山西老陈醋大曲细菌群落结构及多样性研究

山西老陈醋是以大曲为发酵剂,自然固态发酵的传统酿造食品。大曲中的微生物在其发酵过程中起重要作用。为了分析山西老陈醋大曲细菌群落结构及多样性,提取山西老陈醋大曲样品总DNA,应用Miseq高通量测序平台结合16S rDNA序列分析大曲细菌群落结构。大曲中的细菌种类丰富,包括:厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和拟杆菌门,其中厚壁菌门和变形菌门为优势菌门,分别占大曲总细菌的69.67%和29.17%,放线菌门及拟杆菌门仅占大曲总细菌的0.86%和0.28%。厚壁菌门上仅检测到杆菌纲,主要包括乳杆菌属(32.82%)及芽孢杆菌属(29.45%)。在变形菌门上检测到γ-变形菌纲,主要包括泛菌属(27.36%)和不动杆菌属(0.80%)。放线菌门与拟杆菌门结构简单,分别检测到放线菌纲和黄杆菌纲,属水平上分别检测到糖多孢菌属(0.59%)和黄杆菌属(0.27%)。本研究揭示了山西老陈醋大曲细菌群落结构,为明确山西老陈醋微生物酿造机理提供基础数据。     

热风干燥大曲在贮存期细菌群落结构的变化

本文通过高通量测序技术对热风干燥大曲在贮存期细菌群落结构进行研究,旨在探究热风干燥对大曲在贮存期细菌群落结构的影响。研究发现,热风干燥大曲随着贮存时间的增加细菌丰富度呈先增后减,而细菌群落多样性随着贮存时间在增加。大曲中Firmicutes(厚壁菌门)为绝对优势菌门,Weissella(魏斯氏菌属)为绝对优势菌属。热风干燥大曲于曲库贮存能促进Staphylococcus(葡萄球菌属)细菌的生长,而对Lactobacillus(乳杆菌属)细菌的生长有一定的抑制作用,于实验室贮存对Kroppenstedtia属和Bacillus(芽孢杆菌属)细菌的生长有促进作用。随着贮存时间的增加,实验室贮存能使热风干燥大曲的Paenibacillus(类芽孢杆菌属)、Pseudogracilibacillus(假纤细芽孢杆菌属)、Kroppenstedtia和Melghirimyces(迈勒吉尔霉菌属)细菌的丰度进一步提升。随着大曲贮存时间的增加,于曲库贮存的热风干燥大曲细菌数量趋于稳定。     

清香型大曲细菌群落结构的比较分析

通过构建细菌16SrRNA基因文库、RFLP指纹图谱分析、测序和系统发育学分析,分别对汾酒清茬曲、后火曲和红心曲的细菌群落结构进行比较。结果表明,清香型3种大曲细菌均分属于芽孢杆菌纲、放线菌纲及变形菌纲,但具体种属组成存在一定差异,其中清茬曲的优势细菌菌群为乳杆菌属和葡萄球菌属(占全部克隆子的比例分别为37.78%,22.22%);后火曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、葡萄球菌属、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属(占全部克隆子的比例分别为35%,16.67%%,16.67%,13.33%);红心曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、芽孢杆菌属、高温放线菌属(占全部克隆子的比例分别为26.67%,28.89%,17.78%)。     

茅台镇不同主酿区域酱香型白酒酿造大曲中细菌菌群结构分析

通过高通量测序技术结合数理分析方法,系统性研究茅台镇酱香型白酒不同酿造区域生产大曲中的细菌菌群结构特征,共检出细菌21 个门和532 个属,首次在酱香大曲中检出解硫胺素芽孢杆菌属（Aneurinibacillus）、鲁梅尔芽孢杆菌属（Rummeliibacillus）、摩根氏菌属（Morganella）、普劳斯氏菌属（Prauserella）、橄榄形菌属（Olivibacter）、库特氏菌属（Kurthia）、两面神菌属（Janibacter）、巴尔通氏体属（Bartonella）、香味菌属（Myroides）、unclassified_o__Corynebacteriales和Parapusillimonas。研究发现,不同区域生产大曲的细菌多样性丰富且存在差异,但各区域在相对丰度较高的优势细菌门、优势细菌属及核心细菌属的菌群结构组成上具有高度的相似性。其优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为慢生芽孢杆菌属（Lentibacillus）、克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、泛生菌属（Pantoea）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）和肠杆菌属（Enterobacter）,芽孢杆菌属（Bacillus）为其关键核心细菌属;区域间微生物具有良好的共性,强化了茅台镇稳定的酿造微生态结构,是茅台镇具有稳定产酱香型白酒的重要原因之一。各区域内的不同轮次大曲中细菌菌群差异小于区域间菌群差异,而区域间的细菌差异主要集中在丰度较小功能菌群上。研究结果揭示了茅台镇不同主酿区生产大曲的细菌菌群结构,为相关研究奠定了基础,也为酱香型白酒生产监测及企业选址提供了参考和指导。     

兰陵浓香大曲理化性质和细菌群落多样性研究

该研究对山东兰陵浓香大曲的理化性质和细菌菌群多样性进行解析，并结合传统纯培养技术、形态观察及分子生物学技术对其蕴含的细菌菌株进行分离鉴定。结果表明，兰陵大曲样品的淀粉含量、蛋白质含量、糖化力、酯化力、酒化力和液化力均符合QB/T 4259—2011《浓香大曲》要求。兰陵大曲优势细菌门（平均相对含量>1.0%）为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria），优势细菌属（平均相对含量>1.0%）为芽孢杆菌属（Bacillus）(79.86%)、不动杆菌属（Acinetobacter）(9.71%)和高温放线菌属（Thermoactinomyces）(3.97%)；基于纯培养技术从中共分离鉴定出16株芽孢杆菌和3株乳酸菌，包括7株地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）、4株解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、2株澳洲芽孢杆菌（Bacillus australimaris）、2株副地衣芽孢杆菌（Bacillus paralicheniformis）、1株西姆芽孢杆菌（Bacillus siame...     

高通量测序分析原香型白酒高温大曲的细菌群落

本研究采用高通量测序技术,采集贾湖酒业集团有限责任公司原香型白酒高温大曲(简写JH)为研究对象,以南方高温大曲(简写MT)为对照,对比分析大曲理化性质和细菌群落结构组成的差异。结果表明,大曲JH和MT都是合格大曲,大曲JH酸度低于MT,但是蛋白酶活力较高。高通量测序结果表明,大曲JH优势细菌为蛋白酶产生菌Virgibacillus,相对丰度达到61.01%,高于大曲MT的17.44%;高温放线菌属Kroppenstedtia在大曲JH中相对丰度达到17.66%,高于大曲MT的1.08%。大曲JH细菌多样性低于大曲MT,如大曲MT中不动细菌属Acinetobacter、酵母属Saccharopolyspora、芽孢杆菌属Scopulibacillus、链霉菌属Streptomyces、魏斯氏菌属Weissella和乳杆菌属Lactobacillus在大曲JH中均未检测到。细菌组成差异是造成大曲理化指标不同和白酒品质差异的主要原因之一。     

酱香型郎酒高温大曲、酒醅和窖泥中细菌群落结构分析

该研究利用高通量测序技术对酱香型郎酒大曲、酒醅和窖泥的细菌菌群进行多样性解析和比较分析。结果表明,郎酒窖泥中细菌菌群的丰富度和多样性最高,大曲中细菌菌群的多样性远高于酒醅。窖泥中主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（26.1%）、埃希氏菌-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）（12%）、梭菌属（Clostridium）（7.9%）等,嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）作为主体菌,同时存在多种未培养菌种;大曲中的主要优势菌群包括泛菌属（Pantoea）（21.9%）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）（21.4%）、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）（19.4%）和乳球菌属（Lactococcus）（9.4%）等;酒醅中主要优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）（42.7%）、魏斯氏菌属（Weissella）（32.1%）、芽孢杆菌属（Bacillus）（14.2%）和乳杆菌属（Lactobacillus）（8.3%）,乳酸菌占据优势地位。     

超高温大曲细菌微生物群落结构的研究

采用构建细菌16S rRNA基因文库研究郎酒超高温大曲中细菌群落结构。随机挑选58个阳性克隆子进行测序分析。结果表明,大曲内细菌群落组成较为简单,主要分布于芽孢杆菌科和高温放线菌科;将序列相似度大于或等于97%的定义为同一个OTU(Operational taxonomic units),可分为6个不同的OTUs。其中,枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)和高温放线菌属(Thermoactinomyces)为优势种群,占全部克隆子的比例分别为44.83%和43.1%;其他类群包括芽孢杆菌属(Bacillus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)。     

基于高通量测序技术分析南方清香型白酒大曲的微生物多样性

利用高通量测序技术对不同香型大曲及南北两地清香型大曲中微生物菌群结构进行分析比较。结果表明，南方清香型白酒大曲的细菌以芽孢杆菌属（Bacillus)为优势菌群，其次以魏斯氏菌属（Weissella)、片球菌属（Pediococcus)及其他乳酸菌（Lactobacillus)为主要菌群；真菌优势菌种为覆膜孢酵母属(Saccharomycopsis)，其次是弯曲假丝酵母(Apiotrichum)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、异常威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)等；霉菌以曲霉属(Aspergillus)占比最多。微生物群落由于制曲工艺不同与高温、中高温大曲有较为明显的差别，南北两地清香型白酒大曲的细菌真菌优势菌属均一致，但南方清香型白酒大曲中各类乳酸菌属与酵母属较北方清香型大曲丰富。     

河套地区中温大曲细菌菌群多样性解析及其风味品质评价

为解析内蒙古河套地区中温大曲细菌类群及风味品质,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自该地区的5份中温大曲细菌菌群结构及功能进行解析,同时采用电子鼻技术检测大曲风味品质,并通过纯培养技术对大曲中可培养芽孢杆菌（Bacillus）进行分离鉴定。结果表明,大曲中优势细菌属包括高温放线菌属（Thermoactinomyces）、乳杆菌属（Lactobacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、魏斯氏菌属（Weissella）、水杆菌属（Aquabacterium）、芽孢杆菌属（Bacillus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、明串珠球菌属（Leuconostoc）、片球菌属（Pediococcus）和青枯菌属（Ralstonia）,累积平均相对含量为89.31%。其中Bacillus与有机硫化物、萜类物质、氮氧化物和芳香类物质之间存在显著正相关性（P<0.05）,Saccharopolyspora与有机硫化物呈显著正相关（P<0.05）。基因功能预测显示,大曲细菌菌群基因在氨基酸运输...     

不同天然奶酪发酵剂和非发酵剂微生物多样性的高通量测序研究

为探究天然奶酪中发酵剂和非发酵剂微生物群落结构,应用Illumina-Hi Seq高通量测序技术,对江苏省主要销售的5组进口天然奶酪表皮和内部的细菌16Sr DNA序列V4区进行测序。所有样品的有效序列均在50000条以上,可操纵分类单元(OTU)数量为118~646。多样性指数分析和主成分分析结果表明,天然奶酪表皮比内部具有更高的细菌群落丰富度和不同的群落结构。样品中发酵剂细菌属为乳球菌属(Lactococcus)、链球菌属(Streptococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus),均位于相对丰度前五,总相对丰度在51~97%。样品中非发酵剂微生物分布于细菌厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)和软壁菌门(Tenericutes),相对丰度在2~16%。具有产耐热乳糖酶功能的非发酵剂微生物栖热菌属(Thermus,相对丰度0.02%~3.53%)在奶酪中首次被发现,为发掘天然奶酪中的微生物资源提供了可能。本研究也为解析天然奶酪中微生物与其风味质构的关系提供了基础数据。     

利用非培养技术研究芝麻香型白酒高温大曲的细菌群落多样性

采用构建16S rDNA克隆文库的非培养方法,对我国芝麻香型白酒高温大曲细菌的群落结构及其多样性进行研究。文库中含有24个分类操作单元(OTU),优势菌属(丰度)分别为Thermoactinomyces sp.(51.99%),Kroppenstedtia sp.(17.38%),Saccharopolyspora sp.(13.87%),Lactobacillus sp.(6.95%)和Weissellasp.(4.96%)。首次在高温大曲中发现Thermoactinomyc vulgaris和Kroppenstedtia eburnea;同时发现3个潜在细菌新种,分属于Saccharothrix sp.,Streptoalloteichus sp.和Pseudofulvimonas sp.。     

Evaluation of Bacterial Diversity in Palm Wine by 16S rDNA Analysis of Community DNA

Bacterial diversity and fermentation dynamics in palm wine, a traditional alcoholic fermented beverage, collected from upright palm trees from Idiaba community, Abeokuta, Ogun State, Nigeria were evaluated by DNA based method using the 16S rDNA of the microbial community to verify and complement previous reports, improve our understanding and document yet unreported, uncultured microbial diversity associated with palm wine. The 16S rRNA gene fragments were amplified from microbial community and genomic DNA of isolates, by Polymerase Chain Reaction (PCR) using universal primers; and sequenced. The partial sequences were identified by comparison with sequences deposited in the non-redundant nucleotide database of National Center for Biotechnology Information (NCBI). This analysis revealed that 32 community clones were identified as Lactobacillus sp, Lactobacillus casei strain zhang, Lactobacillusplantarum, Leuconostoc mesenteriodes ssp dextranicum, Leuconcostoc lactis, Pediococcusparvulus strain Bpe-299, Acetobacter pomorum, Acetobacter pasteurianus, Gluconobacter oxydans, Acinetobacter calcoaceticus, Enterobacterium bacterium, Acidovorax sp, Comamonas sp, Bacillus subtilis, Staphylococcuspiscifermentans and uncultured bacteria clone D1-78. The results showed that bacterial diversity in the palm wine sample is dominated by Lactobacillus and Leuconostoc species as reported by previous workers and uncultured bacteria clone D1-78 (1 clone) was detected for the first time in palm wine.     

内蒙古科尔沁地区食疗用酸马奶发酵引子化学成分及细菌多样性分析

对内蒙古科尔沁地区食疗用酸马奶发酵引子部分化学指标,包括pH值、糖类、有机酸、游离脂肪酸等进行分析,同时为调查其中细菌多样性,应用Illumina MiSeq第2代测序技术测定其细菌的16S rDNA V3-V4高变区序列,分析物种的丰度、物种分布和Alpha多样性。结果：该酸马奶引子样品pH值为3.54,乳糖、半乳糖质量分数分别为（0.281±0.011）%和（0.100±0.003）%,未检测到葡萄糖;乳酸质量分数为（1.506±0.069）%,丙酸质量分数为（0.053±0.002）%,乙酸质量分数为（0.345±0.014）%,丁酸质量分数为（1.143±0.061）%;共检测到19 种脂肪酸,包括12 种饱和脂肪酸和7 种不饱和脂肪酸;不饱和脂肪酸中α-亚麻酸质量浓度最高,为（14.12±0.36）mg/L;细菌多样性检测结果表明,该样品所获优化序列为（62 082.7±4 868.8）条,可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）数为34.3±2.3;稀释曲线表明该测序深度充分,OTU数接近于饱和。该酸马奶引子细菌主要分布于以下4 个属：乳杆菌属（Lactobacillus）84.08%、醋杆菌属（Acetobacter）9.83%、乳球菌属（Lactococcus）2.41%、链球菌属（Streptococcus）2.18%;其优势菌属为乳杆菌属。以上结果表明,该酸马奶引子不饱和脂肪酸含量丰富,益生菌占主要地位,食品安全有保障。     

芝麻香型白酒高温大曲嗜热细菌群落研究

利用高温筛选和传统培养方法,借助于核糖体DNA扩增片段限制性内切酶(ARDRA)分型、分子鉴定以及系统发育分析技术,研究了芝麻香型白酒高温大曲嗜热细菌群落结构。结果显示,55℃高温筛选获得的85株嗜热细菌分属于4个菌属,分别为Thermoactinomyces sp.,Bacillus sp.,Schlegelella sp.以及Streptomyces sp.,其中第1优势菌为Thermoactinomyces vulgaris,丰度为69.41%。该研究首次报道了芝麻香型白酒高温大曲中的嗜热细菌类群,为进一步探索其功能性以及建立其与芝麻香型白酒风味的相关性奠定了基础。     

基于高通量测序技术分析朝鲜族传统米酒及其酒曲中微生物群落多样性

以吉林延边朝鲜族地区酒曲及其发酵后粗滤和精滤米酒为研究对象,分别采用Illunina MiSeq、Illunina HiSeq高通量测序平台对朝鲜族传统米酒及其酒曲中细菌16S rDNA V3区和真菌ITST1区进行测序,分析其微生物群落结构多样性。结果表明,本次测序深度有效地覆盖其微生物种类,酒曲及米酒中细菌和真菌有丰富多样性;与酒曲相比,米酒中微生物群落结构存在显著差异,粗滤、精滤米酒间微生物群落结构具有一定相似性。在属水平下,酒曲和米酒样品中共鉴定出147 个细菌物种,酒曲中优势菌种为假单胞菌属（Pseudomonas）（5.00%）、肠杆菌属（Enterobacter）（4.28%）,2 种米酒中优势菌均为乳杆菌属（Lactobacillus）（粗滤米酒3.72%、精滤米酒7.73%）和肠杆菌属（粗滤米酒6.31%、精滤米酒4.41%）;在种水平下,真菌菌属共鉴定出12 个物种,酒曲中优势菌为普鲁蓝久浩酵母（Guehomyces pullulans）（10.22%）,2 种米酒中优势菌均为酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）（粗滤米酒49.48%、精滤米酒81.52%）和伯顿丝孢毕赤酵母（Hyphopichia burtonii）（粗滤米酒29.47%、精滤米酒6.43%）。     

基于PCR-DGGE方法分析榨菜中乳酸菌群落结构

为了深入了解榨菜中的乳酸菌多样性以及影响因素,以市场销售含有辣椒和不含辣椒两种袋装榨菜为研究对象,测定榨菜中的食盐浓度以及亚硝酸盐含量;通过变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）法分离榨菜总微生物混合16S rDNA基因V7～V8片段,采用Quantity One软件分析乳酸菌物种丰富度、均匀度及物种多样性指数。结果表明：含辣椒的榨菜食盐浓度和亚硝酸盐含量均略低于不含有辣椒的榨菜;含有辣椒和不含辣椒的榨菜两者间物种多样性指数、丰富度和均匀度无显著差异（P＞0.05）。通过回收DGGE电泳带,经克隆后测定碱基序列、与GenBank库序列对比鉴定,不含有辣椒的榨菜5 条回收聚合酶链式反应（polymerase chainreaction,PCR）-DGGE泳带a、b、c、d、e经鉴定分别与Pediococcus argentinicus CRL 776、Uncultured Lactobacillus sp. isolateDGGE gel band lx12、Uncultured bacterium clone 11.02-12、Uncultured bacterium clone 11.02-9、Uncultured Lactobacillus sp.clone PxSC03相似度为98%、96%、97%、97%、97%。含有辣椒的榨菜4 条回收PCR-DGGE泳带1、2、3、4经鉴定分别与Uncultured Lactobacillus sp.、 Lactobacillus sakei A156、Lactobacillus sakei YY1、Lactobacillus sakei WJ1相似度为96%、97%、98%、97%。研究结果表明辣椒对榨菜中微生物群落结构无显著影响。     

Complex microbiota of a Chinese "Fen" liquor fermentation starter (Fen-Daqu), revealed by culture-dependent and culture-independent methods

Daqu is a traditional fermentation starter that is used for Chinese liquor production. Although partly mechanized, its manufacturing process has remained traditional. We investigated the microbial diversity of Fen-Daqu, a starter for light-flavour liquor, using combined culture-dependent and culture-independent approaches (PCR-DGGE). A total of 190 microbial strains, comprising 109 bacteria and 81 yeasts and moulds, were isolated and identified on the basis of the sequences of their 16S rDNA (bacteria) and 26S rDNA and ITS regions (fungi). DGGE of DNA extracted from Daqu was used to complement the culture-dependent method in order to include non-culturable microbes. Both approaches revealed that Bacillus licheniformis was an abundant bacterial species, and Saccharomycopsis fibuligera, Wickerhamomyces anomalus, and Pichia kudriavzevii were the most common yeasts encountered in Fen-Daqu. Six genera of moulds (Absidia, Aspergillus, Mucor, Rhizopus, Rhizomucor and Penicillium) were found. The potential function of these microorganisms in starters for alcoholic fermentation is discussed. In general the culture-based findings overlapped with those obtained by DGGE by a large extent. However, Weissella cibaria, Weissella confusa, Staphylococcus saprophyticus, Enterobacter aerogenes, Lactobacillus sanfranciscensis, Lactobacillus lactis, and Bacillus megaterium were only revealed by DGGE.     

Analysis of the Bacterial Community in Zaopei During Production of Chinese Luzhou‐flavor Liquor

Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and 16S rRNA gene analysis were carried out to analyze the bacterial community in Zaopei during production of Chinese Luzhou‐flavor liquor. Primers PRBA338F and PRUN518R were used for DGGE. Polymerase chain reaction (PCR) for clone analysis was preformed with primers EU27F and 1490R. The results by DGGE showed that with increasing fermentation time the diversity of bacteria in Zaopei decreased and after one week, only one bacterium phylotype was dominant. Gene clone libraries (16S rRNA) containing 55 clonal sequences were constructed. The bacterial diversity shift observed by DGGE was also shown by the clone library analysis. Bacteria closely related to Lactobacillus acetotolerans appeared to play a key role during Chinese liquor fermentation.     

Molecular Characterization and Potential of Bacterial Species Associated with Cassava Waste

Knowledge of the true microbial diversity in cassava waste (CW) is fundamental to effective utilization of this waste. This paper reports, on the identification of bacteria species associated with CW, using molecular tools. The 16S rRNA gene of total bacteria community and bacterial isolates were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) using 16S rRNA primers. Total microbial community DNA amplicons were spliced into the PCR-TRAP Cloning Vector, used to transform competent cells of Escherichia coli and sequenced. Sequences were identified by aligning with sequences in the GenBank. Twenty four bacterial species were detected in cassava peel (CP) belonging to Bacillus-Bacillales (7 species), Bacillus-Lactobacillales (12 species), Gamma-proteobacteria (3 species), Acinetobacteria-Actinomycetales (1 species) and uncultured bacteria (2 species). Bacillus licheniformis (11.3%) and B. substilis (11.3%) were the dominant species.Azotobacter vinelandii, an uncultured bacterium clone ncd1462c07c1 and an uncultured compost bacteria clone PS2630 identified in this study, probably has not been reported in cassava fermentation. In cassava wastewater (CWW), 26 bacterial species were detected including Bacillus-Bacillales (5 species), Bacillus-Lactobacillales (18 species), Gamma-proteobacteria (2 species), Acinetobacteria-Actinomycetales (1 species), Beta-proteobacteria (1 species) and uncultured bacteria (1 species). Lactobacillus fermentum (11.1%) was the dominant species closely, followed by L. plantarum (10.7%). The potential of some of the species are highlighted. This study has shown that CW is an important microbial resource, considering its rich bacterial diversity.