酒鬼酒成熟糖化料细菌的分离和系统发育多样性分析

采集酒鬼酒成熟糖化料样品,采用纯培养法以3种基础分离培养基分离样品中的细菌(含放线菌),采用16S rRNA基因序列分析法对分离菌株进行发育多样性分析。用营养琼脂(nutrient agar)、LA(Luria-Bertani agar)和海洋琼脂(marine agar)培养基进行分离,得到82个细菌菌株。根据菌落形态、细胞形态和革兰氏染色实验结果,去除部分冗余,最终得到47个代表性菌株。系统发育分析结果表明,所得47个代表性菌株分属于细菌域(Bacteria)的5个大的系统发育类群/门(phylogenetic group/phylum),近半数菌株(23株,48.9%)属于厚壁菌门,其中优势菌群为芽孢杆菌科(Bacillaceae)的芽孢杆菌属(Bacillus),共有11个分离菌株(23.4%)。这47个代表性菌株可以归为31个不同物种,且大多数与它们的系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异,16S r RNA基因序列相似性处于96.52%～99.73%之间。其中有2个菌株(JSM 2032011,JSM 2032014)与其系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间的16S rRNA基因序列相似性较低,可能代表潜在的新分类单元(potential new taxa)。菌株JSM 2032011与假单胞菌属(Pseudomonas)的Pseudomonas hunanensis LVT的系统发育关系最密切,但它们之间的序列相似性较低(97.54%);菌株JSM 2032014与赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinibacillus)的Lysinibacillus jejuensis N2-5T的系统发育关系最密切,它们之间的序列相似性只有96.52%。而且这2个菌株在系统发育树上在各自的簇群中形成了独立的进化分支。因此,菌株JSM 2032011和JSM2032014可能分别代表了假单胞菌属和赖氨酸芽胞杆菌属的潜在新种(potential new species)。以上结果表明,酒鬼酒成熟糖化料分离的细菌具有较高的类群多样性和物种多样性,且蕴含着一些新的微生物类群/物种。     

研究人员解析豆科植物深度系统发育关系

近日,中国科学院昆明植物研究所植物多样性与基因组学团队伊廷双和李德铢研究组在国际生物系统学顶级期刊发表研究成果,解析豆科植物深度系统发育关系。豆科是植物界第三大科,约有765属19500种,也是经济价值最大的科之一。以往的分子系统学研究或基于少量基因片段,或取样代表性不足,尚未构建豆科高分辨率和支持率的系统发育框架,制约了这一重要类群及相关学科领域的研究。     

绿色魏斯氏菌ORC4的抗氧化、降胆固醇作用

从风干香肠中分离得到一株生长良好的乳酸菌ORC4,菌株能产乳酸、革兰氏染色阳性、接触酶阴性。经系统发育分析,结合菌落形态、细胞形态、生化反应试验,确定菌株ORC4为绿色魏斯氏菌。绿色魏斯氏菌ORC4的完整和破碎细胞对O2-·、DPPH·和·OH的清除率都与细胞浓度呈正相关。在细胞浓度为5×108CFU/m L时,菌株ORC4破碎细胞对O2-·、DPPH·和·OH的清除率都高于完整细胞,分别为45.17%、56.17%和54.01%。菌株ORC4还能清除培养基中最多为35.87μg/m L的胆固醇,单位细胞干重的胆固醇清除率为19.89μg/mg。     

新鲜哈密瓜汁中可培养细菌的分离鉴定及系统发育分析

采用稀释平板法从新鲜哈密瓜汁中分离出48株可培养细菌,通过传统的形态特征鉴定,将其归为10个类群。利用细菌通用引物PCR扩增10个类群代表菌株的16S rRNA基因,并进行序列测定。将获得的序列通过Blast在GenBank数据库中搜索相关菌株的同源性序列,采用Clustal1.81软件比对,用Mega4.1软件构建系统发育树。系统发育分析结合表型特征研究表明,新鲜哈密瓜汁中可培养细菌以芽孢杆菌属为优势微生物类群,主要为枯草芽孢杆菌Bacillus sub-tilis,其次为地衣芽孢杆菌Bacillus licheniformis、苏云金芽孢杆菌Bacillus mojavensis。此外还有铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa、洋葱伯克霍尔德氏菌Burkholderia cepaciastrain、鲍曼不动杆菌Acinetobacter baumannii,以及肠球菌属Enterococcussp、克雷伯氏菌属Klebsiellasp的菌株。     

线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(mtCOⅠ)序列分析揭示扶桑绵粉蚧复合种存在隐存谱系(英文)

过去约20年间扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis Tinsley在许多国家造成严重危害。近年来该害虫传入我国,对农业生产构成严峻威胁。外来入侵物种的快速准确鉴定是科学研究及其管理的基础。本研究对来自海南三亚和陵水地区的扶桑绵粉蚧的线粒体细胞色素氧化酶I(mt COI)测序并与美国佛罗里达州的扶桑绵粉蚧序列进行了比较。系统发育树表明该物种存在两个遗传支系,即海南支系与佛罗里达支系;这两个支系的遗传距离约3%。这是利用mt COI分子标记对我国扶桑绵粉蚧的首次分子鉴定。这些结果提示:(1)扶桑绵粉蚧可能是至少含有两个隐存谱系或姊妹种的复合种;(2)新入侵我国海南三亚和陵水地区的扶桑绵粉蚧是该复合种内的一个隐存谱系或物种,且海南三亚和陵水种群可能不是来自美国佛罗里达州。扶桑绵粉蚧隐存谱系的发现对于该物种的分子鉴定及其入侵生态学研究具有重要意义。     

牙鲆与大菱鲆病原迟钝爱德华氏菌生物学特性及系统发育学分析

对从7起牙鲆（Bastard halibut,Paralichthys olivaeeus L．）、3起大菱鲆（Turbot,Scophdudmus maximus L．）病害的病（死）鱼中分离到的相应病原菌较系统地进行了形态特征、理化特性等表观分类学指征的鉴定及代表菌株DNA中G＋Cmol％的测定。同时,择代表菌株进行了16SrRNA基因的分子鉴定,测定了16SrRNA基因序列,分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树。结果表明,分离鉴定的148株菌均为爱德华氏菌属（Edwardsiella Ewing and McWhorter 1965）的迟钝爱德华氏菌（E．tarda）,其中128株为迟钝爱德华氏菌野生型（E．tarda wild type）菌株,20株暂定为迟钝爱德华氏菌吲哚阴性变异株。代表菌株（HC010907—1及HC010830-1）的16SrRNA基因序列,与GenBank数据库中的迟钝爱德华氏菌的同源性均在99％。     

浓香型白酒窖泥中细菌多样性的免培养技术分析

采用免培养(culture independent)技术直接从浓香型白酒窖泥中提取细菌微生物混合基因组DNA(也叫元基因组DNA),利用细菌16S rDNA通用引物扩增窖泥细菌的序列,根据16S rDNA序列对细菌多样性进行初步分析。采用PCR扩增技术、分子克隆技术以及序列同源性分析等方法测定细菌的16S rDNA,通过与基因数据库中相似菌群序列同源性的比较,得到样品菌种多样性,分别构建系统发育树。结果显示,细菌含有几大类群,表现出高度的细菌多样性。共分为Uncultured bacterium、Clostridium、Lactobacillus、Eubacterium和Syntroph-omonas五个细菌分类。     

链格孢菌分子系统发育研究进展

文章综述了链格孢菌(Alternaria)分子系统发育研究进展,重点介绍了基因序列分析在链格孢菌分子系统发育研究中的应用,总结分析了链格孢菌分子系统发育研究中需要解决的问题以及我国相关研究的进展。     

81株铜绿假单胞菌16S rRNA基因序列测定及系统发育学分析

采用16SrRNA基因序列分析法对2015年7~9月广东省食品检验所桶装水专项抽检中筛查所得的81株铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)进行复核鉴定。菌株经纯化培养后提取总DNA,采用细菌16SrRNA通用引物进行16SrRNA基因序列扩增,PCR扩增产物经2%琼脂糖凝胶电泳后,进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA5.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果表明:81株铜绿假单胞菌与原鉴定结果一致。其中,编号24-3-QY、100-5-JM、106-3-JM菌株形成一个分支,28-1-WD单独为一支,其余77株野生菌和铜绿假单胞菌标准菌株ATCC27853聚为一群。该研究是2015年5月24日中国开始实施GB 19298—2014《食品安全国家标准包装饮用水》以来,广东省首次对水源性铜绿假单胞菌进行的研究,为下一步菌种污染朔源等研究提供依据。