肺癌组织中SOX4突变蛋白三级结构的建模及分析

SOX家族与很多人类肿瘤的发生有关.对人类肺癌组织中的SOX4进行测序,发现该基因HMG-box区有突变发生并导致SOX4蛋白的107密码子发生突变.以三级结构已知的SOX2为模板,采用同源建模方法对突变和正常SOX4蛋白FMG-box进行建模.结果显示突变和正常SOX4蛋白的三级结构很相似,且突变导致107密码子位置的侧链结构不稳定.提示该位置的不稳定可能会影响突变SOX4蛋白侧链的弹性,并有可能影响相应蛋白的功能.表面静电分析显示SOX4蛋白C端有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔.这些结果显示SOX4蛋白的上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关,而SOX4突变可能与肺癌的发生和转移有关.     

温度变化对钾离子跨膜通道蛋白传输能力的影响

为了研究温度变化对生物膜跨膜传输能力的影响,本文以钾离子跨膜通道蛋白为研究对象,利用Gromacs分子生物学模拟软件包和Gromos96(53a6)分子力场,通过分子动力模拟技术和伞状采样方法详细研究了300K和275K两个温度条件下钾离子跨膜通道蛋白对单个钾离子的传输机理和Potentials of Means Force自由能在整个传输过程中的变化曲线。分析伞状采样的计算结果表明,温度的下降对钾离子跨膜通道蛋白的传输能力具有较大影响,300K时,钾离子在跨膜通道蛋白中的传输过程是热力学自发过程;然而,当温度下降到275K后,跨膜通道蛋白前沿空腔对钾离子的捕捉能力明显下降,选择性位点的能垒和传输通道的自由能普遍上升,导致跨膜通道蛋白出口的自由能高于其入口的自由能,最终使钾离子跨膜通道蛋白对钾离子传输方向发生逆转。同时该结果还可以对冷害发生的机理和防治给予重要的启示:说明温度下降后,果蔬体内物质传输能力的下降和停滞是造成冷害发生的一个主要原因。     

人类胞内蛋白半衰期与其亚细胞定位的相关性研究

胞内蛋白的稳定性直接影响着生命活动与细胞周期.蛋白的选择性降解是通过泛素-蛋白酶体途径实现的,它是蛋白消亡的主要方式之一,同时也是细胞主动调节自身状态的体现.蛋白的稳定性除了与自身序列和结构相关外,还和成熟蛋白所处的细胞内环境,即蛋白的亚细胞定位有关.本文主要从蛋白质在细胞中的区域化分布角度研究其与蛋白寿命的关系.结合大量的蛋白半衰期实验数据以及生物信息数据库,文章统计并分析了每个蛋白的定位信息,并进一步研究了与定位有关的信号肽情况,以及应用F检验筛选出了部分能够显著区分长短寿命蛋白的N端序列特征.结果表明胞内蛋白半衰期与其亚细胞定位之间存在一定的关联性.短寿命蛋白往往定位于细胞膜或者膜性囊泡结构上,大多由信号肽引导定位,作为细胞的分泌蛋白、信号转导蛋白或者功能性蛋白发挥作用并迅速降解;而长寿命蛋白多数属于持家蛋白,定位于细胞胞浆中或直接在胞浆中合成,作为细胞骨架或者发挥着支撑细胞的作用.另外,蛋白的区域化分布影响着蛋白质的折叠、聚合以及翻译后修饰,这些过程与蛋白的稳定性有着密切的联系.本研究为将来蛋白稳定性的深入研究提供了新的思路,同时也为生物信息学中开发蛋白质稳定性相关的预测工具提供了参考.     

CD317促进巨噬细胞TLR4信号转导的作用机制研究

Toll 样受体 4 (TLR4)是一个重要的模式识别受体,在抗感染天然免疫过程中发挥重要作用。 CD317 是一个结构独特的Ⅱ型跨膜糖蛋白,兼具病毒束缚和信号调节功能,但目前尚不清楚其对 TLR4 介导的信号转导是否有调控作用。该研究利用基因敲除鼠来源的原代腹腔巨噬细胞和 THP-1 诱导的人 巨噬细胞为模型,探讨了 CD317 对 TLR4 信号转导的作用。结果显示,CD317 能够被 TLR4 激动剂脂 多糖诱导表达,并反馈性增强脂多糖介导的 NF-κB 活化及 TNF-α、IL-1β 和 IL-6 等促炎细胞因子的产 生。CD317 敲除或敲减均能够显著抑制 TLR4 介导信号活化及细胞因子的产生。进一步利用免疫共沉 淀证实 CD317 能够与 TLR4 下游的关键蛋白 MyD88、TRAF6 相结合,提示 CD317 可能是通过 MyD88- TRAF6 信号转导,增强 TLR4 介导的 NF-κB 活化。该研究不仅加深了对 CD317 在抗感染天然免疫调控 中作用的认识,也为相关疾病的治疗策略开发提供了新的靶点和理论指导。     

一种GPCR跨膜螺旋形变的建模方法

跨膜螺旋是GPCR的最主要特征,单个螺旋的预测精度直接影响GPCR整体三维结构的预测。GPCR螺旋形变预测是一个挑战性的难题。该形变用发生形变的残基位置和该位置前后两端螺旋的夹角表示。基于目前已知的所有GPCR的跨膜螺旋结构,根据螺旋序列相似度进行聚类,然后在每类中对形变角度用连续型von Mises概率分布来建模。对建模后GPCR跨膜螺旋的形变角度进行了回归和预测测试。基于本文方法的模型,只需进行15次采样,就会有一次的采样结果近似符合天然螺旋的形变角度,这在很大程度上能够帮助跨膜螺旋空间结构的预测。     

计算机辅助解析傅里叶变换显微红外光谱法研究自由基损伤红细胞膜蛋白二级结构的变化

利用傅里叶变换显微红外光谱法和计算机辅助解析法研究了自由基作用于红细胞后膜蛋白二级结构的变化规律。结果表明，由于超氧自由基的攻击，导致表征蛋白质二级结构的α螺旋含量减少。放置３小时后，其蛋白结构仍不能恢复。     

基于小波分析的膜蛋白跨膜区预测方法研究

文章基于离散小波变换提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区数目和位置的新方法。以代码为1Q16的膜蛋白为例,通过选择合适的小波函数和分解级数,对1Q16对应的疏水值信号进行消噪处理,能够准确预测出跨膜区的数目。根据文章提出的膜蛋白家族阀值表,为膜蛋白数据选择合适的阀值,可以准确地预测出1Q16包含的跨膜区的具体位置。我们从膜蛋白数据库MPtopo中随机抽取90条膜蛋白数据作为测试集(含跨膜区335个),跨膜区预测准确率、膜蛋白序列预测准确率分别达到94.1%、88.9%。     

预测外膜蛋白的核最近邻算法

外膜蛋白由于其位于细菌的表面,从而对于抗生素和疫苗开发具有重要的研究价值.如何准确地将外膜蛋白从球蛋白和内膜蛋白等中识别出来对于从基因组序列中确认外膜蛋白以及预测其二级、三级结构都是一项重要的研究任务.近年来人们已经提出了若干从蛋白质序列出发预测外膜蛋白的方法.本文利用1种新的核方法,即核最近邻算法,结合蛋白质序列的子序列分布预测外膜蛋白,并和支持向量机方法、传统的最近邻算法进行了比较.结果表明本文算法不亚于已有的预测方法,而且新算法更为简洁、容易实现.同时我们发现残基顺序在外膜蛋白预测中具有重要作用.     

Sybase的解决方案

一、系统概述由于集团公司的业务管理体系是三层结构,因此销售信息系统也相应的分为三级结构：即集团公司总部为第一级;一级分公司为第二级;二级分公司为第三级。如图１所示。由于公司总部和一级、二级分公司在地域上是分离的,因此各级之间就存在一个相互连接的问题,...     

基于混合SVM方法的蛋白质二级结构预测算法

预测蛋白质二级结构,是当今生物信息学中一个难以解决的问题。由于预测蛋白质二级结构的精度在蛋白 质结构研究中起到非常重要的作用,因此在基于KDTICM理论基础上,提出一种基于混合SVM方法的蛋白质二级 结构预测算法。该算法有效地利用蛋白质的物化属性和PSI-SEARCH生成的位置特异性打分矩阵作为双层SVM的 输入,从而大大地提高了蛋白质二级结构预测的精度。实验比较分析表明,新算法的预测精度和普适性明显优于目前 其他典型的预测方法。     

关系数据库的逻辑设计与应用实例

数据库技术重要且应用广泛,文中介绍了数据库的三级模式和二级映像结构,在该结构下关系数据库的逻辑设计内容和设计方法,最后引入具体实例应用实践该方法并对实例作简单分析。     

关系数据库的逻辑设计与应用实例

数据库技术重要且应用广泛,文中介绍了数据库的三级模式和二级映像结构,在该结构下关系数据库的逻辑设计内容和设计方法,最后引入具体实例应用实践该方法并对实例作简单分析。     

应用计算机对比分析苏云金杆菌Cry1A类晶体蛋白

蛋白质的结构数据量目前还远落后于其序列数据量。本文利用蛋白质数据库和CLUSTAL W、SWISS-MODEL、ExPASy工具等对已知序列的9种Cry1A的一级结构及基本性质、二级结构、三级结构进行预测分析对比,发现其序列和结构的均高度相似,从而找出序列上的主要突变区域和三维结构的差异部位,有助于进一步认识Cry1A蛋白的作用模式和功能异同、分析其进化关系,并为重新设计Cry1A蛋白提供参考。     

基于一卡通技术的机房管理系统的设计与实现

提出一个基于一卡通技术的机房管理系统的设计与实现方法。通过建立二级到多级服务器,实现跨校园、校区的统一管理机制,并开发符合一卡通要求,能适用于广域网、实现跨校区管理,功能、接口均开放的机房管理系统。该系统可以通过学校的校园网实现全校各校区计算机房跨校园、校区的统一管理机制。从根本上实现一卡在手,走遍校园各机房,提高机房现代化管理水平,开发计算机的现有潜力。     

基于茎区的自由能算法预测RNA二级结构

预测RNA分子的二级结构是计算生物学中的一个重要研究内容,本文在传统的最小自由能算法的基础上,提出了基于茎区的自由能算法,该算法时间复杂度O(n<'3>),空间复杂度O(n<'2>),能够预测RNA二级结构及其假结.     

基于猴群算法求解0-1背包问题

0-1背包问题是一个经典的NP完全问题,该问题在实际生活中具有广泛的应用.针对现有算法在求解0-1背包问题时精度不高的缺点,提出了一种诱导因子猴群算法.所给诱导因子猴群算法的基本思想是,在基本猴群算法的爬过程中引入诱导因子,诱导其向上爬行,从而可以逃逸局部最优解,找到全局最优解.在仿真试验中,与已有方法进行比较,结果说明利用所给诱导因子猴群算法求解0-1背包问题是有效的.     

利用奇异值分解最小二乘法(SVDLS)解析蛋白质的现场光谱电化学圆二色(CD)谱

圆二色谱仪是研究蛋白质二级结构的有力工具，能在远紫外区测出蛋白质的二级结构的各种构象。通常的蛋白质二级结构有α-螺旋、β-折叠、反β-折叠、β-转角及无规则卷曲五种构象，实际观测到的CD谱是这几种二级结构构象CD谱的线性加和。本文利用了奇异值分解最小二乘算法(SVDLS)，并编译相关程序解析现场外加电压电解条件下的蛋白质溶液的CD谱，得到几种二级结构构象的组分分布。所得结果与文献报道上的其他方法如SELCON3等相比较，证明是一种快速和有效的方法。     

多人多级递阶多目标决策的鼓励性策略及其应用研究

本文研究了三人二级递阶多目标决策问题。利用可诱导区的概念和多目标决策技术,对这一问题解的结构给予了完整的描述,提出了一种鼓励性策略.並将其推广应用于求解一般的多人多级递阶多目标决策问题。文中给出了数值例子,並对该策略在教育、经济系统中的应用进行了有益的探讨。     

基于混合SVM方法的蛋白质二级结构预测算法

预测蛋白质二级结构,是当今生物信息学中一个难以解决的问题.由于预测蛋白质二级结构的精度在蛋白质结构研究中起到非常重要的作用,因此在基于KDTICM理论基础上,提出一种基于混合SVM方法的蛋白质二级结构预测算法.该算法有效地利用蛋白质的物化属性和PSI-SEARCH生成的位置特异性打分矩阵作为双层SVM的输入,从而大大地提高了蛋白质二级结构预测的精度.实验比较分析表明,新算法的预测精度和普适性明显优于目前其他典型的预测方法.     

模糊自校正控制器在多温区温度控制系统中的应用

本文介绍了一种模糊自校正控制器，它能对一个系统中不同温区的温度进行精确控制。作者给出了该模糊控制系统的结构，着重讨论了补偿系数与调整因子的计算与确定方法。实验表明，该控制器具有良好的自适应性和动、静态特性。