嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究

为了研究分析嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(BR)蛋白基因资源,分离纯化得到极端嗜盐古生菌AB3. 采用聚合酶链式反应(PCR)方法对其编码螺旋C至螺旋G的蛋白基因片断和16S rRNA基因进行了扩增,并测定了基因的核苷酸序列. 翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片断进行对比,AB3中的螺旋C至螺旋G蛋白与其他菌株差异显著.基于BR蛋白和16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,AB3是Natrinema属中的新成员. 菌株AB3的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号为AY277583.     

一株中度嗜盐菌的分离鉴定研究

为探索中度嗜盐菌在高盐有机工业废水处理中的应用,从山东省威海市路道口盐场晒盐池盐水中分离一株嗜盐菌株YS-1,对该菌株进行原子力显微镜观察、生理生化测定、全细胞脂肪酸分析及16S rDNA序列同源性分析. 研究表明,YS-1菌株16S rDNA序列与Halomonas sp.(AB167061)的亲缘关系最为接近,确定该菌株为盐单胞菌属(Halomonas sp. ),属中度嗜盐菌;在SBR反应器中对其进行强化高含盐有机废水处理试验,结果表明,菌株YS-1结合海底泥对含盐(NaCl)10%、CODCr为1 645 mg/L的高含盐模拟有机废水进行处理,经72 h CODCr去除率为84.56%,108 h CODCr去除率为96.23%. 该盐单胞菌具有强化高盐有机废水处理的潜在功能,通过分离筛选中度嗜盐菌强化高盐有机工业废水处理具有潜在可行性.     

高效产氢新菌种的分离鉴定与16S rDNA全序列

为快速确定分离细菌的分类地位和获得高效产氢细菌,从生物制氢反应器活性污泥中,分离到一株高效产氢细菌.分离菌株能利用糖蜜废水生产氢气.分离菌株Rennanqilyfl的16S rDNA碱基为1517 bp,登记注册号为AY332397.为革兰氏阳性,杆菌,菌体端生2根鞭毛,鞭毛较长,无芽孢.菌株R1为中温嗜中性偏酸产氢菌,最佳生长代时为7.8 h.最佳生长温度为38℃;最佳生长pH为4.5;严格厌氧.单位体积产氢量(YH2)为1902.8 ml/L,每克干细胞最大产氢速率(QH2)为12.9 mmol/(g·h).该菌株的16S rDNA序列在GenBank中比较得出的最为接近的种分别来自Clostridium等5个菌属,其中与纤维素梭状菌亲缘关系最近,16S rDNA同源性为91%,其他则为89%-90%.新分离菌株Rennanqilyfl是一个与其最近的梭状菌属各成员都不相同的新种,暂命名为生物制氢菌属Biohydrogenbacterium Gen.Nov.Sp.Nov.     

一株中度嗜盐菌SL21合成Ectoine的研究

从大连市普兰店盐场盐池淤泥中筛选出一株中度嗜盐细菌SL 21,对其进行形态和分子生物学鉴定.运用16 S rDNA技术建立SL 21系统发育树.该菌株为革兰氏阴性细菌,短杆状,最适生长NaCl浓度是10%.以其16S rDNA序列相似性为基础构建了包括7种相关种属在内的系统发育树.结果表明,SL 21与Halomonas venusta的同源性达到99%以上,应归属于盐单胞菌属.研究了中度嗜盐菌SL21的渗透压补偿溶质(Ectoine)的生成及生成条件.用含2 mol.L-1NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下,培养48 h,诱导生成Ectoine为285.1 mg.L-1,其Ectoine生成的最适诱导温度是30℃,最适NaCl浓度是2 mol.L-1.     

基于末端产物和基因序列的SRB菌系统发育分析

为实现细菌的多相分类,应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采出液中分离到8株硫酸盐还原菌.通过对菌株的气相色谱末端产物测定,16S rDNA、16S～23S rDNA间隔区(ISR)序列克隆进行菌株的系统发育分析.结果表明:8株菌分别属于Salmonella(D2、I7)、Clostridium(F4、D10、H1)、Anaerofilum(A8、A18)、Enterobacter(E1).聚类分析表明,菌株的ISR序列长度差异较大,包含的tRNA种类和数目不同,间隔区序列可以作为16S rDNA序列系统发育分类的一个有力的补充;气相色谱末端产物相似的菌株,亲源关系比较接近,可以作为细菌鉴定的依据;其中16S rDNA序列作为细菌分类的主要依据,对存在争议的菌株,应该结合形态、生理生化特征和ISR序列以及气相色谱末端产物等综合对其进行系统分类.     

利用16SrDNA序列分析和Biolog快速鉴定方法鉴定产脂肪酶菌株

采用16S r DNA序列分析和Biolog快速鉴定两种方法对分离得到的7株产脂肪酶菌株进行了分类鉴定.16S rDNA序列分析结果表明,7株产脂肪酶菌株中TCCC 11087、TCCC 11167、TCCC 11170、TCCC 11180,TCCC 11181属于不动杆菌属,株TCCC 11092、TCCC 11168属于假单胞菌属.Biolog快速鉴定结果显示,TCCC 11087、TCCC 11167、TCCC 11170.TCCC 11180、TCCC 11181 属于溶血不动杆菌,TCCC 11092属于假单胞菌属,TCCC 11168属于荧光假单胞菌.说明两种鉴定方法得到的结果一致,但16S rDNA序列分析方法只能鉴定到属,而Bioiog快速鉴定方法能对多数菌株鉴定到种.     

聚丙烯酰胺降解菌株分离及其系统发育分析

应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采油五厂十三区聚合物配注站的母液罐中分离到一株聚丙烯酰胺降解菌株CMW,该菌株为G ,杆状,黑色圆形菌落,最适温度为38℃,最佳pH为7.8,具有硫酸盐还原功能,产H2S,严格厌氧.研究表明,该菌株能以聚丙烯酰胺为唯一碳源,降解侧链,部分官能团发生改变,质量浓度为500 mg/L时菌株具有较高的聚丙烯酰胺降解能力,其溶液黏度下降效果显著.通过形态、生理生化、16S rDNA以及16S~23S rDNA间隔区序列鉴定,可能为梭菌属的新种,暂时命名为Clostridium.sticklandiiCMW(GenBank登录号为DQ011249).16S rRNA基因序列较为保守更适合属间的鉴定,16S~23S rDNA间隔区序列包含tRNAIle和tRNAAla基因,更适合属内种间鉴定.     

砂箱中柴油降解菌株的分离鉴定

以0#柴油为唯一碳源,从模拟生物修复柴油污染土壤的砂箱中筛选出4株柴油降解菌株B-1、B-2、B-3和B-4,根据形态学观察及16S rDNA序列比对分析,4株菌株分别属于微杆菌属（Microbacterium sp.）、短波单胞菌属（Brevundimonas sp.）、Tetrathiobacter kashmirensis、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）,且菌株B-3是2005年在克什米尔某处果园土壤中新分离出来的柴油降解菌株。此外,通过比较各菌株的生长曲线,菌株B-3和菌株B-4较其他两株菌优先进入对数生长期,对加快柴油的生物降解意义重大。     

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌.以其16S rDNA 序列相似性为基础构建系统发育树.结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%.耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质（Ectoine）生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30 ℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L.     

一株生孢噬纤维细菌的16S rDNA 基因序列分析

利用双层平板法从土壤中分离获得了一株能够降解纤维素的好氧性滑动细菌--生孢噬纤维细菌Sporocytophaga sp.JL02,通过菌株基因组DNA的提取、16S r DNA的PCR扩增及克隆、16S r DNA的全序列分析等手段,对该菌株的16S rDNA的基因序列进行了研究.通过扩增,得到了一长度为1560bp的16S rDNA的基因,并对其基因序列进行了分析.     

西施舌16S rRNA基因片段PCR扩增及其核苷酸序列分析

利用酚/氯仿抽提法提取了西施舌闭壳肌总DNA,以总DNA为模板,利用两条16S rRNA基因特异引物,进行PCR扩增,扩增产物测序后进行序列分析。结果从西施舌的闭壳肌提取得到总DNA,获得一个长度约300 bp的PCR扩增产物;测序结果显示此片段为294 bp;核苷酸序列经WU-blast2分析,与Spisula subtruncata(AJ548774)和Corbicula sp(AY097259)的16S rRNA的同源性均为74%。经DNAStar分析,此核苷酸序列A,G,T,C含量分别为35.74%,25.51%,26.19%和13.59%,A T(61.90%)含量明显高于G C(38.10%)含量。     

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌。以其16S rDNA序列相似性为基础构建系统发育树。结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%。耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质(Ec-toine)生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L。     

山药分子分类研究

提取山药基因组和叶绿体DNA作为模板,分别扩增山药核糖体18S rDNA和叶绿体核糖体16S rDNA片段.测序获得1646bp的山药核糖体18S rDNA和1351bp的山药叶绿体核糖体16S rDNA,GenBank登录号分别是JF703101和JF703100.将以上两个基因片段分别与GenBank中的一些物种的相关序列进行序列对比,结果表明,18S rDNA序列相似度较大,物种间差异较小.而叶绿体16S rDNA序列在分析不同科的物种演化关系上有较高的分辨率,为分子水平上山药资源的研究提供了资料.     

Screening, identification and desilication of a silicate bacterium

The strain Lv（1- z） isolated from the Henan bauxite was characterized by morphological observation, biochemical and physiological identification, and 16S rDNA sequence analysis. The influences of temperature, initial pH value, the volume of medium, shaking speed and illite concentration on the desilicating ability of the strain Lv（1- z） were investigated. The results show that the bacterium is a Gram-negative rod-shaped bacterium with oval endspores and thick capsule, but without flagellum. The biochemical and physiological tests indicate that the strain Lv（1- z） is similar to Bacillus rnucilaginosus. In GenBank the 16S rDNA sequence similarity of the strain Lv（1- z） and the B. rnucilaginosus YNUCC0001（AY571332） is more than 99%. Based on the above results, the strain Lv（1- z） is identified as B. rnucilaginosus. The optimum conditions for the strain L（1- z） to remove silicon from illite are as follows., temperature is 30℃ ;initial pH value is 7.5; medium volume in 200 mL bottle is 60 mL; shaking speed of rotary shaker is 220 r/m ; illite concentration is 1%.     

海参肠道菌HS-A38的鉴定

对一株编号为HS-A38的分离自大连海域野生海刺参样品的细菌进行鉴定和抗菌活性研究.采用传统的分类学方法观察菌株HS-A38的形态,结合16S rDNA序列分析在GenBank上进行比对确立其进化地位.利用金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtili)、溶...     

大蒜在葱科的分子分类地位研究

通过扩增获得18S rRNA和叶绿体16S rRNA基因序列,测序并提交GenBank ,登录号分别是JF719285和JF719286．利用大蒜和GenBank相关序列构建系统发育树,进行分子演化分析．结果表明：大蒜18S rRNA 基因与球序韭、韭菜、茖葱等葱科植物序列相似度高;叶绿体16S rRNA基因与龙舌兰科和薯蓣科的物种序列相似度高．大蒜与葱科植物在18S rRNA序列上具有较高的同源性．18S rRNA序列在植物演化方面的区分度比16S rRNA高．     

一株降解石油烃假单胞菌的鉴定及降解特性

从松原油田石油污染土壤中筛选、分离出一株降解石油烃的菌株,观察其菌落形态,通过16S rDNA 序列分析对其进行鉴定。结果表明：该菌株的菌落呈白色不规则状、表面粗糙、边缘不整齐。16S rDNA序列分析鉴定为类产碱假单胞菌（Pseudomonas pseudoalcaligenes strain）。在温度为35℃、pH值为8时菌株对石油烃降解效果最好,降解率为75.4%。     

溴氰菊酯降解菌的分离与鉴定及其降解特性

以长期施用溴氰菊酯农药的茶园土壤作为菌源,以富集驯化培养法从中分离得到一株溴氰菊酯降解菌DXQ018。通过生理生化及16S rDNA分析,将菌株DXQ018鉴定为醋酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoaceticus)。研究了菌株DXQ018在不同条件下对溴氰菊酯的降解特性,结果表明:培养温度、培养基初始pH和底物质量浓度对菌株DXQ018的生长及其对溴氰菊酯的降解率都有影响;当培养温度为37 ℃、培养基初始pH为7、底物质量浓度为20 mg/L时,菌株DXQ018对溴氰菊酯的最高降解率达到58.27%。       

一种促进蓝藻生长的海洋细菌的分离与鉴定

从青岛海域的海水中分离出了一株促进蓝藻增殖的海洋细菌QD-3。该菌革兰氏染色呈阳性,周生鞭毛,其形态随着培养时间的不同而改变,培养10 h时,细胞呈短杆状,继续培养至48 h细胞呈球状。16S rDNA序列分析表明,该菌与乙酰微小杆菌DSM20416(ExiguobacteriumacetylicumDSM20416)的同源性最高,16S rDNA的同源性高达99.6%,结合菌株的菌落形态、个体特征及生理生化反应,将QD-3菌株鉴定为乙酰微小杆菌QD-3(E.acetylicumQD-3)。该研究对经济蓝藻养殖和有害蓝藻控制研究有一定的参考价值。