基于高通量测序解析四川晒醋固态发酵过程中细菌群落变化

本文以四川晒醋固态发酵过程的醋醅为研究对象,采用高通量测序分析其细菌群落结构及其丰度。结果表明,在整个发酵过程中,醋醅中的细菌群落共包括166个属。当发酵第15 d时,经可操作分类单元（operational taxonomic units, OTUs）分析共得到11个门、14个纲、36个目、45个科和79个属;通过UPGMA聚类分析初步探索了糖化、酒精发酵和醋酸发酵同池发酵的分界节点,即第1~3 d为发酵初期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌（Weissella）;第5~11 d为发酵中期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）,在发酵第7 d时细菌的丰富度和多样性达到最高值;第13~17 d为发酵后期,其优势细菌为醋杆菌属（Acetobacter）、贪铜菌属（Cupriavidus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）。本研究揭示了晒醋固态发酵过程中细菌群落演替,为进一步研究晒醋发酵过程中微生物群落结构奠定了基础。     

山西陈醋发酵过程微生物群落动态分析及差异菌属筛选

本研究利用高通量测序对山西陈醋发酵过程中的微生物群落组成进行了探讨,并分析了酒精发酵和醋酸发酵这两大发酵阶段的菌群变化。结果表明,对于细菌群落结构,醋曲（R1）、酒精发酵阶段（R2）和醋酸发酵阶段（R3）中的主要菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,R1中的主要优势菌属为魏斯氏菌属（Weissella）,R2中主要优势菌属起初为魏斯氏菌属（Weissella）,发酵后期逐渐乳杆菌属（Lactobacillus）占优势,R3中占绝对优势的菌属由最初的乳杆菌属（Lactobacillus）转变为醋杆菌属（Acetobacter）,对于真菌群落结构,R1、R2和R3中的主要菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,R1中的主要优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,曲霉属（Aspergilus）和米勒酵母属（Millerozyma）,R2中处于绝对优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,且在此阶段呈上升趋势,R3中伊萨酵母属（Issatchenkia）仍然是主要菌属,在此阶段呈现出先上升后下降的趋势,相对丰度最高达到81.3%。R2与R3有6个显著差异菌属,分别为葡萄球菌属（Staphylococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、土芽孢杆菌属（Geobacillus）和曲霉属（Aspergillus）。综上,山西陈醋不同发酵阶段的微生物群落结构具有差异性,并随着发酵进行不断变化。     

Illumina MiSeq高通量测序分析红谷黄酒酒曲微生物菌群多样性

采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌种为紫红曲霉（Monascus purpureus）、黑曲霉（Aspergillus niger）等;大曲中优势细菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）等,优势真菌种为嗜热子囊菌（Thermoascus aurantiacus）、黄曲霉（Aspergillus flavus）、疏绵状嗜热丝孢菌（Thermomyces lanuginosus）等;小曲中优势细菌属为魏斯氏菌属、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）等,优势真菌种为少根根霉菌（Rhizopus arhizus）、热带假丝酵母（Candida tropicalis）、异常威克汉姆酵母（Wickerhamomyces anomalus）等。     

冷等离子体对果蔬冷库微生物群落的影响

以0 ℃果蔬冷库中的空气为研究对象,采用高通量测序技术分析了冷等离子体处理对果蔬冷库细菌和真菌微生物群落组成与多样性的影响,构建了微生物共生网络。结果表明:冷等离子体循环处理30 d后,冷库空气中细菌和真菌总数量由480 CFU/m3降为了44 CFU/m3,细菌和真菌群落的α多样性也显著降低;主坐标分析和多元方差分析表明处理前后细菌群落和真菌群落的组间差异显著;处理前的优势细菌属为芽孢杆菌属（Bacillus）、从毛单孢菌属（Comamonas）和醋酸杆菌属（Acetobacter）,优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、曲霉属（Aspergillus）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、Rasamsonia、青霉菌属（Penicillium）、威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）和红菇属（Russula）;处理后醋酸杆菌属（Acetobacter）细菌及上述优势真菌属均显著降低。共生网络分析表明,细菌中Sedimentibacter与其他物种存在强烈的正相关性,复膜孢酵母属、嗜热子囊菌属、Rasamsonia和威克汉姆酵母属为真菌网络中的关键节点,相互之间存在强烈的正相关性。本文研究结果表明,冷等离子体处理可以显著降低果蔬冷库环境中微生物群落多样性,可以有效杀灭植物病原菌及致病菌,在果蔬冷库贮藏中有良好的应用前景。     

浓香白酒发酵过程中酒醅微生物结构分析

酒醅中微生物结构对白酒发酵有着重要作用,通过对两个基酒品质风格差异较大的浓香车间进行发酵过程酒醅微生物结构剖析,发现不同车间的微生物结构差异相对较小,其中两车间共有的原核微生物分别占各自原核微生物种类的88.2%和70.1%,共有的真核微生物分别占各自真核微生物种类的82.1%和78.2%。不同发酵阶段的微生物结构差异相对较大,在发酵前期主要以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、根霉属(Rhizopus)、复膜孢酵母属(Saccharomycopsis)和曲霉属(Aspergillus)等为主,发酵中后期以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、醋酸杆菌属(Acetobacter)、酵母菌属(Saccharomyces)等为主。     

不同储藏期浓香型白酒大曲的微生物多样性分析

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术分析不同储藏期赊店老酒浓香型白酒大曲的微生物多样性。结果表明,从3个储存期的大曲样品中共检测到26个细菌属和13个真菌属,其中共有优势细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、肠杆菌属（Enterobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）;共有优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、毕赤酵母属（Pichia）、曲霉菌属（Aspergillus）、耐碱酵母属（Galactomyces）。不同储存期大曲样品群落组成相似,但其优势菌群的相对丰度差异明显。从微生物的菌属特性、平衡角度分析,储存期为6月的大曲更适合投入白酒生产。此外,首次从浓香型白酒大曲中发现耐碱酵母属（Galactomyces）、Arachniotus、norank_c_Cyanobacteria、Escherichia-Shigella、土孢杆菌属（Terrisporobacter）、norank_f_Bacteroi- dales_S24-7_group、Ruminococcaceae_UCG-005和Rikenellaceae_RC9_gut_group。     

一种调味白酒发酵过程中微生物菌群结构及代谢研究

为进一步探究调味白酒发酵机理,该文采用高通量测序和常规理化分析技术探究其发酵过程中糟醅微生物群落结构及其与理化指标间的关系,以及不同层糟醅之间的差异和代谢情况。结果表明,随着发酵的进行,细菌群落的丰度和多样性先增加后逐渐减少,真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。在同一发酵期,不同层糟醅微生物之间丰度和多样性差异不显著(P>0.05);而在发酵过程中差异显著(P<0.05)。醋杆菌属(Acetobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)等为优势细菌;伊萨酵母属(Issatchenkia)、丝衣霉属(Byssochlamys)、毕赤酵母属(Pichia)等为优势真菌。相关性分析显示,淀粉和还原糖含量与Acetobacter、Bacillus、Byssochlamys等呈正相关,与Trichomerium、Pichia等呈负相关。水分和酸度与Lactobacillus、Issatchenkia、Pichia等呈正相关,与Acetobacter、Bacillus、Byssochlamys、Monascus等呈负相关。细菌涉及代谢、遗...     

晴隆酸菜发酵过程中微生物菌群多样性动态分析

利用高通量测序的方法,对晴隆酸菜四个发酵时期（T1、T2、T3、T4）微生物多样性、群落结构进行动态分析。结果表明,参与发酵的细菌有24门262属,真菌有7门131属;微生物群落多样性随着发酵的进行呈下降趋势,发酵末期的微生物群落多样性最低、微生物种属数量最少;发酵前中期微生物群落结构不稳定相似性较低,而发酵末期微生物群落结构稳定相似性较高;四个发酵时期的酸菜中存在着优势菌属的消长变化,总发酵过程中微生物优势菌属为5个细菌属：魏斯氏菌（Weissella）、乳酸杆菌（Lactobacillus）、明串珠菌（Leuconostoc）、鞘脂单胞菌（Sphingomonas）、根瘤菌（Rhizobium）,9个真菌属：Sampaiozyma、枝孢菌（Cladosporium）、掷孢酵母（Sporobolomyces）、Vishniacozyma、附球菌（Epicoccum）、Plectosphaerella、Filobasidium、红酵母（Rhodotorula）、枝顶孢（Acremonium）。     

基于高通量测序技术分析南方清香型白酒大曲的微生物多样性

利用高通量测序技术对不同香型大曲及南北两地清香型大曲中微生物菌群结构进行分析比较。结果表明，南方清香型白酒大曲的细菌以芽孢杆菌属（Bacillus)为优势菌群，其次以魏斯氏菌属（Weissella)、片球菌属（Pediococcus)及其他乳酸菌（Lactobacillus)为主要菌群；真菌优势菌种为覆膜孢酵母属(Saccharomycopsis)，其次是弯曲假丝酵母(Apiotrichum)、伊萨酵母属(Issatchenkia)、异常威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)等；霉菌以曲霉属(Aspergillus)占比最多。微生物群落由于制曲工艺不同与高温、中高温大曲有较为明显的差别，南北两地清香型白酒大曲的细菌真菌优势菌属均一致，但南方清香型白酒大曲中各类乳酸菌属与酵母属较北方清香型大曲丰富。     

扣囊复膜孢酵母CICC 33077对芝麻香白酒高温大曲微生物群落结构和功能特性的影响

扣囊复膜孢酵母是白酒酿造中重要的功能性微生物。为探究扣囊复膜孢酵母在高温大曲制备过程中的具体作用机制，该研究采用扫描电镜观察了大曲内部结构，采用宏基因组测序和生物信息学分析技术比较分析扣囊复膜孢酵母强化大曲和对照大曲在微生物群落结构、物质代谢方面的异同。实验结果表明，经扣囊复膜孢酵母CICC 33077强化的高温大曲内部结构疏松，微生物数量较多。在微生物群落结构方面，扣囊复膜孢酵母CICC 33077的强化增加了高温大曲中复膜孢酵母属(Saccharomycopsis)、酵母菌属(Saccharomyces)和乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、片球菌属(Pediococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)等功能乳酸菌的丰度。在功能特性方面，扣囊复膜孢酵母的强化整体提升了高温大曲的代谢活力，增加了淀粉代谢酶的数量。可见扣囊复膜酵母菌的强化会改变高温大曲的微生物群落结构进而影响体系中的微生物代谢。     

夏冬两季青稞酒发酵过程中酒醅微生物菌群多样性分析

运用高通量测序技术(high-throughput sequencing)研究夏冬两个季节青稞酒醅发酵过程中的微生物菌群结构和生物多样性。结果显示,在青稞酒醅发酵过程中,夏季酒醅细菌种群多样性要高于冬季,而夏季真菌种群多样性低于冬季;真菌属水平上,夏季微生物组成比冬季更为丰富,在发酵过程中,夏季的青稞酒醅中Pichia、Komagataella占优势,冬季主要有Saccharomycopsis、Saccharomyces、Pichia,且在整个发酵过程中占比均衡;在细菌属水平上,夏季酒醅中的细菌组成较冬季单一,在发酵起始Weissella和Pantoea的数量占优势,随着发酵的进行,从5d开始Lactobacillus逐渐增加并在发酵后期取代其他细菌占主导地位。实验结果表明季节差异对青稞酒醅发酵过程中微生物的组成及群落结构的演替影响显著。     

酱块发酵过程中真菌和细菌群落的演替

豆酱是中国传统的发酵豆制品。酱块制作是豆酱发酵的前期阶段,为后期发酵提供丰富的微生物和酶制剂,对豆酱的品质至关重要。为了探究自然发酵豆酱酱块发酵过程中微生物多样性,采用第二代测序Illumina MiSeq方法对采集自开原的4个不同发酵阶段的酱块样品进行微生物多样性分析。结果表明:在属级水平上,共鉴定出21个真菌分类群,其中毛霉菌(Mucor)、青霉菌(Penicillium)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)和根霉菌(Rhizopus)为优势类群;细菌共鉴定出40个细菌分类群,其中乳杆菌(Lactobacillus)、魏斯氏菌(Weissella)和肠球菌(Enterococcus)为优势类群。豆酱酱块中多样性的真菌和丰富的细菌在发酵过程中可能共同发挥特定的作用。本研究阐明了传统发酵豆酱酱块的微生物群落特征,揭示了传统酱块发酵过程中真菌和细菌的群落演替,为豆酱发酵过程控制奠定了理论基础。     

苹果酵素发酵过程中微生物群落与风味物质的相关性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序和高效液相色谱及气相色谱-质谱联用法分别监测苹果酵素发酵过程中微生物多样性和风味物质的动态变化,并通过双向正交偏最小二乘回归（O2PLS）法模拟微生物与风味物质间的相关性。结果表明,微生物菌群的丰富度和多样性随着苹果酵素发酵时间的延长逐渐升高。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和子囊菌门（Ascomycota）占绝对优势;在属水平上,泛菌属（Pantoea）、肠杆菌属（Enterobacter）、酒球菌属（Oenococcus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、假单胞菌属（Pseudomonas）、梨孢菌属（Magnaporthe）和柱隔孢属（Ramularia）的相对丰度较高。每个发酵阶段都有标志性的差异物种。22个细菌属和14个真菌属对7种有机酸、18种氨基酸和91种挥发性风味物质的影响较大,其中醋杆菌属（Acetobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、链球菌属（Streptococcus）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）与苹果酵素中风味物质的形成高度相关。     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析。结果表明，样品中共检测出35 个门、378 个属的细菌和4 个门、38 个属的真菌。优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉菌门（Mucoromycota）。小曲白酒发酵过程中菌群结构不断发生变化，发酵前2 d细菌优势菌属为不明立克次体菌属（unidentified Rickettsiales），发酵3 d后的绝对优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）直至发酵结束。真菌优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）、根霉属（Rhizopus）、酵母菌属（Saccharomyces）和曲霉属（Aspergilus）。随着发酵时间延长，根霉属和曲霉属相对丰度都在降低，而酵母菌属在发酵第2天后其相对丰度在不断提高并成为优势菌。本研究揭示了复配小曲白酒酿造发酵过程中微生物群落多样性及变化规律，为复配小曲白酒的生产提供理论支持。     

酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性分析

该研究应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性,并阐明其优势真菌微生物群落结构及其随酿造工艺动态变化。结果表明,在酒曲中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）;堆积发酵中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、变形菌纲（Proteobacteria）;在窖内发酵中乳杆菌属（Lactobacillus）占绝对优势;窖泥中主要优势菌有放线菌（Actinomyces）和乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。同一酒厂和不同酒厂新老车间酒曲、堆积、窖内发酵、窖泥之间细菌组成相似度较高,但其优势菌群丰度差异显著。发酵车间使用年限及窖龄影响着酿酒微生物多样性;使用时间长的车间和窖池其环境微生物种群结构更稳定,优势菌群更突出。