产氢细菌Ethanoligenens harbinense YUAN-3基因文库构建及分析

以高效产氢细菌哈尔滨产乙醇杆菌的模式菌株YUAN-3作为出发菌株,提取细菌总DNA,经过Sau3AI的不完全酶切,将2.5～5.0kb的片段连接入用BamHI酶切的pUC19质粒,转化入E.ColiDH5α中,构建菌株YUAN-3的基因组文库,得到克隆数接近9×103个,以最相近的梭菌属已报道的基因组平均大小4.6Mb计算,概括了其99%以上的基因组,达到了建库的理论值.随机挑取200个白色菌落进行测序,经分析得到的结果大多数与已经过全序列分析的产氢细菌的假想蛋白相近,其中有49个与其他菌株功能蛋白相似性超过70%的片段,包括叶酰聚谷氨酸合成酶、DNA拓扑异构酶、乙酰转移酶等,同时获得了7个功能蛋白或基因的完整开放阅读框.     

基于ITS基因文库法研究清香型大曲真菌群落结构

通过构建真菌ITS基因文库、测序和系统发育树分析,分别对汾酒清茬曲、后火曲和红心曲的真菌群落结构进行了比较。研究结果表明,汾酒大曲内的真菌全部分属于酵母目和毛霉菌目,且3种大曲的真菌群落结构存在明显差异,其中清茬曲的优势真菌为毕赤酵母属和根霉属(占全部克隆子的比例分别是66.7%和30%);后火曲的优势真菌为毕赤酵母属(占全部克隆子的比例是80.24%);红心曲的优势真菌为根霉属和横梗霉属(占全部克隆子的比例分别是38.89%和33.33%)。     

酱香型窖泥古菌群落结构的研究

采用ARDRA免培养手段研究酱香型窖泥中的古菌群落结构,通过对窖泥总DNA的提取,扩增古菌16SrDNA序列,构建古菌16S rDNA文库。随机挑选39个阳性克隆子,通过HhaI限制性内切酶酶切,选择酶切图谱不同的25个克隆子用于后续测序,测序结果与NCBI数据库比对分析,获得其分类信息。克隆文库分析结果表明,酱香型窖泥中古菌主要分布于广古菌门中的甲烷袋状菌属（Methanoculleus）、甲烷八叠球菌属（Methanosarcina）、甲烷鬃毛菌（Methanosaeta）和甲烷杆菌属（Methanobacterium）,分别占44%、41%、3%、9%。     

清香型大曲细菌群落结构的比较分析

通过构建细菌16SrRNA基因文库、RFLP指纹图谱分析、测序和系统发育学分析,分别对汾酒清茬曲、后火曲和红心曲的细菌群落结构进行比较。结果表明,清香型3种大曲细菌均分属于芽孢杆菌纲、放线菌纲及变形菌纲,但具体种属组成存在一定差异,其中清茬曲的优势细菌菌群为乳杆菌属和葡萄球菌属(占全部克隆子的比例分别为37.78%,22.22%);后火曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、葡萄球菌属、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属(占全部克隆子的比例分别为35%,16.67%%,16.67%,13.33%);红心曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、芽孢杆菌属、高温放线菌属(占全部克隆子的比例分别为26.67%,28.89%,17.78%)。     

枯草芽孢杆菌AS1.398基因文库的建立

用SDS(十二烷基硫酸钠)和溶菌酶裂解制革脱毛用酶制剂生产菌—枯草芽孢杆菌AS1.398菌体,提取染色体ONA,并用限制性内切酶Sau3AI对纯化后的染色体DNA进行部分酶切。将所得片段插入大肠杆菌质粒P~(RR_(322))的BamHI位点,经T_4DNA连接酶连接后转化Ecoli DH5α菌株,所获得转化子经Amp~r(抗氨苄青霉素)与T_c~r(抗四环素)抗性平板检测,计算出重组率为82％。用所获得的全部转化子建成枯草芽孢杆菌AS1.398的基因文库,以为蛋白酶基因。以及其它实用性酶的基因筛选所用。     

青海七个泉油田本源微生物区系初步调查

采用细菌通用引物和古细菌引物对青海七个泉油田本源微生物样品DNA进行扩增,根据基因库进行克隆和DNA序列分析,将测序结果通过与基因库进行比对．结果表明七个泉油田样品中有大量海杆菌属和甲胞菌属,样品中还发现存在产甲烷古菌及一些不可培养的其它古菌类群。它们的分离方法、功能和生长代谢特性有待于深入研究,以便筛选用于提高该油田原油采收率的采油功能菌群。     

油砂山油田本源微生物分子生物学初步调查

采用细菌通用引物和古细菌引物对青海油砂山油田178井本源微生物样品DNA进行扩增,构建基因文库,克隆和DNA序列分析。将测序结果与基因银行进行比对结果表明,油砂山样品中有大量海杆菌属和甲胞菌属,样品中还发现存在产甲烷古菌及一些不可培养的其它古菌类群。它们的功能和多样性有待于深入研究,以便进一步筛选用于提高该油田原油采收率的采油功能菌群。     

超高温大曲细菌微生物群落结构的研究

采用构建细菌16S rRNA基因文库研究郎酒超高温大曲中细菌群落结构。随机挑选58个阳性克隆子进行测序分析。结果表明,大曲内细菌群落组成较为简单,主要分布于芽孢杆菌科和高温放线菌科;将序列相似度大于或等于97%的定义为同一个OTU(Operational taxonomic units),可分为6个不同的OTUs。其中,枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)和高温放线菌属(Thermoactinomyces)为优势种群,占全部克隆子的比例分别为44.83%和43.1%;其他类群包括芽孢杆菌属(Bacillus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)。