不同DNA提取方法对高通量测序检测沉积物微生物多样性的影响

高通量测序技术是目前沉积物中微生物多样性的主要检测方法,该技术受到不同方法提取基因组DNA质量的影响,然而,不同DNA提取方法应用于高通量测序对沉积物中微生物多样性的比较研究报道较少.通过常用的8种DNA提取方法对滇池沉积物样本进行基因组DNA提取,检测DNA浓度、纯度,选择出提取效果较好的4种方法,进行原核微生物16 S rRN A和真核微生物18 S rRN A扩增子测序,比较不同DNA提取方法的微生物群落特征.研究结果表明:S-MOBIO试剂盒法(商品化土壤DNA基因组提取试剂盒1,MOBIO DNeasy?PowerSoil?Kit,S-MOBIO)、S-OMEGA试剂盒法(商品化土壤DNA基因组提取试剂盒2,OMEGA E.Z.N.A?Soil DNA Kit,S-OMEGA)、蛋白酶K-SDS-PEG二次沉淀法(蛋白酶K-十二烷基硫酸钠-聚乙二醇二次沉淀法,S-SDS-PEG)、去腐剂-CTAB-蛋白酶K-试剂盒法(去腐剂-十六烷基三甲基溴化铵-蛋白酶K结合试剂盒法,S-CTAB)四种方法所提取的DNA质量及得率较高;16S/18S rRNA扩增子测序分析表明S-MOBIO试剂盒法(S-MOBIO)和蛋白酶K-SDS-PEG二次沉淀法(S-SDS-PEG)获得的OTU数量多,Alpha多样性指数高;Bate多样性分析中S-MOBIO试剂盒法(S-MOBIO)和蛋白酶K-SDS-PEG二次沉淀法(S-SDS-PEG)得到的物种组成结构相似度高;微生物群落特征分析在原核微生物的门水平和属水平上差异不大,S-MOBIO试剂盒法(S-MOBIO)和蛋白酶K-SDS-PEG二次沉淀法(S-SDS-PEG)获得的物种较多,物种组成相似度更高,在真核微生物门水平和属水平上,四种方法所得到的优势种群差异明显;综合比较,确定S-MOBIO试剂盒法(S-MOBIO)和蛋白酶K-SDS-PEG二次沉淀法(S-SDS-PEG)提取DNA是基于高通量测序探究云南滇池沉积物微生物多样性的较好方法.本研究可为湖泊沉积物微生物分子生态学研究奠定基础.     

超声波破碎法提取活性污泥DNA及其DGGE分析

为快速提取活性污泥中的微生物DNA,进一步应用于变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析其群落结构,采用细胞超声波破碎法直接提取反应器活性污泥DNA,以16S rRNA V3区域通用引物进行PCR扩增,随后利用DGGE技术对扩增产物的多样性进行评估.结果表明,超声波破碎法可以快速地提取活性污泥DNA,用超声波破碎法提取到的活性污泥克服了PCR扩增困难的问题.在一定的超声波功率下,超声时间对DNA产率、PCR扩增效率和DGGE分析均有很大影响,实验的最佳超声时间为27 s.DGGE分析表明,用该法提取到的DNA种类较为丰富,多样性较好,种群强度最高能达到0.7 OD,能够进一步应用于群落结构分析.     

三种提取卤虫基因组DNA方法的比较

以盐生动物卤虫为材料,分别用氯化钠高盐沉淀法和两种酚/氯仿抽提法对卤虫基因组DNA进行了提取;并用紫外光分光光度计法、琼脂糖电泳法和PCR对所提取的DNA进行检测,将它们在DNA的产量、质量等方面的优缺点进行比较,通过三种方法的比较,认为改进的酚-氯仿法是卤虫基因组DNA的最佳提取方法.     

一株生孢噬纤维细菌的16S rDNA 基因序列分析

利用双层平板法从土壤中分离获得了一株能够降解纤维素的好氧性滑动细菌--生孢噬纤维细菌Sporocytophaga sp.JL02,通过菌株基因组DNA的提取、16S r DNA的PCR扩增及克隆、16S r DNA的全序列分析等手段,对该菌株的16S rDNA的基因序列进行了研究.通过扩增,得到了一长度为1560bp的16S rDNA的基因,并对其基因序列进行了分析.     

酸面团中微生物基因组DNA提取方法的优化

为有效提高酸面团中微生物基因组DNA的提取纯度与浓度,采用改良的CTAB法、STES法以及两种不同的基因组DNA提取试剂盒对酸面团中微生物基因组DNA进行了提取,并且重点优化了酸面团样品的前处理方法,经分光光度法和电泳法检测,确定了采用不同方法所获得DNA产物的浓度与纯度.结果表明:离心沉淀法、洗去面筋法和烘干法3种前...     

荔枝离体培养物DNA提取方法的研究

采用十二烷基硫酸钠(SDS)并补加非水溶性聚乙烯吡咯烷酮法,提取荔枝胚性培养物基因组DNA,有效地去除了植物组织中所含的多酚、单宁、色素及多糖类物质,得到高质量的荔枝胚性培养物基因组DNA.此DNA适合作为PCR模板应用,能较好地用于RAPD分析,这是一种简便、快捷、经济的荔枝胚性培养物基因组DNA提取的方法.     

牦牛乳中DNA提取方法的建立与优化

为加速牦牛重要基因的挖掘和功能鉴定,以牦牛乳作为试验材料,建立简便的牦牛基因组DNA提取方法.采用常规离心法,从牦牛乳中获得体细胞,进而提取基因组DNA.研究不同去除蛋白方法、不同DNA沉淀剂、不同贮藏条件对牦牛乳中DNA提取质量的影响.DNA质量通过PCR评价.结果表明:高盐法与酚/氯仿法去除蛋白效果相当.高盐法简便...     

奶粉基因组DNA不同提取方法的比较

为选择适合奶粉材料进行分子标记检测的DNA提取方法,以市售奶粉为材料,采用6种不同的方法提取基因组DNA,并比较这6种方法的提取效果．结果表明,除异丙醇沉淀法和十二烷基硫酸钠法(SDS法)外,其他4种方法提取的基因组DNA均适用于聚合酶链式反应(PCR)检测．同时,结合基因组DNA的纯度和质量浓度,明确奶粉基因组DNA提取方法的优劣依次为:热解法、异硫氰酸胍法、高盐低pH法和十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB法)．     

羊乳及其制品中掺入牛乳成分的双重PCR检测

根据牛、羊的线粒体12SrRNA基因为靶基因设计合成两对特异性引物,建立了羊乳中掺入牛乳的双重PCR检测方法,对鲜乳中快速DNA提取进行了快速法和磁珠法的比较研究.结果显示,利用快速法提取出的DNA纯度欠佳,羊乳中能检测出牛乳10%的掺入比例,而利用磁珠法提取的DNA纯度高、重复性好,在羊乳及其制品中掺入牛乳检出值能达到1%,将该检测方法应用于巴氏杀菌乳和不同品牌市售羊奶粉的掺假牛乳的检验验证.以磁珠法来提取DNA,双重PCR检测方法可以作为羊乳及其制品中掺入牛乳源性成分的有效手段之一,为羊乳行业的掺假行为提供一定技术依据.     

RAPD技术筛选麦冬分子鉴定标记的研究

应用RAPD技术筛选三种药用麦冬品种湖北麦冬,川麦冬和浙麦冬的分子鉴定标记,为构建麦冬特异性PCR鉴定方法奠定基础.对RAPD反应的关键影响因子进行优化,确立最佳反应条件.以麦冬嫩叶中提取的基因组DNA作为RAPD反应模板,逐一使用40条随机引物对三种麦冬基因组DNA进行RAPD分析.从引物S86,S65,S64,S22和S20结合下的RAPD图谱中找到了8条麦冬分子鉴定标记,其中湖北麦冬分子鉴定标记4条,川麦冬和浙麦冬各2条.这些分子鉴定标记在琼脂糖凝胶中的分子量介于500~2 000bp之间,条带明亮清晰,可供回收进行序列分析,以便设计出特异性PCR引物,实现三种麦冬特异性PCR鉴定的目标.     

齿轮—五杆机构的轨迹特性研究

采用计算机机构动画仿真的方法，对齿轮五杆机构的轨迹特性进行了研究。分析了该机构双曲柄存在的条件，两连杆铰接点Ｃ的轨迹曲线可到达的区域及该轨迹曲线形状随机构结构参数的不同而变化的规律，从而为齿轮五杆机构的轨迹综合提供了重要依据。     

霸县凹陷文安斜坡内带层序地层学研究

以文安斜坡内带深层为研究对象,应用高分辨层序地层学等方法研究识别隐蔽油藏.通过兴隆1井地层重新划分及高分辨率三维地震应用,将该区沙三、沙四段地层之间重新确定为不整合接触.在三级层序地层框架建立的基础上,刻画各体系域砂体展布特征,构建了坡折带控制沙四下自生自储岩性油气藏成藏模式.通过钻井实践,首次在霸县凹陷发现沙四下段含油层系及新的烃源岩层,实现了深层自生自储式油藏类型的勘探突破.     

数学优化方法在新安江模型参数率定中的应用分析

以3种数学优化方法及新安江(三水源)模型的理论为依据,介绍了优化方法在新安江三水源模型参数率定中的应用.将率定成果与API模型进行了对比,说明这3种优化方法在大宁河流域参数率定中应用效果良好,具有很好的参考和推广价值.     

一类含间隙分布时滞的种群模型稳定性研究

主要借助螺线特性,对一类含间隙分布时滞的种群增长模型特征方程λ＋c＝d（1＋λT）     

红豆杉原生质体制备和培养研究

采用不同浓度的纤维索酶和果胶酶混合液对红豆杉种子的胚进行了处理,采用3％ 0.5％(m／v)的纤维索酶 果胶酶混合液效果好．得到了红豆杉胚原生质体;同时采用了B5、V-KM、MS3种培养基对所得到的原生质体进行了初步培养;实验结果表明．采用V-KM附加椰子汁(含天然植物激素)培养基培养胚性原生质体效果较好,并研究了植物激素的浓度和光照强度等对愈伤组织的诱导的影响,表明采用IAA和NAA对愈伤组织生长效果较好,光照强度在1000lx生长效果较好.     

密炼机转子的刚度计算

介绍了变截面梁变形计算的初参数法，运用该方法求密炼机转子的变形，并得到了精确的解。     

浅析资产减值会计对利润的操纵

会计制度规定企业定期或者至少于每年年度终了，对各项资产进行全面检查，合理地预计各项资产可能发生的损失，并计提资产减值准备，既不高估资产或收益，也不少计负债或费用，从而避免虚增企业利润。但在实务中，一些企业却利用会计法规准则中的原则性，通过资产减值准备达到操纵会计利润的目的，本文即是从企业滥用资产减值入手，以实例来揭示企业计提秘密准备的意图，以引起业内人士的重视。     

高等学校固定资产计提折旧问题探讨

中国现行会计制度规定,高等学校的固定资产不计提折旧。随着经济的发展和高等教育的改革,高等学校的经济成分越来越复杂,固定资产管理和核算中暴露出来的问题越来越突出。针对现行高校固定资产计价模式存在的问题,提出了对高校固定资产计提折旧的设想,研究了高校固定资产折旧的范围、折旧年限、折旧方法及会计处理办法。     

一类3种群相互作用的系统平衡位置的稳定性

研究了3种群相互作用构成的群落的Volterra模型，利用特征值法讨论正平衡点M的局部渐进稳定性，得到一个充要条件；同时构造V函数得到M点全局稳定的充分条件．     

《承德石油高等专科学校学报》缩短科技论文发表时滞的措施

《承德石油高等专科学校学报》从作者、评审专家、编辑、发文量和出版周期等方面分析产生论文时滞的因素,通过提高科技期刊编辑部工作效率、流畅稿件处理的过程加快论文发表速度,缩短稿件处理时间,进而缩短科学技术期刊的论文发表时滞。