基于高通量测序分析储藏稻谷中的真菌群落结构与优势菌属

目的：探究不同环境条件下储藏稻谷中真菌多样性与真菌群落结构的变化。方法：以湖南衡阳仓储稻谷为研究对象,在不同温度（10、20、25、30、40?℃）和环境相对湿度（43%、75%和85%）条件下进行模拟储藏,然后利用Illumina HiSeq高通量测序技术分析原始稻谷与不同储藏条件下稻谷中真菌菌群结构与优势菌属。结果：基于可操作分类单元的物种分类分析,原始稻谷及在不同温度、湿度条件储藏后稻谷中的真菌群落共计属于6?个门、24?个纲、67?个目、160 个科、285?个属、406?个种。从门水平看,原始稻谷与储藏后的稻谷中子囊菌门（Ascomycetes）为优势菌门,相对丰度为2.53%～96.86%;其次为担子菌门（Basidiomycetes）,相对丰度为0.02%～9.39%。从属水平上看,稻谷中的优势菌属有白僵菌属（Beauveria）、Ophiosphaerella、曲霉属（Aspergillus）、赤霉属（Gibberella）、链格孢属（Alternaria）、暗球腔菌属（Phaeosphaeria）、黑孢属（Nigrospora）、微座孢属（Microdochium）和假丝酵母属（Candida）。从种水平上看,优势的菌种为球孢白僵菌（B. bassiana）、O. agrostidis、黄曲霉（A. flavus）、黑曲霉（A. niger）、赭曲霉（A. ochraceus）、错综赤霉（G. intricans）、链格孢霉（A. longissimi）、小孢暗球腔菌（P. microscopica）、黑孢霉（N. oryzae）。通过Venn分析与主成分分析,发现原始稻谷样品与不同温、湿度条件下储藏后的稻谷样品中真菌群落多样性存在较大差异,不同温、湿度条件中的稻谷样品真菌群落多样性之间也存在差异。结论：相对湿度是影响A. flavus相对丰度的最重要因素,当相对湿度为85%时,A. flavus相对丰度在各储藏条件中达到最大。综上所述,本研究对仓储稻谷的安全储存条件的优化提供了理论支撑。     

基于高通量测序探究东北粳稻储藏期间真菌群落的演替

为探究不同初始水分的东北粳稻在模拟实仓环境储藏的条件下,稻谷中真菌群落随储藏时间的演替变化。选取水分在14.50%~15.50%的稻谷HW和13.50%~14.50%稻谷LW,进入模拟储藏实验。结果表明,在第一和第二储藏期高水分稻谷HW水分含量由15.50%降低至15.09%,低水分稻谷LW水分含量由14.21%降低至13.59%,直至第三储藏期保持平稳。基于可操作性分类单元（Operational Taxonmic Units,OTUs）的物种分类分析,两种水分的稻谷真菌群落经历了不同的演替变化。高水分稻谷在每个储藏期,真菌群落都发生了明显演替,稻瘟病菌（Magnaporthe_grisea）、金黄色蝶形担孢酵母（Papiliotrema_aurea）、弯孢菌（Curvularia_inaequalis）、黑孢霉（Neosetophoma_samararum）、汉纳酵母菌（Hannaella_sinensis）在储存结束时成为了最终的优势菌种。低水分稻谷在第二储藏期真菌群落发生明显演替,优势菌种为弯孢菌（Curvularia_inaequalis）、汉纳酵母菌（Hannaella_sinensis）、Hannaella_zeae。     

基于传统培养法和高通量测序技术分析新疆红枣中真菌多样性

目的 揭示新疆红枣中真菌多样性, 有效防控红枣病害的发生。方法 采用高通量测序技术与传统微生物培养法对红枣进行真菌群落结构分析, 利用Huang模型比较分离的有害真菌的生长。结果 高通量测序结果表明, 优势菌属为链格孢属（Alternaria）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和青霉属（Penicillium）, 传统微生物分离测序鉴定的真菌群落为曲霉属（Aspergillus）、链格孢属（Alternaria）、青霉属（Penicillium）、枝孢属（Cladosporium）和踝节菌属（Talaromyces）。在马铃薯葡萄糖琼脂培养基和红枣琼脂培养基上, 产黄青霉的生长速率最小, 赭曲霉的迟滞时间最长, 链格孢霉和黄曲霉在这两种培养基上的生长速率相关性较好。结论 红枣的主要致病菌是曲霉属和链格孢属。     

西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成分析

基于高通量测序技术对西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮细菌和真菌菌群的多样性及群落组成进行分析。结果表明,不同品种葡萄果实表皮微生物群落多样性差异明显,‘夏黑’葡萄果实表皮微生物丰富度和多样性指数最高,‘火焰无核’葡萄果实表皮最低。优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、SJA-15、劳尔氏菌属（Ralstonia）、异样根瘤菌属（Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）和阿菲波菌属（Afipia）,优势真菌属主要为球腔菌属（Mycosphaerella）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和枝顶孢属（Acremonium）。结果显示,不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成及相对丰度差异明显,说明葡萄品种影响葡萄果实表皮微生物群落结构组成。     

应用高通量测序技术检测小麦储藏过程中真菌群落的变化

通过高通量测序技术研究仓储小麦中真菌群落的变化规律及影响因素,为小麦仓储条件优化提供参考。结果表明,仓储小麦中真菌污染以链格孢霉、曲霉、枝孢霉为主,其中曲霉属测得11个种,是物种多样性最高的属。结果表明,小麦储藏时间可能对其中真菌群落有较大的影响,储存1、2、3 a的小麦真菌群落有各自的特征真菌。小麦在仓库中的储藏方位可能与其中的真菌群落关系较小。储存深度对小麦真菌群落有影响,其中粪壳菌纲的微生物随着储藏深度的增加而丰度变低。河南和黑龙江两地的仓储小麦真菌群落差异较大。本研究可以为仓储小麦中真菌群落的发生演变模型的建立提供基础数据支持,为仓储小麦真菌控制提供可行方案。     

基于高通量测序技术分析不同地区自然陈化广陈皮表面微生物群落多样性

采用高通量测序技术对不同地区自然陈化1年广陈皮表面微生物群落多样性进行分析,比较群落结构的差异。结果表明,不同地区自然陈化1年广陈皮微生物丰富度和多样性差异不显著（P＞0.05）,群落结构相似,但相对丰度存在差异。北京地区优势细菌属为Methylocella、苔藓杆菌属（Bryobacter）等,优势真菌属为短梗霉属（Aureobasidium）、炭疽菌属（Colletotrichum）等;四川地区优势细菌属为甲基杆菌属（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳球菌属（Lactococcus）等,优势真菌属为Symmetrospora、曲霉属（Aspergillus）等;广东地区优势细菌属为Rubellimicrobium、乳杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌属为假尾孢属（Pseudocercospora）、毛壳菌属（Chaetomium）等;云南地区优势细菌属为罗尔斯顿菌属（Ralstonia）、Glutamicibacter等,优势真菌属为平脐疣孢属（Zasmidium）、拟暗球腔菌属（Phaeosphaeriopsis）等。     

基于高通量测序解析不同品种蓝莓表面菌群结构的多样性

为了解蓝莓果实表面真菌菌群多样性,明确不同品种蓝莓表面的优势菌群,采用高通量测序技术分析北陆、蓝金、莱克西、奥尼尔蓝莓中ITS1区基因序列,比较不同品种蓝莓表面微生物群落结构组成及多样性差异。结果发现:蓝莓主要的优势属为枝孢属、链格孢属;优势种为枝孢菌、链格孢、枝孢霉。由Simpson指数可知微生物群落丰度及群落多样性由高至低为莱克西、北陆、奥尼尔、蓝金。不同品种蓝莓表面的菌群结构与品种存在一定的聚类关系:北陆和莱克西群落结构相似度较高,而其它样品间微生物群落差异较大,各品种蓝莓表面的主要菌落相对丰度差异较大,枝孢菌、链格孢、枝孢霉为主要差异菌种。研究初步明确了蓝莓表面菌群结构的多样性,为保证蓝莓贮藏期间的品质安全提供一定的理论支持。     

酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中真菌多样性分析

该研究应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中真菌多样性,并阐明其优势真菌群落结构及其随酿造工艺动态变化。结果表明,在酒曲中主要优势菌有曲霉属（Aspergillus）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）;堆积发酵酒醅中主要优势菌有拟青霉属（Paecilomyces）、念珠菌属（Candida）;窖内发酵酒醅中主要优势菌有嗜热子囊菌属（Thermoascus）、嗜热真菌属（Thermomyces）;窖泥中主要优势菌有假霉样真菌属（Pseudallescheria）、镰刀菌属（Fusarium）。同一酒厂和不同酒厂新老车间酒曲、堆积发酵、窖内发酵、窖泥之间真菌组成相似度较高,但其优势菌群丰度差异显著。发酵车间使用年限及窖龄影响着酿酒微生物多样性;使用时间长的车间和窖池其环境微生物种群结构更稳定,优势菌群更突出。     

西藏产区葡萄表皮及根际土壤真菌群落结构组成分析

为探究西藏地区葡萄表皮及根际土壤真菌群落结构组成,采用高通量测序技术对西藏芒康和林芝地区葡萄表皮及根际土壤样品进行真菌群落多样性分析。结果表明,芒康葡萄根际土壤（MS）真菌多样性最高,林芝葡萄（LG）真菌多样性最低。在门分类水平上,2个地区样品中的优势类群均为子囊菌门（Ascomycota）,其相对丰度为76.06%～99.60%;在属分类水平上,不同样品中的优势菌群不同,林芝葡萄（LG）和芒康葡萄（MG）表皮样品中的优势菌属分别为枝孢属（Cladosporium）和汉逊酵母属（Hanseniaspora）,其相对丰度分别为64.43%和31.59%,而林芝（LS）和芒康（MS）葡萄根际土壤样品中的优势菌属分别为镰胞菌属（Fusarium）和被孢霉属（Mortierella）,其相对丰度分别为50.02%和20.16%;主成分分析表明,不同样品中真菌群落结构组成差异较大,不同地区葡萄表皮和根际土壤真菌群落结构组成相似;冗余分析表明,土壤中总钾（TK）、pH、总氮（TN）、总磷（TP）和速效氮（AN）对真菌群结构组成影响较大,而土壤电导率（EC）和有机质（SOM）影响不明显。综上所述,葡萄表皮和根际土壤富含丰富的真菌微生物,且不同地区样品间群落结构组成相似。西藏葡萄表皮及根际土壤微生物多样性的研究为开发本地特色微生物提供了理论依据。     

烟草角斑病叶际微生物群落结构与多样性分析

为揭示烟草角斑病叶际微生物群落结构和多样性，采用高通量测序技术研究感角斑病与健康烟叶叶际细菌和真菌群落结构和多样性间的差异。结果表明，感病和健康烟叶叶际细菌主要分布于厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和变形菌门（Proteobacteria）；真菌主要分布于子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上，感病烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、黄杆菌属（Xanthomonas）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、泛菌属（Pantoea）和属水平未分类的根瘤科（unidentified＿Rhizobiaceae）；优势真菌属为小不整球壳属（Plectosphaerella）、亚格孢壳属（Didymella）、赤霉菌属（Gibberella）和链格孢属（Alternaria）。健康烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属、泛菌属和甲基杆菌属；优势真菌属为小不整球壳属、亚格孢壳属、枝孢霉属（Cladosporium）和B...     

不同储藏期浓香型白酒大曲的微生物多样性分析

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术分析不同储藏期赊店老酒浓香型白酒大曲的微生物多样性。结果表明,从3个储存期的大曲样品中共检测到26个细菌属和13个真菌属,其中共有优势细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、肠杆菌属（Enterobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）;共有优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、毕赤酵母属（Pichia）、曲霉菌属（Aspergillus）、耐碱酵母属（Galactomyces）。不同储存期大曲样品群落组成相似,但其优势菌群的相对丰度差异明显。从微生物的菌属特性、平衡角度分析,储存期为6月的大曲更适合投入白酒生产。此外,首次从浓香型白酒大曲中发现耐碱酵母属（Galactomyces）、Arachniotus、norank_c_Cyanobacteria、Escherichia-Shigella、土孢杆菌属（Terrisporobacter）、norank_f_Bacteroi- dales_S24-7_group、Ruminococcaceae_UCG-005和Rikenellaceae_RC9_gut_group。     

房式仓储藏对进口大豆真菌群落多样性的影响

为探究房式仓储藏对进口高油大豆真菌群落多样性的影响,以当年收获的高油大豆为实验材料在房式仓中过夏储藏3个月后,定期取样测定水分,并利用IlluminaMiseq高通量测序技术分析原始状态和其他储藏阶段大豆中真菌群落状态。结果表明,不同储藏时期的大豆样品中的真菌群落共计属于4个门,9个纲,14个目,15个科,21个属,19个种。大豆在不同储藏时期的4个优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、羊肚菌门(Mortierellomyco)、毛霉菌门(Mucoromycota)。在种的水平上进行分类统计分析发现,相对丰度较高的10个菌种在数量上均呈现随着储藏时间的延长而有不同程度增加的趋势(C47>B47>A47),并发现了1种有害真菌赤霉菌。通过Ven图分析和Beta多样性分析发现,在房式仓中储藏的前两个储藏期的大豆样品中真菌群落结构具有较高的相似度,而到了第三储藏期与前两者真菌群落结构差异较大,说明到了第三储藏期大豆中的真菌群落不仅多样性显著增加,结构也发生了明显演替。     

Illumina MiSeq高通量测序分析红谷黄酒酒曲微生物菌群多样性

采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌种为紫红曲霉（Monascus purpureus）、黑曲霉（Aspergillus niger）等;大曲中优势细菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）等,优势真菌种为嗜热子囊菌（Thermoascus aurantiacus）、黄曲霉（Aspergillus flavus）、疏绵状嗜热丝孢菌（Thermomyces lanuginosus）等;小曲中优势细菌属为魏斯氏菌属、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）等,优势真菌种为少根根霉菌（Rhizopus arhizus）、热带假丝酵母（Candida tropicalis）、异常威克汉姆酵母（Wickerhamomyces anomalus）等。     

不同水分稻谷中真菌群落结构及多样性的差异分析

以不同水分含量的新收获东北早粳稻稻谷作为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序,分析二者真菌群落结构及多样性的差异,探究入仓储藏前不同水分稻谷真菌群落的原始状态。结果表明：根据97%的序列相似性水平,两种水分稻谷样品中的真菌群落共计属于2个门、26个纲、51个目、85个科、112个属、188个种。在门的水平上,两种水分的稻谷中真菌群落的优势菌门为子囊菌门Ascomycota和担子菌门Basidiomycota。在属的水平上,高水份稻谷中含量较高的为隐球菌属Cryptococcus 0.07%、Papiliotrema 3.81%,但在低水分稻谷中含量较低。通过Ven分析与PCA分析发现不同水分稻谷中尽管存在大量相同物种,但物种间丰富度存在差异,且高水分稻谷中存在的真菌菌种在种类和数量上要高于低水分稻谷。两组水分稻谷中具有显著差异的特征菌属如Filobasidium、Sarocladium、Mycosphaerella,对此可以通过降低稻谷水分来抑制其生长。综上,该研究对稻谷进入仓储前的水分控制提供了理论支撑。     

冷等离子体对果蔬冷库微生物群落的影响

以0 ℃果蔬冷库中的空气为研究对象,采用高通量测序技术分析了冷等离子体处理对果蔬冷库细菌和真菌微生物群落组成与多样性的影响,构建了微生物共生网络。结果表明:冷等离子体循环处理30 d后,冷库空气中细菌和真菌总数量由480 CFU/m3降为了44 CFU/m3,细菌和真菌群落的α多样性也显著降低;主坐标分析和多元方差分析表明处理前后细菌群落和真菌群落的组间差异显著;处理前的优势细菌属为芽孢杆菌属（Bacillus）、从毛单孢菌属（Comamonas）和醋酸杆菌属（Acetobacter）,优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、曲霉属（Aspergillus）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、Rasamsonia、青霉菌属（Penicillium）、威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）和红菇属（Russula）;处理后醋酸杆菌属（Acetobacter）细菌及上述优势真菌属均显著降低。共生网络分析表明,细菌中Sedimentibacter与其他物种存在强烈的正相关性,复膜孢酵母属、嗜热子囊菌属、Rasamsonia和威克汉姆酵母属为真菌网络中的关键节点,相互之间存在强烈的正相关性。本文研究结果表明,冷等离子体处理可以显著降低果蔬冷库环境中微生物群落多样性,可以有效杀灭植物病原菌及致病菌,在果蔬冷库贮藏中有良好的应用前景。     

红曲米醋制曲过程中微生物群落演替及其对生化指标的影响

通过高通量测序对红曲米醋红曲制曲过程中微生物群落多样性进行分析,结合红曲的糖化力、液化力等生化指标,采用典范对应分析（CCA）深度解析微生物群落演替对红曲生化指标的影响。结果显示,分别获得16个真菌属菌株和16个细菌属菌株,主要真菌有曲霉属（Aspergillus）（相对丰度为0.36%～66.79%）、酿酒酵母属（Saccharomyces）（相对丰度为14.77%～47.80%）、红曲霉属（Monascus）（相对丰度为11.28%～41.09%）,随着制曲时间增加,优势真菌由Saccharomyces、Monascus逐渐变为Aspergillus;细菌中乳酸菌（Lactobacillus）为优势菌（相对丰度为63.54%～94.98%）,且随着制曲时间的增加,呈先增后降趋势。CCA分析结果表明,真菌中Aspergillus、Penicillium对红曲生化指标的影响起主要作用,细菌属对红曲生化指标影响甚微。     

石花清香型白酒大茬和二茬酒醅真菌类群的比较

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对襄阳地区清香型白酒大茬和二茬酒醅中的真菌群落结构及多样性进行对比分析。结果表明,大茬酒醅中真菌菌群的丰富度和多样性均高于二茬酒醅,且2种酒醅真菌类群存在明显的差异。2种酒醅共有134个核心OTU,在门水平上,2种酒醅的优势真菌门均为子囊菌门（Ascomycota）,平均相对含量分别为99.82%和99.97%。在属水平上,大茬酒醅中优势真菌属为热子囊菌属（Thermoascus）（33.77%）、腹膜孢酵母属（Saccharomycopsis）（22.60%）、酵母属（Saccharomyces）（13.51%）、Leiothecium（9.34%）、曲霉菌属（Aspergillus）（4.19%）和汉逊酵母属（Hanseniaspora）（1.62%）,二茬酒醅中优势真菌属为Saccharomyces（84.64%）、Saccharomycopsis（1.42%）和Thermoascus（1.30%）。由此可见,虽然共有部分真菌类群,但2种酒醅真菌群落结构存在明显的差异。     

再造烟叶生产过程物料微生物群落结构分析

为分析造纸法再造烟叶生产过程微生物的多样性及其分布与变化情况,以再造烟叶生产过程各物料为研究对象,采用Illumina高通量测序技术对25个物料样品的细菌16S rRNA V3-V4区和真菌ITS序列进行测序分析,获得了生产过程物料细菌和真菌丰度及群落组成情况。结果表明:①再造烟叶生产过程物料中共检测出393个细菌属和165个真菌属,其中优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假丝酵母属（Candida）和曲霉属（Aspergillus）;②生产过程不同物料微生物群落多样性和结构存在明显差异,聚类分析显示细菌属多样性和结构变化相对较小而真菌属变化相对较大;③从萃取到制涂布液过程中,细菌乳杆菌属（Lactobacillus）相对丰度逐渐增加,而真菌假丝酵母属（Candida）相对丰度总体逐渐降低。