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发展基因组尺度代谢网络模型的模拟和分析方法有助于学习这些网络的结构与功能关系,是当前计算系统生物学领域的一个重要研究主题。由于具备严格的数学描述,直观的图形表达,外加存在众多的算法和工具,Petri网可能成为代谢网络模拟和分析的有力工具。应用位置/变迁网来分析代谢网络的结构与功能特征,首先建立了巴斯德毕赤酵母代谢的Petri网模型,随后计算了该模型中的P、T不变量,并讨论了它们的生物学意义。 相似文献
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Petri网标记语言(PNML)是一种基于XML语言的Petri网文件交换标准,用于实现Petri网工具的互操作性.综合介绍了 PNML标准化进程和PNML的核心支撑技术,详细阐述了PNML体系结构各个组成部分及元模型中各个组成对象,借助PNK工具实现一个P/T网模型实例,根据元模型分析对应的PNML文件中的库所、变迁和弧等对象标签的含义,最后分析了PNML在工作流模型与矢量图转换等领域的研究状况,指出了下一步研究方向. 相似文献
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PNML是一种基于XML的Petri网文件交换格式,支持多种Petri网类型,并提供了一种在不同Petri网工具间交换Petri网模型的途径。文中讨论了Petri网的关联矩阵和PNML描述之间的转换,给出了如何使用DOMAPI解析PNML文件及实现转换过程的技术细节。 相似文献
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基于XML设计了一种Petri网(SIPN)的交换格式。XML是具有数据描述功能、高度结构性及可验证性的语言,首先设计了SIPN的Schema文件,并根据该Schema文件将SIPN图形转化成XML格式文件,该文件包含了SIPN的图形和语义信息。利用DOM对该XML格式的SIPN模型进行解析,可以提取模型的关键信息,为应用程序提供一个接口,这可以推动基于Petri网的应用程序开发,实例证明该方法具有很好的实用性和可扩展性,可以用于其它扩展Petri网格式的设计。 相似文献
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随着生物网络数据的迅速增长,对这些数据进行模拟分析的工具也随之发展。由于组合了图形化和数学化的特征,Petri网成为这一领域的重要模拟分析工具之一。但是,通过Petri网模拟分析的生物系统大多是一些孤立的生化途径。本文采用Petri网技术对红血球细胞的新陈代谢系统进行建模分析。首先介绍了基本的Petri网概念和分析方法,然后采用Petri网技术研究红血球的新陈代谢系统,建立了红血球新陈代谢系统的Petri网模型,最后计算了该模型中的P、T不变量,并讨论了它们的功能意义。 相似文献
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基于Web的产品设计流程模型 总被引:3,自引:0,他引:3
描述了一个基于Web的设计流程管理系统,该系统以Petri网为数学模型,很好地解决了设计流程Petri网络的表示,详细分析了系统在设计子流程之间同步和异步方式通信的Petri网表示,并给出基于Petri网的三维权限管理模型. 相似文献
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代谢网络的模块化分析有助于理解网络的结构和功能。然而,当前众多的模块化分析方法大多将代谢网络考虑为普通的复杂网络,所得模块的生物学意义较低。对枯草芽孢杆菌的核黄素代谢进行Petri网建模分析,研究结果表明:Petri网的T不变量可用于识别代谢网络中的功能模块,具备较好的生物学意义。 相似文献
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基于Time Petri Nets的实时系统资源冲突检测 总被引:2,自引:1,他引:1
Time Petri Nets在实时系统的建模和性能分析中得到广泛应用,而冲突是Petri网及其扩展模型的重要行为,解决冲突是正确分析模型动态行为的关键.目前随机Petri网、混合Petri网和区间速率连续Petri网的冲突检测方法由于没有考虑到时间约束因此无法在TPN网中使用.时间约束的引入使得Time Petri Nets模型的使能和触发语义比Petri网模型的语义复杂,冲突检测变得更加困难.为了计算冲突发生的时间和概率,首先根据时间约束,给出了变迁持续使能时延迟区间的计算方法,并证明了该方法的合理性和完备性;然后在此基础上定义并证明了Time Petri Nets模型中不冲突的检测方法;并提出了Time Petri Nets模型的冲突检测方法,给出了冲突时间区间和变迁实施概率的计算方法;最后通过实例验证说明了该方法的正确性和有效性. 相似文献
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本文对三峡工程水泥调运过程用PETRI网进行建模,指出了进行调运的关键库所和变迁。讨论了拌和浇筑环节 PETRI网模的可能存在的不良特性。为解决此类问题设计了仿真器,它很好地实现了调度模拟的功能。同时给出了仿真器的框架和DSP怕仿真 相似文献
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文章通过分析UML模型和面向对象Petri网各自的特点,提出了UML模型到面向对象Petri网模型的映射规则,从而实现了利用UML模型有效描述系统,利用面向对象Petri网模型模拟仿真系统的有效结合,实现了两者的优势互补. 相似文献
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Petri网是一种应用非常广泛的建模工具。首先给出了基本Petri网的概念,在此基础上对多种Petri网进行了广泛的研究,包括时间因素Petri网、有色Petri网、面向对象Petri网、模糊Petri网及受控Petri网,并针对每种Petri网的特点和应用范围进行了讨论,提出了Petri网当前发展的方向和急需解决的热点问题。 相似文献
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本文首先将模拟技术应用于Petri网中,得到模糊Petri网模型,然后基于Petri网中的库所湾量的概念,在普通Petri网的反馈控制基础上提出了一种模型Petri网的反馈控制方法。该方法使得对复杂系统的模糊Petri多控制器的系统设计成为可能。 相似文献
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基于有色Petri网的经营过程建模 总被引:18,自引:0,他引:18
在经营过程重组(BPR)的过程中,利用仿真工
具对经营过程建模与仿真分析,被认为是快速和顺利实施BPR的必要手段.目前大多数BPR支
持工具局限于对过程的仿真,而Petri网则因其严格的数学定义和丰富的分析方法,不仅能
够仿真过程的性能参数,还可以对过程的结构进行分析,从而在过程诊断和重组方案的设计
中发挥重要作用.将有色Petri网应用于经营过程建模,可以较好地描述经营过程的不确定
性、并发性和资源共享等问题,并解决模型中存在的冲突、死锁等问题,同时避免了普通Pe
tri网过于复杂的缺点. 相似文献