山药分子分类研究

提取山药基因组和叶绿体DNA作为模板,分别扩增山药核糖体18S rDNA和叶绿体核糖体16S rDNA片段.测序获得1646bp的山药核糖体18S rDNA和1351bp的山药叶绿体核糖体16S rDNA,GenBank登录号分别是JF703101和JF703100.将以上两个基因片段分别与GenBank中的一些物种的相关序列进行序列对比,结果表明,18S rDNA序列相似度较大,物种间差异较小.而叶绿体16S rDNA序列在分析不同科的物种演化关系上有较高的分辨率,为分子水平上山药资源的研究提供了资料.     

DNA条形码技术在动物角制品鉴别中的应用

利用动物线粒体12 S rRNA和16 S rRNA基因序列片段对动物角制品进行种属鉴别,为DNA条形码技术在角制品分子鉴定提供有效方法.收集犀牛角、水牛角、黄牛角和山羊角作为研究材料,采用优化提取步骤的商业化提取试剂盒进行基因组DNA的提取,以提高基因组DNA的浓度及质量.采用PCR扩增及测序技术获得所有样本12 S rRNA和16 S rRNA基因部分序列,使用Blast程序分别进行序列比对分析,通过下载Genbank相关物种的12 S rRNA和16 S rRNA序列,分别比较两个基因片段种内和种间距离,分别构建系统进化树.结果显示,12 S rRNA序列所有样本扩增成功,16 S rRNA序列仅犀牛角和黄牛角扩增成功.遗传距离分析显示各检材种间差异均大于种内差异,收集检材在12 S rRNA和16 S rRNA引物构建的进化树中表现出良好的单系性和较高的置信度.表明12 S rRNA基因片段的DNA条形码技术对动物角制品及其它混伪品具有更好的鉴别能力,可提高物种鉴定的准确性和灵敏度.     

嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究

为了研究分析嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(BR)蛋白基因资源,分离纯化得到极端嗜盐古生菌AB3. 采用聚合酶链式反应(PCR)方法对其编码螺旋C至螺旋G的蛋白基因片断和16S rRNA基因进行了扩增,并测定了基因的核苷酸序列. 翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片断进行对比,AB3中的螺旋C至螺旋G蛋白与其他菌株差异显著.基于BR蛋白和16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,AB3是Natrinema属中的新成员. 菌株AB3的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号为AY277583.     

基于16S rRNA 基因的戈登氏菌演化分析

探讨19种戈登氏菌共31株间16S rRNA基因演化关系。利用16S rRNA基因序列进行相似性分析和同源性比对,并运用Neighbor-Joining法构建进化树,进行演化分析。其中13条16S rRNA基因序列来自临床分离株,其他16S rRNA基因序列来自Genbank。结果表明：13株临床分离菌株包含4株Gordonia paraffinivorans,6株Gordonia bronchialis 和3株 Gordonia sputi,临床分离株的相似性百分比为93．5％-99．7％;16S rRNA基因序列在戈登氏菌不同种间存在较为明显的差异性（2％—6．2％）,可将临床分离株鉴定到种。进化分析结果显示：戈登氏菌分为两大类群,三种临床分离株在演化上按出现的先后依次为Gordonia bronchialis、Gor-donia sputi、Gordonia paraffinivorans。所做研究可为戈登氏菌相关疾病的流行、预防、治疗和控制提供一定的参考。     

阿尔金山盐湖极端嗜盐古生菌的分离及16S rDNA序列分析

为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种资源,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ2和AJ4,采用PCR方法扩增出其16S rRNA基因(16S rDNA),并测定了基因的核苷酸序列.基于16Sr DNA序列的同源性比较和系统发育学分析,发现菌株AJ2是Natrmema属中一个与其他成员不同的新种,命名为Natrinema ajinwuensis sp.nov.;菌株AJ4是Haloarcula属中成员argentinensis的一个亚种,取名为Haloar-cula argentinensis subsp.ajinwuensis.菌株AJ2和AJ4的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号分别为AY208972和AY208973.     

家蚕微孢子虫16S Rrna基因序列及分子进化

通过PCR克隆了家蚕微孢子虫（Nosema bombycis)苏州株的完整16S rRNA基因序列。序列分析表明，16S rRNA基因大小为1235bp，缺乏多个被认为是真核生物序列的区域，序列结构特征更多地类似于原核生物的，在进化上，推测微孢子虫在很早以前与原始真核生物产生分歧；分子进化分析发现，同属的微孢子虫可以处于系统进化树不同的分枝。     

中国浓香型白酒窖池中原核微生物的特性及系统发育分析

利用PBS缓冲液富集窖池酒醅中的微生物菌体，研究窖池中微生物区系分布及相互关系。在分子分类水平上，运用PCR扩增技术和16S rDNA序列同源性分析等方法测定窖池中原核微生物的16S rRNA基因全序列，根据与基因数据库中相似菌群16S rDNA序列的同源性比较建立系统发育树图。结果发现：当浓香型窖池中酒醅发酵60d后，窖池中心部位仅有细菌分布且主要分为4个菌群，高G C(mol)％革兰氏阳性放线菌群、低G C(mol)％革兰氏阳性乳酸细菌群、梭杆菌群、革兰氏阴性紫细菌群，其中，β-紫细菌群约占窖池中原核微生物的80％。     

聚丙烯酰胺降解菌株分离及其系统发育分析

应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采油五厂十三区聚合物配注站的母液罐中分离到一株聚丙烯酰胺降解菌株CMW,该菌株为G ,杆状,黑色圆形菌落,最适温度为38℃,最佳pH为7.8,具有硫酸盐还原功能,产H2S,严格厌氧.研究表明,该菌株能以聚丙烯酰胺为唯一碳源,降解侧链,部分官能团发生改变,质量浓度为500 mg/L时菌株具有较高的聚丙烯酰胺降解能力,其溶液黏度下降效果显著.通过形态、生理生化、16S rDNA以及16S~23S rDNA间隔区序列鉴定,可能为梭菌属的新种,暂时命名为Clostridium.sticklandiiCMW(GenBank登录号为DQ011249).16S rRNA基因序列较为保守更适合属间的鉴定,16S~23S rDNA间隔区序列包含tRNAIle和tRNAAla基因,更适合属内种间鉴定.     

西施舌16S rRNA基因片段PCR扩增及其核苷酸序列分析

利用酚/氯仿抽提法提取了西施舌闭壳肌总DNA,以总DNA为模板,利用两条16S rRNA基因特异引物,进行PCR扩增,扩增产物测序后进行序列分析。结果从西施舌的闭壳肌提取得到总DNA,获得一个长度约300 bp的PCR扩增产物;测序结果显示此片段为294 bp;核苷酸序列经WU-blast2分析,与Spisula subtruncata(AJ548774)和Corbicula sp(AY097259)的16S rRNA的同源性均为74%。经DNAStar分析,此核苷酸序列A,G,T,C含量分别为35.74%,25.51%,26.19%和13.59%,A T(61.90%)含量明显高于G C(38.10%)含量。     

钝齿棒杆菌产精氨酸代谢途径中argB基因的扩增及其序列分析

根据GenBank报道的谷氨酸棒杆菌ATCC 13032序列，设计并合成一对引物，获得了全长argB基因片段．将其克隆到pGEM—T—Easy载体中，经测序鉴定后，以其为DIG标记探针，通过Southern Blot分析钝齿棒杆菌A．S1．542与谷氨酸棒杆菌ATCC 13032，argB基因核苷酸同源性高达99％，氨基酸序列95％相同。     

基于16SrRNA基因的戈登氏菌演化分析

探讨19种戈登氏菌共31株间16SrRNA基因演化关系。利用16SrRNA基因序列进行相似性分析和同源性比对,并运用Neighbor．Joining法构建进化树,进行演化分析。其中13条16SrRNA基因序列来自临床分离株,其他16SrRNA基因序列来自Genbank。结果表明：13株临床分离菌株包含4株Gordoniaparaffinivorans,6株Gordoniabronchialis和3株Gordoniasputi,临床分离株的相似性百分比为93．5％-99．7％;16SrRNA基因序列在戈登氏菌不同种间存在较为明显的差异性（2％-6．2％）,可将临床分离株鉴定到种。进化分析结果显示：戈登氏菌分为两大类群,三种临床分离株在演化上按出现的先后依次为Gordoniabronchialis、Gor-doniasputi、Gordoniaparaffinivorans。所做研究可为戈登氏菌相关疾病的流行、预防、治疗和控制提供一定的参考。     

Ecology detection of moderate thermophilic enrichment at Lau Basin hydrothermal vents

Culturable thermophilic microorganisms were enriched from samples collected from Lau Basin hydrothermal vents in artificial seawater medium at 45 °C and pH 7.0. Microbial diversities of the enriched communities were defined by performing a restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of 16S rRNA gene sequences with enzymes MspI and Hin6 I. A total of 14 phylotypes have been detected by the RFLP patterns identified for 16S rRNA clone libraries of the enrichment. Analysis of sequences showed that ...     

罗布泊盐湖Halomonas属内种的多样性及系统分类

采用4种培养基和常规的分离技术对来自罗布泊盐湖的9份土壤样品进行了分离,结合16S rRNA测序结果采用常规方法对分离菌株进行了鉴定,探索了罗布泊Halomonas属细菌的物种组成情况。实验结果表明:罗布泊盐湖中具有Halomonas属的细菌10个种,其中9个菌株同已知种(Halomonas ventosae Al12T,Halomonas elonga-ta ATCC 33173T,Halomonas caseinilytica JCM 14802T,Halomonas taeanensis KCTC 12284T,Halomonas pantelleriensisDSM 9661T,Halomonas sulfidaeris DSM 15722T,Halomonas salina F8-11T和Halomonas cupida DSM 4740T)的相似性在98.4%～100%之间;另外,获得1个菌株(编号为GT 123),同关系最近的模式种Halomonas anticariensis的相似性仅为95%,属于Halomonas属内一个新的分支。菌株GT 123的多相分类结果表明其分类地位为Halomonas属内的一个新种。由此可见,罗布泊盐湖存在丰富的Halomonas属细菌物种多样性,并且潜藏着一定的新物种资源。     

Degradation of Phenolic Compounds in Coal Gasification Wastewater by Biofilm Reactor with Isolated Klebsiella sp.

This study was conducted to evaluate the degradation of phenolic compounds by one strain isolated from coal gasification wastewater（ CGW）. 16S rRNA gene sequences homology and phylogenetic analysis showed that the isolate is belonged to the genus Klebsiella sp. The effect of different phenolic compounds on the isolate was investigated by determining OD600and phenoloxidase activity,of which the results showed that the isolate can utilize phenol,4-methyl phenol,3,5-dimethyl phenol and resorcinol as carbon resources. The biofilm reactor（ formed by the isolate） can resist the influent concentration of phenolic compounds as high as750 mg /L when fed with synthetic CGW and incubated at optimum conditions. The capacity of improving the biodegradability of CGW through degrading phenolic compounds was testified with fed the biofilm reactor with real CGW. Thus,it might be an effective strain for bioaugmentation of CGW treatment.     

Length polymorphisms for intergenic spacer regions of 16S- 23S rDNA in members of the new hydrogen-producing bacteria

A method based on PCR amplification of the 16S rRNA gene (rDNA)-23S rDNA intergenic spacer regions (ISR) was developed for the identification of species within the novel group hydrogen-producing anaerobes. The sizes of the PCR products varied from 1264 to 398 bp. Strain of isolate Rennanqilyf 3 was characterized as having products of 1262,398,638,437 and 436 bp. The isolate Rennanqilyf 1 had product of 1264 bp. The isolate Rennanqilyf 13 had products of 1261,579 and 485 bp. Of the 3 species of the novel group hydrogen-producing anaerobes examined, no one was indistinguishable. Two environmental isolates were identified as hydrogen-producing bacteria, which were new species in present taxon. Rennanqilyf 3 could not be associated with any Clostridium sp. studied. Rennanqilyf 1 could be classified into Clostridium genus. The combination between 16S rDNA equencing and length polymorphisms of IRS in 16S-23S rDNA is a better method for determining species of the hydrogen-producing bacteria.