor．Joining法构建进化树,进行演化分析。其中13条16SrRNA基因序列来自临床分离株,其他16SrRNA基因序列来自Genbank。结果表明：13株临床分离菌株包含4株Gordoniaparaffinivorans,6株Gordoniabronchialis和3株Gordoniasputi,临床分离株的相似性百分比为93．5％-99．7％;16SrRNA基因序列在戈登氏菌不同种间存在较为明显的差异性（2％-6．2％）,可将临床分离株鉴定到种。进化分析结果显示：戈登氏菌分为两大类群,三种临床分离株在演化上按出现的先后依次为Gordoniabronchialis、Gor-doniasputi、Gordoniaparaffinivorans。所做研究可为戈登氏菌相关疾病的流行、预防、治疗和控制提供一定的参考。     

阿尔金山盐湖极端嗜盐古生菌的分离及16S rDNA序列分析

为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种资源,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ2和AJ4,采用PCR方法扩增出其16S rRNA基因(16S rDNA),并测定了基因的核苷酸序列.基于16Sr DNA序列的同源性比较和系统发育学分析,发现菌株AJ2是Natrmema属中一个与其他成员不同的新种,命名为Natrinema ajinwuensis sp.nov.;菌株AJ4是Haloarcula属中成员argentinensis的一个亚种,取名为Haloar-cula argentinensis subsp.ajinwuensis.菌株AJ2和AJ4的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号分别为AY208972和AY208973.     

家蚕微孢子虫16S Rrna基因序列及分子进化

通过PCR克隆了家蚕微孢子虫（Nosema bombycis)苏州株的完整16S rRNA基因序列。序列分析表明，16S rRNA基因大小为1235bp，缺乏多个被认为是真核生物序列的区域，序列结构特征更多地类似于原核生物的，在进化上，推测微孢子虫在很早以前与原始真核生物产生分歧；分子进化分析发现，同属的微孢子虫可以处于系统进化树不同的分枝。     

一株浸矿细菌的分离及其对低品位硫化镍铜矿中镍的浸出

从云南某铜矿井下酸性污水中分离到嗜酸菌株ynxd-1,对其形态、生长特性、16 S rRNA基因序列及其对低品位硫化镍铜矿的摇瓶浸出效果进行了研究.结果表明:细菌细胞呈短杆状,革兰氏染色阴性,不产芽孢,最适pH值及生长温度分别为2.0和30℃.菌株ynxd-1在10%(W/V)矿浆浓度及30℃温度的条件下摇瓶培养浸出28 d,低品位硫化镍铜矿镍的浸出率为56.4%.16 S rRNA基因序列分析表明,菌株ynxd-1与嗜酸氧化亚铁硫杆菌的同源性达到99%,可以鉴定为嗜酸氧化亚铁硫杆菌菌株.     

基于末端产物和基因序列的SRB菌系统发育分析

为实现细菌的多相分类,应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采出液中分离到8株硫酸盐还原菌.通过对菌株的气相色谱末端产物测定,16S rDNA、16S～23S rDNA间隔区(ISR)序列克隆进行菌株的系统发育分析.结果表明:8株菌分别属于Salmonella(D2、I7)、Clostridium(F4、D10、H1)、Anaerofilum(A8、A18)、Enterobacter(E1).聚类分析表明,菌株的ISR序列长度差异较大,包含的tRNA种类和数目不同,间隔区序列可以作为16S rDNA序列系统发育分类的一个有力的补充;气相色谱末端产物相似的菌株,亲源关系比较接近,可以作为细菌鉴定的依据;其中16S rDNA序列作为细菌分类的主要依据,对存在争议的菌株,应该结合形态、生理生化特征和ISR序列以及气相色谱末端产物等综合对其进行系统分类.     

一株产生广谱抗菌物质地衣芽孢杆菌的筛选与鉴定

采用异步培养法,从土壤样品中筛选到一株产抗菌物质活性较强的菌株F69．结合菌落形态、生理生化指标和16SrDNA序列分析对菌株F69进行菌种鉴定．菌株F69在系统发育上属于芽孢杆菌属,它和地衣芽胞杆菌菌株的16SrDNA序列相似性最高为99％,该菌株被鉴定为地衣芽孢杆菌（Bacilluslicheniformis）．菌株F69可作为抗菌物质产生菌进行进一步深入研究．     

大蒜在葱科的分子分类地位研究

通过扩增获得18S rRNA和叶绿体16S rRNA基因序列,测序并提交GenBank ,登录号分别是JF719285和JF719286．利用大蒜和GenBank相关序列构建系统发育树,进行分子演化分析．结果表明：大蒜18S rRNA 基因与球序韭、韭菜、茖葱等葱科植物序列相似度高;叶绿体16S rRNA基因与龙舌兰科和薯蓣科的物种序列相似度高．大蒜与葱科植物在18S rRNA序列上具有较高的同源性．18S rRNA序列在植物演化方面的区分度比16S rRNA高．     

Length polymorphisms for intergenic spacer regions of 16S- 23S rDNA in members of the new hydrogen-producing bacteria

A method based on PCR amplification of the 16S rRNA gene (rDNA)-23S rDNA intergenic spacer regions (ISR) was developed for the identification of species within the novel group hydrogen-producing anaerobes. The sizes of the PCR products varied from 1264 to 398 bp. Strain of isolate Rennanqilyf 3 was characterized as having products of 1262,398,638,437 and 436 bp. The isolate Rennanqilyf 1 had product of 1264 bp. The isolate Rennanqilyf 13 had products of 1261,579 and 485 bp. Of the 3 species of the novel group hydrogen-producing anaerobes examined, no one was indistinguishable. Two environmental isolates were identified as hydrogen-producing bacteria, which were new species in present taxon. Rennanqilyf 3 could not be associated with any Clostridium sp. studied. Rennanqilyf 1 could be classified into Clostridium genus. The combination between 16S rDNA equencing and length polymorphisms of IRS in 16S-23S rDNA is a better method for determining species of the hydrogen-producing bacteria.     

Degradation of Phenolic Compounds in Coal Gasification Wastewater by Biofilm Reactor with Isolated Klebsiella sp.

This study was conducted to evaluate the degradation of phenolic compounds by one strain isolated from coal gasification wastewater（ CGW）. 16S rRNA gene sequences homology and phylogenetic analysis showed that the isolate is belonged to the genus Klebsiella sp. The effect of different phenolic compounds on the isolate was investigated by determining OD600and phenoloxidase activity,of which the results showed that the isolate can utilize phenol,4-methyl phenol,3,5-dimethyl phenol and resorcinol as carbon resources. The biofilm reactor（ formed by the isolate） can resist the influent concentration of phenolic compounds as high as750 mg /L when fed with synthetic CGW and incubated at optimum conditions. The capacity of improving the biodegradability of CGW through degrading phenolic compounds was testified with fed the biofilm reactor with real CGW. Thus,it might be an effective strain for bioaugmentation of CGW treatment.