单增李斯特氏菌MALDI-TOF-MS鉴定与分型研究

为建立单增李斯特氏菌的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)快速鉴定与分型方法,实验收集37株单增李斯特氏菌分离株,应用MALDI-TOF-MS采集图谱,获取独特的蛋白质指纹图谱,汇总成标准图谱,建立单增李斯特氏菌鉴定数据库。采用单增李斯特氏菌标准菌株进行验证,表明鉴定结果的可信度很高。在数据库信息的基础上,对37株单增李斯特氏菌分离株进行聚类分型。分型结果表明,在蛋白质水平上,MALDI-TOF-MS可把37株单增李斯特氏菌分成9个型别。     

即食食品中阪崎克罗诺杆菌的分离鉴定及分子分型

为了解即食食品中污染阪崎克罗诺杆菌的流行情况,分析我国阪崎克罗诺杆菌主要流行菌株,对即食食品中分离的10株阪崎克罗诺杆菌进行基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)、VITEK 2、16s rDNA鉴定,采用多位点序列分型(MLST)方法对分离菌株进行分型,并对PubMLST数据库中322株中国分...     

聚合酶链式反应和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法鉴定克罗诺杆菌

目的 采用聚合酶链式反应(PCR)和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术快速鉴定克罗诺杆菌的方法,实现对该菌显色培养基上生长的可疑菌落高通量、低成本初筛。方法 通过内转录间隔区(its)基因设计针对克罗诺杆菌的属特异性引物,以7株参考菌株为对照,对2013年国家食品安全污染物监测网上报、初步鉴定为克罗诺杆菌的214株菌株进行复核鉴定。同时随机挑选其中84株菌,采用MALDI-TOF-MS技术和VITEK革兰阴性细菌鉴定卡鉴定。结果 7株参考菌株的PCR结果与对应大小一致,214株待测菌株PCR结果均为阳性。84株菌MALDI-TOF-MS和VITEK鉴定的结果均为克罗诺杆菌,符合率为100%。结论 PCR和MALDI-TOF-MS技术具有高通量、低成本、耗时短等优势,可以实现大量可疑菌落的初筛,为我国克罗诺杆菌的监测和防控提供技术支持。     

MALDI-TOF-MS鉴定2008年辽宁省食源性疾病监测系统检出的沙门菌的初步研究

目的应用MALDI-TOF-MS技术对2008年辽宁省食源性疾病监测检出的24株沙门菌和2株沙门菌标准菌株进行鉴定,并对其中4种血清型的16株沙门菌进行种水平的鉴定。通过MALDI-TOF-MS的相关性分析,研究MALDI-TOF-MS与血清分型结果的相关性及MALDI-TOF-MS对实验的沙门菌的分型能力。方法考察并确定既适合菌株生长又适宜MALDI-TOF-MS分析的沙门菌培养基后,应用MALDI-TOF-MS的相关软件对沙门菌进行数据采集和图谱比对,所得鉴定结果与血清分型结果进行比较。对属于4个种的4株沙门菌的蛋白峰信息进行比较分析。通过生化鉴定及MALDI-TOF-MS的聚类分析及主成分分析讨论4株肠炎沙门菌同源关系。结果 MALDI-TOF-MS技术分别在属和种的水平上准确鉴定了沙门菌株,并且在种的鉴定水平上与血清分型结果具有极大相关性。MALDI-TOF-MS区分了属于4个种的4株沙门菌的蛋白峰之间的微小差异。而且,对相同血清型的4株肠炎沙门菌的聚类分析及主成分分析显示出其同源程度的差异。结论 MALDI-TOF-MS技术在属水平上鉴定沙门菌具有很高的准确性,在种水平上的鉴定也有着很好的应用前景。...     

阪崎克罗诺杆菌分离菌株的核糖体分型研究

利用Riboprinter对分离到的15株阪崎克罗诺杆菌进行了鉴定及核糖体分型,并利用Bio Numeicrus软件对其结果进行分析,如果按照相似性大于80%计算,根据辛普森方程计算该分型方法的分辨率可达到0.808。结果表明,核糖体分型(ribotyping)是一种适用于阪崎克罗诺杆菌的快速分子分型方法,可将不通来源的阪崎克罗诺杆菌分离菌株区别开来,能够对由该菌引起的食品中毒事件能够进行快速的溯源。     

婴儿配方乳粉中克罗诺杆菌的分离鉴定及分型

采集了市场中的220份婴儿配方乳粉,利用生理生化和分子鉴定的方法对采集样品中的克罗诺杆菌进行了分离鉴定,检出10株克罗诺杆菌,污染率为4.55%。利用16S r RNA和omp A基因对克罗诺杆菌进行分型分析,都将10株克罗诺杆菌分为了2个簇,但是不同分型方法各个簇中的菌株不同。结果表明16S r RNA和omp A基因可以用于克罗诺杆菌的分型,但是辨识度不高。     

PFGE与16S rDNA对阪崎克罗诺杆菌分型的研究

研究脉冲场凝胶电泳(PFGE)与16S rDNA序列分析在阪崎克罗诺杆菌分型中的应用。对分离自不同来源的10株阪崎克罗诺杆菌进行16S rDNA序列扩增及测序,并构建系统发育树进行聚类分析。再利用限制性内切酶Xba I对这10株菌酶切后,进行PFGE电泳分型。16S rDNA序列分析显示,所有分离菌株与ATCC标准菌株在同一系统发育分支下,其序列相似性达到98.37%,并且不能进一步分型。而PFGE分型结果显示,10株分离菌株和2株标准菌株共分成11种PFGE基因型,说明PFGE的分型能力明显优于16S rDNA序列分析,部分菌株的基因型与分离来源具有一定的相关性,所以PFGE分型方法可用于阪崎克罗诺杆菌分子分型及溯源的研究。     

多点位分型技术在婴幼儿配方乳粉中克罗诺杆菌的鉴定与溯源中的应用

克罗诺杆菌属是肠杆菌的独立新属,即阪崎肠杆菌属。传统的分子分型方法如随机扩增多态性DNA标记(RAPD)不能将克罗诺杆菌鉴定到种,且辨识度较低、重复性不高、容易混淆,而近几年发展较快且更高效快捷的分型方法多位点序列分型(MLST),能清晰地分辨出克罗诺杆菌每个基因的差别。对婴儿配方乳粉工厂的克罗诺杆菌属进行分子分型研究,并对克罗诺杆菌属的鉴定和溯源,在婴幼儿配方乳粉企业在克罗诺杆菌属在监控、预警、控制方面具有重要意义。选取具有代表性的婴儿配方乳粉中分离菌株24株,经API20E试剂条鉴定为克罗诺杆菌属,再经过MLST分型找出其中有22株有克罗诺杆菌ST分型,其中19株属于C.sakazakii,2株属于C.turicensis,1株属于C.dublinensis。通过构建进化树能清楚地识别进化关系和亲缘关系,能够很好地定种和追根溯源。     

市售婴幼儿米粉中克罗诺杆菌的分子分型和耐药分析

为了解婴幼儿配方米粉中克罗诺杆菌的污染情况、分子分型特征及耐药性情况,采集广西区内市售6个厂家和品牌不同配方的婴幼儿米粉进行克罗诺杆菌分离及fusA基因的扩增、测序和MLST数据库比对分析。并应用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对菌株进行分型鉴定及微量肉汤稀释法测定分离株对8种常见抗生素的最小抑菌浓度（Minimal Inhibitory Concentrations,MICs）。采集的268份婴幼儿米粉共分离到32株克罗诺杆菌,检出率为11.94%,菌株鉴定结果显示32株分离株包括22株C.sakazakii、6株C.malonaticus、3株C.dublinensis和1株C.muytjensii。不同添加成分的婴幼儿配方米粉污染情况差异明显,其中添加淮莲和果蔬的米粉污染率最高为17.78%和15.38%。PFGE分析显示32个菌株共分成32种不同的分子型,相似度为61.20%~92.30%,所有分离株对环丙沙星、庆大霉素和头孢噻肟都敏感,部分菌株（6.25%~43.75%）对氯霉素、四环素、甲氧苄啶/磺胺甲基异恶唑、头孢西丁和萘啶酸表现为中等敏感,有2个菌株对氯霉素表现为抗性。结果表明市售婴幼儿配方米粉中存在一定的克罗诺杆菌污染,尤其是添加营养成分的米粉。婴幼儿配方米粉中克罗诺杆菌污染来源广泛,部分菌株对一些抗菌药表现为中等敏感甚至是抗性,提示克罗诺杆菌对抗菌药的敏感性呈现减弱的趋势。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对阪崎克罗诺杆菌的鉴定及溯源

目的研究不同样品前处理方法对VITEK~?基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(VITEK~?MALDI-TOF MS,以下简称VITEK MS)鉴定阪崎克罗诺杆菌的影响及该方法对阪崎克罗诺杆菌的分型溯源能力,研究VITEK MS与MALDI 7090~(TM)MALDI-TOF/TOF MS(以下简称MALDI 7090)所得图谱的异同。方法选取3种不同样品前处理方法处理18株阪崎克罗诺杆菌野生菌株、2株阪崎克罗诺杆菌标准菌株和2株非阪崎克罗诺杆菌标准菌株,比较VITEK MS鉴定结果与传统鉴定结果的一致性;通过VITEK MS的鉴定结果和图谱的比对,研究不同样品前处理方法对阪崎克罗诺杆菌鉴定的影响;利用VITEK MS质谱图特征峰的聚类分析,对20株阪崎克罗诺杆菌进行溯源研究;同时比较VITEK MS与MALDI 7090所得图谱,研究两者的异同。结果 20株试验菌株的VITEK MS鉴定结果均为阪崎克罗诺杆菌,与传统的鉴定结果一致,并与2株非阪崎克罗诺杆菌标准菌株能明显地区分;3种不同样品前处理方法得到的鉴定谱图与标准谱图比对获得的鉴定结果可信度之间差异无统计学意义(P0.05),但质谱图中质谱峰数量和相对峰强度有明显差异,其中甲酸提取法在2 000~15 000 m/z范围内,相对峰强度5 m V的质谱峰数量达15个以上。在相似水平为80%的条件下,VITEK MS的聚类分析将甲酸提取法的20株阪崎克罗诺杆菌分为5个群,通过聚类分析及菌株来源能够推测阪崎克罗诺杆菌传播途径。VITEK MS和MALDI 7090得到的谱图,两者特征峰的出峰位置与相对峰强度无明显差异。结论 MALDI-TOF MS技术可以准确鉴定阪崎克罗诺杆菌;甲酸提取法更适用于阪崎克罗诺杆菌的MALDI-TOF MS鉴定;MALDI-TOF MS技术对阪崎克罗诺杆菌的溯源研究具有重要价值;VITEK MS与MALDI 7090所得谱图无明显差异。     

克罗诺杆菌属食品分离株种水平鉴定方法比较研究

目的研究食品中分离克罗诺杆菌属种的鉴定方法,旨在建立稳定、可靠的种的鉴定方法。方法本研究选择三种鉴定方法,包括生化鉴定(VITEK 2 Compact)法、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、全基因组测序,通过比较分析三种方法对19株克罗诺杆菌属的鉴定结果,阐述三种鉴定方法的优缺点及其适用性。结果本研究中19株克罗诺杆菌属的鉴定结果显示,VITEK 2 Compact对阪崎克罗诺杆菌和丙二酸盐克罗诺杆菌的鉴定准确率只有67%和66%,而MALDI-TOF MS和全基因组测序的鉴定结果一致,因此可以判定MALDI-TOF MS能够快速、准确、高通量对克罗诺杆菌属进行种的鉴定。但是MALDI-TOF MS受限于数据库,不能鉴定到亚种的水平。结论本研究结果提示VITEK 2 Compact法不适用于克罗诺杆菌属种的鉴定;全基因组测序鉴定结果准确可靠;MALDI-TOF MS可以实现快速、高通量、准确的鉴定,仍需要进一步研究克罗诺杆菌属3个亚种的蛋白指纹图谱特点,丰富蛋白指纹图谱数据库,使其能够准确鉴定克罗诺杆菌属的7个种和3个亚种。     

克罗诺杆菌的随机多态性扩增DNA(RAPD)基因分型研究

研究了克罗诺杆菌标准菌株和样品中分离菌株的分子特征,为克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源提供一种有效手段。采用随机引物扩增多态性DNA分析对38株菌株进行基因分型。筛选出1条随机引物,每一菌株可扩增出1～7条DNA片段,片段在400-3500bp,可将8株标准菌株的种间区分开来。以相似性50%为标准,38株克罗诺杆菌按照其遗传差异可以分为8个基因型类群。所建立的RAPD技术可用于克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源研究。     

克罗诺杆菌的生物膜检测和药敏性分析

目的：了解38 株主要来源于我国婴幼儿食品克罗诺杆菌分离株的生物膜形成能力和药敏性。方法：首先用fusA序列分析,对43 株克罗诺杆菌进行准确鉴定;采用半定量黏附实验（结晶紫染色法）测定分离株的生物膜形成能力,并选用八大类11 种抗生素测定其抗生素敏感性。结果：鉴定出34 株阪崎克罗诺杆菌、7 株丙二酸盐克罗诺杆菌和2 株都柏林克罗诺杆菌。这些克罗诺杆菌分离株均有一定生物膜成膜能力,其中丙二酸盐克罗诺杆菌的成膜能力较强;菌株普遍对四环素和万古霉素耐药性较高,共有14 个耐药谱;四环素的耐药性与生物膜形成能力有显著相关性。结论：实验结果表明克罗诺杆菌的成膜性和耐药性都较强,对相关食品企业的消杀措施和临床治疗提出了挑战。     

婴幼儿配方粉生产中克罗诺杆菌溯源研究

结合陕西省两个婴幼儿配方乳粉加工厂婴配粉生产工艺,对生产原辅料、车间环境、加工设备及工厂周边土壤进行采样,检测克罗诺杆菌的污染状况,并对菌株进行脉冲场凝胶电泳(Pulse field gel electrophoresis,PFGE)分型溯源,定位克罗诺杆菌在生产过程的污染点.结果 表明,采集的1246份样品中检出14...     

学生宿舍和食堂环境中克罗诺杆菌污染状况及分子分型和耐药特征分析

目的 了解徐州市某学校学生宿舍和食堂环境中克罗诺杆菌污染状况、分子分型及耐药特征,为预警食源性克罗诺杆菌病暴发提供参考.方法 采集徐州市某学校学生宿舍和食堂环境样品156份,分离并鉴定克罗诺杆菌,并利用基于O-抗原的血清分型和多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术对分离株进...     

广西市售婴儿食品中克罗诺菌分离株基因特征及进化分类鉴定

目的分析广西市售婴儿食品中的克罗诺菌分离株的种类、表型和基因特性。方法将保存的试验菌株进行复苏,通过API 20E生化条和omp A基因扩增检测进行初步鉴定,扩增16S r RNA基因后进行测序,将获得的全16S r RNA基因序列在Gene Bank数据库上比对,构建进化树,确认是否为克罗诺菌。将试验菌接种于显色平板观察其表型和黄色素的产生情况,通过手工生化进行分型,确定其种属。结果 9株分离菌确定为克罗诺菌,有5种生化型,属于4个克罗诺种。检出Cronobacter sakazakii 6株菌,C.malonaticus、C.muytjensii和C.dublinensis各有1株;7株菌符合API 20E鉴定结果,9株分离菌均可检测到omp A基因。结论广西市售婴儿食品中克罗诺菌的污染以C.sakazakii为主,生化表型、种属及基因型具有多样性;鉴定时仅以单一的生化或其他表型作为判别依据存在很大的局限,需辅以分子生物学手段加以鉴别。     

粮食加工品和肉制品中克罗诺杆菌的污染状况及致病性阪崎克罗诺杆菌生物膜形成能力研究

目的 克罗诺杆菌是重要的常见食源性致病菌,了解我国粮食加工品和肉制品中克罗诺杆菌的污染情况及致病性,为食品中该菌的防控提供理论依据。方法 本研究对黑龙江、北京、河北等八个省份的226份食品样品的克罗诺杆菌污染情况进行检测分离,对分离菌株基于重组和修复蛋白(recombination and repair protein gene, recN)基因序列进行种间鉴定,并针对阪崎克罗诺杆菌应用脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)进行分子分型以及对生物膜形成能力进行研究。结果 所有样品中克罗诺杆菌的检出率为18.58%,其中146份粮食加工品中32份检出克罗诺杆菌(检出率21.2%),80份肉制品中有10份检出克罗诺杆菌(检出率12.5%)。种间鉴定显示,94株为阪崎克罗诺杆菌,6株为丙二酸盐克罗诺杆菌,3株为都柏林克罗诺杆菌,3株为尤尼沃斯克罗诺杆菌,9株为苏黎世克罗诺杆菌。PFGE分型结果表明,94株阪崎克罗诺杆菌可被分为49个型别。结晶紫染色实验结果表明所有阪崎克罗诺杆菌均在36 h~60 h时间范围内达到最大菌膜生产量。结论 上述八个省份粮食加工品和肉制品中存在克罗诺杆菌的污染,其中阪崎克罗诺杆菌有多种PFGE带型,且均具有生物膜形成能力,为食品安全风险评估及标准制定提供基础数据,对公众卫生和健康具有重要意义。