天山根瘤菌(R.tianshanense)模式菌株16SrDNA全序列测定及其系统发育

对天山根瘤菌群的模式株A－IBS（＝CCBAU3306）16SrDNA的全序列进行了测定，以确定它在系统发育中的地位。实验中设计了6个引物，通过聚合酶链反应扩增天山根瘤菌模式菌株A－IBS的16SrDNA。应用DNA定向测序技术，获得了菌株A－IBS的16SrDNA全序列，将所得序列与根瘤菌已知种的模式菌株16SrDNA全序列一起进行聚类分析，得到了系统发育树状图。在树状图中，菌株A－IBS所代表的根瘤菌群与华癸根瘤菌（R．huakuu）群、鹰嘴豆根瘤菌（R.ciceri）群、地中海根瘤菌（R．mediterrranean）群及百脉根根瘤菌（R．loti）群的亲缘关系较近，与其它根瘤菌群的亲缘关系较远，存在着属水平的差异，表明了这些相近根瘤菌群构成了根瘤菌的一个独立的发育系。     

基于ITS-1基因序列探讨许氏帆蚌和三角帆蚌的分类地位

测定并比较了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)和许氏帆蚌(Hyriopsis schlegerii)的ITS-1序列,以背瘤丽蚌(Lamprotula leai)为外类群,利用PHYLIP3.65软件中的最大简约法和邻接法构建了它们的系统发育树。结果表明,许氏帆蚌和三角帆蚌没有表现出种间差异,应属于同一物种。     

牙鲆鱼肠道鼠李糖乳杆菌P15的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对1株分离自健康牙鲆鱼肠道固有菌群的乳杆菌P15进行分子鉴定.[方法]利用PCR技术测定该菌株的16S rRNA基因序列,然后在GenBank中进行相关细菌相应序列的同源性比对,利用MEGA(4.0)软件进行系统发育学分析.[结果]获得了该菌株的16S rRNA基因序列(登录号为 AY852248).菌株P15与鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)的亲缘关系最近.[结论]菌株P15被鉴定为鼠李糖乳杆菌.     

云南重楼内生细菌的分离鉴定及系统发育树分析

利用云南文山采集的人工栽培和野生云南重楼Paris polyphylla Smith var.yunnanensis(Franch)根茎,对其内生细菌进行了分离、纯化及鉴定。分离得到40和44株云南重楼内生细菌。经16S rDNA测序,在NCBI中比对,MEGA4建系统进化树,所得内生细菌分别鉴定为分属于6和8个属。其中,人工栽培云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和肠杆菌属(Enterobacter)分离频率分别为35%、27.5%,是其优势内生细菌群;野生云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)分离频率分别为36.4%、20.4%,是其优势内生细菌群。本研究结果体现了人工栽培和野生云南重楼内生细菌分布的差异及云南重楼根中内生细菌的多样性,也为后续重楼内生菌的多样性开发提供了理论和实验基础。     

葡萄抑菌附生细菌筛选鉴定及其结构表征

以夏黑葡萄为研究对象,利用平板划线法分离纯化培养得到附生细菌,通过提取基因组DNA、PCR扩增16S rDNA、基因序列测序,构建系统发育树,进行聚类分析,结合形态学观察,确定菌种的种属地位。在此基础上,以抑菌活性为指标,筛选具有抑菌活性的附生细菌。将筛选到的目标株菌发酵后,采用溶剂萃取得到发酵粗提物,经过电喷雾(electrospray ionization mass spectrometry,ESI-MS)对发酵产物进行分析,初步确定发酵产物的结构。共从夏黑葡萄中分离鉴定了9株附生细菌,其中BDG-5和BDD-2具有显著的抗菌活性,分别为副假单胞菌(Pseudomonas paralactis)和贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis),ESI-MS分析表明,P.paralactis发酵产物中含有环脂肽surfactin和iturin C,B.velezensis可产生脂肽surfactin、iturin A和bacillomycin D,它们是抑菌活性的主要物质。     

酿酒酵母26SrDNAD1/D2区域序列分析及其系统发育研究

利用26SrDNAD1/D2区序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CICC)保藏的22株酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)和1株威尔酵母(S.willianus)进行了复核鉴定,通过序列比对及构建系统发育树分析后,结果显示:21株菌株与原名称一致,与酿酒酵母CBS1171T序列相似性在99.0%以上;CICC1313原定名为威尔酵母,此次鉴定结果为酿酒酵母,与酿酒酵母CBS1171T序列相似性为99.8%;CICC1859与异常毕赤酵母(Pichiaanomala)CBS5759T相似性为100%,鉴定为异常毕赤酵母.进一步对酿酒酵母与酵母属内其他种之间的发育关系进行了分析,通过构建酵母属内各菌种模式株的26SrDNAD1/D2区系统发育树,发现酿酒酵母与属内其他菌种间差异均大于1%,表明26SrDNAD1/D2区域序列分析方法能够应用于酿酒酵母的分子生物学鉴定.     

优良抗氧化能力发酵乳杆菌P13的筛选及其耐逆特性

目的:从传统发酵蔬菜中筛选出具有抗氧化功能的益生乳酸菌,为抗氧化功能产品的开发提供优良备选益生菌株。方法:从传统发酵蔬菜中分离出29株乳酸菌,测定分离菌株细胞的体外抗氧化能力(DPPH自由基清除率、还原活力、抗油脂过氧化能力、羟自由基清除能力)。以具有强抗氧化能力的益生菌鼠李糖乳杆菌ATCC53103)为参照菌株。综合4种体外抗氧化能力测定结果,筛选出1株具有强抗氧化能力的乳酸菌,命名为P13,经形态观察和16 S rDNA遗传学分析,把该菌株鉴定为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)。对该菌株耐逆特性的研究表明,该菌株的耐酸、耐胆盐和耐盐特性高于对照菌株,而对过氧化氢的耐受能力低于对照菌株。该菌株的溶血型是γ-型,不具有溶血活性。研究结果显示,P13具有优良的抗氧化能力和耐逆特性,可作为制备具有抗氧化功能食品和微生态制剂的备选优良菌株。     

食品来源粪肠球菌的全基因组分析

目的 了解食品来源粪肠球菌的全基因组分子特征, 并与临床分离菌株进行比较基因组学分析。 方法 对收集的食品来源粪肠球菌进行全基因组测序和生物信息学分析, 比较分析3株食品来源粪肠球菌和7株已发表的临床分离粪肠球菌基因组, 对比粪肠球菌基因组中携带的耐药基因、毒力基因和移动元件, 筛选核心基因, 构建系统进化树。结果 3株食品来源粪肠球菌染色体全基因组序列全长分别为2816436、3005875和2818728 bp, 共含有2733、2853和2756个基因, 基因平均鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine, GC)含量为38.0%。在全基因组核酸水平上, 食品与临床分离的粪肠球菌线性关系良好, 基因组结构高度相似。3株食品来源菌株基因组中含有3~7种耐药基因、8~19种毒力基因和42~67个移动元件, 与临床分离菌株比较, 无显著性差异(P>0.05)。系统进化树分析发现食品来源和临床分离粪肠球菌分布在一个进化分枝, 分子遗传关系距离较近。结论 本研究获得了食品来源粪肠球菌全基因组基本特征的背景材料, 证实了食品来源和临床分离粪肠球菌进化溯源关系相近, 基因组无显著差异(P>0.05), 为后续食品工业界实际应用粪肠球菌的安全性评价奠定了基础。     

浓香型白酒曲药中细菌组成及系统学分析

利用免培养法(Culture independent approach)提取浓香型白酒曲药中细菌的总DNA,在分子水平上运用PCR扩增技术和16S rDNA序列同源性分析等方法测定曲药中细菌的16S rDNA基因近全序列,并建立系统发育树图.结果表明,组成该曲药中的细菌分属于Delftia、Dysgonomonas、Bacteroidetes,proteobacterium、Nocardiopsis、Pseudomonas和Arthrobacter几大类群(phylum),表现出高度的细菌多样性.