基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属

结合宏基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜年糕菌群结构和优势菌属。使用Usearch等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTU)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性,获得了用于分析的有效序列25 896条,OTU数为81。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。年糕样品的Chao1指数为90.23,Shannon多样性指数为1.80。基于OTU的物种分类分析,年糕内生细菌种类覆盖29个属8个纲5个门,其中年糕内生细菌优势菌属为玫瑰色半光合菌属(Roseateles,36.75%)、芽胞杆菌属(Bacillus,24.38%)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.36%)。     

雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化

为揭示雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化的规律，采集雪茄茄芯烟叶混配堆积发酵过程中的样品，采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析细菌群落多样性和结构。结果表明：(1)在雪茄烟叶发酵过程中，与混配发酵前相比，混配发酵完成后样品细菌群落的OTU数量和物种丰富度降低，物种多样性提高；(2)优势菌门由厚壁菌门（Firmicutes）转变为变形菌门（Proteobacteria）；优势菌属由海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）、丛毛单胞菌属（Comamonas）、芽胞杆菌属（Bacillus）转变为丛毛单胞菌属（Comamonas）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）；(3)10个菌属的平均相对丰度显著增加，分别为鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）、细粒类极小单胞菌属（Parapusillimonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）、DSSF69、溶杆菌属（Lysobacter）、假黄色单胞菌属（Ps...     

高通量测序分析食用玫瑰花瓣内生细菌多样性

目的:比较食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌群落结构差异。方法:应用高通量测序技术测定食用玫瑰(SM)和观赏玫瑰(GM)花瓣内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异。结果:本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为17 401/27(SM)、11 143/24(GM);稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。SM和GM样品的Chao1指数分别为34.0和25.667,Shannon多样性指数分别为1.269和0.649。观赏玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为埃希氏菌属(34.48%)、无色杆菌属(13.79%)、寡养单胞菌属(13.79%);食用玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为Faecalibacterium属(25.53%)、无色杆菌属(17.02%)、瘤胃球菌属(14.89%)。地发菌属、冷杆菌属、瘤胃球菌属为食用玫瑰特有,在观赏玫瑰中未检测到。结论:食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌菌群存在差异,高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供准确、科学的数据资源。     

基于高通量测序的冷冻南极磷虾中细菌菌群 结构分析

目的分析冷冻南极磷虾中总细菌菌群和可培养细菌菌群的结构特征。方法提取冷冻南极磷虾中宏基因组,通过高通量测序技术进行总细菌菌群分析;提取冷冻南极磷虾中可培养细菌菌落的总DNA,通过高通量测序技术进行可培养细菌菌群分析。结果冷冻南极磷虾中总细菌菌群多样性丰富,相对丰度大于1%的包括芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、克罗诺杆菌属(Cronobacter)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、八叠球菌(Sarcina)、乳球菌属(Lactococcus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、土壤杆菌属(Sediminibacterium)、未分类菌(unclassified)、罗尔斯顿菌属(Ralstonia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)以及苯基杆菌属(Phenylobacterium),占总量的85.04%。冷冻南极磷虾中可培养的细菌种类少,主要包括假交替单孢菌属(Pseudoalteromonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和嗜冷单胞菌属(Psychromonas),相对丰度分别为64.43%、33.47%和1.75%。可培养细菌中占优势的假交替单孢菌属、嗜冷杆菌属和嗜冷单胞菌属仅占总细菌菌群的1.10%。结论本研究初步揭示了南极磷虾细菌菌群的多样性和相对丰度,为进一步研究微生物与南极磷虾品质的相关性奠定基础。     

霉豆渣细菌多样性解析及基因功能预测

采用高通量测序技术解析霉豆渣中细菌多样性,通过PICRUSt软件进一步对细菌类群的基因功能进行了预测。结果发现:霉豆渣中细菌主要隶属于Proteobacteria(变形菌门,46.50%)、Firmicutes(硬壁菌门,38.80%)、Bacteroidetes(拟杆菌门,12.62%)和Actinobacteria(放线菌门,1.81%);优势菌属分别为Acinetobacter(不动杆菌属,17.27%)、Pseudomonas(假单胞菌属,10.38%)、Brevundimonas(短波单胞菌属,4.03%)、Stenotrophomonas(寡养单胞菌属,3.05%)、Comamonas(丛毛单胞菌属,2.52%),Enterococcus(肠球菌属,1.09%)、Bacillus(芽孢杆菌属,11.60%)、Brevibacillus(短芽孢杆菌属,2.41%)、Lysinibacillus(赖氨酸芽胞杆菌属,21.15%),Wautersiella(沃特氏菌属,8.68%)、Sphingobacterium(鞘氨醇杆菌属,2.17%)和Nocardia(诺片氏菌属,1.36%);有8个OTU(operational taxonoxic unit)在所有的霉豆渣样品中都存在,占OTU总数的0.59%,包含的序列数占总序列数的9.35%;有711个OTU仅在1个霉豆渣样品中存在,占OTU总数的52.47%,包含的序列数分别占总序列数的6.34%;PICRUSt分析发现霉豆渣中细菌类群具有较强的碳水化合物的运输与代谢和氨基酸的转运与代谢。由此可见,霉豆渣中蕴含了丰富的微生物群系,且不同样品间细菌类群的差异较大。     

感染赤星病烟草叶际细菌的多样性分析

为揭示田间感染赤星病烟草叶际细菌属水平上的多样性,提取了感病烟叶样品DNA,PCR扩增样品的16S区,采用IonS5XL高通量测序技术对扩增片段测序,并对其细菌群落结构进行分析。结果表明,田间感赤星病烟草叶片叶际细菌群落结构较为典型。在门水平上,优势菌门为变形菌门Proteobacteria(71.59%);属水平上,优势菌为泛菌属Pantoea(31.23%)、假单胞菌属Pseudomonas(22.44%)、甲醇杆菌属Methylobacterium(6.17%)、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas(6.02%)、Aureimonas(2.08%)、Falsirhodobacter(1.35%)。因此,感烟草赤星病叶片叶际优势细菌属为泛菌属和假单胞菌属。     

应用高通量测序技术分析成品甜芽菜微生物多样性

利用高通量测序技术分析成品甜芽菜中微生物组成和多样性。结果显示:从3个样品中共得到65797条高质量的细菌序列代表,OTU聚类609个,分属7个菌门、114个细菌菌属;共得到54750条高质量的真菌序列代表,OTU聚类109个,分属7个菌门、28个真菌菌属。细菌群落中,Proteobacteria(49.1%)和Firmicute(40.9%)菌门具有较大优势;盐单胞菌属(Halomonas,27.2%)的丰度最高,芽孢杆菌属(Bacillus,11.9%)次之。真菌群落中,Ascomycota(63.7%),Basidiomycota(36.1%)菌门具有绝对优势;Saccharomycetales_unclassified (28.5%)、德巴利酵母属(Debaryomyces,15.8%)、Filobasidiaceae_norank(14.1%)3个菌属较为优势。研究结果加深了对成品甜芽菜中微生物群落结构和多样性的认识,对于成品芽菜的保藏提供了一定的参考意义。     

海巴戟天(诺尼)果内生细菌的初步分离与鉴定

首次对采自我国海南三亚市诺尼植物果实内生细菌进行初步分离与鉴定研究,相关研究为诺尼果内生菌研究奠定基础。采用传统微生物学分离培养方法对28℃培养条件下分离得到的15株细菌进行16S rDNA扩增和系统发育分析。研究表明,分离得到的15株诺尼果内生细菌分属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)3个类群,包括甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、棒杆菌属(Corynebacterium sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)和链霉菌属(Streptomyces sp.)7个属的11个已知种。研究结果表明,诺尼果中内生细菌具有较为丰富的多样性,获得了一批应用前景广泛的诺尼果内生细菌资源。     

基于高通量测序对宜宾芽菜中细菌群落结构分析

目的:研究宜宾芽菜发酵过程中细菌微生物多样性。方法:采用Illumina高通量测序技术对芽菜样本中所有细菌的16S V1-V3区进行测序,应用QIIME软件和Mothur软件分析和统计样品序列数目、OUT数量,并进行聚类分析。结果:宜宾芽菜发酵过程中6个阶段的样本共获得204997条有效序列,优化后有效序列数为41703条,共9202个OTU分类;主要细菌类群为Firmicutes(厚壁菌门)下的Bacillus(芽孢杆菌属),Bacteroidetes(拟杆菌门)下的Flavobacteriaceae(黄杆菌属)和Sphingobacterium(鞘脂杆菌属),Proteobacteria(变形菌门)下的Sphingomonas(鞘脂单孢菌属)、Acidovorax(嗜酸菌属)、Chromohalobacter(色盐杆菌属)和Pseudomonas(假单胞菌属)以及Actinobacteria(放线菌门)下的Arthrobacter(节杆菌属)。结论:宜宾芽菜发酵过程中细菌菌群处于动态变化中,随着发酵的进行,部分细菌逐渐减少或消失,优势细菌趋于稳定。     

烟草角斑病叶际微生物群落结构与多样性分析

为揭示烟草角斑病叶际微生物群落结构和多样性，采用高通量测序技术研究感角斑病与健康烟叶叶际细菌和真菌群落结构和多样性间的差异。结果表明，感病和健康烟叶叶际细菌主要分布于厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和变形菌门（Proteobacteria）；真菌主要分布于子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上，感病烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、黄杆菌属（Xanthomonas）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、泛菌属（Pantoea）和属水平未分类的根瘤科（unidentified＿Rhizobiaceae）；优势真菌属为小不整球壳属（Plectosphaerella）、亚格孢壳属（Didymella）、赤霉菌属（Gibberella）和链格孢属（Alternaria）。健康烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属、泛菌属和甲基杆菌属；优势真菌属为小不整球壳属、亚格孢壳属、枝孢霉属（Cladosporium）和B...     

藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

不同季节新鲜鸭蛋表面污染细菌的多样性分析

为研究鸭蛋壳表面污染细菌的多样性以及季节性变化,在春、夏、秋和冬4 个季节采集新鲜鸭蛋,利用超声波洗涤蛋壳制备细菌样本,通过Illumina MiSeq高通量测序分析样品细菌菌群的多样性。结果表明,共获得697 244 条优化序列归属于650 个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,包括35 个门,298 个属,447 个种。其中相对丰度占比较大的优势菌有：厚壁菌门（Firmicutes）芽孢杆菌属（Bacillus）和肠球菌属（Enterococcus）,分别占比17.78%和17.16%;变形菌门（Proteobacteria）肠杆菌科（Enterobacteriaceae）埃希氏菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella）占比17.14%。4 个季节样品的优势菌群相同,皆为芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）和埃希氏菌属-志贺菌属（Escherichia-Shigella）,但种群结构和物种丰度各不相同,冬季样本Chao指数和ACE指数最大,平均分别为596.5±22.29和587.5±17.82;Shannon指数最大和Simpson指数最小,平均分别为3.52±1.02和0.1±0.07,种群复杂度表现最为突出;春夏秋冬四季样品共有的OTU为35 个,分别占各样品OTU数目的0.06%～70.00%,独有的OTU数目分别为9（春）、0（夏）、17 个（秋）和496 个（冬）,各个季节样品的菌群种类具有较大的差异性;不同季节分别有弧菌（Vibrio）、淤泥假单胞菌（Pseudomonas_caeni）、肠杆菌（Enterobacter）、溶菌杆菌（Lysinibacillus）、梭菌（Clostridium_sensu_stricto_1）等存在,部分致病菌受气温影响明显。该结果为进一步研究鸭蛋主要腐败菌及其控制提供了理论依据。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市 酸粥真菌菌群多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明，酸粥样品中的优势真菌门（平均相对丰度＞1.0%）为子囊菌门（Ascomycota）（98.11%）；优势真菌属为毕赤酵母属（Pichia）（37.32%）、哈萨克斯坦酵母属（Kazachstania）（20.34%）、酵母属（Saccharomyces）（11.03%）、耐碱酵母属（Galactomyces）（9.41%）、假丝酵母属（Candida）（5.88%）、曲霉属（Aspergillus）（4.44%）、伊萨酵母属（Issatchenkia）（2.69%）和德巴利酵母属（Debaryomyces）（1.51%）。8份样品共包含50个核心操作分类单元（OTU）（存在于所有样品中的OTU），其中有15个为优势OTU，分别被注释到8个优势菌属中，累计相对含量达92.49%，具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系，该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主，且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。     

新疆吐鲁番坎儿井饮用水中微生物多样性分析

目的：了解新疆坎儿井微生物菌群特征。方法：采集新疆吐鲁番4种不同坎儿井饮用水，利用Illlumina-Hiseq高通量测序技术对其进行测序，Majiorbio生信云平台进行微生物群落结构多样性分析。结果：质控后细菌有效序列为446 700条、真菌有效序列为407 376条，基于97%一致性共得到2 586个OTUs。门水平上，变形菌门（Proteobacteria）为4个样品共同优势的细菌门；在属水平上，阿木尔坎儿井（样品A）、奥吾提坎儿井（样品T）共同优势菌属为嗜氢菌属（Hydrogenophaga），占比分别为34.31%，57.66%；沙依坎儿井（样品S）优势菌属为曲杆菌属（Curvibacter），占比36.33%；米依木阿吉坎儿井（样品M）优势菌属为不可鉴定的丝毛单胞菌属（unclassified_f_Comamonadaceae），占比34.84%。真菌的子囊菌门（Ascomycota）为4个样品中共同优势菌门；样品S、M、T优势菌属为油壶菌属（Olpidium），分别占比15.77%，31.84%，16.38%。样品A优势菌属为不可鉴定的真菌属（Unclassified_k_fungi），占比27.68%。结论：4种样品在细菌和真菌门、属、种水平上有共同点的同时也有差异；虽然真菌多样性比细菌高，但物种所占丰富度较小。     

基于高通量测序的江西特色发酵豆豉中微生物群落多样性及其特征分析

目的:采用高通量测序技术,研究江西特色发酵豆豉中细菌和真菌等微生物的群落多样性及特征,以了解和提高产品质量和食用安全性。方法:采集江西南昌稻香园调味食品有限公司豆豉样品,经gDNA提取,分别对细菌16S rDNA和真菌ITS区域进行PCR扩增及MiSeq测序,根据统计的测序数据进行物种注释、丰富度聚类及α-多样性分析。结果:高通量测序获得细菌Tag数目36633个,OTU数目114个,经物种注释,主要为蓝细菌门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),以蓝细菌门未分类属(Cyanobacteria Chloroplast Unclassified)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)为主;真菌Tag数目47117个,OTU数目8个,经物种注释,几乎全为接合菌门横梗霉属(Lichtheimia)。结论:江西豆豉细菌具有丰富的微生物群落多样性和特色的菌群组成结构。     

基于高通量测序的郫县豆瓣不同发酵期细菌群落结构及其动态演替

采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对郫县豆瓣全发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行深入研究,测序获得有效序列数731188条,归类为11个门（Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria、Chlorobi、Chloroflexi、Gemmatimonadetes、Fusobacteria、Cyanobacteria、Bacteroidetes、Acidobacteria、Deferribacteres）和其他未分类的单元,包含37082个OTU。研究结果表明郫县豆瓣细菌群落组成丰富,在发酵过程中细菌的种类和数量随着发酵的持续和环境的变化而不断变化,尤其是peijiao样品,其细菌组成的丰度与其他5个时期的样品（BZ1Y、BZ5Y、BZ10Y、HE1Y和HE5Y）差异显著。另外,还有一些未被分类的细菌新物种资源等待深入挖掘。结果揭示了郫县豆瓣中有185个细菌属,其中Staphylococcus、Weissella、Pediococcus、Lactobacillus、Corynebacterium和Bacillus属的细菌是豆瓣发酵的主要优势菌群,伴随于郫县豆瓣的整个发酵过程,对郫县豆瓣的质量与风味产生重要的影响。     

基于Miseq高通量测序技术的古襄阳酒窖泥细菌多样性评价

使用Miseq高通量测序技术对4份古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品的细菌多样性进行了评价,同时通过选择性培养分离出窖 泥中的优势乳酸菌,再利用16S rDNA序列分析方法,对其进行初步鉴定。 结果表明,乳酸杆菌是古襄阳酒窖池中的优势细菌,其相对 含量高达92.02%。在分类操作单元（OTU）水平上,发现8个核心OTU相对含量＞1.0%,其中7个隶属于乳酸杆菌属（Lactobacillus）。4份 古襄阳酒业浓香型白酒窖泥样品中共分离到12株菌株,初步鉴定其全部为副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

传统清香型白酒发酵过程中细菌群落结构及其动态演替

利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对传统清香型白酒大楂和二楂发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行研究,测序获得有效序列数分别为319 872条和269 087条,归类为15个门(厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、浮霉菌门、绿弯菌门、疣微菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门、衣原体门、硝化螺旋菌门、广古菌门、产金菌门、梭杆菌门、蓝细菌门,分别包含39 567,22 717个OTUs。研究表明:大楂和二楂细菌群落组成丰富,在发酵过程中细菌的种类和数量随着发酵和环境的变化而变化,主要优势菌群包括葡萄球菌属、片球菌属、乳杆菌属。它们动态变化,此消彼长,影响大楂和二楂酒的质量与风味物质的产生。     

酸菜发酵期间细菌群落结构动态变化分析

以自制酸菜为研究对象，利用16S rRNA高通量测序技术检测酸菜发酵期间细菌群落的组成及演替规律。结果表明，发酵第1天的酸菜样本中微生物丰富度和多样性最高，随着发酵的不断进行，微生物丰富度和多样性呈先降后缓慢增加的趋势。细菌群落结构与发酵进程显著相关，因此不同发酵时期优势菌属不同。酸菜发酵期间的主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（0.01%～82.32%）、肠杆菌属（Enterobacter）（0～20.60%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（1.66%～9.48%）、盐单胞菌属（Halomonas）（0.03%～1.84%）和魏斯氏菌属（Weissella）（0.01%～8.26%）等，其中乳酸菌占据绝对的优势地位。