基于弹性网络模型的蛋白质结构-功能关系

蛋白质结构-功能关系研究是结构生物学领域的热点问题之一,具有重要的理论和实际应用价值.弹性网络模型(elastic network model,ENM)是获取蛋白质结构本身固有动力学性质,进而揭示其生物学功能的有效方法,在蛋白质结构-功能关系研究中得到了广泛应用.简要介绍了ENM的基本原理及其在蛋白质结构-功能关系中的应用,主要包括蛋白质功能性运动分析和关键位点识别等.     

分子对接方法在药物发现之外领域的应用

分子对接是一个预测蛋白质与配体的结合模式和结合自由能的强有力的计算工具.该方法起源并主要应用于药物设计与研发领域,而其设计思想却可以服务于很多其他领域的研究.详细叙述了分子对接的基本原理和方法,并进一步介绍了应用广泛的基于分子对接的虚拟筛选技术.然后,结合已发表的文献,具体介绍了分子对接方法在蛋白质工程、生物修复、生物传感器及纳米科学等领域的应用.这将有助于分子对接方法及相关技术更好地服务于非药物发现领域的研究工作.     

蛋白质-RNA对接中打分函数设计及RNA结合位点识别研究进展

分子对接是目前研究蛋白质-RNA相互作用与识别的有效方法之一.其中,打分函数的合理设计与分子结合位点的准确识别对成功预测蛋白质-RNA复合物结构至关重要.结合小组的工作,对用分子对接方法预测蛋白质-RNA复合物结构中所涉及2个关键性问题(即分子对接打分函数的设计和RNA结合位点的预测)及研究进展进行了回顾,并对几种常用的方法进行了比较.最后分析了这两方面研究目前所存在的主要问题,并对未来的发展方向进行了展望.     

蛋白质折叠的计算机模拟研究进展

蛋白质折叠是结构生物学领域有待解决的重要科学问题,计算机模拟方法是研究蛋白质折叠的主要手段之一.对蛋白质折叠的计算机模拟研究进展进行了简要介绍,主要内容包括:全原子分子动力学模拟、Gō模型以及弹性网络模型的主要思路及其在蛋白质折叠研究中的应用.     

抗病毒类化合物结构与离解速率的关系

为了解决如何筛选出更加有效的抗病毒类化合物的问题,研究了离解速率(k_(off))与抗病毒类药物结构的关系,理论依据是k_(off)常用于评价药物在人体开放性系统中的活性.首先,应用分子描述符软件计算出每个抗病毒类化合物的分子描述符,并使用多元逐步回归分析法、偏最小二乘法和遗传算法3种方法对描述符进行筛选.然后,分别采用支持向量机和BP神经网络方法建立抗病毒类化合物的k_(off)的预测模型,并用测试集对模型进行了验证.结果表明:筛选出了具有良好预测能力的描述符,建立的2个预测模型经验证均合理,对未来抗病毒类药物的研制具有指导意义.     

深水钻井水下防喷器组配置选型研究

深水防喷器组是保障深水钻井作业安全的重要装置,与陆地相比其配置有所不同,因此有必要开展该方面的研究,以便为我国开展深水钻井作业设计提供有价值的指导。参阅了国外深水钻井作业实践和相关资料,并统计了全球最大的深水钻井承包商Transocean公司典型深水钻井船的防喷器组配置情况。在此基础上给出了不同水深时深水防喷器组的推荐配置,包括压力级别、配置方式、质量和高度等,可以作为深水钻井防喷器组配置的参考。     

雅培c16000全自动生化分析仪上的试剂交叉携带污染发现及解决方案

为了解决临床生化检测中隐蔽的交叉携带污染,提出了一种合理普适的交叉携带污染评估和解决方案.该方案采用雅培c16000全自动生化分析仪,设计合理普适的交叉携带污染测定试验及特殊的污染清洗程序,对体外诊断市场中占有率较高的中生试剂的交叉携带污染情况进行评价,通过对31个临床常规检测试剂盒的930个组合进行交叉携带污染试验,对隐蔽性的交叉携带污染提出判定标准,并对具有交叉携带污染的组合用提出的特殊的清洗程序进行清洗.结果表明,传统标准仅识别出10个具有交叉携带污染的组合,而提出的新标准比传统标准额外识别出了5个交叉携带污染组合.对以上15组具有交叉携带污染的组合用提出的特殊的清洗程序进行清洗,其污染率绝对值全部显著降低,且交叉携带污染情况全部得到消除.     

基于残基涨落的加权氨基酸网络的构建及应用

提出了一种以残基间距离涨落为权重的氨基酸网络的加权方式.对180个蛋白质的加权与非加权氨基酸网络的拓扑特征量进行了分析.统计结果表明,氨基酸网络具有明显的小世界特征,加权网的平均集聚系数比非加权网的小.节点度分布具有幂律形式,显示了网络的层次模块性,进一步发现疏水残基对这一性质起了主要作用.另外,加权网的介数对折叠核的区分能力强于非加权网,表明加权网较非加权网包含了更多的蛋白质结构信息.     

气体钻井中井眼温度变化及其对注气量的影响

目前关于气体钻井时所需注气量的计算方法均是将环空流体的温度取同一深度的自然地层温度来进行计算，没有考虑井眼内流体与地层进行换热的影响，这必然会带来误差。而且随着井深的增加，这种误差还会相应增大。为此，根据能量守恒原理，建立了考虑井筒流体与地层换热对井筒流体温度影响在内的数学模型，并进行了求解。然后利用求解获得的环空流体温度计算了所需注气量，并将其与按照地层未受干扰温度所得的注气量进行了对比。结果表明，按照自然地层温度所得的注气量偏小，并随着井深的加大该差值会逐渐增大。因此，在进行深井气体钻井作业时需要考虑地层与井眼流体换热的影响来计算井眼流体温度，进而确定出合理的注气量。     

川西地区气体钻水平井井壁稳定性评价模型研究及应用

川西地区地层岩性自上而下分布十分复杂,不同深度泥页岩层段黏土矿物成分特性有明显差异,底部层段存在煤层,部分砂岩层段为高压高产气层。据实钻资料及地质分析,认为新场构造区块的中浅储层具有气体钻进水平井的条件。为此,在直井井壁稳定性评价方法的基础上,利用坐标转换,建立了气体钻水平井井壁稳定性评价模型,该模型考虑了井斜角、方位角的变化对气体钻井井壁坍塌密度的影响。现场实钻数据验证了该模型计算结果的正确性,表明该模型可以作为川西地区气体钻水平井作业的一种井壁稳定性评价方法。