口蹄疫病毒WFL株2C-P3-3''''NCR片段的克隆及适于设计siRNA的序列分析

目的 筛选出口蹄疫病毒(FMDV)基因组上适于设计siRNA的基因片段.方法 以FMDV WFL株RNA为模板,用3'RACE法扩增出2C-P3-3'NCR序列,将PCR扩增片段克隆到pMD18-T载体上,转化E.coli DH5α,筛选阳性重组子,进行序列测定,并与参考毒株序列比较.结果 扩增的基因片段大小为4 033 bp,其2C、P3和3'NCR序列的核苷酸序列与参考毒株的同源性分别为87.11%～94.23%、84.91%～96.66%和66.98%～82.35%,2C和P3与参考毒株的氨基酸同源性分别为94.97%～99.39%和91.84%～98.55%,WFL株P3基因的第1 150～1 270、1 680～1 840和2 080～2 490 bp以及2C基因的第354～470 bp范围内与参考毒株具有高度保守的特性.因此,可以依据siRNA设计原则,在这4个区域内筛选抑制效果好的siRNA.结论 成功克隆了FMDV WFL株2C-P3-3'NCR基因的序列,并筛选出4个适于设计siRNA的基因区段.     

口蹄疫病毒衣壳蛋白前体P1基因和蛋白酶3C基因的克隆及序列分析

目的 对口蹄疫病毒（FMDV）衣壳蛋白前体P1基因和蛋白酶3C基因进行PCR扩增、克隆和序列分析，了解FMDV基因型与血清型的相关性及分子免疫机理，便于疫苗株的选择。方法 应用RT-PCR方法扩增了CC-1毒株的衣壳蛋白前体P1基因和蛋白酶3C基因，并将其克隆到pGEM-T easy载体上，分别构建含有P1基因和3C基因的两个重组质粒pGEMP1和pGEM3C，并进行核苷酸序列分析。结果 CC-1株与相同血清型毒株P1基因核苷酸序列和氨基酸序列存在较高的同源性，与不同血清型毒株P1基因氨基酸序列的同源性差异显著，而不同血清型毒株的蛋白酶3C基因氨基酸序列的同源性均在90%以上。结论 成功地克隆了FMDV P1区基因和蛋白酶3C基因，为选择口蹄疫病毒疫苗株提供了背景材料。     

口蹄疫病毒衣壳蛋自前体P1基因和蛋白酶3C基因的克隆及序列分析

［摘 要］目的 对口蹄疫病毒（FMDV）衣壳蛋白前体P1基因和蛋白酶3C基因进行PCR扩增、克隆和序列分析，了解FMDV基因型与血清型的相关性及分子免疫机理，便于疫苗株的选择。方法 应用RT－PCR方法扩增了 CC－1毒株的衣壳蛋白前体 P1基因和蛋白酶 3C基因，并将其克隆到pGEM-T easy载体上，分别构建含有P1基因和3C基因的两个重组质粒pGEMP1和pGEM3C，并进行核苷酸序列分析。结果CC-1株与相同血清型毒株P1基因核苷酸序列和氨基酸序列存在较高的同源性，与不同血清型毒株P1基因氨基酸序列的同源性差异显著，而不同血清型毒株的蛋白酶3C基因氨基酸序列的同源性均在 90％以上。结论 成功地克隆了 FMDV P1区基因和蛋白酶3C基因，为选择口蹄疫病毒疫苗株提供了背景材料。     

以长链PCR为基础利用融合PCR扩增乙型脑炎病毒全长cDNA

目的以长链PCR(Long-PCR)技术为基础,应用融合PCR方法扩增乙型脑炎病毒(JEV)全长基因组。方法根据GenBank中收录的JEV全长基因组序列设计引物,分别扩增JEVSA14-14-2株的5′和3′半长分子,在5′端上游引物中引入T7启动子核心序列。利用细胞培养增殖病毒,提取病毒RNA,逆转录后采用Long PCR方法得到JEV的5′和3′两个半长分子,在此基础上进行融合PCR,得到JEV全长cDNA分子,克隆入pGEMT-easy载体,酶切鉴定并测序。结果扩增出均6000bp的JEV的5′和3′两个半长分子及约11000bp的全长cDNA片段,其二级结构丰富的非编码区未发生缺失。JEV全长cDNA分子与GenBank中收录的相关毒株的的核苷酸序列同源性最高达99%,其氨基酸序列同源性最高达96.3%。其E蛋白基因与野毒株和减毒株进行比较,核苷酸序列同源性高达98%～99%,氨基酸序列也未出现较大差异。结论已获得了乙型脑炎病毒SA14-14-2株全长基因组,为进一步构建感染性克隆奠定了基础。     

丝状支原体丝状亚种SC型LppB基因的克隆与表达纯化

目的克隆丝状支原体丝状亚种SC型(MmmSC)LppB蛋白基因,并进行表达及纯化。方法通过PCR,扩增MmmSC标准株PG1的LppB全基因,克隆至pMD18-T载体上,并测序鉴定。同时选LppB基因中两个TGA之间903bp片段,与pET30a载体构建重组质粒,进行诱导表达,表达产物经Ni-NTA-His系统纯化。结果PCR扩增的LppB基因长度片段约1869bp,与预期大小相符。将其与NCBI上发布的Afade株、LC型代表株Y-goat和同属的Bovine7株的LppB基因序列相比较,同源性分别为99·8%、92·8%和76·7%,氨基酸同源性分别为99·2%、90·2%和67·0%。经Ni-NTA-His系统纯化,得到纯净的单一蛋白。结论已成功克隆了PG1的LppB蛋白基因,并进行了表达及纯化。     

2007年吉林省散发野型麻疹病毒H基因序列分析

目的分析2007年吉林省散发野型麻疹病毒的基因型别和特征。方法对2007年吉林省分离到的3株散发麻疹野型病毒,经RT-PCR扩增血凝素(H)基因片段,克隆到pMD19-T载体,进行酶切鉴定及序列测定,并分析核苷酸序列,与GenBank中麻疹病毒的22个代表株H基因序列的同源性进行比较。结果RT-PCR产物经琼脂糖凝胶电泳,可见大小约为570bp的片段,克隆至pMD19-T载体后,酶切鉴定结果与预期相符。3株麻疹病毒均属H1基因型,其H基因之间同源性为98.5%～99.6%,与其他已知麻疹病毒的22个基因代表株相比,在核苷酸水平上最大变异为9.7%。3株病毒与H1a参考株Chin93-2、H1b参考株Chin94-5和H1c参考株Chin94-7的平均遗传距离分别为0.007～0.015、0.013～0.021和0.015～0.023。结论H1a基因型毒株是导致吉林省2007年春季麻疹散发的优势毒株。     

肾综合征出血热灭活疫苗毒株84Fli株的M和S基因核苷酸序列分析

目的对肾综合征出血热灭活疫苗毒株84Fli株的M和S基因进行核苷酸序列分析,了解该毒种的基因稳定性。方法根据汉坦病毒标准株设计特异的PCR引物,用RT-PCR技术分段扩增疫苗株84FLi株的M和S基因片段,PCR产物纯化后直接测序,并进行遗传进化分析。结果疫苗株84FLi株M基因片段的核苷酸序列与GenBank中收录的HTN型毒株的M基因核苷酸序列的同源性为83.5%～99.9%,而与SEO型毒株的同源性为70.2%～72.0%。其S基因与HTN型毒株的同源性为85.9%～99.6%,与SEO型毒株的同源性为69.4%～70.8%。疫苗株84FLi株的M和S基因的氨基酸序列与GenBank中收录的HTN型汉坦病毒84FLi株M和S基因的氨基酸序列的同源性分别为99.9%和99.5%。从遗传进化树上可以看出,疫苗株84FLi株与GenBank中收录的84FLi株位于一个独立的分支上,与其他HTN型病毒亚型分布于不同分支上,与其他HTN型病毒亚型亲缘关系较远。结论肾综合征出血热灭活疫苗毒株84FLi株M和S基因片段的核苷酸和氨基酸序列未发生较大变异,说明在传代过程中该疫苗株在基因水平上并未发生较大改变。     

肠道病毒71型甘肃分离株VP1基因特征分析

目的分析肠道病毒71型(Enterovirus,EV71)甘肃分离株VP1基因的特征。方法应用RT-PCR法扩增4株EV71甘肃分离株(46F、47F、51F和55F)的VP1基因,克隆入pTA2载体,进行核苷酸序列测定,并进行序列的同源性比较及进化树分析。结果 4株病毒VP1核苷酸序列长度均为891bp,推导的氨基酸序列含297个氨基酸。51F与55F毒株核苷酸和氨基酸同源性均为100%,46F与47F的同源性分别为99.6%和99.0%,4株病毒与EV71的C4亚型毒株核苷酸同源性在96%以上,氨基酸同源性在99%以上。同源性和进化树分析显示,4株分离株分属2个群,其中51F和55F毒株同属一个群,其与昆明分离株kunming41-08亲缘关系最为相近;46F和47F同属一个群,其与内蒙分离株0723F/NM/CHN/07关系最为相近。结论 4株EV71甘肃分离株属于C4亚型,为中国EV71的基因分型、分子流行病学研究提供了参考。     

禽脑脊髓炎病毒VP1、VP3、VP0基因表达载体的构建

根据AEV-NH937基因组全序列设计3对引物,应用RT-PCR方法,扩增出AEV的外壳蛋白VP1、VP3、VP0基因,将它们克隆于pUCm-T载体上进行序列分析.结果显示,AEV-NH937病毒株VP1基因全长810 bp、编码270个氨基酸,VP3基因全长735 bp、编码245个氨基酸,VP0基因全长726 bp、编码242个氨基酸;与Calnek疫苗株相比,AEV-NH937病毒株VP1、VP3、VP0基因的核苷酸同源性分别为90.62%、93.88%、95.45%,氨基酸同源性分别为88.89%、97.96%、98.35%.将VP1、VP3、VP0基因分别插入载体pcDNA4/HisMax构建表达重组质粒并转入宿主菌DH5α中,使基因得以表达.     

Walvax-2细胞基质培养甲型肝炎病毒YN5株的遗传稳定性分析

目的分析Walvax-2细胞基质培养甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)YN5株的遗传稳定性。方法将HAV YN5株在Walvax-2细胞中于35℃连续适应培养,取P24、P27、P29、P35和P40代病毒,提取RNA,以其为模板进行RT-PCR扩增,并测序。采用生物信息学软件DNAMAN、Vector NTI、BioEdit等进行序列分析,与GenBank中登录的标准株HM175(M14707)进行同源性比较。结果 5代病毒全基因组间的核苷酸序列同源性为100%。与标准株HM175比较,5代病毒基因组5′-NCR(101～200 bp)片段的124和152位发生突变,且存在134～137 bp缺失;2A(3 012～3 210 bp)片段的3 025和3 196位发生突变,其中,3 025位点A变为T,与标准株HM175 VP1/2A(3 024～3 191 bp)的差异小于7. 5%,基因亚型与其相同,均为IB型;2C(3 986～4 960 bp)片段的4 043、4 087、4 185、4 222、4 563、4 802、4 880位点发生突变。5代病毒与标准株HM175氨基酸序列同源性为99. 4%,共有29个氨基酸发生突变,主要抗原位点与标准株HM175完全一致。结论 Walvax-2细胞基质培养HAV YN5株可保持良好的遗传稳定性,有望用于甲肝疫苗的研发及生产。     

口蹄疫病毒2B基因绿色荧光蛋白融合表达质粒的构建及表达

目的构建口蹄疫病毒(FMDV)2B基因绿色荧光蛋白(GFP)融合表达质粒,并在BHK-21细胞中表达。方法RT-PCR扩增O型口蹄疫病毒WFL株的2B基因,克隆入表达载体pEGFP-C1,并进行双酶切、PCR及测序鉴定。将阳性重组质粒转染BHK-21细胞,检测绿色荧光蛋白的表达和2B基因转录水平。结果经双酶切及PCR鉴定,目的基因片段大小与预期相符,测序结果与WFL株相应序列一致。荧光显微镜和流式细胞仪均检测到细胞内绿色荧光蛋白的表达,荧光定量PCR检测到细胞内有2B基因的转录。结论已成功构建了FMDV2B基因GFP融合表达质粒,并在BHK-21细胞中获得了表达。     

共表达口蹄疫病毒O型P1-2A-IL-18基因和Asia I型P1-2A-3C基因重组鸡痘病毒的构建

目的构建共表达口蹄疫病毒(FWDV)O型P1-2A-IL-18基因和AsiaI型P1-2A-3C基因的重组鸡痘病毒。方法将酶切得到的FWDVO型P1-2A-IL-18基因和AsiaI型P1-2A-3C基因克隆至鸡痘病毒表达载体pUTAL上,构建重组鸡痘病毒转移质粒pUTAL-P1-2A-3C-P1-2A-IL-18,与鸡痘病毒(FPV)282E4株共转染鸡胚成纤维细胞(CEF),通过BrdU3次加压筛选,挑选出单克隆重组病毒株,进行RT-PCR及间接免疫荧光(IFA)鉴定。结果重组鸡痘病毒转移质粒pUTAL-P1-2A-3C-P1-2A-IL-18经双酶切鉴定证明构建正确。经RT-PCR和IFA鉴定,证明所筛选的重组鸡痘病毒在CEF中能正确表达P1-2A-3C-P1-2A-IL-18基因盒。结论已成功构建了共表达FMDVO型P1-2A-IL-18基因和AsiaI型P1-2A-3C基因的重组鸡痘病毒。     

幽门螺杆菌粘附素基因hpaA的克隆、表达及鉴定

目的　克隆幽门螺杆菌粘附素基因hpaA ,构建其原核表达系统并鉴定融合蛋白免疫原性。方法　采用PCR技术从幽门螺杆菌总DNA中扩增hpaA基因 ,T -A克隆后测定核苷酸序列 ,构建pET30a的HpaA表达载体 ,在E .coliBL2 1DE3宿主菌中用IPTG诱导表达 ,Ni2 + 柱纯化后经Westernblot鉴定其免疫原性。结果　所克隆的hpaA基因与报道的相应核苷酸序列同源性为 94 . 8%～ 97. 3% ,氨基酸序列同源性为 94 . 6 %～ 97 .7% ,在 134～ 139位存在一段KRTIQK结构 ,HpaA融合蛋白在pET30a载体中可高效表达 ,经纯化后可获得高纯度的重组蛋白。结论　成功构建HpaA原核表达系统 ,所表达的融合蛋白具有较好的免疫原性 ,可作为Hp疫苗的候选抗原。     

植物乳杆菌组氨酸脱羧酶基因的克隆及序列分析

目的克隆植物乳杆菌组氨酸脱羧酶(Histidine decarboxylase,HDC)基因,并进行序列分析。方法根据GenBank中登录的乳酸菌HDC基因序列设计引物,提取植物乳杆菌Uvs44基因组DNA进行PCR扩增及克隆,并与其他乳杆菌HDC基因的核苷酸序列进行同源性分析。结果克隆的植物乳杆菌HDC基因大小约为900bp,其核苷酸序列与Lactobacillus sakei同源性最高,为99.9%;与Lactobacillus buchneri的同源性最低,为89.1%。32～489bp为高变区序列,T和C发生的替换较多。结论为产组胺乳酸菌的检测提供了理论依据,也为构建HDC基因缺失工程菌奠定了基础。     

新分离5株狂犬病病毒街毒株N和G基因的序列分析

目的分析我国新分离的5株狂犬病病毒(RV)街毒株基因序列及分子流行病学状况。方法采用RT-PCR法从疑似狂犬的犬脑组织内获得N和G基因cDNA的全序列并进行测序,将所得结果与已发表的国内外代表性毒株相应基因进行核苷酸和推导氨基酸序列比较。结果5株均含有完整N基因序列,3株含有完整G基因序列。与国内外发表的部分毒株比较,5株街毒N基因的核苷酸同源性在98.1%～99.9%之间,推导氨基酸同源性在99.5%～100%之间。将5株街毒与人用疫苗株3aG、PV株的N基因进行比较,核苷酸同源性在86.2%～86.7%之间,氨基酸同源性在95.1%～95.5%之间;而与人用疫苗株CTN比较,核苷酸同源性在89.4%～89.6%之间,氨基酸同源性在98.2%～98.6%之间。3株街毒G基因的核苷酸同源性在98.5%～99.4%之间,推导氨基酸同源性在99.6%～100%之间。将3株街毒与人用疫苗株aG、PV和兽用疫苗株ERA的G基因进行比较,核苷酸同源性在82.8%～83.1%之间,氨基酸同源性在88.0%～90.1%之间;而与人用疫苗株CTN比较,核苷酸同源性在86.7%～87.1%之间,氨基酸同源性均为92.0%。结论新分离街毒株基因未发生较大变异,与CTN的同源性高于与aG株和PV株。     

新城疫病毒TL1株L基因的克隆及其真核表达载体的构建

目的对新城疫病毒TL1株L基因进行克隆、序列分析及真核表达载体构建。方法根据GenBank登录的新城疫病毒L基因序列,设计了一对引物,用RT-PCR对内蒙古分离株TL1的L基因进行整体扩增。将扩增产物提纯后,克隆入pGEM-Teasy载体,再亚克隆至真核表达载体pCI-neo上,通过酶切、PCR鉴定及测序进行验证。结果测序拼接得出L基因的全序列长度为6704bp,该基因的ORF总长为6615bp,编码2204个氨基酸。与GenBank登陆的12株参考毒株比较L基因编码区全核苷酸序列和氨基酸序列,发现TL1株与鹅源新城疫NA-1株、ZJ1株和SF02株的同源性极高,说明四者亲缘关系较近。结论已成功构建L基因真核表达载体,为对该株病毒进行反向遗传操作以及有关功能基因组研究奠定了基础。     

传染性法氏囊病病毒疫苗B87株基因组B节段的克隆和序列分析

目的获得传染性法氏囊病病毒(IBDV)疫苗B87株B节段全长cDNA,并对其序列进行分析,为进一步在分子水平上研究病毒基因组的功能、抗原变异和毒力变异奠定基础。方法使用蛋白酶K和酚/氯仿抽提法提取病毒基因组RNA,用LiCl分级沉淀方法纯化病毒基因组dsRNA,通过RT-PCR一步扩增获得B节段的全长cDNA。将其克隆到pGEM-T载体上,然后测序,并用DNAStar软件进行序列分析。结果测序结果表明,克隆的B87株基因组B节段全长为2827bp,与超强毒参考株UK661和HK46的同源性分别为89.8%和89.3%,与强毒参考株Harbin-1和ZJ2000的同源性分别为90.2%和89.5%;与变异毒株GLS的同源性为97.8%;与弱毒参考株CEF94和Gt株的同源性均为99.8%,与P2株的同源性达100%。结论通过对9株IBDV编码氨基酸序列进行分析、比较,推测B节段上10个独特的氨基酸位点可能与毒力相关。     

中国狂犬病疫苗CTN-1-V株糖蛋白基因的克隆及序列分析

目的 研究CTN-1-V株糖蛋白(GP)基因结构特性。方法 利用RT-PCR反应从感染CTN-1-V病毒的Vero细胞中获得精蛋白全长cDNA片段,并克隆至PCR2.1载体,进行序列测定。结果 CTN-1-V株糖蛋白cDNA序列长度为1 575个核苷酸,编码524个氨基酸。与国外已测定的相应序列进行同源性比较,其核苷酸同源性为80.8％～92.4％,氨基酸同源性为82.9％～93.3％。结论 进一步了解CTN-1-V株的基因结构,为筛选特异性疫苗株提供理论依据。