葡萄根癌病基因测序即将完成

<正>葡萄根癌病(Crown gall disease)又称冠瘿病,是一种细菌性病害,会使葡萄根部形成菜花样的肿瘤状物,影响根系对养分的吸收,对葡萄造成严重危害。美国纽约《记事报》(Chronicle Express)报道称,罗切斯特理工学院(Rochester Institute of Technology,N.Y.)的研究团     

厌氧氨氧化快速启动及微生物群落演替研究

在序批式反应器(SBR)中分别添加彗星式丝状纤维滤料和Kaldnes填料组成序批式生物膜反应器(SBBR)R1和R2,接种城市污水处理厂二沉池回流浓缩污泥,旨在探求添加不同生物填料和接种普通污泥对快速启动厌氧氨氧化反应器的影响。结果表明,R1仅历时39d成功启动厌氧氨氧化,NH_4~+-N、NO_2~--N及TN去除率分别为98.0%、88.2%及82.3%;成功启动初期,化学计量比平均值为1:1.28:0.22,接近理论值1:1.32:0.26;稳定运行期间,高通量测序结果表明,浮霉菌门(Planctomycetes)相对丰度从1.97%增至60.06%,而变形菌门(Proteobacteria)从65.75%降至15.19%,Candidatus_Jettenia为主要菌属,丰度最高,占比为45.36%,是反应器内唯一的厌氧氨氧化菌,SM1A02属占比达到13.11%,实现了快速高效富集。R2培养111d后未成功启动厌氧氨氧化。     

一种5 重real-time PCR筛查转基因水稻方法的建立

以转基因水稻中最常用的CaMV35S启动子、NOS终止子、Cry1Ab/Ac基因、HPT基因及SPS水稻内标基因为研究对象，利用5 种不同的荧光信号（FAM、HEX、Taxas Red、Cy5、Cy5.5）进行多重实时聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction，real-time PCR）检测方法的研究。通过引物组合筛选、反应体系优化、特异性测试、灵敏度测试、适用性测试等一系列实验，建立了5 重real-time PCR方法，灵敏度可达0.032%。此方法具有灵敏度高、结果准确、通量大等优点，可实现水稻中转基因成分的快速、高效检测。     

微通道电泳芯片系统中信号识别算法的设计与实现

介绍适用于微通道电泳芯片系统的DNA测序软件的总体流程，以及其中的信号处理与识别算法。以激光诱导荧光检测系统所采集到的原始数据为源信号，以小波平滑和小波去噪为理论基础，将滤波算法和峰值识别算法综合在一起进行设计，从而使其适用于检测速度更快、样品量更少的微通道电泳芯片系统。将本算法应用于DNA片段的分离实验中，可以有效地达到滤波以及信号识别的目的。     

生物学文献挖掘

1引言随着高通量生物技术的发展,生物学的实验手段和研究方法均发生了巨大的变革,由此带来的领域内实验数据的“指数性”增长,数据的存储与传输,数据的处理、理解与应用等一系列问题,得到了来自数学,化学,药学,统计学,计算机科学等领域专家的广泛关注并取得了大量成果。生物学文献作为成果展示和学术交流的主要方式之一,其数目之大,增长速度之快远远超过了其他学科领域。隶属于美国国家生物技术信息中心的文献摘要库MEDLINE,是世界上最大的、最具权威性的著名生物医学文献数据库,收集了全世界4800多种生物学及医学杂志上1500万余篇文献信…     

筛查基因突变的新技术——循环双脱氧指纹图谱法及其应用

建立了适用于大批量标本基因突变筛查的双脱氧指纹图谱法即ｄｄＦ。该技术民测定ＤＮＡ序列的双脱氧末端终止法及ＳＳＣＰ二者长处于一身，即只作一个双脱氧末端终止反应，然后将反应产物在与ＳＳＣＰ相同的电泳条件下进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，这样有突变的样品不会漏检，阳性检出率高达１００％。     

大凌河流域典型水生植物微生物群落吸附特征试验分析

本文采用高通测序方法对大凌河流域五刺金鱼藻、格菱、狐尾藻、水蓼及芦苇5种水生植物不同季节的微生物群落进行试验分析,分析表明:藻类密度在沉水植物表层要高于浮叶植物表层,微生物群落在浮叶植物根部的结构与其表面存在明显差异。各水生植物的优势生物群落依次为变形菌、梭菌、柔膜菌、鞭脂杆菌、杆菌、疣微菌门,且各微生物群落在季节丰度上存在明显差异性。由此可见,水环境对生物群落的影响要高于植物类型。研究成果可为大凌河流域生态修复工程提供重要理论依据。     

基于流式细胞仪和高通量测序技术联用的超微藻检测方法

了解超微藻结构的动态变化规律有利于更好的评估水体水质情况,然而由于现有技术手段和表征方法的限制,对超微藻检测的准确性还较低.提出综合运用流式细胞仪和高通量测序技术,实现超微藻检测方法体系的构建和运用,对超微藻细胞进行定性和定量分析.以上海金泽水库水体样本为试验材料,验证此方法具有可行性,能够有效提高超微藻检测的准确性.     

污染物的生物催化降解研究进展

在生物催化和生物降解中微生物反应起了关键的作用。近来，与环境有关的细茵的基因组测序揭示了以前未被怀疑过的代谢潜能可以被开发利用。与细菌的生物降解能力相协调，细菌对污染物的趋化性可能归因于细茵与环境中其他生物体竞争能力以及有效修复能力。除了对有机污染物的生物矿化作用，某些细菌还能固定被污染蓄水层中的有毒重金属，从而进一步阐明了微生物转化污染物的潜能。     

不同时期排泥对培养SBBR生物膜的影响

序批式生物膜反应器（sequencing biofilm batch reactor, SBBR）是应用广泛的污水处理方法。为探究不同时期排泥对SBBR污染物去除效果与微生物群落结构的影响，本研究设置了挂膜初期、中期和后期进行排泥的反应器处理生活污水，同时结合16S rDNA高通量测序技术对微生物群落结构进行分析，并采用机器学习（machine learning, ML）的方法，在传统的微生物优势种分析基础上，对测序数据进行深度挖掘，寻找造成组间差异的关键物种。水质测定结果显示，COD去除效果在不同时期排泥的SBBR间没有明显差异，出水COD均低于30mg/L。挂膜中期排泥的SBBR的NH₃-N去除率先达到稳定且高于前期和后期排泥的系统。高通量测序结果显示，各SBBR中微生物优势种均以降解有机物的物种为主。挂膜中期排泥的SBBR中，ML筛选得到的NH₃-N去除相关物种（Hydrogenophaga、Gemmata和Nitrospira）与差异关键物种丰度更高，微生物群落结构稳定性更强，可从微生物层面解释分析SBBR污染物去除效果的差异。