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提出以分布式、多线程并行处理技术实现基于甲骨文数据库管理系统的高效大规模化学结构检索数据库系统的方法;以相同的结构搜索算法和不同的模块组合机制分别构建了单机单线程、单机多线程、分布式单线程和分布式多线程4种不同的化学结构检索数据库系统,并在4种不同的实现方案下对同一组化学结构分别做了结构检索实验。结果表明:在4种实现方案中,分布式多线程并行处理方法的检索效率最高,稳定性也很好(与其他3种实现方法相同)。该方法已成功应用于微芯公司开发的TASS(Target Activityand Structure System)软件系统中。 相似文献
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通过100Mb/S集线器连接4台双CPU和2台单CPU计算机构成分布式并行计算的局域网平台,采用VC++6.0高效、稳定、方便和成功地实现了分布式多线程并行计算,将非线性环境化学问题的胞映射大规模计算数值解体系进行了有效划分,并合理地分配到局域网上的每一台计算机上的每一个CPU中,然后通过局域网返回各自的处理结果,最后在客户机上完成各单项任务的总装,达到了可持续利用现有计算机资源和大幅度提高计算效率的目的。用这种低成本方式简单、清晰和快捷地掌握并行处理技术十分适应非计算机专业科研人员用来解决超大负荷计算量的复杂问题。 相似文献
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应用胞映射算法研究非线性化学模拟系统 总被引:3,自引:0,他引:3
用简单胞映射和广义胞映射法程序对若干非线性化学动力学模拟系统的演化过程,内在机制和全局性态进行了数值计算和分析。结果表明:胞映射方法在普适性和定量性方面表现出很好的解析功能,能够从复杂动力学系统中提取其他方法无法获取的分形结构,化学混沌,演化模式和稳定性特征,从而有助于揭示复杂非线性化学体系深层次的内在规律和机制。 相似文献
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网格计算(grid computing)是近几年发展起来的一个崭新研究领域,引起国内外学术界及工业界的广泛关注。其目的是研究如何安全有效地将现有的各种计算资源(尤其是那些分布在Internet的异构网络中的计算资源)组织起来协同解决复杂的科学及工程计算问题。在化学信息学和生物信息学中最典型的应用是虚拟高通量筛选侯选药物分子。本文以两个Linux机群为基础,用开放源码的网格支持软件包Globus Toolkit 3.2及Sun^TM ONE Grid Engine 5.3成功构建了计算网格;并通过设计测试程序实现一次性提交多个作业(300个)以及分析作业在计算网格中各个节点的分配及运行情况,从而测试了计算网格的效率。结果表明,所构建的计算网格在保持原机群运行稳定、可靠的前提下,改进了系统资源的分配管理方式以及用户提交作业的方法,从整体上提高了网络计算资源的利用率,也同时方便了系统的管理。 相似文献
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一种基于VHDL的乒乓操作控制法的研究 总被引:2,自引:1,他引:1
本文将乒乓操作的控制方法应用于双通道频率/数字的数据采集中,介绍了这种逻辑结构的设计。重点论述了在VHDL中,如何通过脉冲信号边沿(上升沿或下降沿)的脉冲化,信号延迟分析和初始值保持等方法来实现这种由双沿信号产生的逻辑控制信号的方法。这样就解决了在VHDL一个PROCESS过程语句中不能实现双沿判断的缺点。这种控制方法延时小,整个过程的动作衔接紧密,自动化程度较高。同时,可以通过提高采集时钟CLK的频率来进一步减小延时。本方法在QUARTERSⅱ5.1软件中通过时序仿真,并下载到cycloneⅱ芯片中验证,完全能满足设计的要求。 相似文献
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基于甲骨文数据库管理系统的化学结构检索数据库的设计与实现 总被引:6,自引:6,他引:0
设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法。结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索。在此基础上,针对美国NCl(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验。结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合。这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统——TASS(Target Activity Structure System)中。 相似文献
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