用ADF模拟[O,N]CpTiMeCl与MAO作用的一般机理

利用分子模拟技术探讨了钛配合物[O,N]CpTiMeCl（其中[O,N]为2－甲基－喹啉－8－氧基[C10H8NO])在助催化剂甲基铝氧烷（MAO）作用下催化烯烃聚合过程中形成活性中心的一般反应历程，量子力学计算表明，MAO大阴离子对负电荷的分散作用使形成金属阳离子的过程更加容易；乙烯单体与金属阳离子中心的配位反应是放热反应（－2.76kcal/mol），即乙烯能够稳金属阳离子，促进分离离子对的形成；AlMe3更易与MAO中氧原子作用形成加合物，而不是形成二甲基桥加合物；金属阳离子与MAO形成的氯桥加合物比形成与氧原子配位的加合物要稳定，计算结果表明，MAO中含一定量的AlMe3可以保护助催化酸性位，并对金属阳离子与MAO的加合物起着稳定化作用。     

用分子对接方法研究肝素与孕激素受体相互结合模式(英文)

用分子对接模拟软件研究了肝素与孕激素受体的相互作用。以肝素中的一糖单位作为探针对孕激素受体蛋白进行搜索,获得肝素组成单位与孕激素受体的特异性结合模式。结果发现,2-O-硫酸-α-L 艾杜糖醛酸(2-O-sulfated iduronic acid,IdoA(2S))作为肝素的核心组成单糖之一,与孕激素受体的结合能力最好。分子对接结果显示 IdoA(2S)深入到孕激素受体的 helix2 和 helix 11 所包围的结合口袋,与孕激素受体结合结构域关键残基 Asn 719 形成稳固的氢键;并与孕激素受体结合结构域的关键残基 Met 909 残基侧链近距离接触,揭示了 IdoA(2S)可能具有的孕激素受体拮抗效应的分子作用机制。本模拟实验所建立的模型能够部分解释肝素抑制孕激素依赖性乳腺癌的现象,同时推测了其相应机理。     

基于Hadoop环境下蛋白质与配体分子对接模拟实验研究

蛋白质种类和小分子的数量过多,对于药物的模拟开发运算量巨大。而分子对接是研究新药的重要手段,因此提高分子对接实验系统的工作效率十分重要。分子对接主要目的是研究蛋白质受体和配体小分子之间的作用与联系。本文通过模拟实验,搭建了一个Hadoop平台,并利用Hadoop强大的并行计算能力对蛋白质(1ppe与1uy6)与多组数量不同的配体小分子进行对接,最后对工作过程进行了相应的比较与优化。实验结果表明,该系统可以有效提高对接效率,并且具有较好的稳定性和便利性。     

QPSO算法柔性分子对接问题的研究

分子对接同的之一,是找出配体和受体之间最稳定构像的结合模式,可以归为全局搜索或优化问题.本文提出的鼍子行为粒子群优化算法(QPSO)是1种有效的全局优化搜索算法.本文介绍QPSO算法在分子对接问题研究中的应用,并使用Autodock3.05的打分函数评价分子对接结果.结果表明,QPSO算法的QDOCK程序能够寻找出更为稳定的构像,且其收敛速度以及对接结果的精确性均比拉马克遗传算法(LGA)的Autodock3.05好.     

ASA在百草枯诱导小麦幼苗活性氧代谢及膜脂过氧化中的作用

用0．05％ASA预处理能明显降低百草枯诱导小麦幼苗超氧阴离子自由基（O2-）的含量及膜脂过氧化的程度,提高超氧化物歧化酶（SOD）的活性,降低脂氧合酶（LOX）和酸性磷酸酯酶的活性。说明ASA可降低活性氧伤害,减轻膜脂过氧化的程度。     

球谐函数在蛋白质分子匹配和对接中的应用

本文将球谐函数应用在分子表面模拟上，以解决生物大分子（蛋白质）与生物大分子（蛋白质）之间的对接（dock)，为药物分子设计的研究奠定理论基础。     

药物分子对接中应用网格的研究与进展

药物分子对接所涉及的搜索空间非常巨大，需要耗费大量的时间，并且对计算环境也有较高的要求．将网格技术应用于药物分子对接中，能有效地解决上述问题．首先对分子对接理论做了简单介绍；然后，利用网格数据传输和网格任务调度等网格技术对分子对接过程进行了优化，有效利用了网格结点资源，并降低了药物分子的对接时间；最后的实例测试表明了药物分子对接与网格技术相结合的合理性及有效性．     

流感病毒神经氨酸酶抑制剂的理性筛选

介绍了理性筛选流感病毒神经氨酸酶抑制剂的全过程，共分4个阶段：1)化合物数据库类药性处理；2)建立神经氨酸酶抑制剂三维药效团并对目标数据库进行构象搜索；3)分子对接及对接后分析；4)神经氨酸酶抑制模型的建立及待测化合物的活性检测。活性检测后发现4个活性化合物，其中Ic。为10。M的化合物1个．Ic，。为10^-6M的化合物2个，IC50为10^-7M的化合物1个。应用理性筛选方法，从化合物数据库中挑选出部分化合物进行神经氨酸酶抑制活性的筛选，减少了药物筛选的盲目性，提高了药物发现的机率。     

计算机辅助药物分子对接并行演化设计

对分子对接理论作了简单介绍,建立了一个基于柔性配体分子与刚性受体分子对接的数学规划模型,将分子对接中的构象优化搜索转化为求解约束极小化问题的过程,并采用带有空间收缩的多种群并行遗传算法进行求解．在分布式存储的并行机曙光3000上模拟计算表明,该设计具有很高的并行加速比,在保证分子对接的准确性和有效性的前提下,大大提高了分子构象搜索的速度．     

16α取代雌二醇衍生物的三维定量构效关系和分子对接研究

采用比较分子力场方法(CoMFA)及分子对接方法对一系列雌二醇衍生物的3D-QSAR及其与受体作用方式进行研究,建立了3D-QSAR的CoMFA模型,获得了化合物的相对亲合力RBA(Relative Binding Affinity)与静电场及立体场分布之间的关系;CoMFA模型的统计学参数为:q2=0.667,r2=0.939,sD=0.280,F=49.033,立体场与静电场的贡献分别为56.8%和41.6%.相对亲合力小的化合物一般带有较大的取代基,其对接能量得分较低;相对亲合力大的化合物一般带有较小的取代基,其对接能量得分较高.化合物的对接能量得分和相对亲合力之间有良好的线性关系,其线性相关系数R为0.890.活性口袋周围的环境也与3D-QSAR的立体场分布相匹配.对接结果还显示这类化合物和雌激素的结合主要是通过氢键作用来实现,即3-OH与R394上的氨基以及17-OH与受体残基H524咪唑环上的氮形成的氢键.     

Study on the disulfide bond and disulfide loop of native and mutated SOD1 protein

The superoxide anions in the human body are reduced into hydrogen peroxide and molecular oxygen by the metallo enzyme Cu–Zn superoxide dismutase 1. The disulfide bond in SOD1 is essential to maintain the structural stability of protein and its proper folding. A computational study on the disulfide bond with the addition of residues was made using three different level of theories viz., B3LYP/6-31G (d,p), M052X/6-31G (d,p) and MP2/6-31G (d,p). The nature of disulfide bond was found to be unaffected with the additional residues being attached to the termini of cysteine residues. This result was found to be in agreement with the experimental values. The results of Molecular Dynamics simulation illustrate the crinkled appearance caused in the disulfide loop of A4V mutation. The conformational change in the disulfide loop was found to have significant effect on the loss of dimerization, metal binding affinity and overall protein stability. It is also noted that the disulfide loop with more number of residues is found to have no effect on the disulfide bond characteristics, but the disulfide loop with less number of residues is found to have remarkable effect for mutation in any position of the wild type protein.     

Neural network prediction of bioleaching of metals from waste computer printed circuit boards using Levenberg-Marquardt algorithm

The applicability of artificial neural network (ANN) to predict the bioleaching of metals using from computer printed circuit boards (CPCB) and the influence of process parameters were studied. The influence of process parameters initial pH (1.6-2.4), pulp density (2%-13%), and the initial volume of Inoculum (5%-25%) were investigated on the rate of bioleaching of metals from CPCB. Network inputs were fed as initial pH, pulp density, and inoculum volume and with the extraction of Cu, Ag, and Au as output. The ANN was developed using the Levenberg-Marquardt algorithm and trained for modeling and prediction. The most fitting architectures for Cu, Ag, and Au were [4-5-5-2-1], [4-7-5-2-1], [4-7-1-1-1] trained with Levenberg-Marquardt algorithm, respectively. The R values were observed to be 0.996, 0.997, and 0.993 for Cu, Ag, and Au extraction predictions, respectively. The genetic algorithm model defined by ANN was used to achieve maximum extraction rates for Cu, Au, and Ag. The predicted data showed that there is a great capability of using ANN for the prediction of Cu, Ag, and Au extraction from CPCB through bioleaching process. Hence, the ANN model can be used to control the operational conditions for improved metals extraction through bioleaching.     

低温对高粱后代选系苗期生理生化的影响

在正常及低温胁迫条件下,对高粱后代选系3853-1与后代选系3801-2苗期超氧化物歧化酶(SOD)活性、过氧化氢酶(CAT)活性及游离脯氨酸含量、可溶性糖含量、丙二醛(MDA)含量等指标进行测定与分析结果表明:在正常生长环境下,后代选系3853-1的SOD与CAT的活性以及游离脯氨酸和可溶性糖含量均大于后代选系3801-2,MDA含量低于后代选系3801-2;在低温胁迫下,后代选系3853-1与后代选系3801-2叶片中MDA含量增高,而CAT活性和SOD活性,可溶性糖含量和游离脯氨酸含量均低于正常情况下的指标;在低温胁迫下后代选系3853-1叶片中SOD与CAT的活性、可溶性糖含量及游离脯氨酸的含量均高于后代选系3801-2;与后代选系3801-2相比较,后代选系3853-1在低温胁迫下有较强的抗性。     

还原型牛红细胞Cu(I)Zn-SOD的量化计算

运用G94W量子化学程序,在B3YIP/Lan12dz基组的水平上,对于还原型牛红细胞中CU(I)Zn-SOD活性中心进行了从头计算。研究了分子轨道能量,电荷分布,前线轨道的贡献。结果表明:前沿分子轨道能量均为负值,其电子光谱稳定,与金属配位的咪唑环电荷表现正负交替现象。在前线轨道贡献上Cu(I)的占有轨道贡献大,空轨道的贡献小,不易于接受O_O~-自由基的不成对电子。     

A novel dynamic graph evolution network for salient object detection

Applied Intelligence - The advanced deep convolution neural networks (CNNs) based salient object detection (SOD) models still suffer from the coarse object edge. The traditional graph-based SOD...     

H…Cl(O),π…π作用的三维配合物[Cu(phen)2Cl(ClO4)]n的结构和量子化学研究

通过Cu(ClO4)2和phen(phen=1,10-邻啡罗啉)合成配合物[Cu(phen)2Cl(ClO4)]n,并表征其结构,晶体结构为单斜晶系,空间群为P21／c,晶体学参数:a=1．2666(2)nm,b=1．1219(2)nm,c=1．7225(2)nm,β=111．462(8)°,V=2．2779 (6)nm3,wR=0．071。在晶体中两个邻啡罗啉氮与中心铜离子配位形成2个五元环,4个氮和氯原子与中心铜形成变形四面锥,配合物之间邻近邻啡罗啉的芳环通过π…π作用形成一维结构,通过Cl…H和O…H“氢键”作用形成三维结构,邻近邻啡罗啉的芳环相互平衡组成π…π作用形成一维结构。量子化学(HF／LanL2DZ)计算表明,在配合物中HOMO电子(由铜原子的d轨道、氯和氮的p轨道)向LUMO和LUMO-1(碳原子的p轨道)转移。     

SOD模拟物对玉米幼苗抗盐害作用效果及机理研究

在中度盐害的情况下,用含氨基酸的过渡金属(Cu、Mn)SOD模拟物对玉米浸种、叶面喷施,八叶期后对幼苗的生理生化指标进行检测,结果发现经SOD模拟物浸种、叶面喷洒处理,生物量提高1.32%～15.77%(鲜重)和7.05%～15.89%(干重),光合速率提高17.60%～41.40%,叶绿素含量提高7.20%～26.51%,体内SOD活性提高最高达38.75%。初步表明上述SOD模拟物能有效抑制玉米幼苗所受的盐害胁迫作用。     

用浓度比较法自动绘制综合平衡电位-pH图

将所有溶液态物质作为一个整体,绘制Ｍ－Ｈ２Ｏ体系综合平衡电位－ｐＨ图,任何非溶液相物质Ｘｊ优势区的边界线可简单地通过比较与Ｘｊ呈平衡的所有溶液态物质的总浓度ΣＣｉ和任一给定总浓度「Ｍ」Ｔ的大小来确定。当体系中所有固相和气相优势区的边界线确定之后,剩余的区域就是溶液相物质的优势区。     

A colorimetric response to hydrogen sulfide

Two simple Cu(II) chromophores [Cu(acac)(dmp)](NO₃) (1) and [Cu(acac)(dpph)](NO₃) (2) (acac = acetylacetone, dmp = 2,9-dimethyl-1,10-phenanthroline and dpph = 4,7-diphenyl-1,10-phenanthroline) have been synthesised and immobilized into a highly permeable polymer matrix and subsequently used in the optical detection of low levels of hydrogen sulfide (10 ppm) over a 2 min period. The system is responsive to a concentration one-tenth that quoted as being immediately dangerous to life and health (IDLH) value (100 ppm) by the National Institute for Occupational Safety and Health (NIOSH). The UV–vis spectral change is a consequence of the hydrogen sulfide gas reducing the Cu(II) to Cu(I) in the polymer matrix. A crystal structure of [Cu(acac)(dpph)](NO₃) (2) was obtained and will also be discussed.     

Superpixel attention guided network for accurate and real-time salient object detection

Multimedia Tools and Applications - Edge information has been proven to be effective for remedying the unclear boundaries of salient objects. Current salient object detection (SOD) methods usually...