DNA条形码技术在鲑科鱼类真伪鉴别中的应用

本研究建立了基于DNA条形码技术的鲑科鱼类特异性检测方法,并用此方法对17种市售鲑科鱼进行物种检测。先从样品中扩增得到DNA细胞色素C氧化酶I(COI)和16S核糖体RNA(16S rRNA)的基因片段,然后进行一代测序,对测序结果进行比对,验证样品的真实属性。结果表明,以COI为靶标、16S r RNA为辅助靶标,可实现对由单一物种组成的鲑鱼制品的物种鉴定。本研究结果证实DNA条形码技术可用于鲑科鱼类的物种鉴别,为鲑科鱼的市场监管提供技术支撑。     

DNA条形码技术在深圳鱼肉制品鉴定中的应用

以线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ ）基因为目标基因,应用DNA条形码技术鉴别深圳批发市场和超市零售鱼肉制品的种类来源,判别其产品标签是否正确。本研究调查的77 份鱼肉制品均能扩增出特异性条带,28 份样品与产品标签标示不符,“错贴”率高达36.36%,其中所有标示“龙俐鱼”的商品都是低价的“巴丁鱼”（Pangasianodon hypophthalmus）。DNA条形码技术可用于鱼肉制品的来源物种鉴定。     

基于DNA条形码技术的海参物种鉴定

DNA条形码技术(DNA barcoding)是一种新型高效的物种鉴别方法。本研究基于DNA条形码技术,以线粒体细胞色素氧化酶I基因(COI)和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因作为靶基因对海参物种进行鉴别,结果表明COI基因或16S rRNA基因均能实现大部分海参的物种鉴定,部分样品需结合两个靶基因鉴定出来。将所建立的DNA条形码方法用于市售海参样品的物种鉴定,24份市售海参样品中10份市售海参样品的物种鉴定结果与标签名称相符,6份样品与标签名称不符,存在将低价海参品种标为高价海参的现象;其余8份样品的标签只有商品名但没有明确的物种信息,利用DNA条形码技术对其鉴定可得到明确的海参种名。本研究结果证实DNA条形码技术可应用于市售海参的物种鉴定,为海参的监管提供技术支撑。     

肠膜明串珠菌及其近缘种dnaA和rpoB基因的系统发育分析北大核心CSCD

比较16S r RNA基因、dna A、rpoB部分基因序列对Leuconostoc mesenteroides（Leu.mesenteroides）及其近缘种的分辨力,为肠膜明串珠菌提供快速准确的鉴定方法。以分离自自然发酵乳制品中的8株Leu.mesenteroides为研究对象,以其看家基因dnaA、rpoB部分基因序列作为分子标记,结合Gene Bank数据库中的近缘种及亚种的相应序列构建系统发育树,并与16S r RNA基因的系统发育树进行比较。研究发现,基于Leu.mesenteroides及其近缘种的dna A和rpo B部分基因序列构建的系统发育树的拓扑结构与16S r RNA基因基本一致,但分辨率高于16S r RNA基因;种间的dna A和rpo B部分基因序列相似性分别为81.7~84.8%和85.5、87.4%,而种间16S r RNA基因相似性为98.1%~99.5%。相较于16S r RNA基因,dna A和rpo B基因更容易鉴定肠膜明串珠菌及其近缘种,其中rpo B可明晰区分试验菌株与肠膜明串珠菌亚种间的系统发育关系,因此rpo B基因可作为16S r RNA基因的辅助工具用于Leu.mesenteroides及其近缘种的快速鉴定。     

食品中鲍鱼过敏源基因成分的检测

目的本文建立食品中鲍鱼过敏源基因成分实时荧光PCR检测方法。方法采用蛋白酶K消化法提取鲍鱼肌肉组织中基因组DNA,针对鲍鱼管家基因16S r RNA基因设计特异性引物和探针,确定实时荧光PCR反应体系和反应条件,建立了鲍鱼过敏源基因成分实时荧光PCR快速检测方法。选用鱿鱼、海参等海产品进行特异性试验;采用添加方法制备灵敏度试验样品,分别制备了鲍鱼过敏源基因成分含量分别为100%、10%、1%、0.1%、0.01%、0.001%的样品。结果对非鲍鱼类食品进行检测,结果显示出良好的特异性;灵敏度试验表明,本文建立方法的最低检测下限为0.01%。结论本文建立了特异性好,灵敏度高的鲍鱼过敏源基因成分检测方法。     

肠膜明串珠菌及其近缘种dnaA和rpoB基因的系统发育分析

比较16S r RNA基因、dna A、rpoB部分基因序列对Leuconostoc mesenteroides(Leu.mesenteroides)及其近缘种的分辨力,为肠膜明串珠菌提供快速准确的鉴定方法。以分离自自然发酵乳制品中的8株Leu.mesenteroides为研究对象,以其看家基因dnaA、rpoB部分基因序列作为分子标记,结合Gene Bank数据库中的近缘种及亚种的相应序列构建系统发育树,并与16S r RNA基因的系统发育树进行比较。研究发现,基于Leu.mesenteroides及其近缘种的dna A和rpo B部分基因序列构建的系统发育树的拓扑结构与16S r RNA基因基本一致,但分辨率高于16S r RNA基因;种间的dna A和rpo B部分基因序列相似性分别为81.7~84.8%和85.5、87.4%,而种间16S r RNA基因相似性为98.1%~99.5%。相较于16S r RNA基因,dna A和rpo B基因更容易鉴定肠膜明串珠菌及其近缘种,其中rpo B可明晰区分试验菌株与肠膜明串珠菌亚种间的系统发育关系,因此rpo B基因可作为16S r RNA基因的辅助工具用于Leu.mesenteroides及其近缘种的快速鉴定。     

多基因DNA条形码鉴定6 个鳗鱼物种

建立6?种鳗鱼的物种多基因DNA条形码精准鉴定方法。以鳗鱼DNA为模板,采用3?对通用引物对6?种鳗鱼的3?个基因（16S rRNA、Cyt b、COⅠ）部分DNA片段进行聚合酶链式反应扩增、测序,结果6?种鳗鱼各获得3?条16S rDNA（638～643?bp）、Cyt?b（464～466?bp）、COⅠ（705～707?bp）基因部分DNA序列,从中选取各物种序列同源的片段设计3 对新引物对6 种鳗鱼的16S rRNA、Cyt b、COⅠ基因部分DNA片段进行PCR扩增,其产物大小分别为504～507、400、609?bp,再从各片段中筛选出具有6?种鳗鱼物种特异性强的、碱基数分别为262、280、300?bp的3?条DNA片段序列,作为6?种鳗鱼物种的3?个基因的标准DNA条形码,应用DNAMAN?V6软件进行同源性分析,并通过GenBank数据库的比对验证,制定了供检测实践用的同源率判别指标,建立鳗鱼物种的多基因条形码检测方法。应用该方法对30?个待检鳗鱼样品进行检测,结果表明,各样品基于3?个基因DNA条形码的比对,符合同源率指标,物种判别结果互相吻合,从而精准判别样品的所属物种。该方法稳定、精准、易于操作,可应用于6?种鳗鱼的物种鉴定,值得推广。     

石河子地区乳源性金黄色葡萄球菌毒力及耐药性的研究

本文研究了石河子地区乳源性金黄色葡萄球菌的污染情况、毒力特性及耐药性。对24份零售鲜奶样品进行金黄色葡萄球菌定量检测,PCR方法检测nuc、16S r RNA和7种毒力基因,利用Kirby-Bauer法对分离得到的金黄色葡萄球菌进行了12种抗生素的药物敏感试验。共分离55株疑似乳源性金黄色葡萄球菌,nuc和16S r RNA基因PCR扩增检测结果中有20株菌为阳性。毒力基因检测结果中有5株(5/20;25%)携带毒力基因,其中3株携带Coa(3/5;60%),1株携带Sei(1/5;20%),1株携带Sea+Sec+Coa(1/5;20%)。发现20株金黄色葡萄球菌中有19株对所测试的一种或多种抗生素具有抗性,且19株均对亚胺培南和氯霉素敏感。本文为指导抗生素在人类临床和动物饲养中的合理应用提供重要的参考性数据,为乳品中有害金黄色葡萄球菌的风险评估提供理论依据。     

食源性变形杆菌氨基糖苷类修饰酶基因及16S rRNA甲基化酶基因研究

目的了解食源性变形杆菌的氨基糖苷类耐药基因情况。方法收集2011—2014年石家庄市售各类食品中分离到的对阿米卡星和庆大霉素至少有一种耐药的变形杆菌124株,用PCR、测序和基因库在线比对方法分析6种氨基糖苷类修饰酶基因与3种16S r RNA甲基化酶基因。结果 124株变形杆菌中氨基糖苷类修饰酶耐药基因aac C2、aac A4、aad A1和aph A6的检出率分别为95.2%(118/124)、80.6%(100/124)、73.4%(91/124)和5.6%(7/124);16S r RNA甲基化酶耐药基因rmt B检出率为87.1%(108/124)。aac C1、aad B、arm A和rmt C基因均未检出。结论 aac C2型氨基糖苷类修饰酶基因与rmt B型16S r RNA甲基化酶基因流行是食源性变形杆菌对氨基糖苷类抗生素耐药的重要原因。     

婴儿配方乳粉中克罗诺杆菌的分离鉴定及分型

采集了市场中的220份婴儿配方乳粉,利用生理生化和分子鉴定的方法对采集样品中的克罗诺杆菌进行了分离鉴定,检出10株克罗诺杆菌,污染率为4.55%。利用16S r RNA和omp A基因对克罗诺杆菌进行分型分析,都将10株克罗诺杆菌分为了2个簇,但是不同分型方法各个簇中的菌株不同。结果表明16S r RNA和omp A基因可以用于克罗诺杆菌的分型,但是辨识度不高。