DNA提取前处理方法对萨拉米香肠中细菌种群结构的影响

通过比较不同DNA提取前处理方法在高通量测序中对萨拉米香肠细菌种群结构的影响,为建立规范的高通量测序的操作流程优选出更适宜的前处理方法。采用直接提取法（M0）、拍击均质法（M1）和振荡珠磨法（M2）3 种常用前处理方法提取萨拉米香肠中细菌DNA,利用MiSeq高通量测序技术分析萨拉米香肠中细菌16S rRNA V3-V4区基因序列,以可操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）为基础分析细菌种群结构。结果表明,M0、M1和M2的OTU数分别为319、206和253;3 种方法共有的OTU数为129,占样品总OTU数的31.85%;Chao1指数分别为177.93±31.02、120.76±28.60、166.96±15.63;Shannon指数分别为2.79±0.22、2.95±0.31、3.25±0.30。在门和科分类水平,不同前处理方法获得的样品细菌种群结构相似,只有丰度上存在差异;但在属分类水平下,不同前处理方法可影响后续种群结构分析的结果。M0可增大优势菌的丰度及多样性,可用于检测样品在成熟过程中存在过的细菌。而M1和M2除去了游离DNA,只留下具有完整细胞结构的细菌菌体,更能反映出样品在取样时的细菌种群结构。当样品结构相对均一时,M1与M2的菌群结构和丰度趋于一致。本研究说明,不同的前处理方法可影响后续种群结构分析的结果。应该尽早建立统一的高通量测序操作与分析流程,确保数据的可靠性以及不同研究之间结果的可比性。     

单分子实时测序技术研究不同来源原料乳中群落组成及多样性

目的 采用三代单分子实时测序法(single molecule real time sequencing, SMRT)研究北京和内蒙古两地原料乳中的细菌群落组成及多样性,解析其携带污染菌的差异,为原料乳质量及风险评估提供基础数据。方法 收集北京和内蒙古两地春夏季和秋冬季的原料乳样品20份,采用SMRT技术对其进行基于16S rDNA基因全长的测序和多样性分析。在此基础上,对其进行了微生物相关功能性预测。结果 不同产地与不同采样季节原料乳中细菌群落的结构组成和相对丰度存在差异,假单胞菌属、不动杆菌属与乳球菌属是大部分样品中相对丰度最高的细菌,其中脆弱假单胞菌的相对丰度与原料乳冷链运输时间正相关。功能预测揭示了原料乳脂肪质量可能具有地区差异性,维生素与氨基酸质量可能具有季节差异性。结论 两产地原料乳菌群分析结果提示了原料乳潜在的食品安全风险,并且除致病菌风险之外耐药菌及耐药基因传播的风险同样不容忽视;此外,乳球菌属细菌具有开发作为益生菌的潜力。本研究结果为原料乳的质量安全监测评估和功能菌种挖掘提供了参考依据。     

肉制品中致泻大肠埃希菌的分子特征分析

目的 了解国内肉制品中致泻大肠埃希菌（DEC）的流行特征。方法 运用全基因组测序技术对86株DEC进行分子特征分析，明确优势病理类型、序列型和血清型。通过全基因组单核苷酸多态性分析，确定我国肉制品来源DEC菌株之间的系统发育关系。结果 肉制品中致泻大肠埃希菌的病理类型以EAEC为主，86株DEC可分为8种毒力基因型，包括48个ST型（包括6个新ST型）和55个O:H血清型；ST11和CC10为优势序列型和克隆复合体，O157、O15和O6为优势血清群。DEC菌株间表现为高度的遗传异质性，相同病理类型的同源性较低，处在不同的进化分支上。结论 DEC的病理类型与ST型及血清型间未见对应关系，通过对ST型及血清型的监测不能直接对病理类型进行判断，但数量最多的ST型及血清型揭示了DEC的主要危害特征与防控点。可根据全基因组测序结果补充和优化DEC的判定方法，为今后DEC的溯源及流行病学调查提供数据支撑。