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马尔可夫聚类算法(MCL)是在大规模生物网络中寻找模块的一个有效方法,能够挖掘网络结构和功能影响力较大的模块。算法涉及到大规模矩阵计算,因此复杂度可达立方阶次。针对复杂度高的问题,提出了基于消息传递接口(MPI)的并行化马尔可夫聚类算法以提高算法的计算性能。首先,生物网络转化成邻接矩阵;然后,根据算法的特性,按照矩阵的规模判断并重新生成新矩阵以处理非平方倍数矩阵的计算;其次,并行计算通过按块分配的方式能够有效地实现任意规模矩阵的运算;最后,循环并行计算直至收敛,得到网络聚类结果。通过模拟网络和真实生物网络数据集的实验结果表明,与全块集体式通信(FCC)并行方法相比,平均并行效率提升了10个百分点以上,因此可以将该优化算法应用在不同类型的大规模生物网络中。 相似文献
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慢正电子湮没寿命谱测量是一种灵敏度高且可以无损探测材料微观缺陷的重要分析方法,束流束团化系统是实现该技术的核心部件,主要用来产生满足寿命测量时间分辨的束团并提供正电子产生的时间信号。本文选用Parmela程序,基于"预聚束器-斩波器"束团化系统,模拟计算了不同束流参数对150 ps(半高宽)束团化结果的影响并与"斩波器-预聚束器"束团化系统的计算结果做了对比,结果表明:提高束流能量、降低束流能散以及缩小束斑尺寸有利于提高束团化效率。数据显示:当束流能量≥500 eV、能散≤5 eV、束斑≤12 mm,"预聚束-斩波器"束团化系统的正电子利用率≥20%、聚束效率≥85%;且在相同束流参数下,"预聚束器-斩波器"束团化系统的正电子利用率要优于"斩波器-预聚束器"。 相似文献
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《Planning》2019,(22):71-76
目的:了解2016-2018年肇庆市某院血培养病原菌临床分布及耐药性,为该地区血流感染的诊断和治疗提供实验室依据。方法:选取2016年1月-2018年12月血培养分离的654株病原菌及检测资料,采用生物梅里埃BacT/Alert 3D全自动血培养仪进行血培养,采用BIOFOSUN细菌鉴定药敏系统对病原菌进行菌种鉴定与药敏试验;采用WHONET 5.6对结果进行分析。结果:共分离654株病原菌,革兰阳性菌中检出率排名前三依次是表皮葡萄球菌57株(32.8%)、金黄色葡萄球菌42株(24.1%)和腐生葡萄球菌、化脓性链球菌、溶血葡萄球菌均为10株(5.7%);革兰阴性菌中检出率排名前三依次是大肠埃希菌123株(25.6%)、肺炎克雷伯菌102株(21.3%)、弗氏柠檬酸杆菌72株(15.0%);革兰阳性菌阳性率前三位的科室是新生儿科67株(38.5%)、呼吸科15株(8.6%)、心内科12株(6.9%)和内分泌科12株(6.9%);革兰阴性菌阳性率前三位科室是呼吸科62株(12.9%)、泌尿外科45株(9.4%)、内分泌科45株(9.4%)和肿瘤一区45株(9.4%);耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)检出率为52.4%,未发现耐万古霉素株;产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌检出率分别是50.4%和33.3%。结论:该院引起血流感染病原菌中,革兰阳性菌以表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌为主,革兰阴性菌以大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、弗氏柠檬酸杆菌较为多见,产ESBLs菌株较为普遍;定期对血培养病原菌进行临床分布及耐药性分析,对血流感染的治疗和诊断十分重要。 相似文献
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