古方“四物汤”治疗银屑病计算机网络药理学研究

采用化学空间、分子对接、网络技术等计算机药理学方法,研究古方"四物汤"治疗银屑病的药理学作用机制。结果表明:(1)四物汤中分子在化学空间上具有类药性质;(2)运用分子对接方法将四物汤中295个化合物与银屑病51个公认的靶标相互联系,分析四物汤治疗银屑病的可能作用机理及活性分子、有效成分群,揭示了四物汤多靶点、多药物、多途径的分子作用机制;(3)通过复杂网络分析探索四物汤治疗银屑病的配伍规律。结论:四物汤具有较好口服吸收性质:通过分子-靶标,靶标-靶标和分子-分子的网络分析推测四物汤主要是通过金属蛋白酶、表皮生长因子受体、一氧化氮合酶等抗银屑病表皮增殖、血管生成及异常的免疫调节机制:当归在四物汤治疗银屑病中发挥重要的作用。     

自由能微扰法计算酶和抑制剂的相对结合自由能

用自由能微扰方法（FEP）计算了2种hydroxamate类的抑制剂和MMP－2的相对结合自由能，自由能计算采用了慢增长（Slow Growth)和固定窗口增长（Fixed Width Window Growth) 2种方法，并且在每次计算中都采用了双向采样（double-wide sampling)的策略，2种方法计算得到的相对结合自由能都能和实验值得很好地符合。     

NaY沸石的酸脱铝

对ＮａＹ沸石直接用酸脱铝进行了系统研究。考察了草酸、柠檬酸、酒石酸、磺基水杨酸和硫酸等分别直接作用于ＮａＹ沸石的脱铝效果，从脱铝剂用量、脱铝剂的加入速度、反应时间、反应温度等几个方面考察了反应条件对沸石酸脱铝的影响，找到了几种酸的最佳脱铝条件。提出了ＮａＹ沸石酸络合脱铝的机理。     

Pluronic L64/水/p-Xylene体系的模拟

用介观动力学在介观层次上对不同组分的pluronic L64/水／p-Xylene三元体系的相分离进行了研究，得到了与实验相吻合的结果。计算表明对于纯p-Xylene溶剂和有含水量水的p-Xylene溶剂，体系没有发生相分离，随着水的含量增加，体系发生了明显的相分离，产生了不同形态的胶团。本文还通过对比不同溶剂组分下的体系介观形貌，讨论了水在体系相分离中的作用。同时通过分析模拟了1000步后体系中水的分布，证在胶团核中存在自由水（free water）的猜想。     

中草药有效成分化合物的化学空间分析

运用计算机方法对中药有效成分化合物的数据库进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了描述,同时采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像。结果表明,中草药有效成分共有良好的多样性,既有类药性质,也是天然产物化合物的一个特殊的子集,对进一步的研究工作有重要意义。     

血府逐瘀汤在心血管疾病方面的计算机药理学探讨

目的:探讨血府逐瘀汤在心血管疾病的药理学性质.方法:1.分子描述符的主成分分析法,研究血府逐瘀汤所含分子与药物/类药分子的化学空间分布;2.分子对接法和靶-配体空间分布,初步鉴定出血府逐瘀汤中治疗心血管疾病的有效成分群;3.药代动力学特征预测.结果:血府逐瘀汤所含分子比药物/类药分子有更优良的多样性,通过分子对接打分,有些化合物显示出多重激酶特性,但其药代动力学特征预测与实验有差别.结论:血府逐瘀汤中分子对心血管疾病多通路、潜在协同作用的药理学性质.     

11种结合自由能评价函数对中草药中法尼酯受体的配体预测比较

以蛋白质晶体结构数据库PDB中FX-fexaramine复合物(PDB代码:1OSH)三维结构为研究对象,采用Ligandfit作为采样工具,筛选到中草药中12个可能与FXR相互作用强的的配体。并比较了11种结合自由能评价函数(Ligscorel、Lig- score2、D-Score、-PLP1、-PLP2、Jain、-PMF、Ludil、Ludi2、Ludi3,以及共同评价函数)在该研究体系中的预测能力。结果表明将评价函数中的-PLP1和-PLP1这2种评价函数的预测能力最好。     

一组胰蛋白酶抑制剂结合自由能的预测

本文采用基于线性响应近似的自由能预测方法计算了胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂的结合自由能。计算结果表明，3参数和双参数模型的预测能力要明显优于单参数模型。计算得到的抑制剂和受体间的作用模式为基于结构的药物设计提供了重要的信息。     

基于分子间相互作用的分子设计系统-PUMDS

北京大学分子设计系统（ＰＵＭＤＳ）主要用于研究和分析分子间相互作用。通过这个系统。可以确定超分子体系中各个组成单元之间的相互作用,超分子体系的结构以及形成过程。同时它也可以用于药物研究特别是先导化合物的设计。利用这个系统进行了多个超分子体系的研究,均取得了很好的结果。     

化学计算软件网格化方法研究

本文以分子力学计算为例,提出了一个化学计算软件网格化的思路.目前已有的化学计算软件多为单机版本,以高级编程语言如FORTRAN、C/C 等编制而成,本文采用JNI技术与Globus Toolkit 4软件相结合的方法对分子力学C 计算程序进行封装,基于Java语言和Web Service实现了它的网格化,对计算程序的内部核心未做改动.本文的技术路线可用于其他化学计算软件向网格环境方便、有效地移植.