花生主要过敏原Ara h 1线性B细胞表位的预测及鉴定

花生过敏由于其高致敏率和致敏严重性而引起了人们的广泛关注。Ara h 1是花生中的主要过敏原,属于Cupin超家族,通过抗原表位识别结合免疫球蛋白E引发花生过敏。本研究采用生物信息学分析花生主要过敏原Cupin超家族Ara h 1线性B细胞表位氨基酸组成,及其与Ara h 1二级、三级结构之间关系,通过质谱分析Ara h 1氨基酸序列中的抗消化肽段,并分析抗消化肽段与预测线性B细胞表位的关系。结果表明,Ara h 1的线性B细胞表位富含亲水性氨基酸和带电氨基酸;其二级结构没有明显的分布规律,具有一定的回转折叠结构;分析Ara h 1三级结构发现,表位主要位于单体之间的疏水相互作用区域,部分表位埋入三聚体构象内部;Ara h 1抗消化序列与表位之间存在部分重叠。综上,质谱检测体外模拟胃肠道消化肽段并结合表位生物信息学分析可以作为鉴定Cupin超家族线性B细胞表位的新方法。     

核桃中主要过敏原Jug r 1的致敏性研究

近些年来,食物过敏的发病率呈逐年上升趋势。核桃是引起食物过敏的主要食品之一。目的:本文旨在研究核桃中主要过敏原Jug r 1与致敏性相关的免疫学特征,确定其线性抗原表位。方法:首先对核桃过敏原Jug r 1进行消化稳定性和热稳定性的研究,然后利用人体血清学分析其特异性抗体的结合情况,结合生物信息学对其氨基酸一级序列的相关特征参数的分析,预测其可能存在线性抗原表位,同时合成覆盖其全部氨基酸序列的重叠肽库,利用圆点免疫法(dot-blot)筛选出可与过敏患者血清中Ig E特异性结合的肽段,从而确定出Jug r1的线性抗原表位。结果 :核桃中主要过敏原Jug r 1在模拟胃液中60 min时仍未被完全消化;在90℃水浴中加热60 min其条带仍然存在,且可以与核桃过敏患者血清中的Ig E特异性结合。通过生物信息学软件和血清筛选出可结合的抗原表位。结论:核桃中主要过敏原Jug r 1具有较强的免疫学特性,且其存在3个免疫显性的抗原表位。对深入研究其过敏原改造和过敏机理提供理论依据。     

大豆过敏原11S球蛋白G2中A2链结合表位的预测

采用生物信息学软件NCBI GenBank数据库、PDB数据库、SWISS-MODEL、Deep View 4.1等预测11S球蛋白G2中A2链的二级结构和三级结构模型,使用DiscoTope 2.0 Server软件预测B细胞构象表位,发现构象表位多位于无规则卷曲处。定位B细胞线性结合表位,结果表明11S球蛋白G2中A2链的可能线性表位有：37KPDNRIE43、79PSYTNGP85、114SQQRGRSQRP123、52WNPNNK57、196QQGGSQSQKGKQQE209、241QGENEEED248、267RKPQQEEDDDDEEEQ281、287TDKGC291。此表位预测为后续制肽、免疫等操作找出更准确的肽序,以便建立适合我国大豆过敏人群的食品大豆过敏原的检测技术。     

芝麻过敏原Ses i 3同源建模及B细胞线性抗原表位预测

为预测芝麻过敏原Ses i 3的B细胞线性抗原表位和三级结构,使用SOPMA、DNAStar和The BepiPred1.0 Server等生物信息学软件,采用多种方案对Ses i 3抗原性指数、亲水性、表面可及性、柔韧性等参数及其二级结构进行预测,对预测抗原表位综合分析。利用SWISS-MODEL程序进行同源建模并用Ramachandran软件评价结构稳定性。结果:序列SESKDP,RQKHQGEHG,NRKSP,QHG,YQREKGRQDDDNPTDPEKQY,RRQG,KYREQQGREGGRGE,EGR,EQGR,QHG,RQDR,ENP,RHE,ESK,RPTH,ASQ,SRSRGSYQGETRGRP,ANNNE,SRSQQ,GPRQQQQGR最可能是Ses i 3蛋白的B细胞线性抗原表位。以5e1r.2为模板,同源建模的方式成功构建了芝麻过敏原Ses i 3蛋白的三级结构,并经Ramachandran评价显示蛋白模型构象稳定。此结果为制备特异性抗体肽段及过敏原检测等提供了依据。     

南极磷虾原肌球蛋白纯化鉴定、理化特性及模拟表位肽预测

对南极磷虾原肌球蛋白（tropomyosin,TM）进行提取纯化与质谱鉴定,并对其热稳定性、pH值稳定性及消化稳定性进行研究,同时利用生物信息学对其进行序列同源性分析、空间结构同源建模及过敏原模拟表位肽识别。十二烷基硫酸钠聚丙烯酰氨凝胶电泳结果显示,经蛋白粗提、热除杂、等电点沉淀、硫酸铵盐析等多步提纯,最终仅在32 kDa附近得到一条清晰条带。利用超高效液相色谱-质谱联用对其进行扫描,经UniProt数据库检索确定该目的蛋白为TM（Euphausia superba）,蛋白分子质量32.6 kDa,肽段覆盖率达97%。同源性分析结果表明南极磷虾TM是一种高度保守蛋白,与26 种甲壳动物的TM序列同源性在88%～98.2%之间。南极磷虾TM对热、酸碱及胃液消化均具有较强的稳定性,而对肠液消化稳定性较差,易被胰蛋白酶和糜蛋白酶降解生成低分子质量肽段。通过DNAStar Protean、AntheProt、BepiPred 1.0 server、ABCpred server、Immunomedicine Group 5 种生物信息学工具最终预测识别出8 条南极磷虾TM模拟表位肽（EAQNKETNAKADKADDEVH、DLERSEERLN、TKLAEASQAADESER、EADRKYDE、ERAEERAEAG、VSEEKANQREEAYKEQI、RSVQKLQKEVDR、VNEKEKYKGI）,并在其空间结构中进行一一映射。本研究为南极磷虾TM模拟表位肽的精准预测识别及其相关低致敏性产品的开发提供了科学依据。     

生物信息学技术在食物过敏原表位预测中的应用

表位是过敏原与抗体结合的物质基础。基于生物信息学技术的表位预测包括线性表位预测和构象性表位预测。其中线性表位预测主要是基于过敏原蛋白的理化性质进行预测;构象性表位预测主要包括基于蛋白结构信息和结合噬菌体展示技术的两大类预测。利用生物信息学技术预测食物过敏原表位主要应用在牛乳、鸡蛋、鱼、甲壳类水产动物等动物性食物过敏原和花生、大豆、小麦、果蔬类等植物性食物过敏原方面。     

质谱法分析烘焙对花生过敏原Ara h 1潜在致敏性的影响

为研究烘焙对花生过敏原Ara h 1潜在致敏性的影响,采用高离液序列盐溶液从鲜花生和烘焙花生中提取总蛋白,通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳分析烘焙前后蛋白条带变化情况,并对其中的花生主要过敏蛋白Ara h 1条带进行质谱和Swiss-Model模型分析。十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳结果显示,烘焙花生蛋白出现了大分子聚合物条带以及较多弥散状蛋白条带,说明烘焙过程中蛋白质会发生聚集,同时也可能发生降解。对鲜花生Ara h 1条带的质谱分析结果显示,检测出70 条肽段,覆盖率达到79.2%;而烘焙后其中40 条肽段未能检出,但新增1 条肽段,且覆盖率降至43.9%。全部71 个肽段涉及到Ara h 1的18 个过敏原线性表位,酶解后鲜花生中检出16 个过敏原线性表位被破坏,烘焙花生中仅发现12 个被破坏。结论：烘焙加工会破坏蛋白质高级结构,掩盖了部分酶切位点,减少了酶解对过敏原线性表位的破坏,这可能是导致烘焙加工后Ara h 1致敏性强于未加工样品的原因。     

基于耐消化肽的核桃主要过敏原Jug r 2的线性表位筛选

由于核桃Jug r 2是核桃中的主要过敏原,Jug r 2的线性表位是引发核桃过敏反应的关键因素,因此筛选Jug r 2线性表位工作是必要的.本研究利用免疫信息学中的DNAStar Protean系统和ABCpred在线工具预测Jug r 2中的B细胞线性表位.利用体外模拟胃肠消化和HPLC-MS/MS对抗消化肽段的一...     

致敏小鼠血清代替过敏患者血清筛选Jug r 1 IgE线性抗原表位的可行性研究

目的:利用核桃过敏患者和核桃过敏原Jug r 1致敏小鼠血清筛选Jug r 1的IgE线性抗原表位,比较两者所筛选的表位的差异性,为今后利用小鼠血清替代人血清筛选食物过敏原表位提供理论依据,对食物过敏原研究及治疗具有重要意义。方法:利用固相合成肽法合成44个覆盖了Jug r 1一级序列的重叠短肽,通过圆点印迹试验利用核桃过敏患者血清和核桃过敏原Jug r 1致敏小鼠血清分别筛选出IgE抗原表位。结果:核桃过敏患者可以识别的IgE结合的线性抗原表位分别是肽段~1AALLVALLFVANAAA~(15)、4LVALLFVANAAAFRT18、~(16)FRTTITTMEIDEDID~(30)及~(125)CGISSQRCEIRRSWF~(139);核桃过敏原Jug r 1致敏小鼠所识别的抗原表位分别是1AALLVALLFVANAAA15和~(125)CGISSQRCEIRRSWF~(139)。结论:通过小鼠过敏血清筛选出的两个IgE线性抗原表位存在于过敏患者血清筛选出的4个IgE抗原表位中,提示在利用致敏小鼠血清代替过敏患者血清筛选IgE抗原表位时,可能出现假阴性结果,即有部分IgE线性抗原表位没有被识别。     

利用高效液相色谱-飞行时间质谱和高效液相色谱-三重四级杆质谱检测南美白对虾的过敏原

为检测南美白对虾的过敏原,并寻找表征过敏原的特征肽段,采用测序级胰蛋白酶对南美白对虾的蛋白进行酶解,经高效液相色谱-飞行时间质谱的分离检测和数据库检索,并建立了三重四级杆多反应监测(MRM)快速检测表征过敏原肽段的方法。结果表明,南美白对虾中共检测出7种过敏原,分别为原肌球蛋白、精氨酸激酶、肌球蛋白轻链、血蓝蛋白亚基L1、血蓝蛋白亚基L2、血蓝蛋白亚基L3、肌钙蛋白C1,对应的肽段条数分别为214、16、84、145、225、163和93条。MRM结果显示,该方法灵敏度高、选择性好,为分析南美白对虾过敏原提供了参考。     

鸡蛋致敏原溶菌酶的B细胞IgG线性表位定位

目的 探究鸡蛋致敏原溶菌酶的B细胞线性表位。方法 先使用生物信息学工具对其氨基酸序列分析，预测其潜在的B细胞线性表位，同时合成覆盖其完整氨基酸序列的重叠肽，然后利用斑点杂交法（dot-blot）筛选出与抗溶菌酶兔血清IgG特异性结合的多肽片段，从而定位出溶菌酶的B细胞IgG线性表位。结果 通过生物信息学工具综合分析预测出了鸡蛋溶菌酶的4个B细胞线性表位，分别为AA18-21（DNYR）、AA39-51（NTQATNRNTDGST）、AA62-78（WWCNDGRTPGSRNLCNI）、AA109-117（VAWRNRCKG）；利用dot-blot定位出5个鸡蛋溶菌酶的B细胞IgG线性表位，分别为AA1-15（KVFGRCELAAAMKRH）、AA28-30（WVC）、AA70-78（PGSRNLCNI）、AA103-117（NGMNAWVAWRNRCKG）、AA124-126（IRG）。研究结果表明，采用生物信息学工具预测的B细胞线性表位与已知的溶菌酶的B细胞IgE线性表位的重合率达75%，与用dot-blot定位的B细胞IgG线性表位的重合率达40%，一定程度上证实了利用生物信息学预测致敏原表位的可行性，但预测结果的准确性仍需进一步验证。结论 本研究确定的溶菌酶B细胞线性表位可为进一步开展溶菌酶的精准检测和低致敏食品等研发工作提供关键的结构信息。     

蟹类水产品过敏原及其致敏性消减技术研究进展

蟹类是我国重要的经济水产品,也是诱发过敏反应的主要食物之一。因此,了解蟹类水产品过敏原种类及抗原表位,探究有效的蟹类致敏性消减技术等极为迫切。阐明蟹类水产品过敏原及其抗原表位是消减其致敏性的重要前提,概述了国内外分离鉴定的蟹类水产品过敏原,包括原肌球蛋白、精氨酸激酶、肌质钙结合蛋白、磷酸丙糖异构酶、细丝蛋白c等;总结了利用生物信息学技术、噬菌体展示技术、一珠一化合物技术等定位分析蟹类水产品过敏原的线性表位和构象表位概况。比较了辐照技术、超声技术、美拉德反应技术、酶法交联技术、微生物发酵技术等现代加工处理方法,或修饰过敏原抗原表位或破坏过敏原蛋白质结构,从而消减蟹类水产品过敏原致敏性。着重分析了蟹类水产品过敏原的未来研究趋势,提出蟹类水产品过敏原结构与致敏性的构效关系解析是该领域的研究难点;对比了物理法、化学法、生物法在蟹类水产品致敏性消减方面的优缺点,提出未来重点发展复合加工处理方式,以便更大程度地降低过敏原致敏性,从而为低致敏性的蟹类食品或生物制品的开发提供技术依据。     

食物过敏原表位定位技术的研究进展

表位是过敏原的物质基础,表位定位技术是过敏原表位研究的工具,包括表位定位和表位预测两种。新的表位定位技术主要包括噬菌体展示技术、质谱技术、表面等离子共振技术、蛋白芯片技术、核磁共振技术。相比于传统的过敏原表位定位技术,新的表位定位技术在灵敏度、准确性和快速等方面具有优势。表位预测是运用生物信息学方法对过敏原表位进行预测。本文将对新的表位定位技术在表位定位中的应用、表位预测以及相关应用进展进行阐述。     

鸡蛋卵转铁蛋白过敏原B细胞线性表位的预测研究

为预测鸡蛋过敏原卵转铁蛋白的B细胞线性表位,以GenBank中提供的鸡蛋卵转铁蛋白氨基酸序列为基础,分别用Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法和Karplus-Schulz法对鸡蛋卵转铁蛋白的抗原指数、亲水性、蛋白表面可及性及柔韧性进行预测,并用Chou-Fasman法和Deleage-Roux法预测其二级结构,综合分析以上预测结果,得出鸡蛋卵转铁蛋白可能的B细胞线性表位区。结果表明鸡蛋卵转铁蛋白存在7个潜在表位区,包括蛋白第174～181、215～222、231～240、288～294、332～344、415～429、547～555位可能为B细胞线性表位优势区域。该结果将有助于鸡蛋卵转铁蛋白B细胞表位的进一步精确定位。     

日本沼虾原肌球蛋白线性表位预测研究

本文旨在预测日本沼虾原肌球蛋白的线性表位,为相关食物过敏的识别与检测提供依据,同时为基于抗原表位的致敏性消减提供靶标。采用DNAStar软件、SOPMA、BepiPred 1.0 Server及ABCpred在线网站预测日本沼虾原肌球蛋白的B细胞线性表位,应用SYFPEITHI、NetMHCII 2.3 Server与NetMHCIIpan 3.2 Server预测T细胞表位。综合分析以上预测结果,表明日本沼虾原肌球蛋白可能的B细胞线性表位有21RADTLEQQNKEANN34、37EKTEEEIRTTQKKMQQ52、71LEEKEKA77、99LERSEERLN107、119AADESER125、134SLSDEER140、158ADRKYDE164、177ERAEERAETG186、210SEEKANQREEAYKE223、262NEKEKYK268,可能的T细胞表位有82EGEVAALNRRIQLL95、105RLNTATTKLAEAS117、165VARKLAMVEADLE177、195EELRVVGNNLKSLE208、222KEQIKTLTNKLKAA235。该结果可为继续深入开展日本沼虾过敏原基础性研究提供更精准的靶标。