新疆伊犁地区马脑组织尼帕病毒的感染情况

目的采用一步法荧光定量RT-PCR检测新疆伊犁地区天然牧场放养马群脑组织尼帕病毒(NipahVirus,NiV)核蛋白N基因的表达,调查该地区马群中枢神经系统NiV感染的流行状况。方法针对NiV高度保守区N基因设计特异性引物和探针,建立检测马脑组织样本中低浓度NiV RNA的一步法荧光定量RT-PCR方法,对该方法的敏感性及特异性进行验证,并对新疆伊犁地区天然牧场放养且未接种NiV疫苗的183匹马脑组织进行检测。结果一步法荧光定量RT-PCR的最低检出限为1.1×102 copies/μl;与NiV同为亨尼帕病毒属,且高度同源的亨德拉病毒(Hendra Virus,HeV)及同为单股负链的博尔纳病病毒(Borna Disease Virus,BDV)均无交叉反应;183份马脑组织样本未检出阳性样本。结论新疆伊犁地区天然牧场放养马匹中未发现NiV感染,该地区短时间内爆发NiV的可能性较小。     

新城疫病毒一步法RT-PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)一步法RT-PCR检测方法,并进行验证及初步应用。方法根据NDV F基因序列,设计合成了1对特异性引物,建立一步法RT-PCR检测方法,并验证其特异性及敏感性;应用建立的方法对23份疑似新城疫(Newcastle disease,ND)病料进行检测,并与血凝及血凝抑制试验检测结果进行比对。结果建立的一步法RT-PCR同时检测NDV、传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)和禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)H9亚型,仅NDV为阳性,IBDV和AIV H9均为阴性;该方法最低可检出约4 pg的NDV RNA;23份疑似ND病料,一步法RT-PCR检出11份阳性,血凝及血凝抑制试验检出13份阳性,两种方法的阳性符合率为85%。结论建立了NDV一步法RT-PCR检测方法,该方法特异性良好,敏感度较高,用时较短,可从分子水平上对NDV进行早期快速诊断和流行病学调查。     

TaqMan实时定量RT-PCR检测轮状病毒G4型

目的应用基于TaqMan探针的实时定量RT-PCR检测轮状病毒(Rotavirus,RV)G4型VP7基因。方法从G1、G2、G3和G4型轮状病毒Vero细胞培养物中提取病毒总RNA,分别进行RT-PCR和实时定量RT-PCR,检测引物及探针的特异性;构建含轮状病毒G4型VP7基因的质粒,制备RNA参考品,绘制实时定量RT-PCR标准曲线;验证实时定量RT-PCR的灵敏度和精密性;对5个轮状病毒G4型培养物及G1、G2和G3型各3个病毒培养物进行检测,分析其实际应用性。结果以轮状病毒G4型VP7基因引物和探针只能从G4型轮状病毒总RNA中扩增出目的基因或检测到荧光信号的扩增,未在G1、G2、G3型轮状病毒总RNA中扩增出目的基因或检测到荧光信号的扩增;在2.34×107～2.34×103拷贝/μl范围内,反应扩增效率大于90%,R2大于0.98;该方法可检出100数量级的RNA样品,且试验内及试验间变异系数分别小于2.5%和4%;用建立的实时定量RT-PCR只检出5个轮状病毒G4型样品,而G1、G2、G3型样品均未检出。结论 TaqMan实时定量RT-PCR是一种灵敏度较高、特异性和精密性良好的定量检测轮状病毒G4型的方法。     

IBRV TaqMan-MGB实时荧光定量PCR方法在BVDV和IBRV共感染中病毒定量检测的应用

目的应用牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)Taq Man-MGB实时荧光定量PCR方法进行牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)和IBRV共感染的病毒定量检测,进一步研究BVDV和IBRV共感染后BVDV对IBRV复制的影响。方法分别用0.2和1.0 MOI的BVDV感染MDBK细胞,待细胞出现50%CPE时,再用0.1 MOI的IBRV共感染,作用24 h后收集样品,采用Taqman-MGB实时荧光定量PCR方法检测IBRV的拷贝数,并与对照组(IBRV单独感染组)进行比较。结果在先感染0.2和1.0 MOI BVDV情况下,IBRV拷贝数分别为3.0×10~6和6.47×10~6拷贝/μL,单独感染IBRV的对照组的拷贝数为1.15×10~7拷贝/μL。结论在体外情况下,BVDV对IBRV的复制影响较小,为研究BVDV和IBRV的共感染机制以及制备BVDV和IBRV感染同一细胞的二联苗奠定了基础。     

腮腺炎病毒临床口漱液样本的一步法实时荧光定量PCR检测

目的建立腮腺炎病毒(mumps virus,MuV)临床口漱液样本一步法荧光定量PCR检测方法,为腮腺炎的临床诊断及免疫防控提供依据。方法对101份采集自中国南部3个省、自治区(云南、四川、广西)的临床疑似腮腺炎患者口漱液样本,分别采用细胞培养-MuV特异的巢式PCR法及TaqMan探针Real-time PCR法进行检测,比较两种方法检测MuV的灵敏性。结果细胞培养-MuV特异的巢式PCR法共检出31份MuV阳性样本,系统进化分析表明,该31株MuV均属于F基因亚型;TaqMan探针Real-time PCR法共检出41份MuV阳性样本,其中包含了细胞培养-MuV特异的巢式PCR法检出的31份阳性样本,TaqMan探针Real-time RT-PCR法对MuV的检出率(40.59%)高于传统细胞培养-巢式PCR法的检出率(30.69%)。结论 TaqMan探针Real-time PCR法的灵敏性、特异性和简便性均优于传统的细胞培养-MuV特异的巢式PCR法,可应用于腮腺炎的临床诊断及免疫防控。     

H5N1禽流感病毒感染豚鼠体内线粒体抗病毒信号蛋白SYBR GreenⅠ相对荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的建立H5N1禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)感染豚鼠体内线粒体抗病毒信号蛋白(mitochondrial antiviral signaling protein,MAVS)SYBR GreenⅠ相对荧光定量PCR检测方法,并检测H5N1 AIV感染前、后豚鼠肺脏组织中MAVS的表达水平。方法提取豚鼠肺脏组织RNA,反转录合成cDNA,将cDNA模板按10倍系列稀释为9个浓度(1.00 E+10~1.00 E+02 copies/μl),进行PCR扩增。以β-actin为内参,建立标准曲线,比较两基因的扩增效率,验证该方法的引物特异性、重复性及灵敏度。同时用该方法检测H5N1 AIV攻毒前、后豚鼠肺脏组织中MAVS的表达水平。结果 c DNA模板最佳稀释度范围为1.00 E+09~1.00 E+04。豚鼠MAVS和β-actin基因的标准曲线斜率差值0.1,R~2=0.999,扩增效率分别为100.2%和100.3%;两基因扩增溶解曲线峰单一,可扩增出清晰的目的条带,且无非特异性扩增;两基因Ct值的变异系数(CV)均10%;灵敏度为1.00 E+03 copies/μl。感染H5N1 AIV的豚鼠肺脏组织中MAVS的表达水平下调。结论成功建立了H5N1 AIV感染豚鼠体内MAVS的SYBR GreenⅠ相对荧光定量PCR检测方法,并发现H5N1 AIV感染可导致豚鼠体内MAVS表达水平下调。     

口蹄疫病毒2B基因绿色荧光蛋白融合表达质粒的构建及表达

目的构建口蹄疫病毒(FMDV)2B基因绿色荧光蛋白(GFP)融合表达质粒,并在BHK-21细胞中表达。方法RT-PCR扩增O型口蹄疫病毒WFL株的2B基因,克隆入表达载体pEGFP-C1,并进行双酶切、PCR及测序鉴定。将阳性重组质粒转染BHK-21细胞,检测绿色荧光蛋白的表达和2B基因转录水平。结果经双酶切及PCR鉴定,目的基因片段大小与预期相符,测序结果与WFL株相应序列一致。荧光显微镜和流式细胞仪均检测到细胞内绿色荧光蛋白的表达,荧光定量PCR检测到细胞内有2B基因的转录。结论已成功构建了FMDV2B基因GFP融合表达质粒,并在BHK-21细胞中获得了表达。     

牛副流感病毒3型TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立检测牛副流感病毒3型(bovine parainfluenza virus type 3,BPIV3)的Taq Man荧光定量PCR方法。方法根据GenBank中公布的BPIV3序列,选取P基因上保守区域设计特异性引物及TaqMan-MGB探针。优化反应体系,建立实时荧光定量PCR方法,并对方法的特异性、重复性和敏感性进行验证。结果标准曲线在104~108copies/μl范围内具有良好的线性关系,R~2达到0.999,斜率为-3.203,扩增效率为105.2%。利用该方法对BPIV3a及BPIV3c进行检测,结果为阳性,对牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)、牛传染性鼻气管炎病毒(infectioils bovine rhinotraeheitis virus,IBRV)进行检测,结果呈阴性。3个浓度质粒标准品,重复3次检测,CV均小于1.5%。建立的方法对质粒的最小检出量为1.0×10~2 copies/μl。结论建立了能够检测BPIV3a及BPIV3c的TaqMan-MGB探针实时定量PCR方法,该方法特异性较强,重复性及敏感性良好,为早期诊断及定量分析提供了更快速、稳定、可靠的方法。     

人干扰素诱导跨膜蛋白基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立人干扰素诱导跨膜蛋白(Interferon induced transmembrane protein,IFITM)1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法。方法根据GenBank中登录的人IFITM1、2、3及β-actin基因序列,分别设计4对特异性引物,以质粒pVAX1-IFITM1、2、3和pMD18-T-β-actin为模板,分别进行PCR及实时荧光定量PCR扩增,优化实时荧光定量PCR反应体系及反应条件,绘制标准曲线及扩增曲线,建立实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的重复性、灵敏度及特异性。结果各质粒的PCR及实时荧光定量PCR产物经琼脂糖凝胶电泳分析,均可见大小与理论值相符的特异性条带。IFITM1、2、3和β-actin的最佳荧光定量PCR引物浓度分别为0.2、0.5、0.4和0.5μl,最佳退火温度为55℃。各质粒标准曲线的循环数与起始模板拷贝数的相关性均较好(R2分别为0.998、0.990、0.990和0.995),扩增效率分别为106.284%、101.030%、104.929%和101.962%。IFITM1、2、3基因不同拷贝数的试验内CV为0.14%-0.72%,试验间CV为0.77%-1.58%;灵敏度分别为2.52×100、1.3×100和3.7×101copies;该方法未扩增出鸡肝脏及禽流感病毒H3N2 cDNA,可特异性扩增B型流感病毒cDNA,各标准质粒的溶解曲线约在同一温度出现1个单峰。结论已成功建立了IFITM1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法,该方法具有较高的重复性、灵敏度及特异性,为进一步研究IFITM1、2、3的功能及其基因表达与肿瘤发生发展的相关性奠定了基础。     

猪瘟和猪蓝耳病病毒多重RT-PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)和猪蓝耳病病毒(Porcine respiratory and reproductivesyndrome virus,PRRSV)多重RT-PCR检测方法,并进行验证及初步应用。方法根据GenBank中登录的CSFV和PRRSV疫苗株基因组序列,分别设计针对CSFV和PRRSV的两对引物,建立多重RT-PCR检测方法,并进行敏感性及特异性验证。用建立的多重RT-PCR法检测20份疑似猪瘟、猪蓝耳病或混合感染病料,并与市售RT-PCR试剂盒的检测结果进行比较;检测病料的部分PCR产物测序后,与9株具有代表性的CSFV毒株和10株具有代表性的PRRSV毒株进行核苷酸序列同源性比对。结果以CSFV和PRRSV混合引物扩增,分别可扩增出286和664 bp的特异性条带。建立的多重RT-PCR检测方法可检出100倍稀释的病毒RNA;该方法可检出CSFV、PRRSV及CSFV与PRRSV混合病毒,而猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(Trans-missible gastro-enteritis virus,TGEV)、猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)和猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)的检测结果均为阴性;该方法检测20份疑似猪瘟、猪蓝耳病或混合感染病料的结果与市售RT-PCR试剂盒比较,灵敏度达100%;选取的两份CSFV扩增片段与9株具有代表性的CSFV毒株的核苷酸序列同源性在92.3%⁹8.2%之间,扩增的PRRSV与10株具有代表性的PRRSV毒株的核苷酸序列同源性在94.1%98.2%之间,扩增的PRRSV与10株具有代表性的PRRSV毒株的核苷酸序列同源性在94.1%⁹7.9%之间。结论成功建立了CSFV和PRRSV多重RT-PCR检测方法,为猪瘟和猪蓝耳病的早期诊断及流行病学调查奠定了基础。     

安徽省2011年新分离的19株狂犬病病毒的N基因序列分析

目的对安徽省2011年新分离的19株狂犬病病毒(Rabies virus,RABV)的N基因进行序列分析,并比较其与代表性RABV街毒株及疫苗株之间的差异。方法采集安徽省淮北地区狗肉市场的犬脑组织121份,伤人犬脑组织10份,采用直接免疫荧光法和双抗体夹心ELISA法检测RABV抗原,并通过颅内接种昆明乳鼠进一步鉴定毒株;RT-PCR扩增分离病毒的N基因,与pMD18-T载体连接测序后,与代表性RABV街毒株及疫苗株的N基因序列进行比对,并进行遗传学分析。结果在送检的131份犬脑组织样品中检出RABV阳性19株,其中伤人犬脑组织阳性率为90%,狗肉市场犬脑组织阳性率为8.26%。19株RABV N基因核苷酸序列同源性为97.5%～99.7%,推导的氨基酸序列同源性为98.7%～100%;与代表性人用和兽用RABV疫苗株相比,N基因核苷酸序列同源性为85.4%～89.9%,推导的氨基酸序列同源性为94.9%～99.1%,核苷酸序列的变异主要为同义突变。分离的19株RABV在系统进化树上高度聚集,与以往国内分离的代表性街毒株系统进化关系较近,在同一个分支(HN10除外)与我国疫苗株CTN-181株亲缘关系最近,处于同一个亚群。结论从安徽省伤人犬和狗肉市场的犬脑组织中成功分离并鉴定了19株RABV,这些病毒株均属于基因I型RABV,且具有地域性特征。本研究对特定区域RABV的流行及监测具有一定的意义。     

Development of a Rapid Fluorescent Diagnostic System to Detect Subtype H9 Influenza A Virus in Chicken Feces

The circulation of the H9N2 virus results in significant economic losses in the poultry industry, and its zoonotic transmission highlights the need for a highly sensitive and rapid diagnostic and detection system for this virus. In this study, the performance of lateral flow test strips for a fluorescent immunochromatographic test (FICT) was optimized for the diagnosis of H9N2 virus-infected animal samples. The novel monoclonal antibodies (McAbs) against influenza A H9 viruses were developed, and two categories of McAbs with linear and conformational epitopes were compared for the performance of rapid diagnostic performance in the presence of feces sample at different time points (2, 4, and 6 days) post-infection (dpi). The limit of detection (LOD) of FICT and Kd values were comparable between linear and conformational epitope McAbs. However, superior performance of linear epitope McAbs pairs were confirmed by two animal studies, showing the better diagnostic performance showing 100% relative sensitivity in fecal samples at 6 dpi although it showed less than 80% sensitivity in early infection. Our results imply that the comparable performance of the linear epitope McAbs can potentially improve the diagnostic performance of FICT for H9N2 detection in feces samples. This highly sensitive rapid diagnostic method can be utilized in field studies of broiler poultry and wild birds.     

实时荧光PCR法快速检测乙型肝炎病毒基因YMDD突变株

目的建立一种敏感、特异、快速的实时荧光PCR定量检测乙型肝炎病毒基因YMDD突变株的方法,为临床治疗提供指导。方法设计引物和TaqMan-MGB探针,利用TaqMan-MGB探针技术,建立实时荧光定量PCR法。检测临床HBV-YMDD变异标本36份和野生型HBV标本20份,并将其YMDD变异结果与DNA测序结果进行比较。结果该方法检测灵敏度为101拷贝/μl;特异性为100%;最低检测限度为101DNA拷贝/30μl反应体系;实时荧光PCR方法测得YMDD野生株20份,变异株36份,与DNA测序结果完全一致,符合率为100%。结论应用TaqMan-MGB探针的实时荧光定量PCR方法检测YMDD变异株基因,具有灵敏、特异和精确等优点,对临床监测拉米夫定耐药具有重要意义。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2缺失变异株与经典美洲型毒株基因芯片鉴别方法的建立

目的建立高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)Nsp2缺失变异株与经典美洲型毒株基因芯片鉴别方法。方法根据高致病性PRRSV Nsp2缺失变异株与经典美洲型毒株(非缺失株)的核苷酸序列,设计扩增美洲型PRRSV保守序列和包含基因缺失区域的Nsp2基因片段的二重PCR引物,并设计长度为31～35nt的美洲型毒株通用寡核苷酸探针和非缺失株相对于变异株Nsp2基因缺失区域的探针,建立寡核苷酸芯片方法。检测该方法的特异性和灵敏度,并进行初步应用。结果通过杂交模式可清楚地区分经典毒株与缺失毒株;芯片探针与猪瘟病毒(Clas-sical swine fever virus,CSFV)、猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type2,PCV2)、猪伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)样品无非特异性杂交;芯片法与常规PCR法的灵敏度相近;对12份疑似高致病性PRRS猪病料的检测结果与常规PCR法一致。结论建立的芯片方法能够准确鉴别高致病性PRRSV Nsp2缺失变异株,可用于高致病性PRRSV的临床诊断和流行病学调查。     

甲型H1N1流感病毒实时荧光PCR诊断试剂盒的制备

目的制备甲型H1N1流感病毒实时荧光PCR诊断试剂盒,并进行验证。方法采用磁珠法从甲型H1N1流感疑似患者咽拭子样品中提取病毒RNA,逆转录合成cDNA。根据NCBI最新公布的大流行甲型H1N1流感病毒(2009)基因序列,设计针对编码基质蛋白M基因的引物和探针,检测甲型流感病毒;设计针对血凝素(HA)基因和神经氨酸酶(NA)基因特异性的引物和探针,检测甲型H1N1流感病毒;同时针对人的RNaseP基因设计用于内部控制的引物和探针。所有探针均为Taqman探针,5'端标记FAM,3'端标记BHQ1。对最佳荧光PCR反应条件进行优化,在此基础上组装成甲型H1N1流感病毒实时荧光PCR诊断试剂盒,对其特异性、灵敏度、精密性和稳定性进行验证。与市售试剂盒的检测结果进行对比,并对63份临床甲型H1N1流感疑似患者咽拭子样品进行检测。结果设计的PCR引物及探针能对甲型H1N1流感病毒进行准确检测,与流感病毒的其他型和亚型无交叉反应;试剂盒的灵敏度为0.004个血凝素单位;试验内变异系数小于2.5%,批间变异系数小于5%;试剂盒放置-20℃保存,稳定性良好;检测20份甲型H1N1流感疑似患者咽拭子样品的结果与市售试剂盒一致;检测63份流感疑似患者咽拭子样品,其中大流行甲型H1N1流感病毒阳性36份,普通甲型流感病毒阳性5份。结论所制备的甲型H1N1流感病毒实时荧光PCR诊断试剂盒具有较高的灵敏度、特异性、精密性和稳定性,可用于目前流行的甲型H1N1流感病毒的快速检测。     

猪细小病毒PCR检测方法的建立与应用

目的建立猪细小病毒(PPV)PCR检测方法。方法设计一对针对PPV的特异引物,经方阵滴定法确定PCR检测的最佳条件,以多种病毒DNA为模板进行PCR扩增,并对扩增产物进行斑点杂交鉴定。提取已知滴度的病毒培养物DNA为模板,稀释后进行PCR扩增,测定PCR方法的敏感性。采用此方法检测了180份猪各种组织样品的DNA及PPV-猪组织混合感染PK-15细胞模型。结果仅PPV野毒株和北京分离株AV7909能够扩增出一条531bp的片段,测序结果证明为PPV的特异片段。该方法所能检测的最小病毒滴度值为0.398TCID50,可以检测出PPV-猪组织混合感染PK-15细胞模型中0.500 TCID50的感染量。180份组织样品均未检出PPV。结论该方法具有良好的特异性和敏感性。     

鸭瘟病毒PCR检测方法的建立及验证

目的建立鸭瘟病毒PCR检测方法,并进行验证。方法根据GenBank中登录的鸭瘟病毒基因(UL30、UL31)序列,设计合成1对特异性引物,以鸡胚化弱毒疫苗株病毒基因组DNA为模板,进行PCR扩增。优化PCR的反应条件,并对方法的敏感性、特异性及适用性进行验证。结果经PCR可扩增得到446 bp的目的基因条带,测序结果与已发表的序列同源性达100%。该方法的最低检出限为2.1 pg,对7种鸭易感性病原体及3种鸭瘟病毒同类病原体的检测结果均为阴性。结论已建立了敏感、特异、快速的鸭瘟病毒PCR检测方法。