高通量测序技术对杀菌型益生菌含乳饮料菌群结构分析

目的：探查杀菌型益生菌含乳饮料中微生物菌群组成分析，及宣称的添加益生菌真实性和合规性分析。方法：对市售11批次产品直接提取的细菌总核酸，扩增，电泳检测核酸的质量；分别对产品的16S rRNA基因V3/V4进行高通量测序技术（NGS）测序，对测序序列、稀释曲线、Alpha多样性、聚类、丰度分布曲线与菌群结构分析，获得信息与产品明示值和相关规范对比进行合规性分析。结果：共得到39231条优质序列，分布在210-518bp范围内；共注解到16个门、37个纲、71个目、129个科、265个属；从门分类水平主要为厚壁菌门( Firmicutes 91.66 %) ，从纲的分类水平主要为芽孢杆菌纲( Bacill 90.43 %)，从目的分类水平主要为为乳杆菌目(Lactobacillales 82.74 %) ；优势菌种为德氏乳杆菌保加利亚亚种、嗜热链球和乳酸乳球菌；同时产品有检出携带致病性非益生菌菌群。部分产品标示菌种未被检出、部分产品检出了未标示菌种、部分产品检出益生菌与标示菌种不一致。结论：本文建立的NGS测序技术能准确、快速的对杀菌型益生菌食品微生物菌群精确筛选，市售产品益生菌种类丰富，但同质化程度较高，产品间菌群分布均匀度相差较大；同时也能深度挖掘到微量的携带致病性的菌群。     

2008—2012年上海市肠炎沙门氏菌分离株毒力基因筛查与ERIC-PCR分型

采集上海地区2008—2012年来自临床病人和市售食品的肠炎沙门氏菌分离株90株;采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法,对存在于毒力岛SPI和毒力质粒上的9种常见毒力基因携带情况进行了调查;并采用本实验优化的肠杆菌基因间保守重复序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR,ERIC-PCR)方法对这些分离株进行亚分型。结果显示:毒力基因inv H、sop E、sug R的携带率为100.0%(90/90),iac P、avr A、rhu M、prg K均为98.9%(89/90),而spv B、spv C分别为85.6%(77/90)和78.9%(71/90)。优化的ERIC-PCR体系能够较好地区分8种主要沙门氏菌血清型,共17株菌,辛普森指数(D值)为0.970 6。然而,90株肠炎沙门氏菌分离株却具有一致的ERIC-PCR指纹图谱。在所调查分离株中,毒力基因的携带率较高,尤其是inv H、sop E和sug R,对人类健康存在较大威胁;ERIC-PCR虽然可用于区分沙门氏菌不同血清型,但对肠炎沙门氏菌的分型效果不佳。